Базисы для лантанидов в ORCA

[etzell]

Доброе время! Подскажите базисный набор для расчетов в ORCA для лантанидов. В частности для Lu. Имеется ли такая возможность в орке?Имею последнюю версию на кластере.

[alxyppv]

Доброе время! Подскажите базисный набор для расчетов в ORCA для лантанидов. В частности для Lu. Имеется ли такая возможность в орке?Имею последнюю версию на кластере.

есть разные варианты. в частности, если вы делаете расчет с ZORA, то в Орке есть собственный вшитый специальный базис, основанный на TZVP. Т.е. если есть ключевые слова "ZORA" и "TZVP", то задействован будет именно этот базис. Если нерелятивиствкий вариант - то можно брать разные остовные потенциалы (можно скармливать "внешние", а можно и пользоваться вшитыми) с соответствующими базисами, например "TZVP ECP{TZVP=Lu} PrintBasis", PrintBasis - это чтобы базис был распечатан в выдаче. Этот вариант для лютеция даст Вам такого рода базис: 14s13p10d8f1g contracted to 10s8p5d4f1g pattern {5111111111/61111111/61111/5111/1} и остов Lu ECP SD(28,MWB)

[etzell]

Доброе время! Подскажите базисный набор для расчетов в ORCA для лантанидов. В частности для Lu. Имеется ли такая возможность в орке?Имею последнюю версию на кластере.

есть разные варианты. в частности, если вы делаете расчет с ZORA, то в Орке есть собственный вшитый специальный базис, основанный на TZVP. Т.е. если есть ключевые слова "ZORA" и "TZVP", то задействован будет именно этот базис. Если нерелятивиствкий вариант - то можно брать разные остовные потенциалы (можно скармливать "внешние", а можно и пользоваться вшитыми) с соответствующими базисами, например "TZVP ECP{TZVP=Lu} PrintBasis", PrintBasis - это чтобы базис был распечатан в выдаче. Этот вариант для лютеция даст Вам такого рода базис: 14s13p10d8f1g contracted to 10s8p5d4f1g pattern {5111111111/61111111/61111/5111/1} и остов Lu ECP SD(28,MWB)

Мне нужно оптимизировать геометрию на первом этапе. В этом случае как лучше поступить? На втором этапе произвести расчет TDDFT для возбужденных состояний. Хотелось бы использовать уже вшитые базисы.

[alxyppv]

Если у Вас нет переходов обусловденных остовом лютеция - а их у Вас скорее всего нет - то я бы про брал остовный потенциал как в последнем примере. Но в таком случае можно и Природой сделать А какие еще элементы в молекуле?

[etzell]

Лютеций, водород, кислород, углерод и азот. Переходов действительно нет.
Кстати синтаксис должен быть такой.
!RKS B3LYP TZVP ECP{TZVP=Lu} Opt

?

[alxyppv]

Лютеций, водород, кислород, углерод и азот. Переходов действительно нет.
Кстати синтаксис должен быть такой.
!RKS B3LYP TZVP ECP{TZVP=Lu} Opt

В принципе, да, но я ставлю примерно так:
! B3LYP TZVP ECP{TZVP=Lu} RIJCOSX def2-TZVPP/J Grid5 GridX5 NoFinalGrid TightSCF PrintBasis

во первых, RIJCOSX Вам сильно сэкономит время (если молеула среднего или большого размера).
во-вторых, сами авторы говорят что лучше для качественных расчетов не использовать их автоматический вариант с маленькой сеткой при расчете и пересчете с большей сеткой при последней итерации, а с самого начала использовать хорошую сетку (Grid4 или Grid5) и отменять "FinalGrid" ключом "NoFinalGrid". Для гибридных ф-лов тут правда хитрее ситуация, поскольку есть еще одна сетка и здесь я не до конца понимаю как все функционирует. Но я обычно использую как приведено выше.

[etzell]

Молекула большая. Спасибо за ответ! Все заработало!

[alxyppv]

да, забыл уточнить - на всякий случай я ставлю бОльший вспомогательный базис, чем требуется. т.е. для базиса TZVP по идее должен подходить TZVP/J, а не def2-TZVPP/J, который несколько больше. Не думаю что это принципиально для Вас, но уменьшение вспомогательного базиса до TZVP/J также может сэкономить время.

[etzell]

К сожалению у меня возникает ошибка.
Вот начало инпут файла.
!RKS B3LYP TZVP ECP{TZVP=Lu} RIJCOSX TZVP/J Grid5 GridX5 NoFinalGrid TightSCF Opt
* xyz 0 1
А вот и ошибка.
Time for grid setup = 111.853 sec

------------------------------
INITIAL GUESS: MODEL POTENTIAL
------------------------------
Loading Hartree-Fock densities ... done
calling orca h2tppedtalu_atom71.inp > h2tppedtalu_atom71.out in order to generate an atomic fitting density for atom 0 (Lu with ECP) on-the-fly...
atom 0 (Lu), assumed electronic state with S=4: 1s2 2s2 2p6 3s2 3p6 4s2 3d10 4p6 5s2 4d10 5p6 6s2 5d3 ... Process 0:
Error encountered when trying to calculate the atomic fitting density!
An error has occured in the SCF module
CALLING COMMAND: mpirun -np 8 /share/orca/orca_x86_64_exe_r2360/orca_scf_mpi mol.gbw b
RETURN CODE : 16384
ABORTING THE RUN

[alxyppv]

такое бывает в Орке с остовными потенциалами. надо тогда поставить

%scf guess=hcore end

обычно помогает

[etzell]

Хорошо, спасибо. Запустил, ожидаю.

[etzell]

И снова вышла ошибка.
--------------
SCF ITERATIONS
--------------
ITER Energy Delta-E Max-DP RMS-DP [F,P] Damp
*** Starting incremental Fock matrix formation ***
0 4502.7821293667 0.0000000000002319.68354082 3.33075555 5.3653830 0.7000
1 -1156.0037350867-5658.7858644533373081.12683382 5.82481527 2.5723991 0.7000
2 -2636.7357291759-1480.731994089253997.28260999 2.24127096 1.2315987 0.7000
3 -3150.5010186699-513.7652894939461706.92463250 2.43343746 1.0524808 0.7000
4 -3354.7347408059-204.233722136015539.86966371 1.34628369 0.7387989 0.7000
5 -3476.7996169399-122.0648761339912115.68720535 2.77668735 0.7959756 0.7000
6 -3531.0946493671 -54.295032427191965.11964110 1.51194823 1.0440854 0.7000
7 -3527.2642253760 3.8304239910481428.71862310 3.15536378 0.9201700 0.7000
8 -3455.7982760928 71.465949283246540.24377641 1.52728159 1.0043812 0.7000
9 -3622.4710799218-166.6728038290493532.08354996 5.23234284 1.1395365 0.7000
10 -3432.9191807309 189.5518991908751396.29028304 2.16490028 1.4598618 0.7000
11 -3492.2102558777 -59.2910751467851541.07316136 2.83412704 0.9307716 0.7000
***Turning on DIIS***
12 -3553.3539547281 -61.143698850340680.40247238 1.52329721 1.6737419 0.7000
13 -3656.4955258873-103.1415711592591075.91369825 2.42810083 1.1236954 0.7000
14 -3737.9135432632 -81.418017375820804.59085985 1.44225076 1.4965954 0.7000
15 -3749.1864084785 -11.272865215372562.42515530 0.99257598 2.1879733 0.7000
16 -3787.7391437051 -38.552735226552393.70069815 0.69546112 2.5441603 0.7000
17 -3747.0423703373 40.6967733678241391.70014265 2.73860450 2.8260564 0.7000
18 -3877.9876186972-130.945248359964518.40393157 1.14099060 1.2934092 0.7000
19 -3844.1435107857 33.8441079114951093.48983176 1.48869620 1.0754571 0.7000
*** Restarting incremental Fock matrix formation ***
*** Resetting DIIS ***
20 -3615.2324527657 228.911058019999467.90093644 0.95628714 1.7492632 0.7000
21 -3631.9964703443 -16.764017578557318.83769695 1.10443071 1.0446735 0.7000

An error has occured in the SCF module
CALLING COMMAND: mpirun -np 8 /share/orca/orca_x86_64_exe_r2360/orca_scf_mpi mol.gbw b
RETURN CODE : 16384
ABORTING THE RUN
~

[alxyppv]

Ну тут уж ничего такого явного посоветовать не получится. Система сложная, очевидно есть большие проблемы со сходимостью. Как с этим бороться? есть много вариантов, манул-таки читать придется. Для начала можно попробовать зарезать базис на неемталлах (скажем, до SVP или еще меньше) и грубо сойти энергию в таком базисе, м.б. даже не с B3LYP, а с GGA (PBE, скажем). Если получится - дальше скормить gbw файл с такими векторами в качестве guess при расчете в расширенном базисе - Орка умеет проецировать базисы и иногда это может помочь. Еще можно играть с параметрами решения SCF - их много на самом деле, см. мануал.

[sanya1024]

У меня похожая (даже еще худшая) дерготня ССП в Орке бывала из-за неправильной работы MPI. На одном процессоре все шло нормально, только медленно, а при попытке запустить в параллель начиналось нечто невообразимое. Так мне и не удалось на том компьютере заставить Орку работать правильно.

[etzell]

Запустил на одном процессоре, проверить). Если не поможет, то прочитаю раздел по этой части мануала. )