imaginary frequencies in PRIRODA

[YuraM]

После того как проведена оптимизация в программе природа, если одна или несколько мнимых частот были найдены, пишет ли программа какую-либо фразу типа как в Гауссиане "imaginary frequencies (negative Signs) ****** " или что-то в этом роде? просто лень проглядывать каждый файл..

[amge]

Чтобы найти частоты, нужно после оптимизации запустить расчет с task=hessian (Природа-2 понимает task=optimize+hessian).
Поиск в output-файле на 'Freq.' приведет к табличке с частотами, мнимые, если они есть, будут в начале и помечены i (это в Природе 6).
Аналогично -- поиск (или grep) на ' i '. Если такая комбинация (i окруженная пробелами) присутствует -- значит есть мнимые частоты .

[YuraM]

amge,
спасибо, действительно, надо ' i ' искать, а то я просто не знал, как мнимые чатстоты в природе отмечаются.

[EvgeniX]

По идее, мнимые частоты везде должны i на конце отмечаться. Потому как "-" или "negative" это не верно.
Кстати, частоты также можно посмотреть в визуализаторах - QCC Front-End, Chemcraft.

[klr]

А как можно посмотреть частоты в этих визуализаторах?

[YuraM]

Chemcraft может читать файлы из PRIRODA.

[YuraM]

Hello to everyone,

just cannot get rid of the one imaginary frequency in Priroda for large TM complex (> 160 atoms). The freq is about 18i cm^-1. What I tried:
- make the displacements along the frequency and reoptimize it again - DOES NOT WORK
- Decrease the gradient/displaement criteria to 0.00001/0.001 - DOES NOT WORK

What else can be done? I dont wanna change the numerical grid since all other molecules are computed with that integration grid.

Thank you in advance!

[Гесс]

cannot get rid of the one imaginary frequency in Priroda for large TM complex (> 160 atoms). The freq is about 18i cm^-1.

too small freq. Can be an artifact. Was it numerical freq? Can you try analitical freq?

[surius]

Hello to everyone,

just cannot get rid of the one imaginary frequency in Priroda for large TM complex (> 160 atoms). The freq is about 18i cm^-1. What I tried:
- make the displacements along the frequency and reoptimize it again - DOES NOT WORK
- Decrease the gradient/displaement criteria to 0.00001/0.001 - DOES NOT WORK

What else can be done? I dont wanna change the numerical grid since all other molecules are computed with that integration grid.

Thank you in advance!

не знаю что будет дешевле (всех пересчитать с новой сеткой), но как вариант, можно попросить взять гессианы численно
или еще как вариант, переоптимизнуть геометрию с более строгими критериями (opt=tight, verytight) и уже с новой геометрии посчитать частоты

[YuraM]

Здравствуйте еще раз, извините за английский,
естественно частоты были аналитические. Пересчитать численно для одной молекулы будет дешевле, чем пересчитывать все с новой сеткой интегрирования (особенно пугает опять посик TS). Но мне кажется численные будут еще хуже.
Сейчас две гипотезы -
еще ужесточить критерии оптимизации. По дефолту там max grad = 0.0001. Я пытался grad= 0.00001 - не помогло. Попробую безумный grad max = 0.0000001
Еще опасаюсь того, что по дефолту точность SCF 10-6. На сколько я понял в Gaussian - 10-9 (может поэтому Природа такая быстрая?). Может надо увеличить точность SCF (по идее для расчета вторых производных энергии это может быть важно). Кстати, забыл что такое точность CP-SCF? В Природе это 10-3.

[alxyppv]

А почему не сделать IRC в обе стороны и посмотреть, куда система придет? или уже пробовали?

[surius]

Но мне кажется численные будут еще хуже.

может хуже, а может и не хуже. В любом случае если вылезшая частота физически необоснованная, то избавиться от нее численно не грешно. Если я правильно понимаю, то численный расчет может дать вам +- 50 см^-1

Сейчас две гипотезы...

я бы еще на вашем месте попробовал все таки натянуть сетку. Не для того чтобы пересчитывать все, а для того чтобы понять в этом ли дело! Просто если и изменение сетки интегрирования не решит вашу проблемму, то это одна совсем другая история.

[VTur]

Но мне кажется численные будут еще хуже.

может хуже, а может и не хуже. В любом случае если вылезшая частота физически необоснованная, то избавиться от нее численно не грешно. Если я правильно понимаю, то численный расчет может дать вам +- 50 см^-1

Сейчас две гипотезы...

Численный расчет имеет погрешность большую, чем аналитический. Это наведение тени на плетень.
Смените метод, но оставьте тот же базис и повторите расчет.

[surius]

Численный расчет имеет погрешность большую, чем аналитический. Это наведение тени на плетень.

я же специально отметил, если частота физически не обоснованная, то... А так ва конечно правы - погрешность выше.

Смените метод, но оставьте тот же базис и повторите расчет.

Если я правильно понял, то это нацело слегка противоречит условию задачи?!

[VTur]

Но тогда придется считать гессиан на каждом шаге, чтобы скатиться в минимум. Потянет ли автор такой расчет?

[VTur]

В природе можно задать квадратичную сходимость?

[YuraM]

Ребят, здравствуйте, спасибо за ответы!!!
- IRC делал - делает 1-2 шага и останавливается. Походу ППЭ очень плоская.
- Частота отвечает вращению C6H5 и других похожих групп. Я попробую конечно посчитать частоты численно.
Насчет увеличить сетку - тоже попробую.
Еще заметил такую штуку - когда делаю поворот бензольной группы, при оптимизации оно движется обратно, проходит через минимум E и идет дальше к точке, в котрой мнимые частоты. Те почему-то программа не останавливается на минимуме энергии. Может попробовать уменьшить trust radius? Таких молекул уже 3,,,

[amge]

Еще опасаюсь того, что по дефолту точность SCF 10-6. На сколько я понял в Gaussian - 10-9 (может поэтому Природа такая быстрая?).

Я для DFT всегда ставлю $grid accur=1e-8 $end $optimize tol=1e-5 $end, на 2 порядка меньше умолчаемых. На скорости счета это почти не сказывается.

IRC делал - делает 1-2 шага и останавливается. Походу ППЭ очень плоская.

И мнимая частота в конечной точке IRC не исчезает? Можно еще попробовать оптимизацию конечной геометрии с приложенным гессианом.

[YuraM]

Ребят - короче, это grid.. Жесть - придется пересчитывать. Причем в одном комплексе, частота становится нормальной только при grid=1e-9, а в другом при grid=1e-10. Так что у кого есть штуки типа изопропилов, бен-лов - рекоммендую не тратить время и сразу начинать grid=1e-10.

Хотя должен признать, что такие молекулы вижу впервые - под 100 атомов, бех симметрии, переходный метал и вращающиеся лиганды. Всем Удачи!!!

[Metalian]

У меня еще интереснее... Вылезают мнимые частоты (обычно до нескольких десятков см^-1). grid до 1e-11 дотягиваешь - когда пропадают, когда нет...
Иногда наоборот помогает до 1e-7 загрубить, но Дима говорит, что этого делать не стоит.
Ну и да, наверное, оптимизировать надо получше - слишком плоская ППЭ.