Откуда есть пошел nCoV-2019

здесь можно обсудить кошечек и ёжиков
Ответить
kbob
Сообщения: 1470
Зарегистрирован: Сб окт 17, 2009 9:48 am

Откуда есть пошел nCoV-2019

Сообщение kbob » Пт янв 31, 2020 12:09 pm

Доброго утречка фсем.

Все наверное наслышаны, что есть такой коронавирус nCoV-2019 в Китае. хотелось бы обсудить вопрос откуда он взялся.

Естественно официальная версия что "с рынка", но это не бъется с некоторыми научными исследования в которых обнаружено, что первые двое заболевший не были на том рынке.
Изображение
А последующие тоже не все туда ходили

Есть предположение, что вирус вырвался из научной лаборатории, которая в том самом Ухане тоже есть.
Ухань, 4 мая /Синьхуа/ — «Можно с гордостью сказать, что в исследованиях иммунных механизмов летучих мышей, позволяющих им длительное время быть переносчиками вирусов и при этом не болеть самим, мы вошли в число мировых лидеров. Есть надежда, что летучие мыши, которые переносят вирусы, не болея, научат и людей, как сопротивляться вирусам».
Перейдем к главному, у вируса был прочитан геном и оказалось, что ближайшим к нему является RaTG1, идентичный на 96%, однако область S-шипа, который ответственен за прикрепление вируса к клетке хозяина у них отличается, поэтому RaTG1 не заразен для человека.

Из данных, показанных в препринте (рисунок 4), похоже, что большинство различий между RaTG13 и nCoV-2019 ограничены петлей 2 мотива связывания рецептора ACE2 (позиции ~ 450-500).

Поиск похожей последовательности этого мотива привел к малайским панголинам и к предположению о образовании вируса nCoV-2019 путем рекомбинации RaTG13 и вируса из легких панголины.

Не знаю является ли это окончательной версией, но вероятность возникновения этого вируса в лаборатории возрастает. Поскольку панголины не соседствуют с летучими мышами в природе.
If you are not part of the solution, you are part of the precipitate.

kbob
Сообщения: 1470
Зарегистрирован: Сб окт 17, 2009 9:48 am

Re: Откуда есть пошел nCoV-2019

Сообщение kbob » Пт янв 31, 2020 4:17 pm

Попросила наших ребят выяснить, есть ли среди заболевших коронавирусом не этнические китайцы.
Выяснили.
Все заболевшие - или китайцы, или 'выяснить не удалось, поскольку врачебная тайна'.
Во Франции, в Италии - везде этнические китайцы. В Германии имена и этническая принадлежность не обнародованы. В США - врачебная тайна.
Забавно, если понимаешь в чем причина.
If you are not part of the solution, you are part of the precipitate.

Dilitiypolidivinil

Re: Откуда есть пошел nCoV-2019

Сообщение Dilitiypolidivinil » Пт янв 31, 2020 8:32 pm

https://www.biorxiv.org/content/10.1101 ... 6.919985v1

"A novel coronavirus (2019-nCov) was identified in Wuhan, Hubei Province, China in December of 2019. This new coronavirus has resulted in thousands of cases of lethal disease in China, with additional patients being identified in a rapidly growing number internationally. 2019-nCov was reported to share the same receptor, Angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2), with SARS-Cov. Here based on the public database and the state-of-the-art single-cell RNA-Seq technique, we analyzed the ACE2 RNA expression profile in the normal human lungs. The result indicates that the ACE2 virus receptor expression is concentrated in a small population of type II alveolar cells (AT2). Surprisingly, we found that this population of ACE2-expressing AT2 also highly expressed many other genes that positively regulating viral reproduction and transmission. A comparison between eight individual samples demonstrated that the Asian male one has an extremely large number of ACE2-expressing cells in the lung. This study provides a biological background for the epidemic investigation of the 2019-nCov infection disease, and could be informative for future anti-ACE2 therapeutic strategy development."

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11925
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Откуда есть пошел nCoV-2019

Сообщение Гесс » Пт янв 31, 2020 10:40 pm

Немецкое "масс-медиа" утверждает что имеется первый заболевший немецкий ребенок (не только по гражданству но и по родителям), и что вообще спектр заболевших национально разношерстный. Безусловно может врать но в целом если китай не врёт про уровень смертности в несколько процентов - на эту эпидемию у меня гораздо меньше надежд чем было на переход конфликта в районе Ирана в ТМВ.

kbob
Сообщения: 1470
Зарегистрирован: Сб окт 17, 2009 9:48 am

Re: Откуда есть пошел nCoV-2019

Сообщение kbob » Сб фев 01, 2020 5:03 am

Вакцину делали против SARS-а и она вызывает гиперимунный ответ на другие коронавирусы. Надо смотреть кого из китайцев вакцинировали - он и помрет, остальные по-кашляют слегка.

Тут более полное руководство по конспирологии в этом направлении.
If you are not part of the solution, you are part of the precipitate.

kbob
Сообщения: 1470
Зарегистрирован: Сб окт 17, 2009 9:48 am

Re: Откуда есть пошел nCoV-2019

Сообщение kbob » Сб фев 01, 2020 6:24 am

ладно вернемся к происхождения нашего вируса - http://virological.org/t/phylodynamic-a ... n-2020/356
Филогинетики накапливают статистику по мутациям и ищут most recent common ancestor (MRCA) вируса.
Пока данные такие
The rate of evolution of the virus

Код: Выделить всё

Coalescent model 	Estimated rate 	     95% interval
Constant size 	        1.27x10-3 	0.62x10-3 – 2.00x10-3
Exponential growth 	1.29x10-3 	0.63x10-3 – 2.03x10-3
The estimated date of the MRCA

Код: Выделить всё

Coalescent model 	Estimated TMRCA 	95% interval
Constant size 	        26-Nov-2019 	30-Oct-2019 – 18-Dec-2019
Exponential growth 	07-Dec-2019 	19-Nov-2019 – 20-Dec-2019
когда вирус проник в популяция скоро будет известно с высокой точностью
If you are not part of the solution, you are part of the precipitate.

kbob
Сообщения: 1470
Зарегистрирован: Сб окт 17, 2009 9:48 am

Re: Откуда есть пошел nCoV-2019

Сообщение kbob » Сб фев 01, 2020 7:18 am

Гесс писал(а):
Пт янв 31, 2020 10:40 pm
Немецкое "масс-медиа" утверждает...
Для вас как человека не доверяющего твиттеру, такое смелое утверждения (даже без ссылки на первоистояник) выглядит чрезвычайно странно :D
Как давно вы начали доверять немецким "масс-медиа"? :clap:

Злые языки говорят, что они там болеют играя в нарды и смотря телевизор, а бы тоже так по-болел.
Последний раз редактировалось kbob Сб фев 01, 2020 9:37 am, всего редактировалось 1 раз.
If you are not part of the solution, you are part of the precipitate.

kbob
Сообщения: 1470
Зарегистрирован: Сб окт 17, 2009 9:48 am

Re: Откуда есть пошел nCoV-2019

Сообщение kbob » Сб фев 01, 2020 9:10 am

Dilitiypolidivinil писал(а):
Пт янв 31, 2020 8:32 pm
https://www.biorxiv.org/content/10.1101 ... 6.919985v1

"A novel coronavirus (2019-nCov) was identified in Wuhan, Hubei Province, China in December of 2019. This new coronavirus has resulted in thousands of cases of lethal disease in China, with additional patients being identified in a rapidly growing number internationally. 2019-nCov was reported to share the same receptor, Angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2), with SARS-Cov. Here based on the public database and the state-of-the-art single-cell RNA-Seq technique, we analyzed the ACE2 RNA expression profile in the normal human lungs. The result indicates that the ACE2 virus receptor expression is concentrated in a small population of type II alveolar cells (AT2). Surprisingly, we found that this population of ACE2-expressing AT2 also highly expressed many other genes that positively regulating viral reproduction and transmission. A comparison between eight individual samples demonstrated that the Asian male one has an extremely large number of ACE2-expressing cells in the lung. This study provides a biological background for the epidemic investigation of the 2019-nCov infection disease, and could be informative for future anti-ACE2 therapeutic strategy development."
Читал этот припринт пару дней назад, в комментах их тапками закидали - статистики из 8 человек один из которых китаец (5 афроафриканцев + 2 белых) недостаточно для таких смелых выводов.
If you are not part of the solution, you are part of the precipitate.

Dilitiypolidivinil

Re: Откуда есть пошел nCoV-2019

Сообщение Dilitiypolidivinil » Сб фев 01, 2020 10:44 am

kbob писал(а):
Сб фев 01, 2020 9:10 am
Dilitiypolidivinil писал(а):
Пт янв 31, 2020 8:32 pm
https://www.biorxiv.org/content/10.1101 ... 6.919985v1

"A novel coronavirus (2019-nCov) was identified in Wuhan, Hubei Province, China in December of 2019. This new coronavirus has resulted in thousands of cases of lethal disease in China, with additional patients being identified in a rapidly growing number internationally. 2019-nCov was reported to share the same receptor, Angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2), with SARS-Cov. Here based on the public database and the state-of-the-art single-cell RNA-Seq technique, we analyzed the ACE2 RNA expression profile in the normal human lungs. The result indicates that the ACE2 virus receptor expression is concentrated in a small population of type II alveolar cells (AT2). Surprisingly, we found that this population of ACE2-expressing AT2 also highly expressed many other genes that positively regulating viral reproduction and transmission. A comparison between eight individual samples demonstrated that the Asian male one has an extremely large number of ACE2-expressing cells in the lung. This study provides a biological background for the epidemic investigation of the 2019-nCov infection disease, and could be informative for future anti-ACE2 therapeutic strategy development."
Читал этот припринт пару дней назад, в комментах их тапками закидали - статистики из 8 человек один из которых китаец (5 афроафриканцев + 2 белых) недостаточно для таких смелых выводов.

Этл просто первое внятное, что мне попалось вчера под вечер, касательно всей этой истории. каментов не читал, т.к. в генетике я - полный профан.

Кстати вопрос с дивана, если вы в этом разбираетесь. Есть ли какие-то способы установить искусственное происхождение микроорганизма, или нет?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11925
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Откуда есть пошел nCoV-2019

Сообщение Гесс » Сб фев 01, 2020 10:59 am

kbob писал(а):
Сб фев 01, 2020 7:18 am
Гесс писал(а):
Пт янв 31, 2020 10:40 pm
Немецкое "масс-медиа" утверждает...
Для вас как человека не доверяющего твиттеру, такое смелое утверждения (даже без ссылки на первоистояник) выглядит чрезвычайно странно :D
Как давно вы начали доверять немецким "масс-медиа"? :clap:
Никогда не доверял и помоему это очевидно из построения фразы. И первоисточник отсутствует по той же причине.

kbob
Сообщения: 1470
Зарегистрирован: Сб окт 17, 2009 9:48 am

Re: Откуда есть пошел nCoV-2019

Сообщение kbob » Сб фев 01, 2020 11:47 am

Dilitiypolidivinil писал(а):
Сб фев 01, 2020 10:44 am

Кстати вопрос с дивана, если вы в этом разбираетесь. Есть ли какие-то способы установить искусственное происхождение микроорганизма, или нет?
Есть, зайти в лабораторию и изъять документацию.

В естественных условиях у вирусов особенно одноцепочечных нет механизма исправления мутаций, кроме естественного отбора.
На интерактивной картинке в статье можно посмотреть филогенетические дерево nCoV-2019 и как быстро он мутирует.
Но это вирус попавший в человеческую популяцию от другого носителя, он в течении долгого времени приспосабливался к старому носителю, а сейчас приспосабливается к человеку, а так просто в одну мутацию вирус не может сменить хозяина, потому что мембранные белки различаются у разных видов, зато у вирусов есть механизм рекомбинации геномов, в последнем случае тем не менее оба вируса должны быть заразными для одного носителя.

Искусственное происхождение можно доказать методом исключения, то-есть установить, что вирус nCoV-2019 не мог получится рекомбинацией двух известных вирусов одного носителя и не мог преодолеть межвидовой барьер путем единичных мутаций.

Для вируса nCoV-2019 установлено, что одна часть генома похожа на RaTG13 летучих мышей, а другая часть отвечающая за связывание с рецептором ACE2 приобретена "неизвестно откуда", вот это "неизвестно откуда" и дает повод предполагать, что он lab-made вирус.

Если предположит не лабораторный процесс, то этот "неизвестный" фрагмент с одной стороны, должен принадлежать неизвестному вирусу вирулентному для генетически близкого к человеку вида, болеющего еще и вирусами летучих мышей (чтобы в его организме произошла рекомбинация).
Потом этот неизвестный вид должен попасть на рынок морепродуктов в Ухане - сложная головоломка!
If you are not part of the solution, you are part of the precipitate.

Dilitiypolidivinil

Re: Откуда есть пошел nCoV-2019

Сообщение Dilitiypolidivinil » Сб фев 01, 2020 11:52 am

kbob писал(а):
Сб фев 01, 2020 11:47 am
Dilitiypolidivinil писал(а):
Сб фев 01, 2020 10:44 am

Кстати вопрос с дивана, если вы в этом разбираетесь. Есть ли какие-то способы установить искусственное происхождение микроорганизма, или нет?
Есть, зайти в лабораторию и изъять документацию.
Ага, спасибо, т.е. практически низззя.
Потом этот неизвестный вид должен попасть на рынок морепродуктов в Ухане - сложная головоломка!
Надо подождать, короче говоря, пока не просочиться больше информации. Меня, как далекого от генетики и вирусологии человека очень настораживают их оперативные меры, их масштаб и контроль. Что-то не так тут.

kbob
Сообщения: 1470
Зарегистрирован: Сб окт 17, 2009 9:48 am

Re: Откуда есть пошел nCoV-2019

Сообщение kbob » Сб фев 01, 2020 5:45 pm

Dilitiypolidivinil писал(а):
Сб фев 01, 2020 11:52 am
Надо подождать, короче говоря, пока не просочиться больше информации. Меня, как далекого от генетики и вирусологии человека очень настораживают их оперативные меры, их масштаб и контроль. Что-то не так тут.
Да, какие меры, у них тестовых наборов хватает на 2000 анализов в день - https://www.biancoresearch.com/coronavi ... 20-day-16/
If you are not part of the solution, you are part of the precipitate.

Dilitiypolidivinil

Re: Откуда есть пошел nCoV-2019

Сообщение Dilitiypolidivinil » Сб фев 01, 2020 9:40 pm

Они армию привлекли по полной, блокировали города, не было такого ни разу в их истории. Наверняка количество жертв врут, причем сильно. Не просто так все это.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11925
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Откуда есть пошел nCoV-2019

Сообщение Гесс » Сб фев 01, 2020 9:54 pm

Оттуда стримит европеец на английском. При том что он даёт подвижную картинку с большой территории (он сегодня в магазин за покупками ходил) можно иметь надежду что он действительно там где утверждает, и так как в стриме нет восхваления или обсуждения действий властей - можно надеяться что он относительно нейтрален. Ну ... на ракун-сити пока не похоже.

kbob
Сообщения: 1470
Зарегистрирован: Сб окт 17, 2009 9:48 am

Re: Откуда есть пошел nCoV-2019

Сообщение kbob » Вс фев 02, 2020 3:29 am

Давайте происхождение вируса искать без политики.
Кстати хорошая новость индийские ученые отозвали статью о связи nCoV-2019 с вирусом СПИД.
https://twitter.com/cshperspectives/sta ... 2667804673
If you are not part of the solution, you are part of the precipitate.

Demiurg
Сообщения: 561
Зарегистрирован: Вт мар 09, 2010 3:33 pm

Re: Откуда есть пошел nCoV-2019

Сообщение Demiurg » Вс фев 02, 2020 9:20 am

Уважаемый kbob!

А почему Вас привлекает именно версия об искусственном происхождении этого коронавируса?

kbob
Сообщения: 1470
Зарегистрирован: Сб окт 17, 2009 9:48 am

Re: Откуда есть пошел nCoV-2019

Сообщение kbob » Вс фев 02, 2020 11:46 am

Demiurg писал(а):
Вс фев 02, 2020 9:20 am
Уважаемый kbob!

А почему Вас привлекает именно версия об искусственном происхождении этого коронавируса?
Исключительно с субъективной точки зрения, поскольку она предполагает, что я не заболею тяжело и не умру. Хочется верить в лучшее!

Хотя по последним моим предположением тяжесть заболевания которую связывают в наступлением у пациента cytokine storms для других типов вирусов (флавивирусов) объясняется двумя последовательными иммунными ответами на два похожих подтипа одного и того же вируса (первый иммунный ответ может быть вызван вакцинацией).
Высокая степень идентичности последовательностей, общих для флавивирусов, приводит к перекрестным реакциям, которые могут действовать как «Обоюдоострый меч», либо усиливающий защиту, либо снижающий иммунный ответ после последовательной инфекции.
При последовательных инфекциях с вирусами родственной последовательности вторичный ответ, включающий либо антитела, либо Т-клетки, может быть обусловлен отзывом клеток памяти, сгенерированных во время первичного воздействия. Этот процесс был впервые описан для ответов антител против гриппа, и поскольку первичные и вторичные заражающие вирусы могут существенно различаться, отзыв реакции памяти может привести к мобилизации клонов с низкой авидностью, что, в свою очередь, может поставить под угрозу ответ на вторичную инфекцию, этот процесс называется первородным антигенным грехом.
Многие перекрестно-реактивные Т-клетки памяти мобилизуются во время вторичной флавивирусной инфекции, и эти клетки часто имеют более высокую авидность к первичному заражающему вирусу и демонстрируют искаженный ответы с большей продукцией цитокинов.
В данном случае часть китайцев переболевших вирусом SARS, при последующем инфицировании 2019-nCoV переносят тяжелое течения болезни. Всего было отмечено 8437 случаев заболевания - наверное свистят и цифра занижена или скорее всего за 18 лет была изобретена вакцина от SARS и часть населения была вакцинирована.
С другой стороны интересно понять откуда взялся такой похожий и в тоже время непохожий вирус, не являлся ли он частью программы по разработке вакцины.
If you are not part of the solution, you are part of the precipitate.

Аватара пользователя
antabu
Сообщения: 3355
Зарегистрирован: Пн май 25, 2009 7:00 pm

Re: Откуда есть пошел nCoV-2019

Сообщение antabu » Вс фев 02, 2020 5:31 pm

В лаборатории в Ухане случилось нечто непредвиденное: произошла утечка не совсем еще доработанного вируса.
http://lebed.com/2020/7845.htm
Мой Карфаген обязан быть разрушен.
Новодворская.

kbob
Сообщения: 1470
Зарегистрирован: Сб окт 17, 2009 9:48 am

Re: Откуда есть пошел nCoV-2019

Сообщение kbob » Вс фев 02, 2020 5:46 pm

antabu писал(а):
Вс фев 02, 2020 5:31 pm
В лаборатории в Ухане случилось нечто непредвиденное: произошла утечка не совсем еще доработанного вируса.
http://lebed.com/2020/7845.htm
А д-р Исследования доктора Лайбера давно стали частью амбициозной схемы Илона Маска по внедрению нанотехнологий в организм человека, в том числе и в его мозг.
:clap: :clap: :clap:

Подкину дровишек, если желаете - https://www.pnas.org/content/105/50/19944
Generation and Recovery of Chimeric Bat-SRBD.

The ectodomain of Spike can be exchanged among CoVs, altering host-range specificity (25, 26). To test whether the RBDs of Bat-SCoV and SARS-CoV were interchangeable, we replaced the Bat-SCoV RBD (amino acid 323–505) with the SARS-CoV RBD (amino acid 319–518) (27, 28) (GenBank accession no. FJ211860), simulating a theoretical recombination event that might occur during mixed infection in vivo (Fig. 1B). After electroporation, Bat-SRBD genome RNA and leader-containing subgenomic mRNA transcripts were detected (Fig. 1C), and progeny virions were detected by plaque assay. After 2 additional passages, the population genome sequence was identical to the Bat-SRBD molecular clone. However, 4 nucleotides exhibited dual peaks on the sequencing electropherograms, suggesting quasispecies variation at these positions (Table S1). Recovery and passage of Bat-SRBD demonstrated the functional interchangeability of human and animal SARS-CoV-like RBDs.
Генерация и восстановление химерного вируса Bat-SRBD

Эктодомен шипа может обмениваться между коронавирусами, изменяя специфичность диапазона хозяев . Чтобы проверить, являются ли RBDs (receptor-binding domain) Bat-SCoV и SARS-CoV взаимозаменяемыми, мы заменили RBD Bat-SCoV (аминокислота 323–505) на RBD SARS-CoV (аминокислота 319–518), имитирующий теоретическое событие рекомбинации, которое может произойти во время смешанной инфекции in vivo. После электропорации были обнаружены РНК Bat-SRBD генома и лидерсодержащие субгеномные транскрипты мРНК, а вирионы потомства были обнаружены с помощью анализа бляшек. После 2 дополнительных пассажей последовательность популяционного генома была идентична молекулярному клону Bat-SRBD. Тем не менее, 4 нуклеотида показали двойные пики на электроферограммах секвенирования, что свидетельствует о квазидисперсном изменении в этих положениях. Восстановление и пассирование Bat-SRBD продемонстрировали функциональную взаимозаменяемость человеческих и животных SARS-CoV-подобных RBD.
Наверное китаец в носке пытался вывести химерный вирус из США, а потом носок не постирал, что положило начало эпидемии. :D
If you are not part of the solution, you are part of the precipitate.

Ответить

Вернуться в «лицом к лицу»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: Google Adsense [Bot], Majestic-12 [Bot], зыркало1 и 5 гостей