Синтез сукцинимидного эфира
Синтез сукцинимидного эфира
Народ, посоветуйте пожалуйста - нужно получить N-гидроксисукцинимидный эфир хлорбезойной кислоты. По всем методикам синтез проводят в ТГФ.Очистка последнего занятие долгое и муторное. Можно ли использовать другой растворитель, например диоксан или этилацетат? Заранее благодарна
Re: Синтез сукцинимидного эфира
Какой метод получения Вы используете?Dafna писал(а):Народ, посоветуйте пожалуйста - нужно получить N-гидроксисукцинимидный эфир хлорбезойной кислоты. По всем методикам синтез проводят в ТГФ.Очистка последнего занятие долгое и муторное. Можно ли использовать другой растворитель, например диоксан или этилацетат? Заранее благодарна
Синтез N-гидроксисукцинимидного эфира
Хлорбензойная кислота, NHS и DCC растворяются в соотношениях 1:1:1 в ТГФ, затем инкубация, фильтрование, упаривание на рот. и перекристаллизация в дихлорметане. Все вроде просто, только проблема с растворителем. 
Можно ли заменить ТГФ на диоксан или этилацетат?
Можно ли заменить ТГФ на диоксан или этилацетат?
Синтез N-гидроксисукцинимидного эфира
Большое спасибо 
Re: Синтез N-гидроксисукцинимидного эфира
Dafna писал(а):Хлорбензойная кислота, NHS и DCC растворяются в соотношениях 1:1:1 в ТГФ, затем инкубация, фильтрование, упаривание на рот. и перекристаллизация в дихлорметане. Все вроде просто, только проблема с растворителем.
Т.е. стандартно.
Можно делать эту реакцию и в хлористом метилене с DCC, еще, вместо DCC используют водорастворимый карбодиимид WCS (правда он дороже).
P.S.
Думаю что и в диоксане реакция пойдет.
Синтез N-гидроксисукцинимида
Диоксан очищенный в наличии имеется, а вот ТГФ-нет. 
Re: Синтез N-гидроксисукцинимида
Да правда, slavert прав, не заворачивайтесь с диоксаном лишний раз. Вообще-то, в этой реакции могут использоваться практически любые растворители не взаимодействующие с DCC. А я где-то даже наблюдал, что реакцию можно проводить и в спирте, правда в безводном. Судя по вашему сленгу (инкубация), Вы какой-то биохимик, занимающийся совокуплением пептидов или чем то подобным. Я прав?Dafna писал(а): Диоксан очищенный в наличии имеется, а вот ТГФ-нет.
Синтез N-гидроксисукцинимидного эфира
Вы действительно угадали. Я пытаюсь прицепить фотоафинную метку к пептиду. Хотела бы сначала потренироваться на модельной системе, в качестве коей и выбрала N-гидроксисукцинимидный эфир хлорбензойной кислоты
Я пытаюсь прицепить фотоафинную метку к пептиду. Хотела бы сначала потренироваться на модельной системе, в качестве коей и выбрала N-гидроксисукцинимидный эфир хлорбензойной кислотыRe: Синтез N-гидроксисукцинимидного эфира
Угадывают в телешоу "Как стать миллионером", а здесь профессиональное чутьеDafna писал(а):Вы действительно угадали.
. А N-гидроксисукцинимидный эфир - это прошлый век по-моему разумению, давно уже есть и более крутые реагенты, например HOBt и т.д. (см каталог Novabiochem)
Синтез N-гидроксисукцинимидного эфира
И чем же так хорош этот крутой реагент, позвольте полюбопытствовать, кроме того, что он, похоже, также садится по аминогруппе? И к сожалению, я не встречала интересующих меня бифункциональных кросс-линкеров с такой функциональной группой
И к сожалению, я не встречала интересующих меня бифункциональных кросс-линкеров с такой функциональной группой Re: Синтез N-гидроксисукцинимидного эфира
Dafna писал(а):И чем же так хорош этот крутой реагент, позвольте полюбопытствовать, кроме того, что он, похоже, также садится по аминогруппе?
Да, он обладает кислыми свойствами и может сесть на аминогруппу пептида когда освободится из эфира, однако, для образования разл. амидов кислот, из кислот с карбодиимидами и низкоосновными аминами он работает великолепно. Простите, совсем забыл про вашу пептидную специфику
. Но там в каталоге есть и его аналоги: BOP, HBTU, TBTU, HCTU и вот, хотя бы аналог вашего NHS (or = HOSu) HONB.С HOBt работал совсем недавно. HOBt дает с кислотами достаточно нестойкие соединения, которые без изоляции тут же in situ надо реагировать с нуклеофилами. При этом у меня полярный продукт-пептид, триэтиламин-гидрохлорид и HOBt падали почти в одну точку (HOBt еще и тянется сильно), так что очиститься хроматографией было невозможно. Сукцинимидный же эфир вроде должен давать стабильные кристаллические соединения, которые можно почистить. И на HPLC легче следить за реакцией.
Wodka trinkt man pur und kalt, das macht hundert Jahre alt!
Поэтому часто и используют водорастворимые карбодиимиды, например WSC. Или наоборот, такие как диизопропилкарбодиимид.Phobos писал(а):Точно, наподобие трифенилфосфиноксида. Вроде весь выпал, а все равно в фильтрате что-то осталось...У нее поганые свойства, она потом и везде тянется в продуктах реакции.
Dafna, часто, когда метят белки, то мечение проводят в воде (в органике ферменты обычно гибнут). Поэтому часто применяют для этих целей сульфосукцинимидные эфиры чего-нибудь. Например, можете сделать сульфосукцинимидный эфир вашей фотоафинной метки, затем смешать в воде ваш пептид с активированным эфиром (pH=8.5 - 9) и получить то, что вам надо.
Если же реакцию мечения можно проводить в органике, то более активными, чем сукцинимидные, являются пентафторфенильные эфиры кислот.
А какие бифункциональные реагенты вас интересуют? Собираетесь метить по C- или N-концу пептида или по внутренним лизинам?
Если же реакцию мечения можно проводить в органике, то более активными, чем сукцинимидные, являются пентафторфенильные эфиры кислот.
А какие бифункциональные реагенты вас интересуют? Собираетесь метить по C- или N-концу пептида или по внутренним лизинам?
Синтез N-гидроксисукцинимидного эфира
Максим, мечение будет проводиться в PBS (метку можно просто растворить предварительно в небольшом количестве DMSO), а меня сейчас интересует предыдущая стадия - получение эфира условной метки и последующая ее посадка на лиганд (мой злощастный пептид).
действительно сульфосукцинимидный эфир был бы отличным выходом, но хлорбензойная кислота очень плохо растворима в воде
Что же касается пептида, так вроде люди до меня проводили подобные реакции с сукцинимидным эфиром в DMF, и никаких заметных разрушений пептида вроде не было замечено.
Меня интересуют агенты, у которых на 1 конце-фотоактивируемая группа, а на другом - группа, способная предпочтительно взаимодействовать с амином. Метить хочу по N-концу. Лизинов в моем пептиде нет, зато вот есть His и Glu. Насколько я поняла, Вы хорошо разбираетесь в вопросах такого плана, может быть Вы знаете, могут ли в этих слабощелочных условиях пойти реакции по этим аминокислотным остаткам? Заранее спасибо.
действительно сульфосукцинимидный эфир был бы отличным выходом, но хлорбензойная кислота очень плохо растворима в воде
Что же касается пептида, так вроде люди до меня проводили подобные реакции с сукцинимидным эфиром в DMF, и никаких заметных разрушений пептида вроде не было замечено.
Меня интересуют агенты, у которых на 1 конце-фотоактивируемая группа, а на другом - группа, способная предпочтительно взаимодействовать с амином. Метить хочу по N-концу. Лизинов в моем пептиде нет, зато вот есть His и Glu. Насколько я поняла, Вы хорошо разбираетесь в вопросах такого плана, может быть Вы знаете, могут ли в этих слабощелочных условиях пойти реакции по этим аминокислотным остаткам? Заранее спасибо.
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 6 гостей