imaginary frequencies in PRIRODA
imaginary frequencies in PRIRODA
После того как проведена оптимизация в программе природа, если одна или несколько мнимых частот были найдены, пишет ли программа какую-либо фразу типа как в Гауссиане "imaginary frequencies (negative Signs) ****** " или что-то в этом роде? просто лень проглядывать каждый файл..
Кто смел тот и съел
Re: imaginary frequencies in PRIRODA
Чтобы найти частоты, нужно после оптимизации запустить расчет с task=hessian (Природа-2 понимает task=optimize+hessian).
Поиск в output-файле на 'Freq.' приведет к табличке с частотами, мнимые, если они есть, будут в начале и помечены i (это в Природе 6).
Аналогично -- поиск (или grep) на ' i '. Если такая комбинация (i окруженная пробелами) присутствует -- значит есть мнимые частоты .
Поиск в output-файле на 'Freq.' приведет к табличке с частотами, мнимые, если они есть, будут в начале и помечены i (это в Природе 6).
Аналогично -- поиск (или grep) на ' i '. Если такая комбинация (i окруженная пробелами) присутствует -- значит есть мнимые частоты .
Re: imaginary frequencies in PRIRODA
amge,
спасибо, действительно, надо ' i ' искать, а то я просто не знал, как мнимые чатстоты в природе отмечаются.
спасибо, действительно, надо ' i ' искать, а то я просто не знал, как мнимые чатстоты в природе отмечаются.
Кто смел тот и съел
Re: imaginary frequencies in PRIRODA
По идее, мнимые частоты везде должны i на конце отмечаться. Потому как "-" или "negative" это не верно.
Кстати, частоты также можно посмотреть в визуализаторах - QCC Front-End, Chemcraft.
Кстати, частоты также можно посмотреть в визуализаторах - QCC Front-End, Chemcraft.
Re: imaginary frequencies in PRIRODA
А как можно посмотреть частоты в этих визуализаторах?
Re: imaginary frequencies in PRIRODA
Hello to everyone,
just cannot get rid of the one imaginary frequency in Priroda for large TM complex (> 160 atoms). The freq is about 18i cm^-1. What I tried:
- make the displacements along the frequency and reoptimize it again - DOES NOT WORK
- Decrease the gradient/displaement criteria to 0.00001/0.001 - DOES NOT WORK
What else can be done? I dont wanna change the numerical grid since all other molecules are computed with that integration grid.
Thank you in advance!
just cannot get rid of the one imaginary frequency in Priroda for large TM complex (> 160 atoms). The freq is about 18i cm^-1. What I tried:
- make the displacements along the frequency and reoptimize it again - DOES NOT WORK
- Decrease the gradient/displaement criteria to 0.00001/0.001 - DOES NOT WORK
What else can be done? I dont wanna change the numerical grid since all other molecules are computed with that integration grid.
Thank you in advance!
Кто смел тот и съел
Re: imaginary frequencies in PRIRODA
too small freq. Can be an artifact. Was it numerical freq? Can you try analitical freq?YuraM писал(а):cannot get rid of the one imaginary frequency in Priroda for large TM complex (> 160 atoms). The freq is about 18i cm^-1.
Re: imaginary frequencies in PRIRODA
не знаю что будет дешевле (всех пересчитать с новой сеткой), но как вариант, можно попросить взять гессианы численноYuraM писал(а):Hello to everyone,
just cannot get rid of the one imaginary frequency in Priroda for large TM complex (> 160 atoms). The freq is about 18i cm^-1. What I tried:
- make the displacements along the frequency and reoptimize it again - DOES NOT WORK
- Decrease the gradient/displaement criteria to 0.00001/0.001 - DOES NOT WORK
What else can be done? I dont wanna change the numerical grid since all other molecules are computed with that integration grid.
Thank you in advance!

или еще как вариант, переоптимизнуть геометрию с более строгими критериями (opt=tight, verytight) и уже с новой геометрии посчитать частоты
"Bite my shiny metal ass"
Bender
Bender
Re: imaginary frequencies in PRIRODA
Здравствуйте еще раз, извините за английский,
естественно частоты были аналитические. Пересчитать численно для одной молекулы будет дешевле, чем пересчитывать все с новой сеткой интегрирования (особенно пугает опять посик TS). Но мне кажется численные будут еще хуже.
Сейчас две гипотезы -
еще ужесточить критерии оптимизации. По дефолту там max grad = 0.0001. Я пытался grad= 0.00001 - не помогло. Попробую безумный grad max = 0.0000001
Еще опасаюсь того, что по дефолту точность SCF 10-6. На сколько я понял в Gaussian - 10-9 (может поэтому Природа такая быстрая?). Может надо увеличить точность SCF (по идее для расчета вторых производных энергии это может быть важно). Кстати, забыл что такое точность CP-SCF? В Природе это 10-3.
естественно частоты были аналитические. Пересчитать численно для одной молекулы будет дешевле, чем пересчитывать все с новой сеткой интегрирования (особенно пугает опять посик TS). Но мне кажется численные будут еще хуже.
Сейчас две гипотезы -
еще ужесточить критерии оптимизации. По дефолту там max grad = 0.0001. Я пытался grad= 0.00001 - не помогло. Попробую безумный grad max = 0.0000001
Еще опасаюсь того, что по дефолту точность SCF 10-6. На сколько я понял в Gaussian - 10-9 (может поэтому Природа такая быстрая?). Может надо увеличить точность SCF (по идее для расчета вторых производных энергии это может быть важно). Кстати, забыл что такое точность CP-SCF? В Природе это 10-3.
Кто смел тот и съел
Re: imaginary frequencies in PRIRODA
А почему не сделать IRC в обе стороны и посмотреть, куда система придет? или уже пробовали?
А.П.
Re: imaginary frequencies in PRIRODA
может хуже, а может и не хуже. В любом случае если вылезшая частота физически необоснованная, то избавиться от нее численно не грешно. Если я правильно понимаю, то численный расчет может дать вам +- 50 см-1YuraM писал(а): Но мне кажется численные будут еще хуже.
я бы еще на вашем месте попробовал все таки натянуть сетку. Не для того чтобы пересчитывать все, а для того чтобы понять в этом ли дело! Просто если и изменение сетки интегрирования не решит вашу проблемму, то это одна совсем другая история.YuraM писал(а): Сейчас две гипотезы...
"Bite my shiny metal ass"
Bender
Bender
Re: imaginary frequencies in PRIRODA
Численный расчет имеет погрешность большую, чем аналитический. Это наведение тени на плетень.surius писал(а):может хуже, а может и не хуже. В любом случае если вылезшая частота физически необоснованная, то избавиться от нее численно не грешно. Если я правильно понимаю, то численный расчет может дать вам +- 50 см-1YuraM писал(а): Но мне кажется численные будут еще хуже.YuraM писал(а): Сейчас две гипотезы...
Смените метод, но оставьте тот же базис и повторите расчет.
После отстоя требуйте долива
Re: imaginary frequencies in PRIRODA
я же специально отметил, если частота физически не обоснованная, то... А так ва конечно правы - погрешность выше.VTur писал(а):Численный расчет имеет погрешность большую, чем аналитический. Это наведение тени на плетень.
Если я правильно понял, то этоVTur писал(а):Смените метод, но оставьте тот же базис и повторите расчет.
"Bite my shiny metal ass"
Bender
Bender
Re: imaginary frequencies in PRIRODA
Но тогда придется считать гессиан на каждом шаге, чтобы скатиться в минимум. Потянет ли автор такой расчет?
После отстоя требуйте долива
Re: imaginary frequencies in PRIRODA
В природе можно задать квадратичную сходимость?
После отстоя требуйте долива
Re: imaginary frequencies in PRIRODA
Ребят, здравствуйте, спасибо за ответы!!!
- IRC делал - делает 1-2 шага и останавливается. Походу ППЭ очень плоская.
- Частота отвечает вращению C6H5 и других похожих групп. Я попробую конечно посчитать частоты численно.
Насчет увеличить сетку - тоже попробую.
Еще заметил такую штуку - когда делаю поворот бензольной группы, при оптимизации оно движется обратно, проходит через минимум E и идет дальше к точке, в котрой мнимые частоты. Те почему-то программа не останавливается на минимуме энергии. Может попробовать уменьшить trust radius? Таких молекул уже 3,,,
- IRC делал - делает 1-2 шага и останавливается. Походу ППЭ очень плоская.
- Частота отвечает вращению C6H5 и других похожих групп. Я попробую конечно посчитать частоты численно.
Насчет увеличить сетку - тоже попробую.
Еще заметил такую штуку - когда делаю поворот бензольной группы, при оптимизации оно движется обратно, проходит через минимум E и идет дальше к точке, в котрой мнимые частоты. Те почему-то программа не останавливается на минимуме энергии. Может попробовать уменьшить trust radius? Таких молекул уже 3,,,
Кто смел тот и съел
Re: imaginary frequencies in PRIRODA
Я для DFT всегда ставлю $grid accur=1e-8 $end $optimize tol=1e-5 $end, на 2 порядка меньше умолчаемых. На скорости счета это почти не сказывается.YuraM писал(а):Еще опасаюсь того, что по дефолту точность SCF 10-6. На сколько я понял в Gaussian - 10-9 (может поэтому Природа такая быстрая?).
И мнимая частота в конечной точке IRC не исчезает? Можно еще попробовать оптимизацию конечной геометрии с приложенным гессианом.YuraM писал(а):IRC делал - делает 1-2 шага и останавливается. Походу ППЭ очень плоская.
Re: imaginary frequencies in PRIRODA
Ребят - короче, это grid.. Жесть - придется пересчитывать. Причем в одном комплексе, частота становится нормальной только при grid=1e-9, а в другом при grid=1e-10. Так что у кого есть штуки типа изопропилов, бен-лов - рекоммендую не тратить время и сразу начинать grid=1e-10.
Хотя должен признать, что такие молекулы вижу впервые - под 100 атомов, бех симметрии, переходный метал и вращающиеся лиганды. Всем Удачи!!!
Хотя должен признать, что такие молекулы вижу впервые - под 100 атомов, бех симметрии, переходный метал и вращающиеся лиганды. Всем Удачи!!!
Кто смел тот и съел
Re: imaginary frequencies in PRIRODA
У меня еще интереснее... Вылезают мнимые частоты (обычно до нескольких десятков см^-1). grid до 1e-11 дотягиваешь - когда пропадают, когда нет...
Иногда наоборот помогает до 1e-7 загрубить, но Дима говорит, что этого делать не стоит.
Ну и да, наверное, оптимизировать надо получше - слишком плоская ППЭ.
Иногда наоборот помогает до 1e-7 загрубить, но Дима говорит, что этого делать не стоит.
Ну и да, наверное, оптимизировать надо получше - слишком плоская ППЭ.
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 5 гостей