PCGAMESS&СКИФ как подружить?

[iskariot]

Долго смеялся. Проблемы тут, очевидно, не в PC GAMESS, а в самом СКИФе. Другие программы тоже вылетают (Priroda, CPMD). Я уже устал от постоянного глюка и в итоге фактически отказался от СКИФа. А сначала так заманчиво все звучало...

Может быть. Просто слова админа. За что купил, за то и продаю

По поводу жестких дисков: т.к. когда расчет проводился с использованием дискового пространства на узлах, кластер вешался полностью (схема была такая же), то было выделено отдельное хранилище с 400 гб. Вроде должно хватать.

Опять же, тот же самый PC GAMESS на доморощенном кластере считает как часы. Без всяких глюков.

Такое наблюдал, когда пропускной способности коммуникационной среды не хватало (дисковые ресурсы были в виде NFS).

Может быть и так. Но заявляются то высокие мощности...

А в чём проблема подёргать Грановского?

Еще бы вопрос корректно сформулировать. Форум читал, похоже подобной проблемы не было.

И еще один момент. После прекращения расчета (задача удалялась из очереди), долгое время поставить следующий расчет не удается из-за отсуствия связи с узлами. Админ по этому поводу жаловался, что даже после снятия задачи она продожает выполняться на узлах. Короче, глюки полные...

[EvgeniX]

И еще один момент. После прекращения расчета (задача удалялась из очереди), долгое время поставить следующий расчет не удается из-за отсуствия связи с узлами. Админ по этому поводу жаловался, что даже после снятия задачи она продожает выполняться на узлах. Короче, глюки полные...

Опять же, такое бывает, когда коммуникационная среда забита (что обычно происходит, когда на отдельных узлах нет жёстких дисков).

[iskariot]

Ну и тем не менее, методы решения проблемы есть? И какие?
Бодаться с администратором или каким-то образом системные настройки изменить?

[EvgeniX]

Ну и тем не менее, методы решения проблемы есть? И какие?
Бодаться с администратором или каким-то образом системные настройки изменить?

Написать открытое письмо, что кластеры создают только для галочки (осваивают деньги). Языком чешут много, а как реально поработать на кластере нужно, тогда всплывают разные криворукости "хозяев" кластеров.

И вот сюда можно капнуть: http://www.lenta.ru/conf/tkomp/

[Marxist]

Написать открытое письмо, что кластеры создают только для галочки (осваивают деньги). Языком чешут много, а как реально поработать на кластере нужно, тогда всплывают разные криворукости "хозяев" кластеров.

Это будет типичным враньём. Вообще говоря, если разработчик поставляет программу в precompiled-версии, то за глюки её отвечает тоже разработчик, потому что клиент бороться с ними не может в силу закрытости кода.

[EvgeniX]

Это будет типичным враньём.

Это не есть враньё и не надо...

[Marxist]

Если бы кластеры простаивали -- это было бы освоение денег. Они не простаивают и работают на полной загрузке. Значит, это не освоение денег. Значит, ваше утверждение является ложью.

[iskariot]

Наш кластер редко бывает загружен более чем на 10%. Основную загрузку даю я с расчетами. С расчетами дело не клеится... Вот и получается, что он простаивает

[Marxist]

Мне кажется, здесь могут помочь две вещи. Во-первых, уже упомянутое выше терзание Грановского, а во-вторых, при таких комфортных условиях вы можете писать себе такие мэшинфайлы, какие вам заблагорассудится. Посоветуйтесь с администрацией на тему оптимальной архитектуры расчёта, чтоб ничего не пересекалось и не было сложных разделений. Возможно, надо запускать на меньшем числе процессоров. Оно же написано так, чтобы отожрать все доступные ресурсы, из-за чего работать на персоналках во время серьёзного расчёта нельзя
Кстати, доморощенный кластер у вас беовульф?

[iskariot]

Нет. Кластер этот вообще у коллег в Барнауле. Просто на базе парочки компьютерных классов.
И попробую потерзать Грановского. М.б. что-нибудь посоветует...
Условия-то комфортные, да вот опыта маловато. Поэтому еще и себя приходится несколько раз проверять, чтобы исключить свою ошибку. Так получилось, что до этого все в G98 считали на персоналках. Ну раз уж появились возможности освоить большие вычислительные мощности, приходится спешно разбираться с GAMESSом.

[Marxist]

Нет. Кластер этот вообще у коллег в Барнауле. Просто на базе парочки компьютерных классов.

Интересно, что можнео сделать на такой базе, кроме беовульфа.

[EvgeniX]

Если бы кластеры простаивали -- это было бы освоение денег. Они не простаивают и работают на полной загрузке. Значит, это не освоение денег. Значит, ваше утверждение является ложью.

Не факт, что если кластеры загружены, они делают что-то полезных.
Много квантовых химиков комфортно считает на кластерах? Какова их доля от всех расчётчиков?

Значит вы врёте.

[VTur]

Наш кластер редко бывает загружен более чем на 10%. Основную загрузку даю я с расчетами. С расчетами дело не клеится... Вот и получается, что он простаивает

Хе-хе, а посторонних граждан пускаете?

[o-oxhem]

Написать открытое письмо, что кластеры создают только для галочки (осваивают деньги). Языком чешут много, а как реально поработать на кластере нужно, тогда всплывают разные криворукости "хозяев" кластеров.

Да, это так. Пишут и говорят. И осваивают ...

Это будет типичным враньём. Вообще говоря, если разработчик поставляет программу в precompiled-версии, то за глюки её отвечает тоже разработчик, потому что клиент бороться с ними не может в силу закрытости кода.

PCGAMESS распространяется AS IS.

Если бы кластеры простаивали -- это было бы освоение денег. Они не простаивают и работают на полной загрузке. Значит, это не освоение денег. Значит, ваше утверждение является ложью.

Вы марксист или идеалист ? Или просто не в курсе ?

[Marxist]

Кстати, с мест сообщают, что Грановский лично компилировал pcgamess для скифа.

[iskariot]

Наверняка это так! В Москве-то вроде бы из группа тоже СКИФом пользуется... Но вот у нас что-то никак...

[Yu/2]

Ну и тем не менее, методы решения проблемы есть? И какие?
Бодаться с администратором или каким-то образом системные настройки изменить?

А вот это вы читали?

Код: Выделить всё

http://classic.chem.msu.su/cgi-bin/ceilidh.exe/gran/gamess/forum/?C35b4d6446Z7L-7006-1075-00.htm

Вообще, насколько я понял, у этого "кластера" очень неудачная конфигурация для КХ расчетов: очень мало памяти и к файлам доступ только по NFS. Я не знаю сколько все это стоит, а то назвал бы продажу таких "кластеров" обманом.

[iskariot]

Спасибо за ссылку.

Увеличение параматра mwords помогло в случае оптимизации. Но только со второй попытки.
При расчете гессиана вылетают точно такие же проблемы даже при высоких значениях mwords. Вот такие дела..

[alxyppv]

а молекула симметричная? если да, и вы используете симметрию при оптимизации, то при численном гессиане симметрия не используется, и памяти надо больше...

[iskariot]

Молекула - тетрафторборат фенилдиазония. О симметрии сложно говорить..