Разговор про идеи химических биологов

вопросы современной биологической химии, молекулярной биологии, химической энзимологии и смежных наук
biochem, molbio, chemical enzymology and related discussions for professionals
powerblackout

Сообщение powerblackout » Ср июл 12, 2006 2:53 am

Cherep писал(а): Стюарт Штрайбер считает, что надо спасать combinatorial chemistry и делать drug-like libraries и мочить молекулы налево-направо и смотреть на фенотип, а потом уже разбираться "А что это ТАМ В КЛЕТКЕ было, Винни?" К этой идее он шёл давно (но в какойто мере случайно). В Bioorg Med Chem за 1998 год у него есть некая автобиографтческая статья нна эту тему.
А Кеван подход с "биологического" конца, подгоняя киназу под известный ингибитор. Ну может с небольшими модификациями ингибитора. Эффект тотже самый. Нашли новую киназу. Мутировали. Ввели инъекцию ингибитора - вырубили киназу. Мышь сдохла, выясняем роль киназы. Так примерно?
da

помню я эту статью, читал в 99, правда понял 2% тогда :). Проблема с подходом шрайбера в том, что уже стало понятно особенно в индустрии, что убив много баксов и человеко-часов на синтез 10000....0 молекул, не гарантирует успеха в клинических испытаниях...Я думаю комбинаторика продвинула вперед область а теперь опять встала. Надо ждать пока другой "шрайбер" придумает че нить что обеспечит движение на ближайшие 10 лет...

Сегодня спрашивал по поводу мутации vs knock out. Для knock out берутся эмбрионы, у которых убирается ген (путем там каких то манипуляций из обл. молецулярной генетики) потом идет процесс селекции оплодотворённых knock out клеток, потом они вживляются миши в матку, ждут-с появляется мышонок. Его наблюдают в течении недель и месяцев, например смотрят сколько у него жира (если мало то О обесити) и так далее. ПО времени сделать мышку занимает 6 месяцев.

Проблемы, если у мышки убрать киназу то она может для компенсации upregulate киназу из близкой kinome family, которя будет замещать отсутсвующую киназу. ПОскольку мышка без гена наблюдается и живет в общемто долго то с течением времени она начнет компенсировать недостаток. Так же например некоторые gene deletions are embrionically lethal, т.е. удалил киназу а эмбриoн здох.

Мутантную киназу так же по времени делать. Только вот тут можно (а) не опасаться компенсации, а путем иньекции лекарства киназу заингибировать наблюдать эффект 10 мин, а потом из мышки лекарство само и вымоется с течением времени.

Cherep
Сообщения: 23417
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Сообщение Cherep » Ср июл 12, 2006 3:00 am

А вот у Эллмана работа которая мне очч. понравилась J. Am. Chem. Soc. 2005, 127 , 15521 -15527 (http://dx.doi.org/10.1021/ja0547230)

Cherep
Сообщения: 23417
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Сообщение Cherep » Ср июл 12, 2006 3:23 am

powerblackout писал(а): Я думаю комбинаторика продвинула вперед область а теперь опять встала. Надо ждать пока другой "шрайбер" придумает че нить что обеспечит движение на ближайшие 10 лет...
Да они вечно спорят, помогла комбинаторная химия или нет в уменьшении R&D и времени. Вроде бы есть препараты, которые в 1 и 2 фазах клинических испытаний, и которые были открыты, так сказать, "тупым скринингом", но по-моему, они ожидали большего.

Тогда некоторые умники (в том числе и Шрайбер) почесали репы, "встали и сказали, как отрезали" что тыкать пальцем в небо это глупо, и что библиотеки соединений надо клепать "по правилам" а не "как в голову взбредёт".

Например (классификация моя (в том смысле, что как я это понимал в 2002 году))

(strictly) natural-product structure based
Breinbauer, R.; Vetter, I.; Waldman, H. Angew. Chem. Int. Ed. 2002, 41, 2879-2890.

privileged structures
Nicolaou, K. C.; Pfefferkorn, J. K.; Roecker, A. J.; Cao, G.-Q.; Barluenga, S.; Mitchel, H. J. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 9939.

diversity-oriented synth. of natural-product like
Schreiber, S. L. Science 2000, 287, 1964-1969.

powerblackout

Сообщение powerblackout » Ср июл 12, 2006 4:17 am

Cherep писал(а): Например (классификация моя (в том смысле, что как я это понимал в 2002 году))

(strictly) natural-product structure based
Breinbauer, R.; Vetter, I.; Waldman, H. Angew. Chem. Int. Ed. 2002, 41, 2879-2890.

privileged structures
Nicolaou, K. C.; Pfefferkorn, J. K.; Roecker, A. J.; Cao, G.-Q.; Barluenga, S.; Mitchel, H. J. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 9939.

diversity-oriented synth. of natural-product like
Schreiber, S. L. Science 2000, 287, 1964-1969.
NATURAL-product structure based....privileged structures (coumarins, NATURAL products), diversity oriented synth. of NATURAL-prosduct like....

natural natural natural....;)

ну или второй вариант, брать известный протеин выбрать binding pocket и клепать под него молекулу до упора, благо можно найти много примеров из существующих уже кристаллов. Хотя тоже там сам чёрт ногу сломит, два вещества связываются с одним и тем же binding pocket в nuclear receptor, только вот один агонист а другой антагонист, хотя структуры похожи, поди разберись...так что просто binding event еще ничего не определяет...

Cherep
Сообщения: 23417
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Сообщение Cherep » Ср июл 12, 2006 4:26 am

Они исходят из того, что много targets ещё не известно вообще.

powerblackout

Сообщение powerblackout » Ср июл 12, 2006 4:54 am

Cherep писал(а):Они исходят из того, что много targets ещё не известно вообще.
human genome...human genome, post-genomic era ;)

Cherep
Сообщения: 23417
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Сообщение Cherep » Ср июл 12, 2006 6:28 am

"Хьюман дженом" не равно "Экс-рэй оф таргет"
Human genome не равно validated target, а если при испытаниях target (пусть не известная) в ауте, то тады это лучше, чем просто ген.

Cherep
Сообщения: 23417
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Сообщение Cherep » Пт авг 18, 2006 2:24 am


Аватара пользователя
pH<7
Сообщения: 4236
Зарегистрирован: Ср апр 21, 2004 6:48 pm
Контактная информация:

Сообщение pH<7 » Вт дек 11, 2007 8:33 pm

Ну а вот мнение о комбинаторной химии.
http://orgprepdaily.wordpress.com/2007/ ... combichem/

Мы пришли отсюда. :D
Последний раз редактировалось pH<7 Вт дек 11, 2007 9:53 pm, всего редактировалось 1 раз.
Carpe diem

Cherep
Сообщения: 23417
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Сообщение Cherep » Вт дек 11, 2007 9:35 pm

Это полбеды.
АФАИК, тупой скрининг десятков миллонов банок не привёл за последние 10-12 лет ни к одному полезному* drug-like соединению (хотя чтото вроде до второй фазы клинических испытаний доходило).
Самое прикольное было читать обзорные статьи из двух разных лагерей, то есть традиционной медицинской химии и комбинаторщиков. Такие обзоры частенько появляются в журнале Current Opinion in Chemical Biology.
А. В. Суворов писал(а):Не числом, а умением.
Ну и см. то что написанго выше...

* Оговорюсь, что, возможно, на уровне идей (дальнейших разработок) в чьих-то репах это не так.

Serty
Сообщения: 8177
Зарегистрирован: Пт июл 06, 2007 12:17 pm

Сообщение Serty » Ср дек 12, 2007 11:47 am

pH<7 писал(а):Ну а вот мнение о комбинаторной химии.
http://orgprepdaily.wordpress.com/2007/ ... combichem/
Почитал... Автор заметки по моему преувеличивает сложности КХ. Мне много приходится этим заниматься - отработкой методов КХ(жидкостные методы), и из перечисленных трудностей пока наибольшая - очень низкие т-ры (-78). Технологически... Например названная как сложная, реакция Мицунобо вполне делается при наличии Glove-Box, почти на уровне получения амидов. Хотя конечно умелый выбор ВВ может снизить успешность любой реакции :wink: И с числом возможных шагов я не согласен - делали до 5 вполне успешно(раза 2 :wink: ).

Другое дело насколько это нужно? Вот Cherep пишет о том, что пока ни к чему это особо не привело. Возможно... Но нужно учитывать, что результаты эти относятся к хитам найденным 7-10 лет назад. Тогда еще не очень понимали требований к продуктам. Библиотеки делались с низким разнообразием - что нам стоит перебрать все бензальдегиды :lol: Требования к МВ учитывались, но как покало дальнейшее не достаточно. Сейчас все эти требования крайне ужесточились и продукты выглядят получше. Будущее покажет....

ИМХО, КХ полезна для создания общих библиотек для первичного поиска хитов. Но при этом нужно сильно увеличивать разнообразие, даже жертвуя % успешных синтезов, что упирается в набор исходных ВВ и разнообразие применяемых реакций. Второе, это оптимизация уже найденных хитов - это маленькие библиотеки. In silico? Не знаю, не специалист, но мне кажется, что эти методы пока не слишком надежны.

Но справедливости ради, в прошлом году работал над 5мкМ хитом, и 2 библиотеки вокруг него ничего существенного не дали. До 10нМ удалось довести только фиксировав вращение СО в нужном направлении :wink:
A chemist in Russia or China can make a set of compounds, $3 per compound, 90%+ purified and bottled. A set of 1000 dissimilar compounds that were made individually, pure, is in my opinion more usefull than 10 combichem general libraries with 1000 compounds each.
О чем он пишет? Эти вещества по сути давно тоже сделанные как библиотеки, по сходной химии. Причем еще и с не очень хорошими параметрами по МВ и LogP - иначе их будет трудно выделять. Кто будет ему обеспечивать индивидуальность за такие деньги :shock:

Аватара пользователя
pH<7
Сообщения: 4236
Зарегистрирован: Ср апр 21, 2004 6:48 pm
Контактная информация:

Сообщение pH<7 » Ср дек 12, 2007 12:36 pm

Serty писал(а):Почитал... Автор заметки по моему преувеличивает сложности КХ. Мне много приходится этим заниматься - отработкой методов КХ(жидкостные методы), и из перечисленных трудностей пока наибольшая - очень низкие т-ры (-78). Технологически... Например названная как сложная, реакция Мицунобо вполне делается при наличии Glove-Box, почти на уровне получения амидов. Хотя конечно умелый выбор ВВ может снизить успешность любой реакции :wink: И с числом возможных шагов я не согласен - делали до 5 вполне успешно(раза 2 :wink: ).
Ну он как бы тоже там работал. Я не знаю, маленький ещё. Может у них наверное 10 лет назад такой же оптимизм был? :)
О чем он пишет? Эти вещества по сути давно тоже сделанные как библиотеки, по сходной химии. Причем еще и с не очень хорошими параметрами по МВ и LogP - иначе их будет трудно выделять. Кто будет ему обеспечивать индивидуальность за такие деньги :shock:
Спроси, он отвечает на комментарии. Могу и мыло дать. :wink:
Carpe diem

Cherep
Сообщения: 23417
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Сообщение Cherep » Ср дек 12, 2007 8:59 pm

Serty писал(а):Другое дело насколько это нужно? Вот Cherep пишет о том, что пока ни к чему это особо не привело. Возможно... Но нужно учитывать, что результаты эти относятся к хитам найденным 7-10 лет назад. Тогда еще не очень понимали требований к продуктам. Библиотеки делались с низким разнообразием - что нам стоит перебрать все бензальдегиды :lol:
Ну они уже лет 6-7 назад озадачились, что наверное у них diversity хреновая (Шрайбер). С выше.
Serty писал(а):ИМХО, КХ полезна для создания общих библиотек для первичного поиска хитов. Но при этом нужно сильно увеличивать разнообразие, даже жертвуя % успешных синтезов, что упирается в набор исходных ВВ и разнообразие применяемых реакций. Второе, это оптимизация уже найденных хитов - это маленькие библиотеки.
Да я вобщем с этим не особо спорю... Потенциальных мишеней в клетках гораздо больше чем сейчас известно... Тока так их и искать пока, тупым скринингом... (ну плюс методы биоинформатики).

Аватара пользователя
Vanya Ivanov
Сообщения: 1767
Зарегистрирован: Пн авг 29, 2005 6:40 pm

Re: Разговор про идеи химических биологов

Сообщение Vanya Ivanov » Вс июл 06, 2008 11:30 pm

Коллеги, хаять или хвалить CombiChem дело пустое. Копейку нам за эту химию платят исправно и регулярно и не только за medchem, но и за гербециды - пестициды, жидк криталлы и тд и тп. КХ эволюционизирует как и другие отрасли. Идеи копировать природные соединения стары как и сама химия, хотя введение фильтров в combichem libraries типа "natural likeness" только приветствую. Сейчас пытаюсь планировать библиотеку для "известного рецептора с неизвестной структурой" - столкнулся с проблемой "инертность системы". Я не могу включить просто "полет фантазии" сквозь известные фильтры-ограничители (тип rule of five и тп), так как есть специализация поставщиков билдинг-блоков (ты туда не ходи - ты сюда ходи.. снег башка попадет ..).
Однако продуктивность КХ зависит не только от дизайнера-синтететика-аналитика но и их взаимодействем с биологом HTS на самом раннем этапе. Тесное взаимодействие medchem с bio HTS на начальном этапе разработки библиотеки для снижения обьема работы химиков -> биологов и повышеня вероятности "ожидаемых результатов"
- пытаюсь пробиться по этому пути.
Вывод: Как по спирали возвращаемя к classic medchem, когда химик и биолог почти синхронно чесали репу?

Cherep
Сообщения: 23417
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Re: Разговор про идеи химических биологов

Сообщение Cherep » Пн июл 07, 2008 12:41 am

Vanya Ivanov писал(а):Вывод: Как по спирали возвращаемя к classic medchem, когда химик и биолог почти синхронно чесали репу?
Ещё нужно, чтобы первый понимал язык второго или наоборот. :D

Ответить

Вернуться в «биохимия и молекулярная биология / biochemistry and molecular biology»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 1 гость