GAUSSIAN и ADF. В последней не отображается SCF сходимость.
Сделаю.
3) Используете ли вы в работе Z-матрицы? Для каких целей?
В последнюю версию Chemcraft добавлена автоматическая генерация Z-матриц, только я, честно говоря, сам пока не очень представляю для каких целей она может пригодиться.
Использую довольно часто, чтобы уменьшить/увеличить число оптимизируемых степеней свободы. Особенно полезно при анализе расчетов частот колебаний и высоко симметричных молекул.
Мне это непонятно, зачем уменьшать число степеней свободы. Чтобы сделать молекулу симметричной, нужно просто выбрать Edit/Set point group, а у вас что-то другое?
5) Сейчас Chemcraft может рисовать двумерный график ППЭ, построенный по данным из выходного файла со сканирование ППЭ. Бывает ли нужен трёхмерный график (т.е. если сканирование идёт по двум координатам)?
Мне нужен, но редко. Для таких расчетов у меня калькулятор слабоват. А так нужен. И больше опций при построении двумерного графика. Допустим, зависимость дипольного момента от двугранного угла.
Дипольный момент сделаю, какие ещё параметры можно строить на двумерном графике?
Не релаксированный ППЭ не имеет физического смысла. Это точно не путь реакции и не координата реакции.
Я тоже так думаю, но пара пользователей попросили меня сделать визуализацию нерелаксированного сканирования.
При внутреннем вращении и в случае удлинения связей часто приходится делать Rebond, чтобы нарисовать связи. На следующем шаге снова Rebond. Можно от этого избавится?
Протестируйте билд 429, он вроде должен строить связи почти всегда.
С моей точки зрения рисовать орбитали совершенно бессмысленная вещь. Они же определены до унитарного преобразования.
Я тоже, сколько не занимался расчётами, так и не понял для чего нужны рисунки орбиталей. Но они приводятся в каждой третьей статье.
Можно по-умолчанию задать в настройках изначально отображаться Type+number и подобные настройки? И выбор информации для Абстракта?
В билде 429 есть опция в настройках графической схемы “Automatic labels on atoms”. Вам нужно именно с номерами?
Gaussian, Molpro, Turbomole, ORCA, Priroda, PSI4, CFOUR, Molcas, ADF, VAMP, Empire.
Про PSI4, VAMP (или это VASP?), Empire в первый раз слышу. Насколько это распространённые программы?
1) не бояться 5 столбцовых xyz, которые кроме символа и координат содержат пятую колонку заряд (еще существуют 8 колоночные с тремя колонками векторов но лично мне они не нужны). На данный момент это единственный вывод геометрий из Empire и его постоянно приходится допиливать до "стандартного xyz" Если есть опасение что программа начнет путать такие xyz с другими форматами - хотя бы пусть выводит предупреждение или вопрос. Фича реализована в нескольких самописных программах.
Вам нужно чтобы Chemcraft читала такие XYZ, или писала?
возможность скармливать архивные блоки гауссиана в стиле "взять из памяти" (то есть сначала копируется архивный блок, потом открывается окно кемкрафта и клацается кнопка "съесть"). Фича реализована в Molecule.
Не совсем понял, что такое архивный блок
Возможность делать анимацию из конкатенированных xyz и делать графики если вторыми строками (между числом атомов и началом координат) идет энергия.
Вы можете открыть xyz файл с множеством структур (пример в Chemcraft/samples/MultXYZ), и выбрать Tools/Create animation/Trajectory animation.
Про график подумаю.
6) Иногда я накладываю две молекулы друг на друга (обычно для сравнения). Если результат сохранить (xyz) то повторное открытие плотно свяжет все атомы "все со всеми" и развязать структуру абсолютно нереально. Я незнаю подходящего формата но было бы очень вкусно если бы программа сохраняла несвязанные фрагменты таким образом чтобы потом их заново идентифицировать, несвязать и позволить их далее редактировать. Я понимаю что это требует connectivity, поэтому не особо прошу.
Сейчас вы можете сделать так: когда молекулы наложены друг на друга, выбираете Edit/Select all, затем Edit/Copy selected fragment to clipboard, и вставляете текст из clipboard в текстовой файл. Потом переносите этот текст снова в clipboard и выбираете Edit/Paste fragment from clipboard.
Я могу добавить в режим Coord опцию “Print/import bonding information”, вы думаете это будет полезно?
Использую. Constrained optimisation. К сожалению автоматическая генерация никогда не идет тем путем который хочется.
Вы протестировали b429? Там можно сначала начать построение Z-матрицы вручную, выбрать параметры которые будут фиксироваться, а потом нажать “Complete automatically”.
Adjust Hydrogens. Реализовано в материалстудии. Ориентируется по количеству связей которые уже есть у атома. Очевидно требует connectivity, хотя не факт.
Вы имеете в виду спрятать водороды? Это есть в View/Hide certain atoms. Ещё есть 2d стиль, в котором например для фрагмента CH3 водороды прячутся, а на углероде появляется надпись CH3.
Возможность визуализировать УФ спектры [...]. Чтоб два раз не вставать - и кругового дихроизма тоже. Хотя бы из орки, гауссиана и DFTMRCI (программа гримме идущая поверх Турбомоля).
Если не сложно, пришлите на
этот email файлы Gaussian, Orca, DFTMRCI с круговым дихроизмом, и я этим займусь.
10) Возможность есть файлы молдена содержания:
Странно, разве Chemcraft их сейчас не визуализирует? Пришлите пожалуйста такой файл.
Для DFT-D расчетов иметь возможность посмотреть на график сводимости как с так и без Д-коррекции. (или на оба чтоб видеть как плавала поправка Гримме). Некритично мне.
Пожалуйста пришлите файл с DFT-D расчётом, мне вообще интересно что это такое.
Из области очень грандиозного и амбициозного - предоптимизатор в стиле Кембиоофиса или АДФГуи (там есть SimpleMM, UFF и DFTB, чего угодно хватит).
Сомневаюсь, что будет какая-то польза от молекулярной механики. По-моему, было бы круто реализовать другое – полуэмпирический метод, параметры которого подгоняются для каждой конкретной молекулы. Насколько это было бы оправдано и насколько трудно реализовать полуэмпирику?
"7) Весьма важно лично для меня: Возможность замены атома в пару кликов - выделил углерод, кликнул "заменить", назначил его бором (или азотом, на мой выбор). Фича реализована в Материалстудии. Желательно чтоб это было можно применять ко всем выделенным атомам."
дабл клик на атоме - и будет Вас счастье (можно менять формат)
Кроме двойного клика, в b429 можно изменить тип всех выделенных атомов (Edit/Set the types and captions of all selected atoms).
"9) Возможность визуализировать УФ спектры (в качестве лучше чем гауссвью), с возможностью регулировать полуширину пика, тип кривых (Лоренц и Гауссиан), отображать сами вертикальные сигналы, сохранять в виде картинок и файлов "абсцисса-ордината", как это реализовано в Габедите (Могу предоставить файлы выводимые габедитом и внешний вид того о чем говорю)."
И это есть (там нет Гауссиана правда, но Лоренциан есть). При открытии аута из Орки с td-dft появляется "кнопка" View spectrum (так же как при открытии расчета гесссиана появлется возможность визуализации ИК спектра). При нажатии этой кнопки появляется новое окно со спектром - в нем можно уширять как угодно, и делать экспорт - и как картинку (что на мой взгляд не очень нужно), и как ASCII.
Гауссово уширение пиков есть, я назвал его “Doppler broadening” (скоро исправлю на Gaussian broadening).
Не бойтесь будущего, оно не настоящее.
В Chemcraft есть утилита для быстрого создания входных файлов Gamess (точнее, участков этих файлов) с нестандартными базисными наборами, взятыми с сайта PNNL. Нужна ли эта возможность для Gaussian и других программ?
