GAMESS эффективность работы

вопросы строения молекул и квантовой химии
Закрыто
Аватара пользователя
Yu/2
Сообщения: 541
Зарегистрирован: Сб ноя 15, 2003 12:33 pm

Re: GAMESS эффективность работы

Сообщение Yu/2 » Пн сен 03, 2007 5:11 pm

Yurii писал(а): Вы в отзыве написали, что это похоже на вранье. Как я понимаю, и господин NORD с Вами солидарен. С точки зренья приверженца gamess этот результат действительно кажется несусветной чушью. Выложите свой адрес. Я Вам его пришлю. Правда там не 1 час, а чуть поболе (еще 1 минута или одна секунда,- точно не помню).
Можно в запакованном виде выложить в exchange. Вверху справа есть ссылочка на exchange.

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 682
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Re: GAMESS эффективность работы

Сообщение Yurii » Пн сен 03, 2007 5:33 pm

Yu/2 писал(а):Можно в запакованном виде выложить в exchange. Вверху справа есть ссылочка на exchange.
Выложил

Аватара пользователя
Yu/2
Сообщения: 541
Зарегистрирован: Сб ноя 15, 2003 12:33 pm

Сообщение Yu/2 » Пн сен 03, 2007 5:59 pm

Посмотрел. Вы ничего не говорили что использовалась симметрия D2h. Я вам приводил пример расчета градиента для С120 без использования симметриии программой PC GAMESS. Это большая разница при таком количестве орбиталек и для такой точечной группы.

Ну да ладно.

Для чистоты эксперимента я попробую посчитать тоже самое PC GAMESS-ом. Воспроизвести результаты точно не получится (потому что Gaussian плохо интегрирует в DFT со стандартными настройками по сравнению с PC GAMESS), но нас ведь интересует время расчета, правда?

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 682
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Сообщение Yurii » Пн сен 03, 2007 6:17 pm

Yu/2 писал(а):Для чистоты эксперимента я попробую посчитать тоже самое PC GAMESS-ом. Воспроизвести результаты точно не получится (потому что Gaussian плохо интегрирует в DFT со стандартными настройками по сравнению с PC GAMESS), но нас ведь интересует время расчета, правда?
Давайте для чмстоты эксперимента заменим B3LYP на RHF, чтобы не было ссылок на низкую точность расчета и т.д. и т.п. Посчитайте и если у Вас получится, сообщите - я по интернету сделаю пересчет. Это займет меньше часа.
Не плохо бы сообщить, на каком "железе" и под какой ОС считаете.

Аватара пользователя
Yu/2
Сообщения: 541
Зарегистрирован: Сб ноя 15, 2003 12:33 pm

Сообщение Yu/2 » Пн сен 03, 2007 6:21 pm

Почему? Gaussian же лучшая в мире программа! :lol:

Ладно, давайте RHF. Стартовая геометрия та же?

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 682
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Сообщение Yurii » Пн сен 03, 2007 6:37 pm

Yu/2 писал(а):Почему? Gaussian же лучшая в мире программа!
Ладно, давайте RHF. Стартовая геометрия та же?
Это Вы стали жаловаться на низкую точность, ну я Вас и пожалел.
Стартовая геометрия моя. И сообщите, пожалуйста, что за "железо" и какая ОС. О лучшей в мире - это вы сочинили. Но то, что gamess - это мощное оружие пролетариев, соглашусь. Уже на Вашем форуме почувствовал на собственной шкуре. Кстати, почему Вы выставили мне -4?
За симметрию можно и -40.

Аватара пользователя
Yu/2
Сообщения: 541
Зарегистрирован: Сб ноя 15, 2003 12:33 pm

Сообщение Yu/2 » Пн сен 03, 2007 7:27 pm

Yurii писал(а):Кстати, почему Вы выставили мне -4?
За преднамеренное, по моему скромному мнению, искажение фактов.

Покажете Ваш метод диагонализации? Поставлю +4. :)

Все, я зарядил расчет и удаляюсь в свой заслуженный отпуск. Через неск. дней я надеюсь оно посчитается и залью в exchange результат. Вы тоже не забудте туда поместить свой, ок?

Marxist

Сообщение Marxist » Пн сен 03, 2007 11:45 pm

Lexx писал(а):Тут сегодня качал книжку о modern computational chemistry, там глава про gamess была, я ее сам пока не читал особо, но в обменник положил.
А можно книжку целиком в обменник или хотя бы ссылку, откуда скачали?

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 682
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Сообщение Yurii » Вт сен 04, 2007 12:03 am

Yu/2 писал(а):Покажете Ваш метод диагонализации? Поставлю +4.
Через неск. дней я надеюсь оно посчитается и залью в exchange результат.
Можете ставить -бесконечность - я не обижусь.
По поводу нескольких дней я оценил Вашу шутку. Но дисковую память по-человечески жалко. Если выдержит и срок гарантии не закончился -советую поменять.
За преднамеренное, по Вашему скромному мнению, искажение фактов Вы мне поставили всего -4. А ведь я выложил input-файл. Думаю, что Вы должны знать, что gaussian по заданной геометрии определяет симметрию рассчитываемой системы. А в нем много совпадающих чисел. Думаю, что нетрудно было догадаться, что смстема симметрична. Ну да бог с ним. Я предвидел Вашу реакцию и поэтому задал такой скромный базис. Теперь, когда более-менее все прояснилось, перейдем к серьезной задаче (ранее я о ней не писал, т.к. Вы бы точно подумали, что это весточка из палаты номер 6 и оценку в -40 баллов я бы точно схлопотал). Я выложил в exchange расчет димера C120 (rhf/6-311g*), т.е. теперь размер базиса удвоился и равен теперь 2160. Время расчета - 7 ч. 42 мин. и 40 с. При это размер rwf файла всего 2.8 GB. И время обращения к дисковой памяти за время расчета равно примерно 12 минутам. Попробуйте ее поставить и можете смело удаляться в заслуженный отпуск. Только Вам потребуетс много десяков GB дисковой памяти, которая будет насиловаться на протяжении всего расчета.
Последний раз редактировалось Yurii Вт сен 04, 2007 9:43 am, всего редактировалось 1 раз.

Аватара пользователя
Lexx
Сообщения: 1205
Зарегистрирован: Пн фев 28, 2005 12:44 pm
Контактная информация:

Сообщение Lexx » Вт сен 04, 2007 9:10 am

Marxist писал(а):
Lexx писал(а):Тут сегодня качал книжку о modern computational chemistry, там глава про gamess была, я ее сам пока не читал особо, но в обменник положил.
А можно книжку целиком в обменник или хотя бы ссылку, откуда скачали?

Код: Выделить всё

http://www.sciencedirect.com/science/book/9780444517197
в названии ошибся...
А я вот паровоз поднимал... Но не поднял.

Nik®
Сообщения: 92
Зарегистрирован: Пн апр 09, 2007 11:58 pm

Сообщение Nik® » Вт сен 04, 2007 2:10 pm

Lexx а можно всю книжку в exchange ?

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 682
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Re: GAMESS эффективность работы

Сообщение Yurii » Ср сен 05, 2007 2:05 pm

IB писал(а):Я крайне далёк от серьёзных познаний в тонкостях квантово-механических рассчетов. Иногда, я пользуюсь ими на уровне, как тут говорилось, "домохозяйки" и совершенно этого не стесняюсь (и это не означает, что я не стараюсь оценить точность своих рассчётов из сравнения с другими модельными рассчетами или сравнением с экспериментальными данными).

Тем не менее, должен отметить, что по форме, высказывания одного из уважаемых знатоков напоминают ведение "религиозных войн", и кроме этого в них постоянно проскальзывает пренебрежение оппонентом. Какой смысл? Даже если возможности Gaussian "в целом" хуже Gamess, это не означает того, что для определённого круга задач первый не может справляться лучше (преимущество каждой из программ на определённых задачах демонстрировалось адептами обоих лагерей неоднократно). Пусть политика Gaussian Inc. ни у кого не вызывает восторга, но сам уровень программы от неё зависит весьма опосредованно.

Не стоит давить оппонента тем, что он ничего не понимает, поддерживает коммерческую политику Gaussian (читай - продался и предал идеи GPL), и закидывать его гневной риторикой. Аргументы получаются почти сплошь ad hominem ("уважаю - не уважаю"). Оппонента этим все равно не переубедишь, а нам, простым смертным, были бы больше интересны реальные факты, а не слоганы. И извините, что заикнулся и помешал светской беседе :).
Спасибо за косвенную поддержку, в том числе и в репутационном вопросе. Что-то мои оппоненты не торопятся выложить в exchange расчеты димера C120, хотя и обещали (я уже давно выложил). Особенно меня интересует расчет gamess'ом для rhf/6-311g* (размер базиса равен 2160). Время моего расчета - 7 ч. 42 мин. и 40 с. При это размер rwf файла всего 2.8 GB. И время обращения к дисковой памяти за время расчета равно примерно 12 минутам (винт весьма посредственный, на хорошем время было бы значительно меьше). Для расчета gamess'ом потребуется много десяков GB дисковой памяти, которая будет насиловаться на протяжении всего расчета. О времени расчета я уже и не говорю. Кроме того для расчета потребуется значительно больше итераций.

Nord
Сообщения: 2227
Зарегистрирован: Сб фев 14, 2004 5:36 pm

Сообщение Nord » Ср сен 05, 2007 2:21 pm

Результаты получены. Но ввиду вашего хамского поведения обсуждать их с Вами я не собираюсь.
Не важно, что о вас говорят современники, важно что о вас скажут потомки

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 682
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Сообщение Yurii » Ср сен 05, 2007 2:31 pm

Nord писал(а):Результаты получены. Но ввиду вашего хамского поведения обсуждать их с Вами я не собираюсь.
Если сложить вместе то, что сказали Вы, то получится хамство в квадрате. Что касается полученных Вами результатов, то Вы их покажите Грановскому, т.к. он мне писал, что такой расчет для gamess'а на одном компе выполнять нельзя. Хотя, как я думаю, и показывать нечего.

Nord
Сообщения: 2227
Зарегистрирован: Сб фев 14, 2004 5:36 pm

Сообщение Nord » Ср сен 05, 2007 2:36 pm

Yurii писал(а):
Nord писал(а):Результаты получены. Но ввиду вашего хамского поведения обсуждать их с Вами я не собираюсь.
Если сложить вместе то, что сказали Вы, то получится хамство в квадрате. Что касается полученных Вами результатов, то Вы их покажите Грановскому, т.к. он мне писал, что такой расчет для gamess'а на одном компе выполнять нельзя. Хотя, как я думаю, и показывать нечего.
Думайте, что Вам будет угодно.
Не важно, что о вас говорят современники, важно что о вас скажут потомки

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 682
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Сообщение Yurii » Ср сен 05, 2007 3:40 pm

Nord писал(а):Думайте, что Вам будет угодно.
Дело не во мне. Дело в многочисленных посетителях форума, большинство из которых, как Вы пренебрежительно заметили, относятся к "домохозяйкам". И результаты расчетов я выложил прежде всего для них, а не для Вас. Думаю, что они имеют право, не смотря на тот низкий статус, в который Вы их облекли, ознакомиться и с полученными Вами результатами.

Marxist

Сообщение Marxist » Ср сен 05, 2007 3:49 pm

Yurii писал(а):
Nord писал(а):Думайте, что Вам будет угодно.
Дело не во мне. Дело в многочисленных посетителях форума, большинство из которых, как Вы пренебрежительно заметили, относятся к "домохозяйкам".
Они не читают эту тему.

Аватара пользователя
Lexx
Сообщения: 1205
Зарегистрирован: Пн фев 28, 2005 12:44 pm
Контактная информация:

Сообщение Lexx » Ср сен 05, 2007 3:50 pm

Nik® писал(а):Lexx а можно всю книжку в exchange ?
К сожалению нет :( Сам ее потерял
А я вот паровоз поднимал... Но не поднял.

Marxist

Сообщение Marxist » Ср сен 05, 2007 3:53 pm

Lexx писал(а):
Nik® писал(а):Lexx а можно всю книжку в exchange ?
К сожалению нет :( Сам ее потерял
94 метра весит. Могу через некоторое время на ифолдер залить (в копилку не влезет).

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 682
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Сообщение Yurii » Ср сен 05, 2007 3:58 pm

Marxist писал(а):
Yurii писал(а):
Nord писал(а):Думайте, что Вам будет угодно.
Дело не во мне. Дело в многочисленных посетителях форума, большинство из которых, как Вы пренебрежительно заметили, относятся к "домохозяйкам".
Они не читают эту тему.
Nord писал о домохозяйках, которые пользуются квантовохимическими расчетами. Полагаете, что он Вас относит к другой категории? Тогда поздравляю Вас с получением ордена "Высшей Расы".

Закрыто

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 7 гостей