Оптимизация больших молекул в Gaussian

[NemoNemo]

Гесс 5.7 - это расстояние между ближайшими атомами хвостов данного ротамера. Спасибо за оценочные значения по расстояниям (не быстро их найти можно) - чувстствуется опыт
Молекула NADH - у ней очень много ротамеров, но народ пока зациклился на рассмотрении двух предельных случаев ротамеров folded и unfolded. А реально есть и промежуточные. Сколько реально там экспонент описывающих флуоресценцию и за что они отвечают народ ругается уже два десятилетия и есть противоречия. Есть идея таки более детально посмотреть на этот зверинец ротамеров. Хотя, если там у всех заметная релаксация Никотинамида (оптически возбужденного) аденином, то практического толка от этих изысканий не много.
Спасибо за советы.

[amge]

Кстати, я недавно немного посравнивал результаты PBE с поправкой на D3 и без неё с DLPNO-CCSD(T). Пришел к выводу, что Гриммевская программа заметно переоценивает вклад D3. Не уверен даже, что с поправками лучше.

Александр, а можешь привести примеры на чем сравнивал? На примере органики это тоже показано

https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jctc.7b00335

Мои сомнения оказались безосновательны. Сравнивались конформеры типа таких:

M.png

Но в первоначальном сравнении CCSD было с РСМ, а PBE в вакууме. Когда все пересчитал в вакууме, результаты получились другие.
CCSD(T) vs. PBE: R = 0.88, МАЕ = 0.77 kcal/mol
CCSD(T) vs. PBE+D3: R = 0.999, MAE = 0.35 kcal/mol
Для этой модели Гримме рулит.

[leonidas]

Тут надо уточнить про канонический SAPT, имеется ввиду Many-Body SAPT. Он действительно появился раньше DFT-SAPT и сейчас редко используется, и только для маленьких (несколко атомов) комплексов. Формально SAPT0, он же HF-SAPT это нулевая поправка к MB-SAPT.
HF-SAPT чуть дешевле чем DFT-SAPT. В сочетании с density-fitting SAPT0 используется для комплексов соддержащих несколько сот атомов, см. напр. doi.org/10.1063/1.3656681

Что касается фрагментов молекул, то есть такая штука как F-SAPT
http://www.psicode.org/psi4manual/master/fisapt.html

Правда к теме это прямого отношения не имеет, из black box только DFT-D, а потом можно взаимодействие "хвостов" и других частей тела более детально F-SAPT изучить.