Программка для оптимизации геометрии рядов молекул

[amge]

Данная программа, для поиска конформеров, которая была здесь упомянута, потянет ли она металлооргану с переходными металлами? Можно ли как-то проводить в ней поиск конформеров соединений включающие переходные металлы без дополения файлов с силовыми постоянными для переходных металлов (bonds, bends, torsions для всего окружения переходного металла)?
Вообще эта проблема конформационного поиска одна из центальных сейчас в расчетах, хотя как было подмечено, проблема может принести несколько ккал/моль, это не мало.

Нет, эта программа здесь не поможет. Более того, я в ней даже не нашел файла, в который можно было бы вбить дополнительную параметризацию (видимо, зашито в бинарник). К сожалению, так как на богатых конформерами задачах, для которых несколько ккал критичны (например, полимеризация на металлоценах), проблема конформационного поиска действительно будет одной из центральных. Не вижу иного пути, кроме как искать конформеры вручную, а затем (согласен с Marxist'ом) -- кванты (причем не полуэмпирика).

[chemist]

Но чтобы плагинами из меню <Tools> пользоваться, нужна лицензия (академическая -- бесплатно).

Заполнил ихнюю форму, система сказала, что внесла меня в БД, типа ждите сигнала, ждите сигнала, ждите сигнала... Ждем-с .

Так что от напряжений здесь никуда не деться. В чем эти напряжения скажутся? Длины связей и валентные углы в обычных органических соединениях весьма консервативны. Вот расчет и "решает" частично пожертвовать ароматичностью (в конце концов, 36 ккал, или сколько там энегргия ароматичности -- не так много по сравнению с цифрами ниже).

Такое сравнение сродни сравнению температуры тела относительно абсолютного нуля, понижение с 36'C до 25'C - незначительно по сравнению с -270'C, но для теплокровного организма das ist fatal .

А что, разве –(CH2)n-мостики сами по себе не вносят никакого вклада в энергию конечных структур ? Как Вы учитывали эти вклады?

Но ведь эти –(CH2)n-мостики -- и в левой, и в правой частях реакции. Или я не о том?

Это РАЗНЫЕ мостики, в левой части они рапрямлены как хотят, а в правой (в продуктах) - изогнуты как надо

Посчитал еще гипотетическую реакцию, энергия которой, как мне представляется, отражает именно напряженность продуктов А,В. Напряженность получается немаленькая, даже для длинных мостиков:

((HO)₂C₆H₃)₂ + 2 PhO(CH₂)_nOPh = (O(CH₂)_nOC₆H₃)₂ +4 PhOH

Код: Выделить всё

   |      3       4       5       6
---|--------------------------------- 
A  |     95.5    65.6    56.6    37.0
B  |    114.1    94.1    56.3    47.1

Т.е. получается, что рекомендация синтетику - бери только не n=5 и получишь максимальный выход продуктов А? Даже при n=3,4 ? А будут ли жить в этом грешном измерении такие каракатицы и где критерий их живучести? Цифра 37.0 при n=6, конечно, меньше, чем цифра 95.5 при n=5, ну и что? М.б. она вообще должна быть <= 0.5 чтобы товарищ не окочурился .

[chemist]

Глобальный минимум -- это Вы имеете в виду наиболее устойчивый конформер? Гарантированно определить его -- только посчитать все мыслимые конформеры (в рамках здравого смысла, конечно). Но, как я уже говорил, поиск конформеров по ММ как правило и дает самый стабильный. ММ у меня при поиске выдает очень много конформеров (десятки, а то и сотни, не знаю, это особенность вообще ММ или конкретной программы). Но на самом деле целые группы из этих десятков на вид очень похожи и в квантовой химии дают одно и то же (а иногда и не похожие дают одно и то же, пример -- ниже). Так что обычно все сводится к расчету нескольких (в тяжелых случаях -- до десятка) конформеров. Конечно, это головная боль -- расчетов то ровно во столько раз больше, сколько конформеров попробовано.

Т.е. поиск глобального минимума (самого устойчивого конформера) - скорее искусство, чем наука?

Но я то имел в виду именно конформер А, у которого метиленовые мостики с разных сторон плоскости "ароматических" колец бифенила ("ароматических" -- в кавычках, потому что им там совсем плохо, больше циклогексан напоминают ).

Вот это-то и подозрительно, т.к. бензольная ароматичность - крепкая штука, это чувствуют химики-практики, а плетью обуха не перешибешь

Этот конформер, кстати, при попытке оптимизации его в DFT, не "выжил" и благополучно скатился в первоначальный, который на картинке.

У дифенила плоскости бензольные кольца повернуты относительно друг-друга на 45 градусов, а у Вас они почему-то загнаны в одну (изогнутую) плоскость

[Marxist]

Т.е. поиск глобального минимума (самого устойчивого конформера) - скорее искусство, чем наука?

Конечно

Вот это-то и подозрительно, т.к. бензольная ароматичность - крепкая штука, это чувствуют химики-практики, а плетью обуха не перешибешь

Что значит чувствуют? В обычной химии всё понятно, а вот когда начинаются напряжённые структуры -- там уже приключенческий роман с картинками.

У дифенила плоскости бензольные кольца повернуты относительно друг-друга на 45 градусов, а у Вас они почему-то загнаны в одну (изогнутую) плоскость

Это вполне разумный результат. Барьер вращения в дифениле вроде бы достаточно небольшой и вполне съедается при таких энергиях

[amge]

А что, разве –(CH2)n-мостики сами по себе не вносят никакого вклада в энергию конечных структур ? Как Вы учитывали эти вклады?

Но ведь эти –(CH2)n-мостики -- и в левой, и в правой частях реакции. Или я не о том?

Это РАЗНЫЕ мостики, в левой части они рапрямлены как хотят, а в правой (в продуктах) - изогнуты как надо

Безусловно так. Я и стремился прийти к реакции
ненапряженный_бифенил + ненапряженные_мостики = напряженный_бифенил_с_напряженными_мостиками.
Если Вы имеете в виде отделить напряженность мостиков от от остальных типов напряженности в продукте, то я не знаю, как это сделать, да и зачем?

Т.е. получается, что рекомендация синтетику - бери только не n=5 и получишь максимальный выход продуктов А? Даже при n=3,4 ? А будут ли жить в этом грешном измерении такие каракатицы и где критерий их живучести? Цифра 37.0 при n=6, конечно, меньше, чем цифра 95.5 при n=5, ну и что? М.б. она вообще должна быть <= 0.5 чтобы товарищ не окочурился .

Насчет n=5. Тоже не факт, что не получится А в этом случае. Дело в том, что расчет запросто может ошибаться на пару-тройку ккал, а для химии это много (например, если два продукта, различающихся по энергии на 2 ккал, образуются в условиях термодинамического контроля, то их соотношение будет ~ 97:3). Слишком мала разница между А и В в случае n=5, чтобы делать выводы. Вот если бы они различались хотя бы на 5 ккал...

Про живучесть. IMHO, напряженность 30..50 ккал и даже больше-- не страшно (если, конечно у продукта нет легкого пути превратиться во что-то более стабильное, а, вроде, нет). Вон бензол Дьюара, почти на 80 ккал выше бензола (расчет), и ничего, вполне стабилен (по крайней мере, гексаметильный аналог).

[chemist]

Т.е. поиск глобального минимума (самого устойчивого конформера) - скорее искусство, чем наука?

Конечно

Ну вот и приплыли . Критериев оценки достоверности расчетов нет (см. выше), нужный результат подгоняется искусственно... И это в то время как все передовое человечество уже летает на Марс...

Вот это-то и подозрительно, т.к. бензольная ароматичность - крепкая штука, это чувствуют химики-практики, а плетью обуха не перешибешь

Что значит чувствуют? В обычной химии всё понятно, а вот когда начинаются напряжённые структуры -- там уже приключенческий роман с картинками.

А то и значит, что любой химик-практик рассматривает бензольный ароматический цикл как твердыню, которую не разрушают никакие реакционные страсти (не считая горчих частиц типа карбенов, нитренов и пр., а также излучений). Что бы в колбе не происходило, гипотезу о деароматизации рассматривают в последнюю очередь и это правильно .
А откуда взяться напряженным структурам в штатной реакции SN2 ? Это уже не реалистический роман получается, а "фэнтэзи", т.е. произведение-жвачка для ума, густо приправленное синтетическими ароматизаторами . Нет братцы расчетчики, нужна картина в более реалистичном стиле

М.б. я, конечно, запудрил мозги всем присуствующим, нарисовав структкры только с n=3-6, на самом же деле, возможно, стабильные структуры А (стабильные при н.у. ) начинаются где-нибудь там начиная, скажем, с n=12 ? Дико извиняюсь, дьякон в ЦПШ вообще такому не учил .

У дифенила плоскости бензольные кольца повернуты относительно друг-друга на 45 градусов, а у Вас они почему-то загнаны в одну (изогнутую) плоскость

Это вполне разумный результат. Барьер вращения в дифениле вроде бы достаточно небольшой и вполне съедается при таких энергиях

Сорри, я не точно выразился - имел в виду не столько угол между плоскостями, сколько несоосность циклов, т.е. "банановость" сигма-С-С-связи, соединяющей бензольные циклы.

[chemist]

Я и стремился прийти к реакции
ненапряженный_бифенил + ненапряженные_мостики = напряженный_бифенил_с_напряженными_мостиками.
Если Вы имеете в виде отделить напряженность мостиков от от остальных типов напряженности в продукте, то я не знаю, как это сделать, да и зачем?

Вот те на . Как это зачем . Откуда возьмутся напряжения в кондовой реакции SN2 ? Напряжения Вы нафантазировали, ИМХО, под влиянием моих, возможно в корне неправильных (с потолка) n=3-6.

Насчет n=5. Тоже не факт, что не получится А в этом случае. Дело в том, что расчет запросто может ошибаться на пару-тройку ккал, а для химии это много (например, если два продукта, различающихся по энергии на 2 ккал, образуются в условиях термодинамического контроля, то их соотношение будет ~ 97:3). Слишком мала разница между А и В в случае n=5, чтобы делать выводы. Вот если бы они различались хотя бы на 5 ккал...

Дело ясное, что дело темное . Как с цыганкой:
- Мария погадай: разбогатею ли я в этом году?
- (Разбросив карты). Видишь как они легли, бриллиантовый: не факт, что не разбогатеешь! Позолоти ручку, яхонтовый...

Про живучесть. IMHO, напряженность 30..50 ккал и даже больше-- не страшно (если, конечно у продукта нет легкого пути превратиться во что-то более стабильное, а, вроде, нет). Вон бензол Дьюара, почти на 80 ккал выше бензола (расчет), и ничего, вполне стабилен (по крайней мере, гексаметильный аналог).

Так ведь Дьюара и синтезируют, считай, в горниле, а не на грядке .

[VTur]

Т.е. поиск глобального минимума (самого устойчивого конформера) - скорее искусство, чем наука?

Зависит от мощности вашего арифмометра. Если есть экспериментальные данные по структуре, то лучше отталкивать от них.

[chemist]

Т.е. поиск глобального минимума (самого устойчивого конформера) - скорее искусство, чем наука?

Зависит от мощности вашего арифмометра. Если есть экспериментальные данные по структуре, то лучше отталкивать от них.

Нету экспериментальных данных, эти штучьки пока еще не синтезированы . СуперАрифмометр, в принципе, не проблема, только надо ли бабахать по воробьям из мортиры? А можно ли оттолкнуться от РСА дифенила?

[amge]

Уважаемый chemist!
Только сейчас прошло в голову, что в расчетах я допустил серьезную методическую ошибку. Ваша реакция ведь наверняка многостадийная -- замещение одного хлора на OAr на каждой стадии, и, надеюсь, необратимая. Если так, то конечный результат (A vs. B) будет определять стадия, на которой будет замыкаться первый мостик (место замыкания второго мостика будет уже жестко задано). (Молчаливо предполагаем, что барьер реакции будет следовать устойчивости продукта.) Поэтому оценивать напряжение нужно было не в продуктах А,В, а в их предшественниках, например, по реакции:
(HO)₃(O(CH₂)_nCl)C₁₂H₆ = (HO)₂(O(CH₂)_nO)C₁₂H₆ + HCl
Либо, чтобы по возможности учесть сольватационные и прочие влияния:
(HO)₃(O(CH₂)_nOAr)C₁₂H₆ = (HO)₂(O(CH₂)_nO)C₁₂H₆ + ArOH (ArOH = резорцин, например)
В связи с этим -- какие-либо выводу из предыдущих результатов делать преждевременно.
Если Вы еще не разочаровались в расчетах окончательно, позже могу обсчитать и эти реакции.

[chemist]

Уважаемый chemist!
Только сейчас прошло в голову, что в расчетах я допустил серьезную методическую ошибку. Ваша реакция ведь наверняка многостадийная -- замещение одного хлора на OAr на каждой стадии, и, надеюсь, необратимая. Если так, то конечный результат (A vs. B) будет определять стадия, на которой будет замыкаться первый мостик (место замыкания второго мостика будет уже жестко задано). (Молчаливо предполагаем, что барьер реакции будет следовать устойчивости продукта.) Поэтому оценивать напряжение нужно было не в продуктах А,В, а в их предшественниках, например, по реакции:
(HO)₃(O(CH₂)_nCl)C₁₂H₆ = (HO)₂(O(CH₂)_nO)C₁₂H₆ + HCl
Либо, чтобы по возможности учесть сольватационные и прочие влияния:
(HO)₃(O(CH₂)_nOAr)C₁₂H₆ = (HO)₂(O(CH₂)_nO)C₁₂H₆ + ArOH (ArOH = резорцин, например)
В связи с этим -- какие-либо выводу из предыдущих результатов делать преждевременно.
Если Вы еще не разочаровались в расчетах окончательно, позже могу обсчитать и эти реакции.

Меня трудно разочаровать, но можно очаровать . Рад, что Вы постепенно врубаетесь в суть моей задачи, Ваши рассуждения уже ближе к истине, ИМХО, главное чтобы Вы не потеряли интерес. Буду признателен, если выберете время и посчитаете уже на основе этой концепции. Единственное, мне как-то не по себе, когда вижу искореженные ароматические циклы, страх и ужас берет . И потом, у реакционной системы есть много куда более выгодных путей превращения, чем к продуктам с ненормативной ароматикой .
Жду новых отрытий чудных .

[Upstream]

К математике я всегда относился серьёзно и уважительно. Но к мат прогнозам в области строения молекул любого толка отношусь скептически. После триумфального прокола с одно и двухкоординированным фосфором. Примерно во времена, когда пророчествовал Малликен, несколько мэтров/гуру дружно насчитали: ну не могут такие молекулы существовать НИ РАЗУ, И ВСЁ ТУТ!. И похерили это направление лет почти на десять. А ещё через двадцать лет этих "абсолютно невозможных" соединений набралось на целый том Губен-Вейля. Аналогичную "расчётную свинью" подложили теоретики и в случае с фосфиренами и фосфирениевыми солями, которым было отказано в праве на жизнь после первых неудачных попыток их синтезировать.
Я к тому, что бурное обсуждение этой темы, равно как и серьёзные теоретические ожидания уважаемого коллеги chemist-а у меня вызывают недоумение. Одно дело гладко интерпретировать факты, а другое дело - прогнозировать непознанное в численном выражении. С какой стати нам ждать каких-то откровений и неожиданностей от расчёта? Очевидно, что любые модельные представления можно облачить в диффуры и в тройные интегралы ... (по замкнутому кругу) и всю жизнь считать и улучшать сходимость, держась подальше от колб и реальной химии, как учил Малликен. И задним числом многое объяснить и обнаружить приличное согласование с экспериментом. И будет Вам щастие и вечный кайф. Не говоря уже о бесчисленных статьях, напичканных высокохудожественными фотками молекул. Ну, лепота! Не спорю. Но меня отрезвляет тот факт, что нарисовать такие картинки после проведения "оптимизации геометрии рядов...", докинга, и т.д. сегодня может любой вьетнамский мальчик, поимевший нужное ПО и ПК.
Каким бы сложным и убедительным ни был расчёт, он есть лишь функция от наших модельных представлениях о молекулах. "Резонансные стрелочки в ангстрёамх."
Если мы не научились предсказывать погоду - по результатам десятков измерений с ясным физическим смыслом, то чего можно ждать от предсказаний тонких различий на сумеречном молекулярном уровне? Особенно если учесть, что плацебо достоверно проявляет ненулевую активность, а любой дебил чисто статистически прав в 50% случаев.
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
If you put garbage in a computer nothing comes out but garbage. But this garbage, having passed through a very expensive machine, is somehow ennobled and none dare criticize it. [Anonymous, the author of the program "Quotes"]

[Marxist]

Но меня отрезвляет тот факт, что нарисовать такие картинки после проведения "оптимизации геометрии рядов...", докинга, и т.д. сегодня может любой вьетнамский мальчик, поимевший нужное ПО и ПК.

Эх, знали б вы, что пишут вьетнамские мальчики... мало иметь ПО и ПК, надо мозги иметь

Если мы не научились предсказывать погоду - по результатам десятков измерений с ясным физическим смыслом, то чего можно ждать от предсказаний тонких различий на сумеречном молекулярном уровне?

Как не научились? 90%, ЕМНИП. Погода на завтра предсказывается ещё лучше. Другое дело, что в СМИ обычно публикуют вчерашние прогнозы.

[chemist]

К математике я всегда относился серьёзно и уважительно. Но к мат прогнозам в области строения молекул любого толка отношусь скептически. После триумфального прокола с одно и двухкоординированным фосфором. Примерно во времена, когда пророчествовал Малликен, несколько мэтров/гуру дружно насчитали: ну не могут такие молекулы существовать НИ РАЗУ, И ВСЁ ТУТ!. И похерили это направление лет почти на десять. А ещё через двадцать лет этих "абсолютно невозможных" соединений набралось на целый том Губен-Вейля. Аналогичную "расчётную свинью" подложили теоретики и в случае с фосфиренами и фосфирениевыми солями, которым было отказано в праве на жизнь после первых неудачных попыток их синтезировать.

Это были белезни роста, надо понимать, всяко бывает &copy; Formalinium . Думаю, что пришла пора спросить уже остепенившихся коллег-расчетчиков: а куда вы, умудренные большими интегралами и циклами (программными, а не гетеро-циклами ) ведете следующее поколение супергениальной молодежи? Впереди-то хоть светло или совсем темно? Ну и как-то повысить отвественность за содеянное (или несодеянное, но съеденное ) хоть разработкой общих требований, хоть созданием гильдии, хоть еще как-нибудь .

Я к тому, что бурное обсуждение этой темы, равно как и серьёзные теоретические ожидания уважаемого коллеги chemist-а у меня вызывают недоумение.

Каюсь, уважаемый коллега Upstream, что дошел вот до такой жизни . Но вот представьте себе на минуточку, что стоит перед лабой такая задача, один синтез идет 2-3 месяца и угробляется на это дело несколько десятков килозелени . И с чего бы Вы начали, чтоб к концу проекта не пойти по миру? С n=3? Или с n=6? Или вообще с n=12? Как-то ж надо зацепиться хоть за что-нибудь, иначе прямо из широких палат придется уйти в коморку писаря/толмача/управдома

Одно дело гладко интерпретировать факты, а другое дело - прогнозировать непознанное в численном выражении. С какой стати нам ждать каких-то откровений и неожиданностей от расчёта?

А от кого ждать? Чтоб родить ребенка, нужна женщина, какая б она не была, других вариантов Бог не дал . Нет, но мы можем пойти к шаману или к цыганке, но что от них толку, они ж рожать не будут .

Очевидно, что любые модельные представления можно облачить в диффуры и в тройные интегралы ... (по замкнутому кругу) и всю жизнь считать и улучшать сходимость, держась подальше от колб и реальной химии, как учил Малликен. И задним числом многое объяснить и обнаружить приличное согласование с экспериментом. И будет Вам щастие и вечный кайф.

Не, всю жизнь не катит! Результат должен быть неопровержимым и единственно верным (не обязательно гениальным, с этим делом проблем нет), Акт принял - Акт сдал и ФСЁ - пользуйся всю жизнь как добротным квартальным отчетом А насчет того, что не у горнила, дык кому как поперло по жизни, мне лично нравится возле тяги, чтоб самому видеть все воочию . И на бухгалтеров в конторе не обижаюсь, если обсчитывают (слово то какое, Господи прости ) точо и в срок

Не говоря уже о бесчисленных статьях, напичканных высокохудожественными фотками молекул. Ну, лепота! Не спорю. Но меня отрезвляет тот факт, что нарисовать такие картинки после проведения "оптимизации геометрии рядов...", докинга, и т.д. сегодня может любой вьетнамский мальчик, поимевший нужное ПО и ПК.

Ну, это надо воспринимать как джаз . А чернокожие мальчики, как известно, жгут в этой музыке только так . Думаю, что после многодневоного сидения на одном и том же стуле нашим расчетным коллегам не грех хоть какую-то красоту в утешение лицезреть, иначе ж можно с резьбы сорваться от однообразия . НО. Надо отличать красоту истинную и ложную, напускную. . Химеру тоже можно разукрасить, нарядить и вроде бы ничего барышня, а как под исподню -... п_у_с_т_о_т_а .

Каким бы сложным и убедительным ни был расчёт, он есть лишь функция от наших модельных представлениях о молекулах. "Резонансные стрелочки в ангстрёамх."

Ну да, как и литература, музыка, искусство - наше модельное представление о Бытии . Главное, чтоб оно было без богонеугодных извратов .

Если мы не научились предсказывать погоду - по результатам десятков измерений с ясным физическим смыслом, то чего можно ждать от предсказаний тонких различий на сумеречном молекулярном уровне?

Англики уже как лет пять имеют возможность официально подавать в суд на свое синоптическое ведомство и после успешно выигранных дел (особенно аэропортами с их большими убытками), говорят, предсказательная способность этой конторы сразу резко повысилась и теперь они впереди всея Европы.

Особенно если учесть, что плацебо достоверно проявляет ненулевую активность, а любой дебил чисто статистически прав в 50% случаев.

Ну, это тривиальный (но реальный!) парадокс, от него не спрячешься .

If you put garbage in a computer nothing comes out but garbage. But this garbage, having passed through a very expensive machine, is somehow ennobled and none dare criticize it. [Anonymous, the author of the program "Quotes"]

А вот это должно быть переведено на русский язык и служить тестом на суперпсевдогениальность всего нашего брата

[VTur]

Хороших термодинамических расчетов крайне мало. Дело это долгое, требуется опыт и мозги надо иметь. Обычно расчеты приводятся как приправа к эксперименту. Тут можно извращаться, как хочешь. Рецензирую-то эксперимент.

Базисы берут, как бог положит, метод то же любой.
Видел расчеты кластеров и водородных взаимодействий с помощью обычного Хартри-Фока.

[chemist]

Хороших термодинамических расчетов крайне мало. Дело это долгое, требуется опыт и мозги надо иметь. Обычно расчеты приводятся как приправа к эксперименту. Тут можно извращаться, как хочешь. Рецензирую-то эксперимент.

Как приправа - это в диссертацию, чтоб остатки мозгов членам Ученого Совета запудрить, а если дело не в ней? И вообще существуют ли за всю историю расчетной химии хоть одна статья, в которой сначала рассчитали, а потом синтезировали точно по этим расчетом, т.е. как в технике - сначала точный чертеж с деталировкой, а потом - изгтовление компектующих и сборка? Только чтобы без передергиваний и извращений

Базисы берут, как бог положит, метод то же любой.
Видел расчеты кластеров и водородных взаимодействий с помощью обычного Хартри-Фока.

Понятно. Бардак в танковых частях . Надо менять броню

[VTur]

Не знаю. Я статьи по химии не читаю.

[chemist]

Не знаю. Я статьи по химии не читаю.

Дык Вам, как к.ф.-м.н.-у, и не надо. Я тоже физ.-мат. журналы не читаю, а толку-то, все равно ни шиша не петрю . Это я задавал вопрос больше ко всей расчетно-химической общественности, мож кто знает/помнит. Припоминается что-то насчет кубана или додекаэдрана, коии в силу высокой степени симметрии обладают очень простыми гамильтонианами (или как их там?), в результате чего их спектры были сначала рассчитаны, а потом, уже после синтеза, измерены и в точности совпали. Так был же порох в пороховницах и может его таки не растеряли в погоне за смазливыми химерками

[Himera]

Вся эта дискуссия в очередной раз приводит меня к мысли о том, что всех экспериментаторов нужно в принудительном порядке усадить за компьютеры, а всех расчётчиков, в свою очередь, отправить заниматься экспериментом. И до тех пор, пока одни и те же люди не будут владеть разными техниками, прогресса не будет, а будет вот эта странная дискуссия с рассуждениями о том, что "синтезировали точно по этим расчетам", а что -- не точно.

К сожалению, многие до сих пор не понимают, что любое моделирование -- этот метод исследования реальных объектов, который при грамотном подходе даёт кучу полезной информации, необходимой для понимания происходящего, а при подходе "в лоб" даёт предсказания, который не сбываются. Совершенных предсказаний никогда не было и никогда не будет -- есть только то, что данный конкретный метод может сказать о данной конкретной молекуле (никто ведь не ждёт от ИК точных межатомных расстояний и абсолютных конфигураций, правда?). Расчётные методы предназначены для получения конкретных цифр (энергий, распределений электронной плотности и т.д.), и это особенно полезно в тех случаях, когда цифру нельзя достать из эксперимента. Предсказательные возможности, разумеется, тоже есть, но это результат интуиции и хорошего понимания происходящего. Задачи о реальных химических реакциях не решаются точно, поскольку, как уже отмечали выше, кроме термодинамики есть ещё и кинетика, и вообще всё самое интересное происходит в неравновесных условиях.

[Marxist]

Если рассматривать чисто с синтетической точки зрения, то там, где синтез очевиден, рассчитывать ничего не надо. Для этих систем имеет смысл только спектры предсказывать, но это в значительной степени статистика (если это не state-of-the-art-предсказание спектра принципиально нового сложного соединения) и рутинные предсказания. А вот там, где существуют проблемы с устойчивостью или надо анализировать путь реакции, то там без серьёзного расчёта и анализа никуда.
Проблема научной литературы в том, что в ней докладывают только о положительных результатах. А если сварить что-то не удастся, писать об этом не будут.