Tinker

[Vsevolod]

Спасибо. Оказалось что OpenBabel тоже это может. (там кстати и тип файла указан - в смысле силовое поле MM2. Думаю что файл можно и для расчетов в ММ3 использовать).

Да первый pdb действительно какой то каличный вышел. Переделал по новой уже лучше.

Структуру правда портит. Надо еще попробовать но зато уже принимает *.xyz

[Vsevolod]

Да а проблемы то остались. Наверно у меня.

Теперь программа пробует запускаться. Но оказывается что там куча неопределенного. Как тут бороться?

[Marxist]

Почему-то у силового поля проблемы с довольно стандартными парами, типа N-H. Вы точно проставили типы атомов того силового поля, которое используете? Вы точно проставили именно те типы, которые идут для Ваших атомов? Надо внимательно посмотреть определения для атомов. Кстати, какое силовое поле? Может, стоит попробовать другое? Или надо где-то надыбать параметры и доопределить силовое поле.

[Vsevolod]

Почему-то у силового поля проблемы с довольно стандартными парами, типа N-H. Вы точно проставили типы атомов того силового поля, которое используете? Вы точно проставили именно те типы, которые идут для Ваших атомов? Надо внимательно посмотреть определения для атомов. Кстати, какое силовое поле? Может, стоит попробовать другое? Или надо где-то надыбать параметры и доопределить силовое поле.

Поле пробовал MM2 (для него кстати и бабель делает перекодировку) или MM3.

Хорошо может там проблема с геометрией. В районе N-H.

[Marxist]

В файле написано, что у Вас неопределённые параметры. Значит, что-то не так с типами атомов или связей. Геометрия там нормальная.

[Vsevolod]

Спасибо. Значит внимательней посмотрю что там с атомами.

[Ahha]

Спасибо. Значит внимательней посмотрю что там с атомами.

Скорее всего, не поможет. Это проблема тинкера, точнее, полей ММ2 и ММ3 в его поставке. Очень многие параметры придется искать. Фактически, "за так" им можно обсчитать только алканы, алкены, спирты, амины, тиолы - в общем, достаточно незамысловатые структуры.

Хотя, в вашем случае можно попытаться, если для начала присвоить амидным протонам тип 28.

[Vsevolod]

Попробую. А если нет тогда что в OPLS пробовать?

[N_A_B]

Хм..
сталкивался так же с этой проблемой.
У меня Тинкер даже для углеводов не мог нормально тип расставить.
Вот белки он нормально во всех испробованных силовых полях понимает и ставит нужные типы атомов( правда пробовал я OPLS OPLSAA и AMBER).
Сразу вопрос-
а подскажите..каким способом Бабель добавляет атомы водорода?
Согласно каким принципам?

[Ahha]

Сразу вопрос-
а подскажите..каким способом Бабель добавляет атомы водорода?
Согласно каким принципам?

А черт ее знает. По-моему, просто по недостающим валентностям. Причем даже кратные связи хорошо понимает (напр. группа С=О остается собой, а не превращается СН-ОН).

[Darth Vasya]

Несколько радикальный метод решения проблемы, но...

...а дался вам этот Тинкер? Интерфейс у него, конечно, удобный, но программа сама довольно медленная + местами не хватает функциональности. Единственное, на мой взгляд, чем он хорош - это поддержка AMOEBA, чего всякие громаксы и намды не имеют...

...так что совет звучит так: "сразу начинайте с чего-то более серьёзного". Громакс вон обещают новый релиз в начале лета

[Marxist]

А Амбера новый релиз два месяца назад вышел Кстати, для Вашего лигаенда очень неплохо подошло бы силовое поле GAFF... Тем более что для него куча contributed параметров есть...

[Marxist]

а подскажите..каким способом Бабель добавляет атомы водорода?
Согласно каким принципам?

Согласно типам атомов и связей, используемому подходу (united-all atom) и химической интуиции создателей. Более того, он умеет более-менее правильно кекулизировать и протонировать для заряженных систем.

[Darth Vasya]

А Амбера новый релиз два месяца назад вышел Кстати, для Вашего лигаенда очень неплохо подошло бы силовое поле GAFF...

Ну вот, решено - громакс ГАФФ тоже поддерживает

[Vsevolod]

Все это хорошо. Про громакс давно думаю. Одно но с Linux знаком только по наслышке.

[Vsevolod]

Спасибо всем. Ребят помогли. Оказалось что и C карбонила был не правильно описан. Так что Tinker запустился.

Теперь поднялся другой вопрос. А нет ли ему альтернативы. В данный момент ситуация такова с Linux не знаком. Можно конечно и эго освоить но это время. В общем длительный проект. А Громакс насколько мне известно под виндовс не работает.

А как с Амбер. Он под чем может работать? А кроме того он разве freeware?

[Marxist]

Теперь поднялся другой вопрос. А нет ли ему альтернативы. В данный момент ситуация такова с Linux не знаком. Можно конечно и эго освоить но это время. В общем длительный проект. А Громакс насколько мне известно под виндовс не работает.

Работает под цигвином.

А как с Амбер. Он под чем может работать? А кроме того он разве freeware?

То же самое. Да, он не бесплатен, но стоит вполне удобоваримых денег (400$, что ли), да и попросить у коллег можно, и ценовая политика для России такая, что могут и бесплатно прислать.
А линукса Вы зря боитесь, если винду смогли освоить, то на освоение линукса уйдёт минут 10.

[Vsevolod]

Могет быть могет быть.

В любом случае спасибо всем за советы. Я думаю даже с Tinkera получить что то можно.

Чегой то он там считает. И что лично меня порадовало есть конформационный анализ. Есть у меня для него одна задачка.