def2-****

[surius]

Товарищи, возможно кто-нибудь сможет помочь с такой задачей/проблемой:
Хочу сделать несколько сотен быстрых расчетов, так что сам расчет занимает порядка 5-10 минут, на 12 ядрах. Расчет будет сделан в Г09, только вот базис был выбран def2-TZVPP. Насколько мне удалось выяснить просто ключевым словом этот базис задать в Г09 не получится. И это не было бы проблемой (FUNCTIONAL/GEN) если бы не колличество инпутов. А если сделать 2.5 сотни GEN инпутов то практически наверняка станет очень нудно и не обойдется без ошибок.
Если мне не изменяет память то можно, вроде бы, сделать пользовательский файлик с базисами и скармливать уже его на не всю эту простыню для каждого элемента.
И еще такой вопрос, если такой путь вообще возможен, можно ли чтоб такой файлик лежал не в основной директории Г09, а где-то там в пользовательских папках?

Ну и конечно заранее спасибо за помощь

[surius]

что-то тихо сегодня, видимо понедельник оправдывает слухи о нем. Я тут активно ковырялся и строго говоря что-то нашел, не то чтоб прямо все по полочкам, но все же что-то.
В Г09 под линуксом, в папке гауссиана есть подпапка с базисами. Так что гипотетически сделать свой набор можно, причем такой как позволяет фантазия. Остался только тонкий момент, который я никак не смог выяснить, а именно как вызывать свой кастомный базовый набор. Ну и соответсвенно, точно не уверен, но видимо дердать его где попало просто так не получится. Но буду рад если кто-нибудь подтвердит мои предположения или опровергнет. А параллельно у меня возник вопрос попроще, но я маленько втупаю:
Возьмем например обычный (нерелятивистский) def2-TZVPP набор для йода в его виде для Г09, что не суть важно

Код: Выделить всё

I     0 
S   5   1.00
   5899.5791533              0.24188269271E-03      
    898.54238765             0.15474041742E-02      
    200.37237912             0.42836684457E-02      
     31.418053840           -0.39417936275E-01      
     15.645987838            0.96086691992    
S   2   1.00
     11.815741857            0.75961524091    
      6.4614458287           0.42495501835    
S   1   1.00
      2.3838067579           1.0000000        
S   1   1.00
      1.1712089662           1.0000000        
S   1   1.00
      0.32115875757          1.0000000        
S   1   1.00
      0.12387919364          1.0000000        
P   3   1.00
    197.30030547             0.73951226905E-03      
     20.061411349            0.66168450008E-01      
      9.7631460485          -0.28554662348    
P   4   1.00
     12.984316904           -0.49096186164E-01      
      3.6199503008           0.38914432482    
      2.0232273090           0.65610817262    
      1.0367490559           0.31803551647    
P   1   1.00
      0.45937816000          1.0000000        
P   1   1.00
      0.19116532928          1.0000000        
P   1   1.00
      0.74878813023E-01            1.0000000        
D   6   1.00
    119.12671745             0.82596039573E-03      
     33.404240134            0.68377675770E-02      
     17.805918203           -0.10308158997E-01      
      4.8990510353           0.22670457658    
      2.4516753106           0.44180113937    
      1.1820693432           0.36775472225    
D   1   1.00
      0.52923110068          1.0000000        
D   1   1.00
      0.17000000000          1.0000000        
F   1   1.00
      0.44141808             1.0000000        
F   1   1.00
      2.1800000              1.0000000        
****
<---blank-line--->
I     0
I-ECP     3     28
f-ul potential
  4
2     19.45860900           -21.84204000       
2     19.34926000           -28.46819100       
2      4.82376700            -0.24371300       
2      4.88431500            -0.32080400       
s-ul potential
  7
2     40.01583500            49.99429300       
2     17.42974700           281.02531700       
2      9.00548400            61.57332600       
2     19.45860900            21.84204000       
2     19.34926000            28.46819100       
2      4.82376700             0.24371300       
2      4.88431500             0.32080400       
p-ul potential
  8
2     15.35546600            67.44284100       
2     14.97183300           134.88113700       
2      8.96016400            14.67505100       
2      8.25909600            29.37566600       
2     19.45860900            21.84204000       
2     19.34926000            28.46819100       
2      4.82376700             0.24371300       
2      4.88431500             0.32080400       
d-ul potential
  10
2     15.06890800            35.43952900       
2     14.55532200            53.17605700       
2      6.71864700             9.06719500       
2      6.45639300            13.20693700       
2      1.19177900             0.08933500       
2      1.29115700             0.05238000       
2     19.45860900            21.84204000       
2     19.34926000            28.46819100       
2      4.82376700             0.24371300       
2      4.88431500             0.32080400       

как видно в приведенной форме есть как обычная часть (до пустой линии), так и ECP (певдопотенциальная) часть. Ясно что чтоб схавать только первую часть нужно, для ДФТ: функционал/gen. А для того чтоб добавить псевдопотенциальную часть в придаток нудно накатить pseudo=read.
Вопрос такой, когда лучше брать эту ECP часть, а когда можно не брать, а ограничится только обычным базисным набором. И что будет если не брать ECP (я так понимаю расчет должен быть дольше, или даже точнее ускорялка не включится). А есть ли явный профит в неиспользовании ECP части. Да и вообще могу ли ее не использовать или обязан???

[YuraM]

Could I ask you, why you cannot specify directly def2 basis set in G09 input file, myself I use this basis set via following option:

#P M06/def2tzvpp/Auto SCF=(novaracc)
# SCF(MaxCycle=380) 5d 7f int=(Grid=ultrafine) SCRF=(SMD,solvent=ethanol)

[surius]

Вопрос такой, когда лучше брать эту ECP часть, а когда можно не брать, а ограничится только обычным базисным набором. И что будет если не брать ECP (я так понимаю расчет должен быть дольше, или даже точнее ускорялка не включится). А есть ли явный профит в неиспользовании ECP части. Да и вообще могу ли ее не использовать или обязан???

переспрошу себя сам: а насколько эти самые релятивистские эффекты (зашитые в этот псевдопотенциал) выжны, но например для атома йода, да и вообще атомов 5 периода. Понятно, что по уму уже для атомов старше железа из призывают использовать, но меня маленько смущает микс регулярного базисного набора и псевдопотенциала. Или когда мы находимся в рамках одного семейства базисных наборов (Ahlrichs, как в этом случае) это совсем не страшно? или это всегда не очень страшно?

[surius]

Could I ask you, why you cannot specify directly def2 basis set in G09 input file, myself I use this basis set via following option:

#P M06/def2tzvpp/Auto SCF=(novaracc)
# SCF(MaxCycle=380) 5d 7f int=(Grid=ultrafine) SCRF=(SMD,solvent=ethanol)

Конечно вы можете, я целый день ждал что кто-нибудь, чего-нибудь спросит
А не использую я его таким образом, потому как на самый простой инпут, ну например такой

Код: Выделить всё

%NProcShared=2
# opt B3LYP/def2tzvpp/Auto

Title Card Required

1 1
 I                  0.0   0.0   0.0

у меня вылазит синтаксическая ошибка, с указанием на точку входа, как раз с буквы d ef2...

Код: Выделить всё

 %NProcShared=2
 Will use up to    2 processors via shared memory.
 ---------------------
 # opt B3LYP/def2tzvpp
 ---------------------
 QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
 # opt B3LYP/def2tzvpp
                     '
 Last state="GCL"
 TCursr= 1177 LCursr=   12
 Error termination via Lnk1e in C:\G09W\l1.exe at Mon Oct 26 17:53:11 2015.

В этой связи у меня 2 мысли:
1. Мы с вами юзаем разные версии Г09. Вы например Д01, а я А02-SMP (да-да та самая, из того самого места). Справедливости ради, нужно сказать что я ее пользую только для отладки, считаю конечно на кластере. На одном А01, а на другом Д01
2. У вас на расчетной машине (кластере) уже кто-то сделал такой кастомный базисный набор, положил его в соответствующее место и теперь вы можете просто писать def2****
Для очистки совести, не могли бы вы кинуть мне пару gjf. и .out для чего-нибудь (того же йода, например) для PBE1PBE/def2tzvpp или любого другого понравившегося вам функционала.
А еще вопрос, когда вы пишите ваше ключевое слово def2**** он у вас псевдопотенциал включает по умолчанию?

[YuraM]

I do not think that it has something to do with the G09 versions. But who knows. The second hypothesis is also not the case.

Please find attached the input example which works with G09 below. Btw did you put few empty lines after your coordinates? Gaussian needs them for some reasons.

%chk=m1_i_ion
%NProcLinda=1
%Nprocshared=8
%mem=2500MB


#P PBEPBE/def2tzvpp/Auto SCF=(novaracc)
# SCF(MaxCycle=380) 5d 7f int=(Grid=ultrafine)

Blank line

1 1
I 0.0 0.000000000 0.0


....................

[surius]

I do not think that it has something to do with the G09 versions. But who knows. The second hypothesis is also not the case.

Please find attached the input example which works with G09 below. Btw did you put few empty lines after your coordinates? Gaussian needs them for some reasons.

%chk=m1_i_ion
%NProcLinda=1
%Nprocshared=8
%mem=2500MB


#P PBEPBE/def2tzvpp/Auto SCF=(novaracc)
# SCF(MaxCycle=380) 5d 7f int=(Grid=ultrafine)

Blank line

1 1
I 0.0 0.000000000 0.0


....................

Ну вот, сделал кипи-пасту, в чистом ее виде (да, конечно, я всегда оставляю по несколько строк после конца, иногда по 10 и более [нет я на фанатик, просто так получается, иногда]) и опять таже самая фигня на том же самом месте (def2...)

Код: Выделить всё

 ******************************************
 Gaussian 09:  IA32W-G09RevA.02 11-Jun-2009
                26-Oct-2015 
 ******************************************
 %Nprocshared=2
 Will use up to    2 processors via shared memory.
 ----------------------------------------------------------------------
 #P PBEPBE/def2tzvpp/Auto SCF=(novaracc) # SCF(MaxCycle=380) 5d 7f int=
 (Grid=ultrafine)
 ----------------------------------------------------------------------
 QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
 #P PBEPBE/def2tzvpp/Auto SCF=(novaracc) 
             '
 Last state="GCL"
 TCursr= 1177 LCursr=   10
 Error termination via Lnk1e in C:\G09W\l1.exe at Mon Oct 26 18:56:27 2015.
 Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes  1.0 seconds.
 File lengths (MBytes):  RWF=      1 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1

опустил самую фигню в начале, историю версий и копирайты.

PS
а какая ку вас версия Г09?

[YuraM]

Apparently I have D01 version. If your version does not support these basis sets the only way is to specify them manually in the input files via gen option. These are the basis sets:

http://www.cosmologic-services.de/basis ... issets.php

In my opinion, if you stick to this version of Gaussian and intend to apply these basis set routinely it could be useful to organize a script which make the input files automatically based on the Cartesian coordinates given. It will take 1-2 days to write this script - but it will economize a lot of time in the future.

[Гесс]

ИМХО путь suriusа через чтение внешних файлов более разумный чем через написание дополнительных скриптов. Если у меня бует время я гляну сегодня возможно ли это. Ничего не обещаю.

[surius]

In my opinion, if you stick to this version of Gaussian and intend to apply these basis set routinely it could be useful to organize a script which make the input files automatically based on the Cartesian coordinates given. It will take 1-2 days to write this script - but it will economize a lot of time in the future.

И вы вне всякиз сомнений правы. Если действительно вопрос встанет что нужно будет сделать 2.5 сотни инпутов ручками, то я лучше новый язык программирования выучу, с нуля, потому как ни один человек в здравом уме не будет такое колличество простыней руками переберать (это я про gen - задание базиса в явном виде).
Но тут встает вопрос, Хорошо, вот сегодня у меня 250 структур с 5 элементами и одним базисным набором. А если завтра будет 5 структур с 15 элементами и 50 хитрыми бызисами? Как по мне ссылка на файлик с пользовательским базисным набором это именно то что доктор прописал. Универсально и легко испоняемоб только раз файл базового набора собрал, для интересующих атомов и все.

Если у меня бует время я гляну сегодня возможно ли это. Ничего не обещаю.

в любом случае огромное спасибо, простите за суету, если что.

[surius]

расходимся, все уже украли до нас

Знал бы прикуп, жил бы в сочи

Будь проклят тот день, когда я сел за баранку этого пылесоса

Меня стало терзать то обстоятельство, что YuraM нормально запускает расчет просто с ключевым словом def2tzvpp. В дополнение к этому, все время не довало покоя то, что на сайте у гауссиана при описание упомянутого базисного набора сочетание букв def2tzvpp названо не как то там, а ключевым словом

Код: Выделить всё

Basis sets from of Ahlrichs and coworkers: the SV, SVP, TZV, TZVP keywords refer to the initial formations of the split valence and triple zeta basis sets from this group [Schaefer92, Schaefer94]. The keywords Def2SV, Def2SVP, Def2SVPP, Def2TZV, Def2TZVP, Def2TZVPP, Def2QZV, Def2QZVP, Def2QZVPP, and QZVP request the newer formulations [Weigend05, Weigend06].

Блин, думаю я, ну ведь не станут нормальные люди просто так сочетания букв называть ключевыми словами, правда ведь?!

Короче, я поставил расчет на кластер, где стоит D01 ревизия и расчет взлетел сразу и без лишнего писка. Отсюда, я могу заключить что либо в ревизии А01 еще эти базисы не были зашиты, либо та версия, которая сами знаете (тоppенt) откуда глючнее, чем можно представить. Может быть кто может проверить на нормальной версии А01?

Ну и конечно вопрос к тем как подгрузить кастомны базисный набор остается открытой.

[Гесс]

Попробуйте

The contents of an external file may be included within a Gaussian 09 input file using the following syntax: @filename. This causes the entire file to be placed at the current location in the input stream.

[surius]

Все, сегодня откупориваю и пью. Ура!

Если в кратце то делаем так:
1. делаем входной файлик, как обычно, но с учетом того что мы хотим в явном виде задать базисный набор functional/gen

Код: Выделить всё

%NProcShared=3
#p Opt b3lyp/gen
<---blank---line--->
6-31G(d,p) basis on C, H, ADZP for F !title
<---blank---line--->
0 1 !molecule specification
 C                  -0.05263158   -0.56390976    0.00000000
 H                   0.30402285   -1.57271976    0.00000000
 H                   0.30404126   -0.05951157    0.87365150
 H                   0.30404126   -0.05951157   -0.87365150
 F                  -1.12263158   -0.56389657    0.00000000

C H 0 ! basis set for assigned atoms
6-31G(d,p)
****
F 0 ! attention 
@ C:\G09W\tests\1\ADZP.gbs/N

@ - знак с которого должени начинаться путь к кастомномну функционалу
/N - знак которым этот путь должен заканчиваться
между ними сам путь (помним прос наклон слешей win vs *nix)

Теперь про структуру .gbs
в моем случае все супер просто, так как только один атом.

Код: Выделить всё

F     0 
S   5   1.00
  11245.07427445             0.0019652        
   1726.97986029             0.0146954        
    394.23268791             0.0752159        
    109.51217360             0.2845740        
     34.82122553             0.7132967        
S   2   1.00
     12.36386969             0.7685930        
      4.75744942             0.2615091        
S   1   1.00
      1.37400143             1.0000000        
S   1   1.00
      0.39513873             1.0000000        
S   1   1.00
      0.09146673             1.0000000        
P   4   1.00
     43.98233925             0.0210055        
      9.94469246             0.1318566        
      2.93406079             0.4006829        
      0.91404725             0.6160201        
P   1   1.00
      0.26664491             1.0000000        
P   1   1.00
      0.07298291             1.0000000        
D   1   1.00
      1.68949991             1.0000000        
D   1   1.00
      0.46367791             1.0000000        
****

в данном случае я выбрал самий странный набор какой попался на глаза - ADZP EMSL Basis Set Exchange Library
Если бы у вас было больше чем 1 атом, то ин нужно писать друг за другом, без пробелов (собственно также как вы бы писали в теле инпута).
Если предполагается использовать ECP, то из порядок точно такой же как был бы в теле инпута: блок с базисными наборами для атомов, пустая строка и блок ECP, просто встык, без пустых строк, без звездочек.

Только важно помнить что нельзя сделать универсальных файлик конкретного базисного набора, для всех атомов, а использовать только для одного или нескольких из них. Иными словами придется немного допиливать под конекретную задачу, но это конечно мелочи.

Profit

PS
в архиве оба файла (.gjf и .gbs). и незабудте сменить путь в инпуте

всем огромное спасибо за помощь!!!

[Гесс]

У мну 2 вопроса, сам не проверял
1) а точно /N надо? там откуда я стыбрил процитированную фразу сказано

Appending /N to such commands will prevent the included file’s contents from being echoed at the start of the output file.

Ну повторит в начале инпута и бог с ним?
2) а если давать файл с базисами для всех элементов, то гауссиан не будет ругаться что "платины в молекуле нет а в базисе есть?"
А, прочел ваш ответ внимательнее, что будет.

Только важно помнить что нельзя сделать универсальных файлик конкретного базисного набора, для всех атомов, а использовать только для одного или нескольких из них. Иными словами придется немного допиливать под конекретную задачу, но это конечно мелочи.

Это серьезно недостаток.
То есть опять нужен скрипт который будет определять все типы атомов в инпуте и дописывать в конце строки ссылки на базисные файлы. Это почти так же плохо как скриптовое добавление полных базисов в инпут.

[surius]

Это серьезно недостаток. То есть опять нужен скрипт который будет определять все типы атомов в инпуте и дописывать в конце строки ссылки на базисные файлы. Это почти так же плохо как скриптовое добавление полных базисов в инпут.

Я бы просто тогда сделал с 10 разных файликов, по одному на каждый элемент, и приписывал бы их. Редко когда в молекуле больше 7-10 разных типов атомов. Не тек удобно как могло бы быть, но лучше чем никак.

Только не уверен что так можно

[Гесс]

Это серьезно недостаток. То есть опять нужен скрипт который будет определять все типы атомов в инпуте и дописывать в конце строки ссылки на базисные файлы. Это почти так же плохо как скриптовое добавление полных базисов в инпут.

Я бы просто тогда сделал с 10 разных файликов, по одному на каждый элемент, и приписывал бы их. Редко когда в молекуле больше 7-10 разных типов атомов. Не тек удобно как могло бы быть, но лучше чем никак.

Только не уверен что так можно

Думаю можно, и лучше чем никак, но все равно нефонтан. Неавтоматичненько

[YuraM]

Yes, this is the point - it is not automatic while the script I meant would be really automatic. I would argue for scripting for many reasons because :
a) it is automatic
b) with a bit of script modification you can generate the input file for different program.
c) with smart scripting you could have the paths to different libraries of the basis sets (you could specify the basis set via the command line option).

And, after all, by writing the script you would get some coding practise which is really valuable in our business.

[Гесс]

Yes, this is the point - it is not automatic while the script I meant would be really automatic. I would argue for scripting for many reasons because :
a) it is automatic
b) with a bit of script modification you can generate the input file for different program.
c) with smart scripting you could have the paths to different libraries of the basis sets (you could specify the basis set via the command line option).

And, after all, by writing the script you would get some coding practise which is really valuable in our business.

I would disagree. Yes, to make it more comfortable you still need a script. But more simple one than a one that write the full basis set to the end of a file. And input looks much more elegant without this useless basisset information.
I amn't sure that this script would be on use for other programs. For example GAMESS does exactly what TS wants - read data from named file.
And the last, very personal - personally I hate the scriptwriting, whenever have to do it quite regular.

[Гесс]

Вопрос такой, когда лучше брать эту ECP часть, а когда можно не брать, а ограничится только обычным базисным набором. И что будет если не брать ECP (я так понимаю расчет должен быть дольше, или даже точнее ускорялка не включится). А есть ли явный профит в неиспользовании ECP части. Да и вообще могу ли ее не использовать или обязан???

Я подозреваю что обязаны. В противном случае я подозреваю недостаточное экранирование внешних электронов. ИМХО псевдопотенциальная часть достаточно дешева (поправьте если я ошибаюсь) чтоб не делать таких рискованных поступков.

расходимся, все уже украли до нас

Знал бы прикуп, жил бы в сочи

Будь проклят тот день, когда я сел за баранку этого пылесоса

ППКС под каждой цитатой.

[surius]

Вопрос такой, когда лучше брать эту ECP часть, а когда можно не брать, а ограничится только обычным базисным набором. И что будет если не брать ECP (я так понимаю расчет должен быть дольше, или даже точнее ускорялка не включится). А есть ли явный профит в неиспользовании ECP части. Да и вообще могу ли ее не использовать или обязан???

Я подозреваю что обязаны. В противном случае я подозреваю недостаточное экранирование внешних электронов. ИМХО псевдопотенциальная часть достаточно дешева (поправьте если я ошибаюсь) чтоб не делать таких рискованных поступков.

Вы правы из самых общих соображение, это криминал, на который идти нет никакого смысла. Но я ведь крутился тут вокруг да около и все таки решил проверить. Дай думаю сравню, че там оно насчитает, вдруг не совсем билиберду?
И первое что со мной приключилось, так это процедура SCF после 140 циклов не сошлась, просто ни разу, даже близко не подошла. Ну и понятно расчет вылетел с ошибкой. Может оно и к лучшему! Бери что дают (по крайней мере на том уровне как я с этим играю) - в том плане что если купил блюдо (базисный набор), то нужно есть его полностью, а не ковыряться, пытаясь вытащить морковку (да простит меня морковка, я ее в общем-то люблю).