Как PC Gamess добирается до DDR2?

[КВГ]

Добрый день, джентльмены,
не нашел в темах ответа на интересующий вопрос: как PC Gamess берет оперативную память - через ОС или самостоятельно? Напр., Server 2003 Standard сама по себе видит только 4Гб оперативки. Увидит ли PC Gamess всю оперативную память (напр.. 8 или 16, или 32 Гб…), сидя на руках у Server 2003 Standаrd?
Спасибо.

[Nik®]

может через "Physical Address Extension" и Address Windowing Extensions API" ?

Код: Выделить всё

http://en.wikipedia.org/wiki/Address_Windowing_Extension

включить в бивисе режим "РАЕ" ну и софтина должна быть написана с использованием "AWE API", может так ?
а вопрос конечно действительно интересный, по идее все должно видеться до 64 ГБ.

[o-oxhem]

Добрый день, джентльмены,
не нашел в темах ответа на интересующий вопрос: как PC Gamess берет оперативную память - через ОС или самостоятельно? Напр., Server 2003 Standard сама по себе видит только 4Гб оперативки. Увидит ли PC Gamess всю оперативную память (напр.. 8 или 16, или 32 Гб…), сидя на руках у Server 2003 Standаrd?
Спасибо.

Здравствуйте.

32х-разрядное приложение (Gamess) может использовать только (максимально) 4 Гб оперативной памяти.
То, сколько поддерживает операционная система (за счёт внедрения PAE или ещё чего-нибудь такого) не имеет влияния, те 4 Гб оперативной памяти - предел для 32-разрядных приложений.

Можно, конечно, потоки копироват, но это только копии данных. те задача для PC Gamess (и не только) всегда будет представляться как область памяти объёмом 4 Гб.

ps работая на предельной величине (4Гб) можно ощутить некоторую дестабилизацию вычислительного процесса.

[maximum]

Сам недавно интересовался этим вопросом, спросил у Грановского.
По его словам, под Windows PCGamess не может использовать более 2 Гб оперативки, под 32-х разрядным Linux'ом - сильно зависит от конфигурации ядра, а под 64-х - от 3.0 до 3.75 Гб.

[КВГ]

Сам недавно интересовался этим вопросом, спросил у Грановского.
По его словам, под Windows PCGamess не может использовать более 2 Гб оперативки, под 32-х разрядным Linux'ом - сильно зависит от конфигурации ядра, а под 64-х - от 3.0 до 3.75 Гб.

Странно ! Стало быть, лучше мне не слезать с моего 64-битн. Линукса на хваленую Server 2003? Или Гамесс лучше заточен под Server? Есть какие-то преимущества (имеется в виду 64-битная версия)?
И если можно, еще вопросы:
1) как можно подсчитать до запуска расчета необходимый объем оперативки? Я совсем недавно взялся за кванты и мало чего знаю.
В не очень отдаленном будущем у меня объемистые задачи - реакции на поверхности тяжелых металлов (поверхность надо смоделировать приличным кластером). Или исследование структуры двойного слоя вблизи подобной заряженной поверхности (в МД до сих пор не видел подходящих потенциалов) и т.д. А "действующие лица" сидят все больше в 6-ом периоде Таблицы, изредка - в 5-ом.

2) не слышно, как в этом отношении будет себя вести 64-битный Гамесс? По-прежнему индифферентно по отношению к предоставляемым компом "оперативным просторам"? Хорошо бы знать перспективы заранее (хорошие компы не каждый день удается приобретать). А то запасешься оперативкой, а потом только и останется, скуки ради, гонять ее в SQL.

3) А Gaussian отличается в лучшую сторону в этом смысле? А Crystal?

Всем спасибо за прояснение ситуации!

[Nik®]

32х-разрядное приложение (Gamess) может использовать только (максимально) 4 Гб оперативной памяти.
То, сколько поддерживает операционная система (за счёт внедрения PAE или ещё чего-нибудь такого) не имеет влияния, те 4 Гб оперативной памяти - предел для 32-разрядных приложений.

Можно, конечно, потоки копироват, но это только копии данных. те задача для PC Gamess (и не только) всегда будет представляться как область памяти объёмом 4 Гб.

ps работая на предельной величине (4Гб) можно ощутить некоторую дестабилизацию вычислительного процесса.

ну почему же, может, SQL как раз такой пример, который использует и 8 и 16 Гб хотя 32 разрядный

[EvgeniX]

ну почему же, может, SQL как раз такой пример, который использует и 8 и 16 Гб хотя 32 разрядный

В принципе и 32-разрядные кв.-хим. программы можно распараллелить на машине.
Только 64-битный Linux + 64-битная программа будет лучше (т.к. меньше ограничений и больше возможностей).

[КВГ]

ну почему же, может, SQL как раз такой пример, который использует и 8 и 16 Гб хотя 32 разрядный

В общем, хорошо быть юзером 32-битной программы, использующей API. Остается ждать выхода 64-битн. версии Гамесса, там и без API будет где разгуляться.
А другие-то квант.-хим. программы тоже в кандалах?

[КВГ]

В принципе и 32-разрядные кв.-хим. программы можно распараллелить на машине.

И увеличить объем оперативной памяти?

[EvgeniX]

В принципе и 32-разрядные кв.-хим. программы можно распараллелить на машине.

И увеличить объем оперативной памяти?

Формально видимый объём оперативной памяти увеличится (если запустить 2 и больше копии GAMESS, используя всякие MPI), только не понятен положительный эффект от таких экспериментов.

[КВГ]

Формально видимый объём оперативной памяти увеличится (если запустить 2 и больше копии GAMESS, используя всякие MPI), только не понятен положительный эффект от таких экспериментов.

Речь о том, чтобы предоставить в PC Gamess более 2 Гб под одну задачу. Но как я понял, в Гамесс наложено это ограничение в 2 Гб и поделать с этим ничего нельзя?

[EvgeniX]

Формально видимый объём оперативной памяти увеличится (если запустить 2 и больше копии GAMESS, используя всякие MPI), только не понятен положительный эффект от таких экспериментов.

Речь о том, чтобы предоставить в PC Gamess более 2 Гб под одну задачу. Но как я понял, в Гамесс наложено это ограничение в 2 Гб и поделать с этим ничего нельзя?

PC GAMESS может использовать какой-то там WMPI, т.е. 2 и больше процессов GAMESS могут работать на одной задачей.
2 ГБ - это ограничение на один процесс.
Т.е. теоретически на 32-разрядной Windows можно использовать до 4 ГБ ОЗУ (с некоторой потерей производительности).

[Yu/2]

PC GAMESS в зависимости от типа сборки и конфигурации ОС может получить ~3Гб на _один_ процесс. Если физически памяти больше и ось ее может адресовать (сборка x84_64), то можно ее использовать запуская PC GAMESS в параллельном режиме. Подробности на сайте PC GAMESS.

[o-oxhem]

ну почему же, может, SQL как раз такой пример, который использует и 8 и 16 Гб хотя 32 разрядный

В общем, хорошо быть юзером 32-битной программы, использующей API. Остается ждать выхода 64-битн. версии Гамесса, там и без API будет где разгуляться.
А другие-то квант.-хим. программы тоже в кандалах?

Как бы Вам не было больно и обидно. НО
Если программа 32х-разрядная, то предел на задачу один и тот же (4 Гб) - про PAE можете вообще забыть.
И вспомнить про PAE только тогда, когда вдоволь намучавшись с параллелизацией какой-либо программы, Вы начнете запускать несколько разных задач.

Если желаете забыть про лимиты для оперативной памяти, то выбираете программы и операционные системы
с поддержкой 64х-разрядных инструкций (EM64T, AMD64 и т.д.).

PC-GAMESS поддерживает 64-разрядные инструкции, но содержит и 32-разрядные инструкции GAMESS-US.
Итак, Вам остаётся, кроме указанного варианта исп. PC-GAMESS (со всеми проблемами от смеси 64/32)
1) компилировать GAMESS-US на x86-64 (скорее всего именно такой тип вычислительной среды будет у Вас);
2) использовать программу ORCA (для уточнения св-в см. google)
3) купить 64х-разрядный GAUSSIAN (гланое не перепутать поддерживаемые CPU)

PS

ну почему же, может, SQL как раз такой пример, который использует и 8 и 16 Гб хотя 32 разрядный

Если бы всё было так просто, то всё не было бы так сложно ...

Об MPI : не забывайте, что потоки содержат лишь копии данных. А на задачу как выделялось <4Гб (те это её адресное пространство до ~ 4 Гб) - так и выделяется <4Гб. Да, я понимаю, что это горько признавать, когда запасёшься памятью, а тут такое

Адресное пространство ~4Гб - это теор. предел для 32хразрядных приложений, реально из-за несовершенства различных компонент ещё ниже 2,7-3,9 Гб.

иТАК, переход на 64х-разрядные приложение и ОС. Вот новая задача , которую я бы поставил перед собой. И вперёд

ps2 : поверьте человеку, который не один один час и даже не один день потратил на уточнение деталей связанных с указанной Вами проблемой.

[Yu/2]

Об MPI : не забывайте, что потоки содержат лишь копии данных. А на задачу как выделялось <4Гб (те это её адресное пространство до ~ 4 Гб) - так и выделяется <4Гб. :zek: Да, я понимаю, что это горько признавать, когда запасёшься памятью, а тут такое :down:

Это далеко не всегда так. Или лучше сказать что чаще всего это не так просто. Но убеждать не буду. ;)

[КВГ]

Это далеко не всегда так... чаще всего это не так просто

Подвожу для себя некоторые итоги: видимо, надежд особых нет на радикальное решение вопроса. Но покопаюсь на сайте Грановского (этот совет фактически просматривается во всех сообщениях) - может, что-нибудь все же удастся выжать из сочетания 64-битн. архитектуры и 32/64-битного PC Gamess. Жаль, что родной Линукс видит больше памяти: в кои-то веки перепал лицензионный Server 2003 - и на тебе, Линукс его обскакал , по информации maximum.
Всем большое спасибо! Сам бы я в этом не разобрался.

O-oxhem, по вашей наводке поглядел на ORCA. Похоже, это для таких, как я, - "домохозяек", по классификации одной из прошлогодних дискуссий на этом форуме (причем, я не слишком состоятельная домохозяйка и бесплатный софт для меня - подарок). Жаль только, что там пока нет поиска седловых точек (но обещают вскорости). Спасибо.

[Otetz]

Можно поставить виртуальную машину и запускать программу там. Параллельно запускать программу и в реальной машине и в виртуалке. Будет 2 процесса. Так можно использовать всю опреативную память под полезные задачи. Единственное, не уверен, можно ли таким образом обсчитывать одну задачу. Наверняка можно сделать нечто вроде "виртуального класетра". Да и немного РАМ улетит на виртуальную машину. Но там можно оптимизировать до минимума РАМ. Покопайте XEN.

[EvgeniX]

Можно поставить виртуальную машину и запускать программу там. Параллельно запускать программу и в реальной машине и в виртуалке. Будет 2 процесса. Так можно использовать всю опреативную память под полезные задачи. Единственное, не уверен, можно ли таким образом обсчитывать одну задачу. Наверняка можно сделать нечто вроде "виртуального класетра". Да и немного РАМ улетит на виртуальную машину. Но там можно оптимизировать до минимума РАМ. Покопайте XEN.

Зачем такие сложности? Два >процесса можно запустить и на реальной машине.

[Otetz]

Затем, что если 2 процесса запустить на реальной машине, то не будет использоваться весь РАМ. А так... 2 разных операционки 32бит. Каждой выделено определённое количество оперативки. И уже не важно, сколько максимально РАМ PC Gamess может использовать. В каждой машине можно давать для PC Gamess её максимум.

Это общий совет по оптимальному использованию всей оперативной памяти.

[EvgeniX]

Это общий совет по оптимальному использованию всей оперативной памяти.

Общий совет - поставить 64-битную операционную систему.

В вашем же случае - тут просто "обман". 64-битной является главная операционная система - XEN, а на неё уже наворачивают "старьё".