Помогите с анализом .out-файла firefly

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
viktor_1984
Сообщения: 7
Зарегистрирован: Пн апр 23, 2012 9:21 pm

Помогите с анализом .out-файла firefly

Сообщение viktor_1984 » Пн апр 23, 2012 9:49 pm

Помогите пожалуйста проанализировать .out-файл firefly. Нужны коэффициенты разложения МО ЛКАО и матрица плотности, а я не могу их найти. Входной файл:

$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 $END
$CONTRL SCFTYP=RHF RUNTYP=ENERGY MAXIT=30 MULT=1 MPLEVL=2 $END
$DATA
H2O
C1
OXYGEN 8.0 0.980999531 3.370618750 0.248775741
HYDROGEN 1.0 1.094340796 2.652393291 0.897744495
HYDROGEN 1.0 1.592878500 3.230231013 -0.496710596
$END

На выходе получается структурированный файл, в котором информация о результатах расчета разбита по группам (например:
------------
EIGENVECTORS
------------
Нужной мне группы почему-то не нахожу.

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1667
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Помогите с анализом .out-файла firefly

Сообщение sanya1024 » Вт апр 24, 2012 1:24 am

viktor_1984 писал(а): ------------
EIGENVECTORS
------------
Это то, что Вам нужно.
Матрицу плотности по дефолту FireFly не выводит. Но вообще говоря, иметь дело со столбцами цифр стОит только тогда, когда Вам надо использовать эти цифры в качестве ввода для каких-то последующих операций. Поэтому советую пользоваться визуализаторами: Molden, jmol, ChemCraft (последний особенно рекомендую, поскольку он в бОльшей степени заточен под работу с FireFly. ChemCraft слегка платный, но для пользователей из б. СССР плата чисто символическая, и есть бесплатная лайт-версия.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

viktor_1984
Сообщения: 7
Зарегистрирован: Пн апр 23, 2012 9:21 pm

Re: Помогите с анализом .out-файла firefly

Сообщение viktor_1984 » Вт апр 24, 2012 7:44 am

sanya1024 писал(а): ------------
EIGENVECTORS
------------

Это то, что Вам нужно.

Как мне показалось, в этой группе выводятся значения энергий (собственных чисел) и соответствующие значения АО (собственных функций). Не понимаю, как из этой информации можно выкусить матрицу плотности
sanya1024 писал(а): Матрицу плотности по дефолту FireFly не выводит.

Это, наверное ответ на предыдущий вопрос. Тогда что нужно сделать, чтобы firefly вывел матрицу плотности?
sanya1024 писал(а): ... советую пользоваться визуализаторами: Molden, jmol, ChemCraft (последний особенно рекомендую, поскольку он в бОльшей степени заточен под работу с FireFly)
Спасибо за совет. Я пользуюсь, только в данном случае задача учебная, и нужна для того, чтобы разобраться, что и откуда берет визуализатор.

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1667
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Помогите с анализом .out-файла firefly

Сообщение sanya1024 » Вт апр 24, 2012 8:14 am

viktor_1984 писал(а): Как мне показалось, в этой группе выводятся значения энергий (собственных чисел) и соответствующие значения АО (собственных функций). Не понимаю, как из этой информации можно выкусить матрицу плотности
Что значит "соответствующие значения АО (собственных функций)"? Выводятся действительно значения энергий (собственных чисел) и коэффициенты разложения МО по базисным функциям. Т.е., как раз собственные вектора (eigenvectors) в виде их разложения по базису.

Тогда что нужно сделать, чтобы firefly вывел матрицу плотности?
$CONTRL NPRINT=9 $END

И готовьтесь изучать выдачу необозримых размеров
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

viktor_1984
Сообщения: 7
Зарегистрирован: Пн апр 23, 2012 9:21 pm

Re: Помогите с анализом .out-файла firefly

Сообщение viktor_1984 » Вт апр 24, 2012 8:17 am

Большое спасибо! Теперь понятно

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 2 гостя