Не знаю как насчёт аминов делал гидразиды из кислот с DСС - эквимольные соотношения и бооольшой избыток карбодииимида можно в микроволновке погреть, можно просто на водяной баньке. не знаю какой там у вас гетероцикл, но на тифенкарбоновой и пирослизевой кислотах работает.
Кстати да, неприятно - они в пептидном-то синтезе общепринятые, а из другой области заглянешь - задолбаешься искать. Неприятно только потому, что в других областях похоже. НДСа вам в панамку!
Точно знаю что все зависит от природы кислоты и амина. Если кислота дубовая, а амин акцепторный или дубовый гетероциклический, то CDI может и не работать