Природа

[Любитель_Манниха]

Может его там нет? или называется не так? ну и т.п.

Это 100500 раз проверил
PS: да, в моей копипасте (и командной строке) ошибка, "pridoda" для инпута, но её исправление ничего не меняет.

А если запускать, не указывая путь, то результат такой:

malloc: using debugging hooks
[0] MPI Abort by user Aborting program !
[0] Aborting program!

Причём, если названия файлов содержат большие буквы, добавляется такое ругательство:

0: output file 'tasK.out'?

[amge]

Для начала, покажите вывод команды
ls -l /home/quantum/priroda/task.in

[Любитель_Манниха]

Если я нахожусь в /home/quantum/priroda и делаю ls -l task.in :

-rw------- 1 username users 5211 Apr 22 02:33 task.in

а если с указанием пути, то

ls: cannot access /home/quantum/priroda/task.in: No such file or directory

[EvgeniX]

Какой вывод дают команды "ls /home", "ls /home/quantum" и "ls /home/quantum/priroda"?

[starless]

а также who am i

[Любитель_Манниха]

who am i = тот самый username

ls /home

lost+found username

ls /quantum

ls: cannot access home/quantum: No such file or directory

ls quantum/priroda - то же самое

[starless]

Вот и ответ. Откуда возьмётся файл, которого нет? пропиши правильный путь к нему

[Любитель_Манниха]

Ну я вроде немного пива на неделе выпил
Вот создал home/abcd/priroda, перенёс туда природу, эффект тот же.
А вот когда залогинился под рутом, расчёт пошёл Кстати, почему-то не для все имён файлов опять-таки

[starless]

Надо работать не в /home, а в /home/username

[Любитель_Манниха]

Кстати я ошибся, что под рутом расёт пошел, просто пишется malloc: using debugging hooks и не вываливается обратно в командную строку.
Перенёс в home/username/priroda, опять no such file.

[amge]

Кошмар, как все запущенно

Для начала на всякий случай сделайте
по рутом
chown -R username.users /home/username
под собой
chmod -R +r /home/username
проверьте, что во все директории можете входить (все строки следующей команды должны начинаться с drwx)
ls -r -l /home/username/* | grep ^d

После этого создайте директорию priroda, если ее нет
mkdir /home/username/priroda
поместите туда файлы p6_64 и task.in
зайдите в нее
cd /home/username/priroda
и запускайте
p6_64 task.in task.out

Разумеется, все username должны быть заменены на реальное имя

[Любитель_Манниха]

Кошмар, как все запущенно

Под рутом результат -
chown: cannot access `/home/username/.gvfs': Permission denied
Под собой результат -
chown: invalid user: `+r'

Все строки начинаются с drwxr.

При этом под рутом природа таки работает, просто файл .out создаётся почему-то не сразу.
Под собой в .out - во-первых

molecule input: ''
'cartesian
' ?

Хотя инпут корректный, в винде и под рутом работает. И

OOPS: semop lock failed 98304

[amge]

Под собой результат -
chown: invalid user: `+r'

Под собой я предлагал сделать не chown (изменить собственника), а chmod +r (разрешить на чтение)

При этом под рутом природа таки работает, просто файл .out создаётся почему-то не сразу.
Под собой в .out - во-первых

molecule input: ''
'cartesian
' ?

Хотя инпут корректный, в винде и под рутом работает.

Правильно я понял, что под юзером природа стала таки видеть инпут-файл? Но не может его прочесть?
cd /home/$USER/priroda
chmod +r *
ls -la
Какой результат?

[sanya1024]

А попробуйте конвертировать task.in из виндовско-досовского формата в юниксовый (dos2unix). Может, после этого заработает? Если в файле уже были юниксовые концы строк, хуже ему не станет.

[elena46]

добрый день! как выбрать оптимизированную геометрию?
спасибо.

[wait]

1. Программа завершила работу
2. Где-то в конце выходного файла есть запись OPTIMIZATION CONVERGED in ?? steps!
Сразу под этой фразой оптимизированная геометрия и энергия в
MOL> ...
MOL> ...

[asp]

Уважаемые участники форума, объясните что значат следующие данные в выходном файле ПРИРОДЫ.

One-Electron Energies (alpha)
occupied:
2 -24.363483 3 -1.243922 4 -1.016089 5 -0.565072
6 -0.469250 7 -0.469250 8 -0.347299 9 -0.347299
virtual:
10 -0.216700 11 0.383494 12 0.407634 13 0.440590
14 0.440590 15 0.555513 16 0.555928 17 0.555928

Это случаем не LUMO HOMO?
Или где находятся в выходном файле LUMO HOMO?

[sanya1024]

Это энергии граничных орбиталей. occupied -- это занятые (8 верхних), virtual -- понятно, виртуальные, 8 нижних. Соответственно, HOMO здесь #9 и #8 (вырожденные, судя по энергиям), LUMO -- #10, невырожденная.

[asp]

Спасибо, sanya1024.

[Metalian]

Пользователи Природы, подскажите: насколько Природа требовательна к дисковой подсистеме, точнее, к ее скорости.
Сейчас пока считаю Firefly, но думаю, что и Природой тоже придется. В Firefly, если включить direct SCF, то (по крайней мере для DFT - другим не занимаюсь) скорость работы дисков не сильно влияет, т.к. все интегралы считаются на лету, а больше читать-писать в больших количествах и нечего.
Поэтому думаю, что вместо 1 машины с несколькими SSD (по 1 на 2 ядра проца) на отдельном (не интегрированном) SATA-контроллере лучше взять за те же деньги 2 машины с обычными HDD без всяких наворотов.
Но вот хотелось бы знать, как с этим в Природе: насколько много и с какой скоростью идет чтение-запись на диск в ходе расчетов. А также хотелось бы знать, на сколько ядер можно эффективно распараллелить оптимизацию, расчет гессиана, IRC?