Ты прав - такие изотиомочевины нестабильны, и их получают только в виде солей. Но это не значит, что их нельзя проацилировать

Мы же использовали более мягкие условия, аналогичные приведенным в работе TL(выложен в exchange), но вместо полимерного галида использовали BnBr. Отмечу, что мы только фиксировали эти продукты по LCMS, но не выделяли. Сразу пускали в дальнейшую циклизацию, как и в этой статье. Так, что метод выделения тебе предстоит разрабатывать самому.
Да и еще, даже в этих условия они немного подразлагаютя, и запах у реакционных смесей соотвествующий
