Синтез сукцинимидного эфира

[FOX-7]

Так и делайте все in situ в ДМФА или DMSO. Растворите кислоту - 1 моль, HOSu - 1.1 моль в DMF or DMSO, добавьте при 0С DCC-1 моль (or WSC), перемешайте 1-2 часа и затем туда ваш пептид, инкубируйте сколько надо и далее в воду ..... Таким образом кислота ( как метка) сядет на свободную NH2-группу пептида и не надо париться с выделением активированного эфира.

[Максим]

То, что хлорбензойная кислота плохорастворима в воде - не повод, чтобы не получить сульфосукцинимидный эфир. Эфир синтезируют в среде ДМФ (Ваша фотоактивируемая кислота + сульфосукцинимид + ДЦК), выделяют и используют для мечения в водных условиях. Но все верно - эта химия приминяется для мечения тонких субстратов, которые не переносят других условий кроме водных (ферменты, например).
Часто делают так, как Вы собираетесь: растворяют пептид (белок, олиг...) в буфере (карбонатный или фосфатный с pH=8.5 - 9.5) и добавляют на 1 мл водного раствора пептида 5-10 мкл раствора (stock solution) активированного эфира в ДМСО или ДМФ (с расчетом, чтобы избыток активированного эфира по отношению к пептиду был 10-20x). Все это перемешивают на вортексе и выдерживают 10-24ч. Далее, если пептид имеет массу 4кДа и больше, то от низкомолекулярных реагентов отбиваются путем гель-хроматографии (на Sephadex G-25, например). Часто мечение не проходит на 100%, поэтому думайте, как отделиться от немодифицированного пептида. Может быть, поможет электрофорез или ВЭЖХ на обращенной фазе (если конечно Вам не граммы этого пептида получать надо).
Что касается Glu, то, если не ошибаюсь, у него карбоксил "лишний" и реагировать с активированным эфиром Вашей метки он не будет. His в этих условиях тоже реагировать не будет. Конечно, есть химия, которая позволяет модифицировать His, но гораздо легче прицепить метку по N-концу.
В общем, много книг посвящены теме мечения биологических субстратов, поэтому, открыв любую из них, можете найти протоколы, по которым люди работают.
Удачи!
ЗЫ. Если не секрет, то что за фотоактивируемая группа?

[Dafna]

Большое спасибо, я обязательно попробую.
Что же касается группы, то по ряду причин была выбрана 4-азидо-тетрафлюоробезойная кислота. Т.е. мечение будет протекать через нитрен.

[pH<7]

по ряду причин была выбрана 4-азидо-тетрафлюоробезойная кислота. Т.е. мечение будет протекать через нитрен.

"тетрафторо"

это как - через нитрен? куда его?

[Dafna]

Азидная группа при облучении УФ дает нитрен. 4 фтора увеличивают реакционоспособность

[pH<7]

Это понятно, но к чему нитрен присоединится?

[Dafna]

В идеале нитрен взаимодействует с любой наиболее доступной группой в активном центре рецептора. Если находится в синглетном состоянии, то предпочтительне с амино-группами. Если происходит переход в триплетное состояние - С-Н связями.