Инверсия циклов.... Как можно получить потенциальную кривую

[Vladchimic]

Хотя бы на примере метилциклогексана не могу найти барьер инверсии.. опции QSP2 и QSP3 в G03W не позволяют это сделать. С MM3 Tinker проблем нет - но ведь это ММ3.... Может кто-нибудь сталкивался с подобной задачей ?? Подскажите.

[Yu/2]

Вам наверное стоит конкретнее определиться с тем что понимается под инверсией в метилциклогексане. Т.е. переход между какими конформациями. Далее я бы рекомендовал не использовать всякие гауссиановские спецметоды (Шлегель конечно хорош, но не настолько ;)) а написать подходящую z-матрицу и честно просканировать значение энергии при разных фиксированных значениях определенного параметра z-матрицы (который отвечает за изменение конформации) с релаксацией всей остальной геометрии. Для метилциклогексана такой подход будет найлучшим.

[Vladchimic]

Спасибо. Под инверсией метилциклогексана я понимаю переход кресловидной конфигурации с метилом в аксиальном положении последовательно через конфурурации твист-ванна-твист в кресло с положением метильной группы в экваториальном положении. Изменение одного геометрического параметра в z-матрице без фиксации остальных в конце концов разрывает цикл. Пробовал я менять двугранный угол с фиксацией "противоположного" двугранного угла - слышал о таком приеме - опять таки - цикл разрывается. В принципе, меня в конечной целе не столько интересует инверсия метилциклогесана, как в дальнейшем конформационный анализ различных циклических систем. Если бы могли прислать какой либо конкретный пример, входной файл например... Не важно какой объект - главное принцип.

С уважением...

[Yu/2]

Вот на коленке написал для инверсии цикла Na2Cl2, но сейчас проверить не могу - не на чем.

#P RHF/STO-3G Opt=(Z-matrix,tight)

Na2Cl2 inversion potential

0,1
X
X 1 1.0
Na 2 Rxn 1 Axn
Na 2 Rxn 1 Axn 3 180.0
Cl 2 Rxc 1 Axc 3 Axn
Cl 2 Rxc 1 Axc 5 180.0
Variables:
Rxn=1.0
Rxc=1.0
Axn=50.0 S 9 10.0

[Vladchimic]

Что-то не то....
--------------------------
Na2Cl2 inversion potential
--------------------------
Symbolic Z-matrix:
Charge = 0 Multiplicity = 1
X
X 1 1.
Na 2 Rxn 1 Axn
Na 2 Rxn 1 Axn 3 180. 0
Cl 2 Rxc 1 Axc 3 Axn 0
Cl 2 Rxc 1 Axc 5 180. 0
Variables:
Rxn 1.
Rxc 1.
Axn 50. Scan 9 10.
Constants:
Undefined symbol, angle alpha, card 5.
Undefined symbol, angle alpha, card 6.
Error termination via Lnk1e in c:\chemie\g98w\l101.exe.
Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 2.0 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 6 Int= 0 D2E= 0 Chk= 1 Scr= 1

[Yu/2]

А, да, я немножко напутал. В общем вот правильная z-матрица:

X
X 1 1.0
Na 2 Rxn 1 Axn
Na 2 Rxn 1 Axn 3 180.0
Cl 2 Rxc 1 90.0 3 90.0
Cl 2 Rxc 1 90.0 4 90.0
Variables:
Rxn=1.6326
Rxc=1.9908
Axn=40.0 S 5 10.0

Последняя строка говорит гауссиану что нужно "сканировать" по этому параметру с шагом 10 градусов 5 точек.
Но когда достигнется 90 градусов, то повысится симметрия молекулы и гауссиан заругается. Это обходится каким-то ключем, не помню точно каким, но в документации есть это.

[Vladchimic]

Да все так... Указывается nosymm....
Я поступал таким же образом и с циклогексаном, и с 1-замещенными циклогексана - принудительно изменял один из двугранных углов.. Через 5-6 шагов цикл разрывался.... хотя расчет продолжался...
Вот такое горе...

[Yu/2]

Ну так естественно разрывается. ;) Вы можете себе представить конформацию циклогексана один из торсионных углов (С-С-С-С) которого близок например к 180 градусам? Т.е. это я к тому что такие торсионные углы в циклогексане не могут принимать любые значения. Нужно правильно выбрать координату, которую нужно менять для того чтобы плавно получить нужную конформацию. В приведенном мной примере с циклом Na2Cl2 не зря введены два мнимых атома и варьируется угол Х-Х-Na, а не торсионный угол Na-Na-Cl-Cl.

[Vladchimic]

Интерестный подход.... надо подразобраться.... Спасибо большое !!!