Gaussian vs Dalton

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
radius
Сообщения: 13
Зарегистрирован: Вт окт 28, 2008 8:17 am

Gaussian vs Dalton

Сообщение radius » Вт окт 28, 2008 9:24 am

Расчитывая одну и туже оптимизированною по геометрии молекулу в этих программах на одном уровне расчета (GIAO/HF/6-311+G*)обнаружил различающиеся результаты (0,5%). Различия в базисах или алгоритмах расчета? Как правильно описать эту ситуацию при написании статьи?

Darth Vasya
Сообщения: 426
Зарегистрирован: Чт май 24, 2007 1:54 pm

Re: Gaussian vs Dalton

Сообщение Darth Vasya » Вт окт 28, 2008 9:46 am

"Agreement to within 0.5%" :) А от чего проценты?
Плохо зная грамматику, сложные конструкции должны употребляться с осторожностью.

radius
Сообщения: 13
Зарегистрирован: Вт окт 28, 2008 8:17 am

Re: Gaussian vs Dalton

Сообщение radius » Вт окт 28, 2008 10:09 am

Darth Vasya писал(а):"Agreement to within 0.5%" :) А от чего проценты?
это относительная оценка различия результатов расчета из разных программ, это несильно важно. Важно то, что они существенно различаются и ими нельзя одинаково пользоваться.
Пытаюсь понять почему это различие вообще появилось. Можт базисы 6-311+Г* различаются в этих программах?

Darth Vasya
Сообщения: 426
Зарегистрирован: Чт май 24, 2007 1:54 pm

Re: Gaussian vs Dalton

Сообщение Darth Vasya » Вт окт 28, 2008 12:40 pm

Что именно различается-то? 0.5% чего? Одно дело - длины связей, другое - какой-нибудь там дипольный момент. Различие в 0.5% точно существенное?

А различаться результаты могут по сотням причин: различные входные параметры расчёта (критерии сходимости оптимизации электронной структуры/геометрии и т.д.), различные алгоритмы (численное интегрирование, линейная алгебра и т.д.), детали реализации (a+b не всегда равно b+a и т.д.) - всё что угодно. Так что уточните, пожалуйста, что именно у вас не совпало, лучше прямо с числами и входными файлами. Как говорится, местные телепаты сейчас все в отпуске :)

Кстати, опыт показывает, что результаты, полученные в гауссиане, порой оказываются откровенным мусором...
Плохо зная грамматику, сложные конструкции должны употребляться с осторожностью.

radius
Сообщения: 13
Зарегистрирован: Вт окт 28, 2008 8:17 am

Re: Gaussian vs Dalton

Сообщение radius » Вт окт 28, 2008 1:38 pm

Darth Vasya писал(а):... Различие в 0.5% точно существенное? ...
Ага, существенное различие! В расчет запускаю одинаковую структуру заранее оптимизированную
сторонним методом. Заказываю один и тотже уровень расчета. Попозже постараюсь что-нть конкретное показать, сейчас нет возможности.

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Gaussian vs Dalton

Сообщение VTur » Вт окт 28, 2008 9:55 pm

От Вас спрашивают, во-первых, условия сходимости итерационных процедур. Во-вторых, величины отсечек интегралов. В разных программах они разные. Базисы, по определению, одинаковы.
После отстоя требуйте долива

Аватара пользователя
Lantano
Сообщения: 189
Зарегистрирован: Чт окт 09, 2008 10:35 pm

Re: Gaussian vs Dalton

Сообщение Lantano » Ср окт 29, 2008 11:08 am

VTur писал(а): Базисы, по определению, одинаковы.
Не всегда. Тут тоже возможно различие в некоторых случаях. Например, используются сферические гармоники или нет.
"Если миру не нужен свет - Не беда, проживёт и так.
Если стал не нужен поэт - Не беда, он наймётся в кабак..."

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Gaussian vs Dalton

Сообщение VTur » Чт окт 30, 2008 10:18 pm

Lantano писал(а):
VTur писал(а): Базисы, по определению, одинаковы.
Не всегда. Тут тоже возможно различие в некоторых случаях. Например, используются сферические гармоники или нет.
Это да, но при этом измениться количество базисных функций. И поэтому в декартовых функциях энергия, обычно, ниже.
После отстоя требуйте долива

radius
Сообщения: 13
Зарегистрирован: Вт окт 28, 2008 8:17 am

Re: Gaussian vs Dalton

Сообщение radius » Ср ноя 05, 2008 11:04 am

VTur писал(а):От Вас спрашивают, во-первых, условия сходимости итерационных процедур. Во-вторых, величины отсечек интегралов. В разных программах они разные. Базисы, по определению, одинаковы.
Спасибо за подсказку, где искать. В итоге, различия оказались гораздо выше, чем писал раньше. Считаю по дефолту для реда соединений.
Вот к примеру, GIAO/DFT/b3lyp/6-311+G*. Строю зависимость эксперимент/теория. Получаю в случае Дальтона наклон 1.27, R^2=0.89, а в случае Гауссиана наклон 0.85, R^2=0.64

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2050
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Gaussian vs Dalton

Сообщение amge » Ср ноя 05, 2008 1:40 pm

radius писал(а):Вот к примеру, GIAO/DFT/b3lyp/6-311+G*. Строю зависимость эксперимент/теория. Получаю в случае Дальтона наклон 1.27, R^2=0.89, а в случае Гауссиана наклон 0.85, R^2=0.64
Если Вы считаете хим. сдвиги, то результаты, мягко говоря, не очень хорошие. У меня типичные значения: наклон 1.04 для Н, 1.01 для С; R^2 0.998 ("Природа", DFT/PBE/L2). Не исключено, что выбранные Вами фунуционал/базис не годятся для этой задачи. Не знаю как в гауссиане, но в дальтоне для расчета констант магнитного экранирования есть специализированные базисы (IGLO II, III, IV) и функционалы (KT1, KT2, KT3). Попробуйте их.

radius
Сообщения: 13
Зарегистрирован: Вт окт 28, 2008 8:17 am

Re: Gaussian vs Dalton

Сообщение radius » Чт ноя 06, 2008 10:16 am

amge писал(а):...Не исключено, что выбранные Вами фунуционал/базис не годятся для этой задачи...
Ага, неочень-то подходит DFT/b3lyp/6-311+G*, это лишь для примера насколько програмы дают различное значение.
А считаю химсдвиги для фтора. Спасибо за совет! Сегодня же попробую эти функционалы.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2050
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Gaussian vs Dalton

Сообщение amge » Чт ноя 06, 2008 10:49 am

Думаю, что хим. сдвигов фтора нужен особый подход. Я особо не разбирался, но могу сказать, что обычные методы, превосходно работающие для С и Н, на фторе давали неудовлетворительные результаты. Советую сначала почитать, как рекомендуют считать хим. сдвиги фтора.

radius
Сообщения: 13
Зарегистрирован: Вт окт 28, 2008 8:17 am

Re: Gaussian vs Dalton

Сообщение radius » Чт ноя 06, 2008 11:19 am

amge писал(а):... Советую сначала почитать, как рекомендуют считать хим. сдвиги фтора.
да, есть несколько статей, в которых авторы получают очень хорошие результаты на своих модельных соединениях, но уже на моих объектах их уровень расчета дает плохой результат. Остается самому перебирать, что получше. Кстати, есть подозрение, что причина вовсе не во фторе, а в N, O, Cl, Br, которые тоже есть в моих соединениях.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 19 гостей