преждевременное завершение работы GAMESS-US

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
petrovps
Сообщения: 325
Зарегистрирован: Вс янв 04, 2009 1:01 pm
Контактная информация:

преждевременное завершение работы GAMESS-US

Сообщение petrovps » Пн мар 25, 2013 10:34 am

Добрый день, коллеги!
Нужна Ваша помощь. Столкнулись с проблемой: при расчете радикала и катион-радикала вылетает ошибка (файлы прилагаю). Молекулы считает нормально. Используем GAMESS-US, компилировал с библиотеками Intel, Linux Mint. Подскажите, пожалуйста, решение этой проблемы.
Спасибо.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: преждевременное завершение работы GAMESS-US

Сообщение VTur » Пн мар 25, 2013 12:08 pm

Попробуйте убрать карту hess=guess
После отстоя требуйте долива

petrovps
Сообщения: 325
Зарегистрирован: Вс янв 04, 2009 1:01 pm
Контактная информация:

Re: преждевременное завершение работы GAMESS-US

Сообщение petrovps » Пн мар 25, 2013 12:51 pm

Не помогло...

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: преждевременное завершение работы GAMESS-US

Сообщение VTur » Пн мар 25, 2013 1:21 pm

Пишет то же самое? Тогда геометрия слишком кривая
После отстоя требуйте долива

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: преждевременное завершение работы GAMESS-US

Сообщение sanya1024 » Пн мар 25, 2013 1:49 pm

Прежде чем писать "кривая геометрия", было бы неплохо открыть файлы и посмотреть. Нормальная геометрия.
ТС, Вы забыли задать оптимизацию во внутренних координатах: $contrl nzvar=<любое ненулевое число> и $ZMAT DLC=.t. AUTO=.t. $END
Есть и еще огрехи, не имеющие прямого отношения к этой проблеме, но чреватые другими проблемами. Например, в $contrl надо бы добавить ispher=1 -- использование сферических d функций вместо декартовых (придется пересчитывать всю серию -- это равносильно смене базиса). Впрочем, базис тоже не повредит сменить: Вы уверены, что Вам нужен базис с d функциями на C и O, но без p функций на H?
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: преждевременное завершение работы GAMESS-US

Сообщение VTur » Пн мар 25, 2013 2:13 pm

Ну, аще. Специалист пришел ...
После отстоя требуйте долива

petrovps
Сообщения: 325
Зарегистрирован: Вс янв 04, 2009 1:01 pm
Контактная информация:

Re: преждевременное завершение работы GAMESS-US

Сообщение petrovps » Пн мар 25, 2013 2:43 pm

sanya1024 писал(а):Прежде чем писать "кривая геометрия", было бы неплохо открыть файлы и посмотреть. Нормальная геометрия.
ТС, Вы забыли задать оптимизацию во внутренних координатах: $contrl nzvar=<любое ненулевое число> и $ZMAT DLC=.t. AUTO=.t. $END
Спасибо. Попробую.
sanya1024 писал(а):Есть и еще огрехи, не имеющие прямого отношения к этой проблеме, но чреватые другими проблемами. Например, в $contrl надо бы добавить ispher=1 -- использование сферических d функций вместо декартовых (придется пересчитывать всю серию -- это равносильно смене базиса). Впрочем, базис тоже не повредит сменить: Вы уверены, что Вам нужен базис с d функциями на C и O, но без p функций на H?
Насчет базиса: такой посоветовал мне коллега, а он ссылается на статью со схожим объектом. Задача простая-определить потенциал ионизации ряда родственных структур. А какой базис на Ваш взгляд лучше для данной задачи?

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2047
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: преждевременное завершение работы GAMESS-US

Сообщение amge » Пн мар 25, 2013 3:55 pm

VTur писал(а):Ну, аще. Специалист пришел ...
Вообще-то, sanya права, с виду геометрия хорошая. Я ее даже на всякий случай заоптимизировал Природой - сошлась за несколько шагов, почти не изменившись. Действительно хорошая, причина ошибки явно не в ней.

Молекула плоская. Может, оптимизация с Cs поможет?

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: преждевременное завершение работы GAMESS-US

Сообщение VTur » Пн мар 25, 2013 6:31 pm

Больше 6 собственных чисел гессиана близки к 0. Можно сменить метод расчета начального гессиана, можно расчитать начальный гессиан честно, можно чуть изменить геометрию. Автор сам решит, что проще.
Расчет в декартовых функциях лучше описывает валентные электроны. Это можно посмотреть по частотам - сравнить расчет с 5d 7f и 6d 10 f базисными функциями - в хороших сетках декартов базис лучше воспроизводит колебания водородов

[ Post made via Android ] Изображение
После отстоя требуйте долива

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: преждевременное завершение работы GAMESS-US

Сообщение sanya1024 » Пн мар 25, 2013 10:33 pm

VTur писал(а):Ну, аще. Специалист пришел ...
Хамите.

Мой совет вполне рабочий: оптимизация в автоматически сгенерированных внутренних координатах сошлась за 5 шагов (аттач).

Что касается базиса... Чтобы лучше описать валентные электроны, нужно брать адекватный базис. Например, трехэкспонентный (хотя бы 6-311G(d,p)). p функции на водородах тоже, как ни странно, нужны -- хотя бы потому, что там возможно образование внутримолекулярной водородной связи (между двумя OH группами на фениле). Сейчас проверяю, насколько раздуется/сдуется задача при добавке p функций на водороды и при замене декартовых d функций на сферические.

Да, еще одну полезную вещь забыли: $SCF dirscf=.t. $END
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: преждевременное завершение работы GAMESS-US

Сообщение sanya1024 » Пн мар 25, 2013 10:58 pm

Ну что: 6-31G(d) декартовы d функции -- 277 функций в базисе
6-31G(d,p) декартовы d функции -- 310 функций в базисе (тут уже dirscf оказалось критично)
6-31G(d,p) сферические d функции -- 293 функции.
Итого: с добавкой p функций и выкидыванием лишних d базис расширился, причем расширился в правильную сторону (не за счет избыточных и линейно зависимых поляризационных функций на углеродах, а за счет недостающих поляризационных функций на водородах).

VTur, а Ваш любимый Гауссиан всегда по дефолту использует сферические функции (проверьте сами). Да и большинство других программ тоже. Поэтому лучше всегда включать сферические функции, чтобы сравнение с другими расчетами было корректно.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: преждевременное завершение работы GAMESS-US

Сообщение sanya1024 » Пн мар 25, 2013 11:01 pm

А вот и выдачи с добавкой p функций и со сферическими d (аттач).
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

petrovps
Сообщения: 325
Зарегистрирован: Вс янв 04, 2009 1:01 pm
Контактная информация:

Re: преждевременное завершение работы GAMESS-US

Сообщение petrovps » Вт мар 26, 2013 9:20 am

Огромное спасибо, sanya1024! Вы очень помогли.

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: преждевременное завершение работы GAMESS-US

Сообщение VTur » Ср мар 27, 2013 9:03 am

sanya1024 писал(а):VTur, а Ваш любимый Гауссиан всегда по дефолту использует сферические функции (проверьте сами). Да и большинство других программ тоже. Поэтому лучше всегда включать сферические функции, чтобы сравнение с другими расчетами было корректно.
Да, я всегда пишу в нем 6d 10f
И в ГАМЕССЕ тоже пишу в явном виде ISPHER=.
Что бы потом, возвратившись к расчету, не просматривать весь вывод,а сориентироваться по первой странице выдачи.
После отстоя требуйте долива

petrovps
Сообщения: 325
Зарегистрирован: Вс янв 04, 2009 1:01 pm
Контактная информация:

Re: преждевременное завершение работы GAMESS-US

Сообщение petrovps » Пт апр 26, 2013 9:13 am

Добрый день!

Снова столкнулся с проблемой, не хочет считать нормально, обрывается. Файлы во вложении. Подскажите, пожалуйста, что делать.

Спасибо.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: преждевременное завершение работы GAMESS-US

Сообщение VTur » Пт апр 26, 2013 9:26 am

У Вас осциллирует роцедура SCF. Нужно изменить условия сходимости.
После отстоя требуйте долива

petrovps
Сообщения: 325
Зарегистрирован: Вс янв 04, 2009 1:01 pm
Контактная информация:

Re: преждевременное завершение работы GAMESS-US

Сообщение petrovps » Пт апр 26, 2013 10:12 am

Подскажите, пожалуйста, как изменить условия сходимости?

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: преждевременное завершение работы GAMESS-US

Сообщение sanya1024 » Пт апр 26, 2013 1:27 pm

Итак, Вы считаете нейтральный радикал. Вы уверены, что Вам нужен именно UHF, а не более легкий вариант ROHF? Кстати, поставьте inttyp=hondo вместо pople.
Настройки сходимости SCF находятся в группе $SCF, смотрите мануал. Но то, что у Вас получилось, никакими настройками $SCF не лечится.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 8 гостей