Cофтина для MC

[fullerene]

Нужно посчитать молекулярную жидкость методом Монте-Карло.

Какую софтину посоветуете?

[Darth Vasya]

GROMACS, CPMD - в зависимости от уровня теории. А чем вам молекулярная динамика не угодила - всё то же самое + динамические траектории? Если только umbrella sampling какой нужен, но тут и в МД есть аналогичные методы...

[fullerene]

GROMACS, CPMD - в зависимости от уровня теории.

То ли я слепой, то ли еще что-то, но по сочетанию 'Monte Carlo + gromacs' не нахожу ничего... Где он там?

А чем вам молекулярная динамика не угодила - всё то же самое + динамические траектории? Если только umbrella sampling какой нужен, но тут и в МД есть аналогичные методы...

Для образования студиков...

[Darth Vasya]

Не, громакс для студентов не подойдёт. TINKER?

[fullerene]

Не, громакс для студентов не подойдёт. TINKER?

А разница? Громакс - серьезный инструмент, который в отличии от тинкера, до сих пор развивается.

Насколько я понял, МС в громаксе планируется только в 4 версии.

[Darth Vasya]

4-я версия уже есть на cvs. Громакс студентам не подойдёт, т.к. не юзер-френдли. У тинкера, в отличие от, есть нативные билды под винду и _удобный_ графический интерфейс. Да, он медленнее работает и меньше умеет, но чтобы сделать в громаксе то, что умеет он... в обшем, обыкаетесь

[fullerene]

4-я версия уже есть на cvs.

Вы MC там видели или просто предполагаете, что должен уже быть? По статусу на сайте - TBD.

У тинкера, в отличие от, есть нативные билды под винду и _удобный_ графический интерфейс. Да, он медленнее работает и меньше умеет, но чтобы сделать в громаксе то, что умеет он... в обшем, обыкаетесь

Знаю я тинкер... Нормальная софтина, но до громакса ему далеко. Сейчас почитаю мануал по поводу МС в нем.


Если говорить об оптимальном выборе для обучения, я далеко не уверен, что лучше учить одному, хоть и френдли, если потом придется все равно изучать другое, хоть и не такое френдли. Тогда уж и Hyperchem'овского МД движка хватит, если чисто для ознакомления.
Но это уже отдельный разговор.

[Darth Vasya]

Я, если честно, особо не интересновался МК, тбд оно или не тбд, т.к. не использую В громаксовском спамлисте проскакивало про umbrella sampling, потому и решил, что должно быть. А про ГиперКем это сильно, да

[fullerene]

Сегодня великий день в мире громакса: ftp://ftp.gromacs.org/pub/beta/

[Darth Vasya]

In a bold move today, the Gromacs developers finally decided not to wait for Duke Nukem Forever before releasing Gromacs 4.0, and just put out release candidate 1 together with a new manual at

ftp://ftp.gromacs.org:/pub/beta/

"We realize it could be a big disappointment to many users not having g_dukenukemforever built-in, but sometimes you have to make hard decisions. Had we waited further, we might even have had to release Gromacs 5 before Gromacs 4", an anonymous developer said.