Ведение бд результатов
Ведение бд результатов
Добрый день всем. Посмотрел недавно на свалку gjf- и out-файлов, взгрустнул, пошел в яндекс... Спустя часа два был весьма озадачен. Возник вопрос: есть ли в свете программы, способствующие полуавтоматическому ведению базы данных квантовохимических расчетов? Очень уж хочется упорядочить свои файлики, а то по названиям многого не расшифруешь, да и несколько лет назад посчитанное... забывается как-то.
-
Polychemist
- Сообщения: 9726
- Зарегистрирован: Вт дек 21, 2004 11:42 am
Еще раз: программы, способствующие полуавтоматическому ведению базы данных. То есть я так вижу работу программы: скармливаю ей out-файл, мне предлагается сводный список рассчитанных данных, которые надо портировать в базу данных, я выбираю галочкой, что брать, либо что не брать, и подтверждаю выбор. После чего в базу данных заносятся все сведения, которые мне нужно, ну и там попутно - метод, базис, дата и т.д. Естественно, потом я могу получить все эти сохраненные данные в нужном мне ассортименте, проводить сопоставительный анализ, размышлять, на кой я считал эту структуру этим-то методом и тому подобное. Логично, если такая программа будет уметь строить ИК-спектр и показывать собственно структуру молекулы, и даже генерировать входные файлы для нового расчета, если понадобится. Вот такое вот у меня вИдение. Как-то оно у меня не согласуется с любой офисной программой или текстовым редакторомPolychemist писал(а):1. HTML с текстовым редактором
2. Любая офисная программа, куда можно вставлять гиперссылки на всякие там гифы-ауты.
Ну все понятно, значит, такого продукта нет. Жаль, мне казалось, его востребованность очевидна.
-
Marxist
Ну есть программы для ведения химических баз данных, но они обычно понимают формат .sdf. Следовательно, задача сводится к написанию расширения для бабеля, которое заполняет в эсдээфе многие поля, извлекая их из аута. Прсомторщк спектров надо пришивать отдельно.wtiger писал(а):Ну все понятно, значит, такого продукта нет. Жаль, мне казалось, его востребованность очевидна.
-
Polychemist
- Сообщения: 9726
- Зарегистрирован: Вт дек 21, 2004 11:42 am
Re: Ведение бд результатов
Актуальная тема!
Для меня главная проблема - большое количество расчетов, разбросанных по многим машинам и малоинформативные имена файлов (лень бывает каждый раз по человечески называть, хотя метод/базис/тип расчета в названии, как правило, присутствует). Часто бывает, что точно помню, что такую структуру уже считал, но найти, где результаты, уходило много времени. Сейчас у меня это поставлено так.
1. Скрипт каждую ночь ходит по машинам/папкам, где могут быть расчеты, и собирает в одно место выжимки каждого расчета (конкретно - файлы с конечной геометрией (и хим.сдвигами) и энергией), сохраняя структуру поддиректорий. У этой операции еще и бэкапирующая функция.
2. Таких файлов накопилось уже много, 4.5 тысячи. Чтобы среди них найти нужный, есть другой скрипт, который вычисляет и печатает брутто-формулы всех этих молекул. По ним и по названиям файлов (они все же не совсем неинформативные) найти нужное уже легко.
wtiger, ту гипотетическую программу, работу которой Вы описали, реализовать не просто (мне, по крайней мере). Но легко написать скрипт, который будет пробегать по заданный папкам (и их подпапкам), парсить файлы с заданными расширениеми, извлекать из них нужную информацию (как то название файла, брутто-формула, базис и т.п.) и складывать все это дело в файл с полями, разделенными табуляторами, например, чтобы потом содержимое его легко было переместить в Exсel. Если здешнее сообщество решит, что задача актуальна, могу не досуге ею заняться, только образец аута нужен (с гауссианом дела никогда не имел) и что извлекать.
Для меня главная проблема - большое количество расчетов, разбросанных по многим машинам и малоинформативные имена файлов (лень бывает каждый раз по человечески называть, хотя метод/базис/тип расчета в названии, как правило, присутствует). Часто бывает, что точно помню, что такую структуру уже считал, но найти, где результаты, уходило много времени. Сейчас у меня это поставлено так.
1. Скрипт каждую ночь ходит по машинам/папкам, где могут быть расчеты, и собирает в одно место выжимки каждого расчета (конкретно - файлы с конечной геометрией (и хим.сдвигами) и энергией), сохраняя структуру поддиректорий. У этой операции еще и бэкапирующая функция.
2. Таких файлов накопилось уже много, 4.5 тысячи. Чтобы среди них найти нужный, есть другой скрипт, который вычисляет и печатает брутто-формулы всех этих молекул. По ним и по названиям файлов (они все же не совсем неинформативные) найти нужное уже легко.
wtiger, ту гипотетическую программу, работу которой Вы описали, реализовать не просто (мне, по крайней мере). Но легко написать скрипт, который будет пробегать по заданный папкам (и их подпапкам), парсить файлы с заданными расширениеми, извлекать из них нужную информацию (как то название файла, брутто-формула, базис и т.п.) и складывать все это дело в файл с полями, разделенными табуляторами, например, чтобы потом содержимое его легко было переместить в Exсel. Если здешнее сообщество решит, что задача актуальна, могу не досуге ею заняться, только образец аута нужен (с гауссианом дела никогда не имел) и что извлекать.
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 6 гостей