У меня вопрос ко всем. Почему никто не продает ферментподобные катализаторы?
Что я имею в виду. Как известно в ферментативном катализе участвует небольшое количество атомов находящихся в активном центре. Причем с точностью до долей ангстрема известно, какой атом с какого направления какую связь атакует. Вся остальная огромная полипептидная цепь нужна для управления работой фермента (в какое место фермент встроить в какой момент запустить). По моему, ежику понятно, что нужно воспроизводить конструкцию активных центров с исключением всей той ерунды, которая на них понавешена. Я был уверен, что сегодня не проблема рассчитать короткие полимеры (или длинные мономеры), которые удерживали бы атомы участвующие в акте катализа в таком взаимном расположение, которое они имеют в активном центре и синтезировать, в разумные сроки и за разумные деньги, такие действующие модели ферментов.
Почему этго ни кто не делает ? Или все таки кто-то делает ?
У меня вопрос ко всем. Почему
Re: У меня вопрос ко всем. Почему
А зачем? Их выделяют из природных соединений. Это дешевле, нежели синтез. А потом, там всё гораздо сложнее, нежели видится со стороны и на бумаге.tekhnolog писал(а):У меня вопрос ко всем. Почему никто не продает ферментподобные катализаторы?
Что я имею в виду. Как известно в ферментативном катализе участвует небольшое количество атомов находящихся в активном центре. Причем с точностью до долей ангстрема известно, какой атом с какого направления какую связь атакует. Вся остальная огромная полипептидная цепь нужна для управления работой фермента (в какое место фермент встроить в какой момент запустить). По моему, ежику понятно, что нужно воспроизводить конструкцию активных центров с исключением всей той ерунды, которая на них понавешена. Я был уверен, что сегодня не проблема рассчитать короткие полимеры (или длинные мономеры), которые удерживали бы атомы участвующие в акте катализа в таком взаимном расположение, которое они имеют в активном центре и синтезировать, в разумные сроки и за разумные деньги, такие действующие модели ферментов.
Почему этго ни кто не делает ? Или все таки кто-то делает ?
-=Jedem das Seine=-
Блин. Какие ещё стиральные порошки?
Чел спрашивает про биомиметический катализ.
А там чёрт ногу сломит. Ибо расположение функциональных групп ферментов, участвующих в катализе, известно лишь для какого-нибудь относительно термодинамически стабильного состояния комплекса фермент-субстрат (или фермент-полупродукт).
А вот какие изменения происходят, когда этот комплекс фермент-субстрат становится тем, что называется переходным состоянием - боюсь, что неизвестно никому. А вожно знать расположение функциональных групп именно в переходном состоянии. А при этом меняется относительное расположение всего и вся в этом комплексе.
К словам ИСНа могу добавить пару ссылок.
Breslow, R. "Biomimetic Chemistry and Artificial Enzymes: Catalysis by Design" Acc. Chem. Res. 1995, 28, 146-153
Rowan, S. J.; Sanders, J. K. M. "Enzyme models: design and selection" Curr Opin. Chem. Biol. 1997, 1, 483-490
Вобщем с рациональным дизайном всё не так просто
Но
Есть комбинаторные методы
Одно время разные деятели выращивали антитела, которые могли стабилизировать переходное состояние какой-либо модельной реакции. В первом приближении это делалось так.
Брали молекулу, которая по своим электронным свойствам являлась аналогом переходного состояния. Потом из большой библиотеки этих долбаных антител методом чемто напиминающим аффинную хроматографию выбирали те антитела, которые "цеплялись" к этой "молекуле похожей на переходное состояние". Ну и вобщем, находились антитела, которые действительно чтото катализировали.
Например
Lerner, R. A.; Benkovich, S. J.; Schultz, P. G. Science, 1991, 252, 659-667
Ну и там всякие извращения с библтотеками из РНК. Метод называется SELEX. Но я про него мало чего читал.
Чел спрашивает про биомиметический катализ.
А там чёрт ногу сломит. Ибо расположение функциональных групп ферментов, участвующих в катализе, известно лишь для какого-нибудь относительно термодинамически стабильного состояния комплекса фермент-субстрат (или фермент-полупродукт).
А вот какие изменения происходят, когда этот комплекс фермент-субстрат становится тем, что называется переходным состоянием - боюсь, что неизвестно никому. А вожно знать расположение функциональных групп именно в переходном состоянии. А при этом меняется относительное расположение всего и вся в этом комплексе.
К словам ИСНа могу добавить пару ссылок.
Breslow, R. "Biomimetic Chemistry and Artificial Enzymes: Catalysis by Design" Acc. Chem. Res. 1995, 28, 146-153
Rowan, S. J.; Sanders, J. K. M. "Enzyme models: design and selection" Curr Opin. Chem. Biol. 1997, 1, 483-490
Вобщем с рациональным дизайном всё не так просто
Но
Есть комбинаторные методыОдно время разные деятели выращивали антитела, которые могли стабилизировать переходное состояние какой-либо модельной реакции. В первом приближении это делалось так.
Брали молекулу, которая по своим электронным свойствам являлась аналогом переходного состояния. Потом из большой библиотеки этих долбаных антител методом чемто напиминающим аффинную хроматографию выбирали те антитела, которые "цеплялись" к этой "молекуле похожей на переходное состояние". Ну и вобщем, находились антитела, которые действительно чтото катализировали.
Например
Lerner, R. A.; Benkovich, S. J.; Schultz, P. G. Science, 1991, 252, 659-667
Ну и там всякие извращения с библтотеками из РНК. Метод называется SELEX. Но я про него мало чего читал.
Ну так и библиотеки пептидов с разными модифицироваными аминокислотами вовсю скринирует на всякую каталитическую активность (кажется ваш местный Eric Carriera к этому тож лапу приложил) и ее и выходы большие, токма это всё равно не то, про что чел то спросил.
З. Ы. Дай-ка пожалуста ссылку на этот тиазоловый катализатор Штеттера.
З. Ы. Дай-ка пожалуста ссылку на этот тиазоловый катализатор Штеттера.
Для этого существует гауссиан.Cherep писал(а):А вот какие изменения происходят, когда этот комплекс фермент-субстрат становится тем, что называется переходным состоянием - боюсь, что неизвестно никому.
Если субстрат не слишком велик, либо в процессе участвует лишь его фрагмент, без общего влияния конформации и, т.о. на ферменте также можно выделить активную область, то можно просчитать переходное состояние полностью (поиппацца придётся, конечно, но ежели есть ентузиазьм, либо нужда материальная... ) - он те даже кино покажет. 
-=Jedem das Seine=-
Не нужны, да нужны.
Теорий ферментативного катализа - вагон.
А на практике работающей модели нет.
Да за это Нобеля могут дать, небось. За рационально придуманый синтетический фермент.
Вот с целью синтеза какого-нибудь (полу)продукта так такой катализатор может и действительно не нужен. Хотя и это вопрос спорный.
Например, вон метанол из метана тока бактерии эффективно пока могут делать. И если подумать, то примеров можно привести много.
И ваще, ферментативный катализ в промышленном масштабе используется. Как в бактериях, так и в реакторе. Так почему б эту ботву не юзать. Ну, если б она была
Но это ПМСМ, есс-но.
Теорий ферментативного катализа - вагон.
А на практике работающей модели нет.
Да за это Нобеля могут дать, небось. За рационально придуманый синтетический фермент.
Вот с целью синтеза какого-нибудь (полу)продукта так такой катализатор может и действительно не нужен. Хотя и это вопрос спорный.
Например, вон метанол из метана тока бактерии эффективно пока могут делать. И если подумать, то примеров можно привести много.
И ваще, ферментативный катализ в промышленном масштабе используется. Как в бактериях, так и в реакторе. Так почему б эту ботву не юзать. Ну, если б она была
Но это ПМСМ, есс-но.
Миром правят деньги и... рациональное их использование.Cherep писал(а):Не нужны, да нужны.
Теорий ферментативного катализа - вагон.
А на практике работающей модели нет.
Да за это Нобеля могут дать, небось. За рационально придуманый синтетический фермент.
Вот с целью синтеза какого-нибудь (полу)продукта так такой катализатор может и действительно не нужен. Хотя и это вопрос спорный.
Например, вон метанол из метана тока бактерии эффективно пока могут делать. И если подумать, то примеров можно привести много.
И ваще, ферментативный катализ в промышленном масштабе используется. Как в бактериях, так и в реакторе. Так почему б эту ботву не юзать. Ну, если б она была
Но это ПМСМ, есс-но.
Метанол из метана делается повсеместно и исключительно так уже многие десятилетия (смесь метана с воздухом на катализаторах). Патентов сам видел сколько - за один раз не унесёшь. 
Конверсия прекрасная, стоит процесс копейки. Зачем изобретать велосипед? Что касается более сложных продуктов, то ферменты используются очень широко, как непосредственно выделенные, так и в составе живых организмов (с какого там века у нас самогон-то варят?..). Я хочу сказать, что совершенно не нужны синтетические аналоги ферментов. Я уже отмечал тот момент, что это не нужно на современном этапе развития науки и технологии. Возможно, когда мы научимся моделировать подобные реакции очень точно, и сможем подбирать (не та ущербная комбинаторика и компьютерная химия, что есть нынче, и которой жить осталось не долго ) структуру фермента под ту или иную реакцию, которая не происходит на "естественных" ферментах, тогда полезно будет использовать синтетический подход к таким "катализаторам". Да и то, никогда не станут синтезировать их полностью (сейчас это просто невозможно), а лишь частично изменять структуру имеющихся природных.-=Jedem das Seine=-
Спасибо всем, кто обратил внимание на мой вопрос, большое спасибо тем, кто ответил.
Короче я все понял дела с биомиметическим подходом к дизайну катализаторов обстоят хреново. Кто-то, где-то, чего-то, но ничего промышленного и крупнотоннажного нет. Мне стыдно признаться, но у меня есть свои идеи, как следует решать эту проблему. В двух абзацах не расскажешь, а сообщение длиннее на форуме ни кто, я полагаю, не читает. Но, тем не менее, изложить свои идеи с примерами авторитетному специалисту хочется. Если такой специалист согласится меня выслушать, то я обещаю быть ненавязчи-вым и постараюсь быть конкретным и кратким.
Короче я все понял дела с биомиметическим подходом к дизайну катализаторов обстоят хреново. Кто-то, где-то, чего-то, но ничего промышленного и крупнотоннажного нет. Мне стыдно признаться, но у меня есть свои идеи, как следует решать эту проблему. В двух абзацах не расскажешь, а сообщение длиннее на форуме ни кто, я полагаю, не читает. Но, тем не менее, изложить свои идеи с примерами авторитетному специалисту хочется. Если такой специалист согласится меня выслушать, то я обещаю быть ненавязчи-вым и постараюсь быть конкретным и кратким.
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 9 гостей