Сравниваем персональные компьютеры (ORCA version)

[Ahha]

Orca 5.0.4, OpenMPI 4.1.2, AMD Ryzen Threadripper PRO 5975WX, 512Gb, SSD, nprocs=32 -- 3:52.239

[ixsudo3]

Привет. Я ни разу не химик. Но принёс вот вам результат "бенчмарка"

ORCA 5.0.4, openmpi 4.1.2.

2*XEON E5-2680 v4 (14x2.4 GHz)

nprocs 28: 0:09:10

Код: Выделить всё

Timings for individual modules:

Sum of individual times         ...      548.913 sec (=   9.149 min)
GTO integral calculation        ...        2.251 sec (=   0.038 min)   0.4 %
SCF iterations                  ...      546.662 sec (=   9.111 min)  99.6 %
                             ****ORCA TERMINATED NORMALLY****
TOTAL RUN TIME: 0 days 0 hours 9 minutes 10 seconds 381 msec

[alex7851]

Вышла ORCA 6, а значит, можно начинать тестировать ее.

ORCA 6.0.0 + OpenMPI 4.1.6
AMD Ryzen 9 7950X3D / nprocs 16 / 128 gb / RAID 0 из двух NVMe: 5:35

ORCA 5.0.4 + OpenMPI 4.1.1
AMD Ryzen 9 7950X3D / nprocs 16 / 128 gb / RAID 0 из двух NVMe: 5:59

[alex7851]

ORCA 6.0.0 + OpenMPI 4.1.6
Intel Core i9-13900 / nprocs 24 / 192 gb / RAID 0 из двух NVMe: 10:42

ORCA 5.0.4 + OpenMPI 4.1.1
Intel Core i9-13900 / nprocs 24 / 192 gb / RAID 0 из двух NVMe: 10:30

[amge]

Вышла ORCA 6, а значит, можно начинать тестировать ее.

ORCA 6.0.0 + OpenMPI 4.1.6
AMD Ryzen 9 7950X3D / nprocs 16 / 128 gb / RAID 0 из двух NVMe: 5:35

ORCA 5.0.4 + OpenMPI 4.1.1
AMD Ryzen 9 7950X3D / nprocs 16 / 128 gb / RAID 0 из двух NVMe: 5:59

Похоже, ORCA 6 и ORCA 5 особой разницы нет.

Еще интересно. У меня на схожей конфигурации было
ORCA 5.0.3, Linux, openmpi-4.1.2, AMD Ryzen 9 5950X, 16x3400MHz/64 Gb DDR4/M.2 SSD 00:07:33
Т.е. заметно медленнее. И интересно, что повлияло. Наверное, не размер памяти и диски, т.к. этот тест полностью помещается и в 64 Gb. Думаю, что суффикс 3D у процессора, хотя, может быть, память быстрее.

[amge]

ORCA 6.0.0 + OpenMPI 4.1.6
Intel Core i9-13900 / nprocs 24 / 192 gb / RAID 0 из двух NVMe: 10:42

ORCA 5.0.4 + OpenMPI 4.1.1
Intel Core i9-13900 / nprocs 24 / 192 gb / RAID 0 из двух NVMe: 10:30

В соседней теме утверждалось, что

Intel i9 14970kf и i9 13970kf ... дают очень хороший прирост производительности по сравнению с используемым мною ранее процессорами AMD Ryzen 9 5950X.

Интересно, что за звери такие. Я попросил проверить их на этом тесте, но пока ответа нет.

[alex7851]

У меня на схожей конфигурации было
ORCA 5.0.3, Linux, openmpi-4.1.2, AMD Ryzen 9 5950X, 16x3400MHz/64 Gb DDR4/M.2 SSD 00:07:33
Т.е. заметно медленнее. И интересно, что повлияло.

Так тут же 5950X против 7950X, у них частоты заметно отличаются.

[amge]

Так тут же 5950X против 7950X, у них частоты заметно отличаются.

И правда... Пропустил по невнимательности.

[endlesslake]

ORCA 6.0.0 + OpenMPI 4.1.6
Intel Core i9-13900 / nprocs 24 / 192 gb / RAID 0 из двух NVMe: 10:42

ORCA 5.0.4 + OpenMPI 4.1.1
Intel Core i9-13900 / nprocs 24 / 192 gb / RAID 0 из двух NVMe: 10:30

интересно.
а nprocs 8 и прибить процессы к быстрым ядрам не пробовали?

[alex7851]

интересно.
а nprocs 8 и прибить процессы к быстрым ядрам не пробовали?

Конкретно на этом тесте - нет, но изрядно считал DLPNO-CCSD(T) на 8 (изредка 4 или 6) ядрах, и он всегда проигрывал Ryzen 9 7950X3D, даже с учетом большей памяти на ядро.

[amge]

ORCA 5.0.4, Linux, openmpi-4.1.2, Intel i7-11700K 3.60GHz (8 Cores) 15:25
Чуть медленнее, чем у AMD Ryzen 9 5950 на 8 ядрах (14:00) и заметно медленнее, чем у AMD Ryzen 9 7950

[endlesslake]

ORCA 6.0.1, Linux, openmpi-4.1.6, AMD Ryzen 9 9950X ~5.0 GHz (nprocs 16), 64Gb ECC DDR5 6000, SSD: 4:05

[amge]

ORCA 6.0.1

Замечено, что 6-я орка побыстрее, чем 5-я, иногда значительно, особенно когда SCF плохо сходится. Предыдущие результаты в основном на 5-й. Поэтому тест на 6-й версии может оказаться некорректным. Для сравнения прогнал его на одном и том же компе с разными версиями орки.

ORCA 5.0.3, Linux, openmpi-4.1.2, AMD Ryzen 9 5950X, 16x3400MHz/64 Gb DDR4/M.2 SSD 00:07:33

ORCA 6.0.1, Linux, openmpi-4.1.2, AMD Ryzen 9 5950X, 16x3400MHz/64 Gb DDR4/M.2 SSD 00:06:58

Результаты близки. Можно считать, что в первом приближении данный тест годится для всех версий орки (от 4 до 6).

[bigM]

не та тема

[Cosmonaut]

Коллеги, я тоже не особо квантовый химик, так, "примкнувший к ним Шепилов". Есть разные машины для расчётов, для начала "бытовая", 36 яде

Код: Выделить всё

$ head /proc/cpuinfo
processor       : 0
vendor_id       : GenuineIntel
cpu family      : 6
model           : 63
model name      : Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2696 v3 @ 2.30GHz
stepping        : 2
microcode       : 0x49
cpu MHz         : 2793.510
cache size      : 46080 KB

ORCA 6.1.0, Open MPI repo revision: v4.1.2,
18 потоков: 13 мин 6 сек
12 потоков: 17 мин 58 сек
больше потоков не запускаются из-за глюков OpenMP (ORCA почему-то использует только половину доступных).

Рабочая машина на кластере

Код: Выделить всё

processor       : 0
vendor_id       : AuthenticAMD
cpu family      : 23
model           : 49
model name      : AMD EPYC 7452 32-Core Processor
stepping        : 0
microcode       : 0x830107c
cpu MHz         : 2350.000
cache size      : 512 KB
physical id     : 0

ORCA 6.1.0, openmpi5/5.0.7
16 потоков: 10 minutes 28 seconds
18 потоков: 9 minutes 34 seconds
24 потока: 7 minutes 48 seconds
32 потока: 6 minutes 43 seconds

Всё вышеперечисленное запускалось напрямую, без mpirun, так как система вроде небольшая.

[Cosmonaut]

сообщение повторно отправилось

[bigM]

ORCA 6.1.0, openmpi5/5.0.7
16 потоков: 10 minutes 28 seconds
18 потоков: 9 minutes 34 seconds
24 потока: 7 minutes 48 seconds
32 потока: 6 minutes 43 seconds

Всё вышеперечисленное запускалось напрямую, без mpirun, так как система вроде небольшая.

что за любовь а эпикам? или вы спецом ядра ограничивали?

[Cosmonaut]

что за любовь а эпикам? или вы спецом ядра ограничивали?

Какие закупили в ЦКП, такими и пользуемся. Про ядра вопрос не понял, но видимо вы спрашиваете почему ставил меньше потоков чем возможно (там на машине 128 потоков). Можно, конечно, занять всё доступное, но во-первых лимит на планировщике Slurm есть и хочется запускать и другие задачи тоже. Во-вторых, прирост всё скромнее после 32 потоков, выигрыш будет минимальный или его нет.

Вот другая машина, Intel, вроде должна быть пободрее (и на практике в Q-Chem себя показывает куда лучше), но заметной разницы я не вижу.
Open MPI: 3.1.5 (NVidia HPC)

Код: Выделить всё

processor       : 0
vendor_id       : GenuineIntel
cpu family      : 6
model           : 106
model name      : Intel(R) Xeon(R) Gold 6336Y CPU @ 2.40GHz
stepping        : 6
microcode       : 0xd0003e7
cpu MHz         : 2400.000
cache size      : 36864 KB
physical id     : 0

32 потока 8 minutes 51 seconds

[bigM]

32 потока 8 minutes 51 seconds

ничё не понял, у меня загружает 4 ядра рассчёт около 12 часов