Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

[alexp51]

Я собственно примерно тоже самое имел ввиду

[alexp51]

Туда надо вводить сдвиги (водородные и углеродные) посчитанные для ТМС на том же уровне теории что и для вашей молекулы.

На самой деле, не все так просто. Из-за кремния константы экранирования ТМС плохо считаются, и если отсчитываться от него, то будет большая систематическая ошибка. Более правильно приписывать стандарту некие эмпирические параметры, которые дают наименьшую ошибку для представительной выборки соединений. Они свои для каждого метода/базиса расчета хим. сдвигов, и их можно вывести самому, но если использовать методы, рекомендованные на сайте Тантилло, то тогда эти эмпирические параметры можно взять с того же сайта. Кроме того, у меня они есть для DFT/PBE/L22 (Природа).

Коллеги, тогда такой вопрос, в ряде экспериментальных работ по ЯМР химсдвиги даются не в ppm , а в Hz и нигде почему то я не нашел , как переводить одну величину в другую. Можете ли вы помочь разрешить эту проблему?

[Гесс]

Коллеги, тогда такой вопрос, в ряде экспериментальных работ по ЯМР химсдвиги даются не в ppm , а в Hz и нигде почему то я не нашел , как переводить одну величину в другую. Можете ли вы помочь разрешить эту проблему?

А это приборозависимо.
Не совсем в тему кемкрафта, смотря по ответам я возможно отделю это в самостоятельную тему физхимии.
https://aklectures.com/lecture/parts-pe ... %20million.
https://www.researchgate.net/post/How_t ... _Hz_or_MHz
http://www2.chem.uic.edu/nmr/downloads/ ... 34731.html

[alexp51]

Спасибо, Гесс!

[Vit Nhoc]

Я портирую Chemcraft для Mac. Если тут есть кто-то, кто может это протестировать, прошу написать мне лс (или на email с моего сайта), и я вам пришлю Mac-дистрибутив.

[Vit Nhoc]

Просьба протестировать Mac-версию Chemcraft:

https://chemcraftprog.com/files/Chemcraft.mac.zip

Тут есть проблемы с установкой. Пока я не завёл сертификат для программы и не поместил её в Apple Store (возможно для меня это будет слишком сложно). Поэтому инсталлировать надо так:

1) Попробовать запустить (не получится);
2) Открыть “Системные настройки” на вашем Mac;
3) Перейти к “Безопасность и конфиденциальность” и выбрать “Общее”.
4) Будет кнопка «Все равно открыть» для Chemcraft;
5) Нажать “Все равно открыть” для отмены блокировки;
6) Снова запустить Chemcraft и нажать “Открыть”.

Теоретически таким способом можно подхватить вирусы, но я как вы понимаете этого не хочу, и я проверил этот дистрибутив онлайн-сервисом Virustotal. Это сервис, проверяющий программы всеми антивирусами. Вот скриншот его отчёта, где сообщается что ни один антивирус не среагировал:

https://chemcraftprog.com/files/tmp/vir ... 220226.png

[Vit Nhoc]

[]

[alexp51]

Коллеги, у меня вопрос. Можно ли с помощью Chemcraft посчитать Вандерваа́льсовы объем и площадь молекулы ? Если нет, то может какую другую программу посоветуете.
Спасибо!

[Vit Nhoc]

Коллеги, у меня вопрос. Можно ли с помощью Chemcraft посчитать Вандерваа́льсовы объем и площадь молекулы ? Если нет, то может какую другую программу посоветуете.
Спасибо!

Сейчас можно посчитать столкновительные диаметры:



https://chemcraftprog.com/help/colldiamwindow.html

Столкновительные диаметры считаются по изотропной статической поляризуемости, формулы есть по ссылке. Заодно от меня вопрос - как вы полагаете, насколько это корректный подход?
Также сейчас Chemcraft может посчитать площадь молекулы (Tools/Calculate molecular area).

[alexp51]

Спасибо . Про то , что считаются столкновительные диаметры я в курсе а про площадь молекулы забыл. Правильно ли я понял, что для расчета площади вы исходили из Вандерваа́льсовых радиусов?
Насчет корректности подхода - формулы я смотрел и по моему все достаточно корректно, хоть для меня эта тема не родная , правда вот сейчас вспомнил, что как то возникала такая задача, но потом интерес заказчика к ней упал - деньги закончились. Поэтому не стоит считать мои слова истиной в последней инстанции (и где я научился таким словам...?).
Спасибо еще раз!

[Vit Nhoc]

Спасибо . Про то , что считаются столкновительные диаметры я в курсе а про площадь молекулы забыл. Правильно ли я понял, что для расчета площади вы исходили из Вандерваа́льсовых радиусов?

Нет, там используются столкновительные диаметры. Честно говоря я уже не помню, откуда брал столкновительные диаметры, надо посмотреть и обновить страничку хелпа. Спасибо за напоминание.
А какие радиусы на ваш взгляд корректнее использовать для вычисления площади - вандерваальсовы или столкновительные? Или лучше сделать выбор - и то и то?
Для каких задач может потребоваться вычисление объёма молекулы?

[alexp51]

По моему лучше сделать выбор и то и то. Было бы очень классно.
Для каких задач может понадобиться. Например вычисление объема для оценки того, поместится ли данная молекула внутри чего нибудь , например фуллерена, а знание площади молекулы в выделенном направлении для оценки того пролезет ли данная молекула куда нибудь, например в нанотрубку , это наиболее простые примеры. Есть и более сложные случаи.
Если вам удастся реализовать данные возможности, известите плз пользователей.
Спасибо!

[Vit Nhoc]

Например вычисление объема для оценки того, поместится ли данная молекула внутри чего нибудь , например фуллерена, а знание площади молекулы в выделенном направлении для оценки того пролезет ли данная молекула куда нибудь, например в нанотрубку , это наиболее простые примеры. Есть и более сложные случаи.

А что такое объём молекулы в вашем понимании? Сейчас Chemcraft может рассчитать параметры минимального параллелепипеда, в который влезает Chemcraft: A, B, C. A это длина молекулы, и наверно именно она определяет, влезет ли молекула в фуллерен. C это толщина молекулы. Можно перемножить A*B*C и получить как бы объем, это то что вам подходит?
Расскажите, что это за более сложные случаи.

[Гесс]

В простейшем случае обьем молекулы расчитывают экспериментально исходя из плотности жидкости и молярной массы молекулы. Эта величина завышена за счет пробелов между молекулами и может быть занижена за счет сильного межмолекулярного взаимодейстсия.
Второй вариант это GEPOL или любые изоэлектрические или сольватные поверхности, предпочтительно зависящие от заряда частицы а не только оперирующие зафиксированными радиусами. Почему - см следующий пункт:
От обьема зависит лямбда, которая в уравнениях электронного хопинга по маркусу. Там есть прекрасная величина энергия реорганизации растворителя.

[bigM]

а таким образом можно прогнозировать будет ли один метал или неметалл с другим образовывать твердые растворы или интерметаллиды?

[alexp51]

Вы писали: Можно перемножить A*B*C и получить как бы объем, это то что вам подходит?
Да конечно подходит, если диаметры атомов вандерваальсовы, но вы сказали что они столкновительные.

Более сложный случай это в задачах по ионному обмену, может ли молекула чисто из стерических соображений подойти к данному активному центру ионита, который синтезирован аминированием нитрильных групп полиакрилонитрильного волокна этилендиамином или диметиламинопропиламином. Там достаточно сложная разветвленная структура получается. Разумеется все эти прикидки проводятся в первом приближении.

Над тем что сказал Гесс (спасибо) я еще подумаю. На ходу пока уловить все это не получается.

[Гесс]

а таким образом можно прогнозировать будет ли один метал или неметалл с другим образовывать твердые растворы или интерметаллиды?

Практически наверняка нет.
Я не знаю есть ли под это хоть какая-то теория, и исходя из того что мы каждый раз лезем искать экспериментальные диаграммы - практически наверняка нет никакой нормальной теории. Ну то есть есть классические принципы про структуры замещения vs структуры внедрения, и про мягкость оболочек, но не более того. То есть сказать "когда оно скорее всего не будет расслаиваться" мы "пальцем к носу" можем, но уж будет ли там интерметаллид - это прям сложно.
Чисто для примера, почти первая попавшаяся диаграмма:

2023-03-06 00.16.49.jpg

Если я это правильно читаю, то в диапазонах 5-50 и 70-85 - смешивается (без интерметаллидов), в прочих диапазонах - сегрегирует.

[amge]

Для каких задач может потребоваться вычисление объёма молекулы?

Например, входит в уравнение для времени корреляции вращения молекул.

[Vit Nhoc]

Для каких задач может потребоваться вычисление объёма молекулы?

Например, входит в уравнение для времени корреляции вращения молекул.

И какой объём здесь предполагается - произведение A*B*C (объём минимального параллелепипеда, в который влезает молекула)?

[bigM]

Если я это правильно читаю, то в диапазонах 5-50 и 70-85 - смешивается (без интерметаллидов), в прочих диапазонах - сегрегирует.

сегрегирует это расслоение без смешивания?
ПС а проблемы моделирования связаны с обобществленными электронами?