Байдеровский анализ (атомы в молекуле)

[N_A_B]

Поигрался..
Спасибо Юрию за информацию- сменил типа сжатия.
Поулчил файл 40 мегабайт
Все равно- у Юрия лучше.

Так что ждем полную версию книги:)

[Yurii]

ждем полную версию книги

Так я и выложил полную версию в формате cpc. Все совпадает с тем, что выложил VTur, только в человеческом виде и разиер менее 4 мб, что важно для тех, у кого скорость связи мала.

P.S.
Судя по числу скачиваний, этой книгой мало кто интересуется.

[N_A_B]

А может просто не все знают- как из CPC поулчить нормальный PDF, или чем читать CPC?
Гугление в лоб нормальных результатов не дало.

[Yurii]

А может просто не все знают- как из CPC поулчить нормальный PDF, или чем читать CPC?
Гугление в лоб нормальных результатов не дало.

http://www.cartesianinc.com/

P.S.
мой алгоритм сжатия полутона на %-ов 20-30 качественней.

[N_A_B]

Попробовал.
Даа..формат интересный и перспективный.

А вот вьювер- не очень удачный, неудобный он какой-то.

[Kirchern]

Такой вопрос: скачал программу AIMAll с оф сайта и, наслолько я понял, бесплатная версия - это что-то вроде демки. В мануале написано, да сам пробовал, молекулы больше 10 атомов она не считает. Гаворит. что надо проф версию покупать. Это так или я что-то путаю?

[o-oxhem]

Да, нужно покупать - лицензия 2 комп. - 300 USD

[Kirchern]

И что, у всех кто пишет про AIMALL на форуме есть лицензия? или есть все таки пиратки?

[o-oxhem]

И что, у всех кто пишет про AIMALL на форуме есть лицензия? или есть все таки пиратки?

Раньше это была бесплатная программа: иногда глючила, визуализации не было, без omp и т.д. Но поддерживала любое число атомов.

[alxyppv]

Такой вопрос: скачал программу AIMAll с оф сайта и, наслолько я понял, бесплатная версия - это что-то вроде демки. В мануале написано, да сам пробовал, молекулы больше 10 атомов она не считает. Гаворит. что надо проф версию покупать. Это так или я что-то путаю?

Вы что-то путаете. Действительно, есть платная профессиональная и бесплатная "обычная" версии. Они отличаются тем, что в проф. версии также включен пакет для визуализации и возможность распараллеливания. В бесплатной версии этого нет (точне есть, но в демо режиме - на 10 атомов), но в остальном это полнофункциональная версия которая позволяет проводить все расчеты.

[o-oxhem]

Из License Agreement for AIMAll (Version 10.03.25)
7. The AIMAll Standard operating mode is the default mode. It does not require an aimallpro.lic file and is free of charge, though registration is required. The AIMAll Standard operating mode imposes a limit on the size of the molecular wavefunction data that can be used for running multi-processor calculations and for generating visualization-related data files (*.*viz) by AIMQB, AIMExt, AIMInt and AIMSum, and displaying them with AIMStudio. This limit is 10 or fewer atoms and 200 or fewer primitive basis functions. Depending on the evolution of AIMAll, future versions of AIMAll may impose other limits on the AIMAll Standard operating mode.

[Kirchern]

Такой вопрос: скачал программу AIMAll с оф сайта и, наслолько я понял, бесплатная версия - это что-то вроде демки. В мануале написано, да сам пробовал, молекулы больше 10 атомов она не считает. Гаворит. что надо проф версию покупать. Это так или я что-то путаю?

Вы что-то путаете. Действительно, есть платная профессиональная и бесплатная "обычная" версии. Они отличаются тем, что в проф. версии также включен пакет для визуализации и возможность распараллеливания. В бесплатной версии этого нет (точне есть, но в демо режиме - на 10 атомов), но в остальном это полнофункциональная версия которая позволяет проводить все расчеты.

Но если так, то как убрать демо режим, и пакет для визуализации в нынешней версии включен.

[Лечащий Врач]

2 Kirchern

Надо запускать AIMQB, а не AIMStudio. Выставлять в правом нижнем углу (где настройки параллелизации) 1 1. Потом ждать, глядя на чорное окошко, а потом читать sum-файл. Скажем, блокнотом. Там все написано.

Ни для одного серьезного применения (кроме добавления картинок в написанную статью) визуализация не нужна.

[VTur]

Можно и из AIMStudio (Standard): Run-> AIMQB. Картинки нужны, когда сложный профиль ППЭ, что бы посмотреть деформацию эл. плотности.

[Лечащий Врач]

2 VTur

Простите, сечения какой функции Вы предлагаете рассматривать для изучения "деформации" электронной плотности? Тем более в AIMAll, где выбор предлагаемых функций, прямо скажем, небогат? И как вы предлагаете сравнивать разные точки на ППЭ (которые отвечают разным координатам ядер)? Мне действительно интересно.

[VTur]

Профиль самой плотности не очень информативен. Но многое могут сказать отличие связевых путей от прямых линий. Лучше рассматривать линии и точки в градиенте, лапласиане.
Плотности кинетической энергии, потенциальной энергии и их вклады (вроде) не изображаются, но вычисляются.
Что имел в виду под "деформациями"? Берете молекулу, считает, изображаете. Заменяете какую-нибудь группу на что-то другое. Снова изображаете, сравниваете.

Рисовалку мне универ уже обещает купить (всё же через аукцион). Пока AimAll только считаю. Рисую AimPac.

Пример в прикрепленном файле.

Документ1.pdf

[Лечащий Врач]

Строить картинки AIMPACом — тяжелое занятие, ничего не скажешь. Неплохая альтернатива, хотя и довольно жесткая - добыть бесплатный dgrid (он как раз считает вообще все, что человечество придумало для описания распределения электронной плотности в молекуле, в том числе 4 разновидности ELF), получать из него cube-файлы, а их, в свою очередь, читать ChemCraft'oм (600 р). Увидите при желании свои IAS'ы во всей красе, да еще и в трехмере. Но вообще красивые картинки обычно только замутняют восприятие.

Хороший пример — как раз отклонения связевых путей от прямой. Это ведь на самом деле параметр очень малоинформативный. То есть да, в циклопропане они не прямые. В случае слабых взаимодействий металл-пи — тоже (и есть работы, связывающие это явление с какими-то особенностями взаимодействия). Но в алканах кривизна связевых путей кажущаяся. AIMAll ее выводит в виде параметров GBL_I и GBL_II, сами проверьте, как у Вас расстояние атом-КТ-атом соотносится с расстоянием между ядерными аттракторами. Хорошо если дельта превысит 0.0001 ангстрема. Эллиптичность - и то гораздо более ценный параметр.

А стерику, если уж хочется обсуждать, лучше смотреть по изменению объемов (хотя этот параметр несет очень мало смысла в газовой фазе для не-тетраэдрических атомов, потому что граница не определена) или, как Москера, по изменению зарядов.

Ссылки на Москеру есть в моем обзоре в Успехах Химии, который Вы столь любезно процитировали в этой теме, но если нужно, могу кинуть сюда pdf'ки.

[VTur]

Меня интересует мол. моделирование - переносимость групп и аддитивность свойств. Это напрямую вытягивается из Бейдеровского анализа.

Хороший пример — как раз отклонения связевых путей от прямой. Это ведь на самом деле параметр очень малоинформативный.

Я, обычно, смотрю разницу между BPA и GBA_I (GBA_II). Эллиптичность тоже. В разветвленным молекулах разность углов и отклонения от тетраэдричности бывают довольно интересные.

Есть вопрос. В G98 была реализована процедура по расчету ковалентных порядков связей (Числовского). В последующих Гауссианах I609 пишет всякую ерунду (остались только заряды GAPT). Где-нибудь это еще существует?

[Лечащий Врач]

Числовского нигде практически нет, да и в Гауссиане он, как мне рассказывали, работал весьма своеобразно. В AIMAll реализована поддержка делокализационных индексов, ими тоже нужно пользоваться с осторожностью, но это на настоящий момент самый корректный способ получения порядка связи из данных бейдеровского анализа. Для алканов, алкенов, алкинов и бензола дает величины 1, 2, 3 и 1.5 соответственно, по крайней мере

[Yurii]

ждем полную версию книги

Так я и выложил полную версию в формате cpc. Все совпадает с тем, что выложил VTur, только в человеческом виде и разиер менее 4 мб, что важно для тех, у кого скорость связи мала.

P.S.
Судя по числу скачиваний, этой книгой мало кто интересуется.

Да, забыл про личность Бейдера высказаться: мое личное мнение, что это один из проходимцев от науки.