Gaussian и нанотрубки

[foxterrier]

Кто-нибудь из форумчан занимается расчетами нанотрубок? Может, кто-нибудь подскажет на примере, как задать симметрию в программе Gaussian для нанотрубки.

[Darth Vasya]

Кто-нибудь занимается, и Gaussian для таких целей ни в коем случае не рекомендует

[Yurii]

Для расчетов лучше использовать атомный базис, а не плоские волны.

[Вик]

Для расчетов лучше использовать атомный базис, а не плоские волны.

Почему ?

[foxterrier]

Кто-нибудь занимается, и Gaussian для таких целей ни в коем случае не рекомендует

Darth Vasya. Я понимаю, что Gaussian для этих целей не очень подходит... Я сам стараюсь считать на Turbomole, но, к сожалению, к компьютеру с этой программой я нечасто имею доступ, поэтому пользуюсь тем, что есть...
Вот Вы, к примеру, какую программу используете?

[fullerene]

Вот Вы, к примеру, какую программу используете?

ABINIT, CPMD...

[Yurii]

ABINIT, CPMD...

См. http://software.intel.com/en-us/forums/ ... 9&o=d&s=lr

[cheb87]

Тоже Гауссиан и нанорубки:)
Стоит такая задача:обсчитать электронную плотность нанотрубки в Gaussian и затем ее визуализировать
Что я делаю:беру нанотрубку(несколько колец),делаю геометрическую оптимизацию методом DFT, просчитывает.
Но как мне дальше визуализириовать именно электронную плотность? В Кемкрафте и Гауссфьеве такое не нашел(
Возможно надо выбирать другую задачу для рассчета?

[alxyppv]

Gaussview умеет это делать. Для этого Вам надо сохранить chk файл, а потом его открыть в Gaussview. Можно и просто утилитами (formchk.exe и cubegen.exe). Сначала при помощи formchk.exe делаете из chk (бинарник) fch (ASCII), а затем команда:

cubegen.exe 0 spin=scf filename.fch density.cube -1 h <param.txt

нужно еще сделать файл param.txt с параметрами cube файла. Например такого содержания:

-1 -15.0 -15.00 -15.00000000
-200 0.15 0.0 0.0
200 0.0 0.15 0.0
200 0.0 0.0 0.15

это будет cube размером 30 х 30 х 30 Bohr, с шагом 0.15 Bohr

[cheb87]

alxyppv,спасибо! Действительно,Gaussview может! Только в 2D и в определенной проекции.Можно ли самому выбрать эту проекцию,не поперек, а вдоль например?

[alxyppv]

очень странно это для меня звучит. я вообще никаких 2-мерных проекций никогда в ГВ не делал, всегда 3-мерные поверхности были... Может опишите алгоритм, как Вы строите поверхности?

[cheb87]

очень странно это для меня звучит. я вообще никаких 2-мерных проекций никогда в ГВ не делал, всегда 3-мерные поверхности были... Может опишите алгоритм, как Вы строите поверхности?

Пользуюсь GaussView 5.0.8 Загружаю сhk,создаю в нем new cube, выбираю что мне нужно-это Total Density.Далее создаю New Contour использую приготовленный cube.В GaussView стоят опции для 2D,как делать 3D не нашел...

[alxyppv]

Вы знаете, у меня только 3-я версия есть, все может немного отличаться, но для 3d поверхнрости надо ведь не New Contour, а New Surface...
Вообще же, я бы все-таки рекомендовал сделать cube файл не прибегая к ГВ (как я уже описал выше, с использованием cubegen.exe). Такой файл Вы сможете открыть любой программой (например Chemcraft etc)

[foxterrier]

To alxyppv.
Gaussview 5-й версии есть на rutracker.org

[alxyppv]

Спасибо за информацию. но... ГВ я уже давно не пользовался - по моему, проще как-то лицензионным софтом обходиться

[Neitrino]

Я рад, что нашел такую тему связанную с расчетами углеродных нанотрубок в программе Gaussian.

Я считаю нанотрубку (6,6) в Гауссиане, точнее зонную структуру. Но через пару минут он выдает ошибку:

NB too large for integers on this machine.

У меня комп 4-ядерный*3,2 ГГц. Подскажите в чем может быть ошибка?

[VTur]

Посмотрите размер *.rwf. Возможно не хватило памяти. Запустите с несколькими *.rwf

[Neitrino]

Размер *.rwf 1,31 Гб. Может быть я беру большое число k Points?

[Neitrino]

Такая же ошибка выходит, когда я считаю графит с примитивной ячейкой.

[Neitrino]

Вроде бы разобрался. Убрал лишние ключевые слова. Пока считает без ошибок.