Проблемы с заморозкой координат

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
viktor_1984
Сообщения: 7
Зарегистрирован: Пн апр 23, 2012 9:21 pm

Проблемы с заморозкой координат

Сообщение viktor_1984 » Вт окт 30, 2012 11:47 pm

Уважаемые коллеги! При оптимизации геометрии в firefly не получается заморозить координаты. По-видимому, это связано с тем, что я не задаю массив IZMAT в группе $ZMAT. А задать массив IZMAT не могу потому, что для системы, которую считаю, число внутренних координат 48. Если задать это число в переменной NZVAR в группе $contrl, расчет прерывается с ошибкой. Я экспериментировал с количеством внутренних координат - когда их было меньше 20, расчет выполнялся, и координаты замораживались. Подскажите пожалуйста, что можно сделать.

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Проблемы с заморозкой координат

Сообщение sanya1024 » Ср окт 31, 2012 1:53 am

Насколько я помню, это не лечится. Нам для заморозки большого кол-ва координат пришлось перейти на Орку.
Впрочем, я сталкивалась с этим в версии 7.1.G, возможно, в 8-й уже пофиксили. Попробуйте спросить на форуме FireFly.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

viktor_1984
Сообщения: 7
Зарегистрирован: Пн апр 23, 2012 9:21 pm

Re: Проблемы с заморозкой координат

Сообщение viktor_1984 » Ср окт 31, 2012 3:03 pm

Пока еще не уверен, но проблема похоже решилась. Похоже на то, что я просто где-то допустил синтаксическую ошибку при создании входного файла :very_shuffle: . По крайней мере, сегодня я перепроверил файл, что-то поменял (не помню что), и сейчас у меня считается задача с NZVAR=51.

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Проблемы с заморозкой координат

Сообщение sanya1024 » Ср окт 31, 2012 3:51 pm

а покажите, плз, инпут. Мне самой интересно. Насколько я помню, если заморожено много координат, то оптимизация работает только в декартовых, а это медленно и неэффективно.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

viktor_1984
Сообщения: 7
Зарегистрирован: Пн апр 23, 2012 9:21 pm

Re: Проблемы с заморозкой координат

Сообщение viktor_1984 » Ср окт 31, 2012 4:07 pm

Инпут
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

viktor_1984
Сообщения: 7
Зарегистрирован: Пн апр 23, 2012 9:21 pm

Re: Проблемы с заморозкой координат

Сообщение viktor_1984 » Ср окт 31, 2012 4:16 pm

Заморожено то не много координат. Заморожена одна, а почему не считалось - не знаю. Не получалось задать значение IZMAT=48, поменял сначала на 24 - не получилось, потом на 20 - получилось. А сегодня поменял обратно на 48 -все получилось. Видимо в этой строке и была ошибка, только какая - я не заметил.

Ferom
Сообщения: 1049
Зарегистрирован: Чт дек 16, 2010 11:43 am

Re: Проблемы с заморозкой координат

Сообщение Ferom » Вс ноя 11, 2012 11:00 am

sanya1024 писал(а):Насколько я помню, это не лечится. Нам для заморозки большого кол-ва координат пришлось перейти на Орку.
Впрочем, я сталкивалась с этим в версии 7.1.G, возможно, в 8-й уже пофиксили. Попробуйте спросить на форуме FireFly.
В GAMESS 10 замораживал более 100 координат - все работало.

Столкнулся с проблемой при оптимизации возбужденного состояния в MCSCF. Когда вычисляется градиент, делается расчет энергии MCSCF после смещения по каждой координате. Известно, что в расчете MCSCF могут возникать проблемы с электронной сходимостью. Так вот, смещение по некоторым координатам приводит к тому, что сходимости нет - в результате энергия не выдается, и градиент для этого смещения зашкаливает. Я пока лечу это понижением критериев сходимости. Возможно, правильнее было бы заморозить проблемные координаты? Но может существуют еще какие то способы?

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Проблемы с заморозкой координат

Сообщение sanya1024 » Вс ноя 11, 2012 5:20 pm

В Гамессе можно морозить много координат. Проблемы в FireFly.
А Вы действительно делали MCSCF в Гамессе? это же ужас как медленно...
В FireFly можно считать как аналитические градиенты в State-Specific MCSCF, так и численные в State-Averaged варианте. Причем для численных SA-MCSCF градиентов делается "смещение" не по координатам, а по весу целевого состояния, т.е. не 3N смещений на точку, а только 3 (расчет без смещения, смещение вперед и назад). И если есть проблемы с электронной сходимостью, нужно просто увеличить кол-во итераций (maxit в $MCSCF), а до этого -- сделать single-point расчет в стартовой геометрии и стартовать с уже сошедшихся орбиталей.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 14 гостей