Ситуация такая. Имеется хрупкий пептид с группами R-CH2-(РО)(O-i-Pr)2 и -CO2Bn. На заключительном этапе синтеза все три эфирные группы гидролизуются с TMS-I. Очень полярную трикислоту на силикагеле чистить нельзя (сядет намертво), на reverse phase бесполезно (вылетает мгновенно даже с чистой водой). Из этих соображений и был выбран TMS-I, так как все побочные продукты летучие, а реакция идет довольно чисто. И все бы хорошо, но...В продукте остается немного HI, которая с течением времени окисляется на воздухе и дает коричневый цвет. Цвет легко можно убрать тритурацией в органическом растворителе/декантацией или растворением в воде, экстракцией йода и последующей лиофилизацией из воды. Однако затем окисляется следующая порция и цвет появляется вновь. Вакуум проблему не решает.
Как можно удалить HI? Первая мысль - попробовать окислить всю кислоту чем-нибудь вроде перекиси водорода или терт-бутил гидропероксида. Пептид вроде должен выдержать. Вторая - найти какой-нибудь очень слабый амин, из серии анилинов, например, который даст соль с HI, но не даст с фосфорной группой (ибо очень неохота потом еще заморачиваться с ионообменной хроматографией). Соли HI и аминов обычно можно отмыть органикой.
Ваши соображения?
Очистка пептида
Очистка пептида
Wodka trinkt man pur und kalt, das macht hundert Jahre alt!
Было дело с похожей пакостью.
HI вообще фиг удалишь. Даже перегонка под вакуумом (не для пептидов конечно) от него не спасает.
Варианта 3.
1 - плюнуть на неё и забыть. По идее её там мизер, так что иод не страшен
2 - берём стандартную колонку, набиваем Сефадексом и производим стандартную процедуру обессоливания пептида. Это должно помочь.
Подробности можно узнать на МОЛБИОЛе (правда сперва заплюют, поганцы) или из хороших старых книжек по химии белков. (Сорри, но названий и авторов с ходу не приведу)
3 - вакуумирование на масляном насосе длительное время (сутки например) Фиг его знает, может сработает.
HI вообще фиг удалишь. Даже перегонка под вакуумом (не для пептидов конечно) от него не спасает.
Варианта 3.
1 - плюнуть на неё и забыть. По идее её там мизер, так что иод не страшен
2 - берём стандартную колонку, набиваем Сефадексом и производим стандартную процедуру обессоливания пептида. Это должно помочь.
Подробности можно узнать на МОЛБИОЛе (правда сперва заплюют, поганцы) или из хороших старых книжек по химии белков. (Сорри, но названий и авторов с ходу не приведу)
3 - вакуумирование на масляном насосе длительное время (сутки например) Фиг его знает, может сработает.
Так как пептид потом идет заказчику на биотесты, я боюсь, что он всех микробов потравит иодом и припишет нашему пептиду чудесные целебные свойства.
А какова природа сефадекса и какие растворители обычно пользуют для разделения? Что чем вымывается?
А какова природа сефадекса и какие растворители обычно пользуют для разделения? Что чем вымывается?
Wodka trinkt man pur und kalt, das macht hundert Jahre alt!
сефадекс это гельфильтрационный полисахаридный носитель, на основе сшитого декстрана(не путать с декстрином). Для разделения достаточно воспользоваться физиологическим буфером. НО размер исключения пор самого мелкопористого сефадекса соответствует пептиду с Мол массой 5000.Phobos писал(а):Так как пептид потом идет заказчику на биотесты, я боюсь, что он всех микробов потравит иодом и припишет нашему пептиду чудесные целебные свойства.
А какова природа сефадекса и какие растворители обычно пользуют для разделения? Что чем вымывается?
пептид должен выходить раньше иодида.
Это идеи не конкретная методы.
От иодида избавляемся ацетатом серебра. От ацетата серебра хлористым аммонием, от последнего лиофилкой.
можно воспользоваться каким-нибудь иммобилизованным серебром. Но тогда нужен контроль с холостым опытом.
если пептид короче 5 аминокислот то сефадекс не поможет, ОДНАЗНАЧНА
И еще как вариант указанный пептид(голый без защиты) должен хреново растворятся в подкисленных водно спиртовых растворах(процентов 70-85) особенно, если туда добавить какой-нибудь сольцы, вроде ацетата аммония. Можно просто помыть осадок пептида и дело в шляпе.
--С серебром не хочу связываться, оно для микробов еще токсичнее иода.Phobos писал(а):Пептид короче 5 аминокислот, в воде и спирте растворяется великолепно. С серебром не хочу связываться, оно для микробов еще токсичнее иода.
Кстати, а что происходит с хлористым аммонием при лиофилизации?
Как насчет окисления пероксидами?
Ну согласно Лурье можно достичь концентрации 10Е-10 моля серебра. Это не плохо.я думаю. Но дело ваше.
--Кстати, а что происходит с хлористым аммонием при лиофилизации?
Ну что что? улетает, с иодистым аммонием такое тоже можно попробовать.
Я пробовал пару раз растворять вещество, скажем в изопропаноле, затем медленно высаживать добавлением эфира. Выпадает очень белый хлопьевидный осадок, весь цвет иода в растворе, раствор сливаем, промываем осадок эфиром еще пару раз, все белое и пушистое. На следующий день опять желтоватый цвет. То есть иод вымывается, а кислота нет, видимо, как-то хитро связана с пептидными группами. Уже была мысль просто его в двухфазном растворе пробулькивать воздухом с перемешиванием - пока весь HI не окислится и не перейдет в иод.
Ионообменник - надо что-то очень селективное, на что не сядет фосфорная группа, а только иодид. То же самое требование и к основанию.
Ионообменник - надо что-то очень селективное, на что не сядет фосфорная группа, а только иодид. То же самое требование и к основанию.
Wodka trinkt man pur und kalt, das macht hundert Jahre alt!
---- С серебром не хочу связываться, оно для микробов еще токсичнее иода. ----
Правильно. 10 Е-10 серебра это для микробов офинагенно много. Если бы уменьшить ещё порядков на 6...
---- Как насчет окисления пероксидами? ----
Не стоит. Пептид всё-таки "хрупкий". Не предскажешь наверняка, что с ним произойдёт
Идея такая.
Что если добавлять HCl и потом отгонять его в вакууме? Постепенно весь HI заменится на HCl, а HCl на воздухе устойчив.
Правда насос это конечно подпортит.
Правильно. 10 Е-10 серебра это для микробов офинагенно много. Если бы уменьшить ещё порядков на 6...
---- Как насчет окисления пероксидами? ----
Не стоит. Пептид всё-таки "хрупкий". Не предскажешь наверняка, что с ним произойдёт
Идея такая.
Что если добавлять HCl и потом отгонять его в вакууме? Постепенно весь HI заменится на HCl, а HCl на воздухе устойчив.
Правда насос это конечно подпортит.
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 6 гостей