Компьютеры для квантовохимических расчетов

вопросы строения молекул и квантовой химии
Yellow21chem
Сообщения: 25
Зарегистрирован: Вт ноя 23, 2010 11:31 pm

Re: Компьютеры для квантовохимических расчетов

Сообщение Yellow21chem » Вс май 11, 2025 11:40 am

Tonnie Fox писал(а):
Вс май 11, 2025 1:44 am
С другой стороны с недавних пор осваиваю молдинамику и все что связано с in silico (громакс и цп2к) - расчеты в связке проц+видюха намного быстрее проходят, чем на голом процессоре, естественно, чем больше оперативки у карты, тем лучше. (для подобных расчетов недавно специально заказали небольшой кусок кластера с 4 видюхами с 24 ггб оперативки каждая, посмотрим что получится).
Другой вопрос, если ваши 96 ядер - это так называемый суперкомпьютер 2004 года выпуска в каком-нибудь НИИ с кешем у процессоров L3-2мб, то 4080 будет куда лучше всего этого хлама, поскольку в связке проц-видюха в цп2к основную роль играет видюха. А если процессор тредрипер или эпик, то оставьте его в покое в гордом одиночестве.
Спасибо за информацию. 96-ядерный процессор — Epyc 9654. Но пока этот процессор использовался только один, без дополнительного подключения видеокарт для расчетов с CP2K. В последних версиях громакса также используются машинные потенциалы, но расчеты с помощью них пока не дают такого прироста на видеокартах, как хотелось бы. Если я правильно понимаю, что в громакс с CP2K расчеты проводятся в основном на CPU, а электростатика PME в громакс считается на GPU, и из-за этого происходит значительное снижение производительности по сравнению с классической молекулярной динамикой. Но я тестировал это достаточно давно уже, за последний год все могло измениться.

Опыт использования громакса показывает, что при переходе от одной видеокарты к двум и более для классической молекулярной динамики с системами из 100 тысяч и более атомов прирост производительности оказывается незначительным. Возможно, в гибридных расчетах с CP2K важным становится количество используемых видеокарт. Однако я не проводил таких тестов, поэтому не могу с уверенностью утверждать, что расчеты на четырех видеокартах одновременно дают значительный прирост.

Tonnie Fox
Сообщения: 171
Зарегистрирован: Чт май 02, 2013 7:57 pm

Re: Компьютеры для квантовохимических расчетов

Сообщение Tonnie Fox » Вс май 11, 2025 11:35 pm

ну я просто, так сказать, органолептически, заметил, что молдинамика на моих личных скромных ресурсах с гпу считается значительно быстрее в цп2к.
В плане привычной, по крайней для меня, компьютерной химии, я пока скептически отношусь к цп2к, поскольку пока еще не видел адекватной валидации программного пакета и бенчмарков. А потребность довольно простая - m062x/def2-tzvp.
С 4 гпу же хотим баловаться, интересно попробовать метадинамику, хотя бы на простейших реакциях.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 2 гостя