Core 2 Duo vs Gamess

[Rusia]

У Вас такой скверный планировщик?

планировщик??? Я под ВИСТОЙ.

Ну надо понимать да...

[ohdesu]

планировщик??? Я под ВИСТОЙ.

не завидую. наверное у вас 4гб оперативы стоИт

[Rusia]

8...

[Yurii]

8...

А какая частота памяти. Дело в том, что при 8 Гб неоторые матери снижают частоту памяти, что сказывается на скорости расчетов, особенно при интенсивной работе с памятью (например BLAS Level 2).

[Rusia]

А какая частота памяти. Дело в том, что при 8 Гб некоторые матери снижают частоту памяти, что сказывается на скорости расчётов, особенно при интенсивной работе с памятью (например BLAS Level 2).

http://valid.x86-secret.com/show_oc.php?id=361868

вот данные о компьютере

Код: Выделить всё

RAM Speed : 331.6 MHz (4:5) @ 5-5-5-15

надо понимать во это... вроде скорость так себе.

[Yurii]

вот данные о компьютере

Код: Выделить всё

RAM Speed : 331.6 MHz (4:5) @ 5-5-5-15

надо понимать во это... вроде скорость так себе.

Все о'кей.

[velzev]

Господа,
eщё раз для меня: если у меня обычный PC с Core2Duo, могу я просто установать Gamess? Или нужны дополнительные действия? (при расчете оба ядра чем-то заняты)

[Rusia]

Господа,
ещё раз для меня: если у меня обычный PC с Core2Duo, могу я просто установить Gamess? Или нужны дополнительные действия? (при расчёте оба ядра чем-то заняты)

Заняты будут оба, но по очереди и не так эффективно.
Да!!! Надо ещё сделать всего ничего:

Фух, вроде разобрался, спасибо вам Nord за мануалы
Вот собственно пошагово:
1. Имеем GAmess версии 7.0 или выше
2. Инсталлируем wmpi1_3.exe (я устанавливал в рабочую директорию Gamess)
3. Берём файл mpibind.nt-mpich-smp.dll из папки BINDINGS, переименовываем в mpibind.dll и копируем (с заменой) в рабочую папку Gamess
4. Далее я создал на диске D:\ директорию work и в ней две директории dir1 и dir2
5. В директорию dir1 ложу файл input, и находясь в рабочей директории Gamess пишу:
pcgamess.exe D:\work\dir1 D\wrk\dir2 -np 2

Запускается расчёт, и пишет в ауте: PARALLEL VERSION (UNIFIED) RUNNING WITH 2 NODES

опоздал ну да ладно
(заинтересовался)
рассказываю как делал (все в упрощённом варианте у кого опыт позволит тот может организовать структуру каталогов сложнее
и напишет к этому соответствующие батники)
создал две следующие директории E:\gamess\1 и E:\gamess\2
в первой размещаем соответственно:
mpibind.dll - переименованная mpibind.nt-mpich-smp.dll
mpich_smp.dll
pcgamess.exe
pcgp2p.dll - переименованная pcgp2psm.dll
1.inp - здесь все как обычно только добавил строку $p2p p2p=.t. dlb=.t. $end
g.bat - здесь прописал самое простое pcgamess.exe -i 1.inp -o 1.out E:\gamess\1 E:\gamess\2 -np 2

запускаем g.bat и на пне d820 усе работает как нада

вот мой код на 4 ядра в батнике:

Код: Выделить всё

cd D:\PCGAMESS\1
del oldpunch.dat
rename punch oldpunch.dat
D:
cd D:\PCGAMESS
pcgamess.exe -i water.inp -o water.out d:\pcgamess\1 d:\pcgamess\2 d:\pcgamess\3 d:\pcgamess\4 -np 4

вроде люди всё правильно и грамотно расписали...

P.S.: только здесь я нашёл как это делать, причём на самом простом уровне объяснения, доступного людям, у которых мало навыков работы с компьютерами.

[velzev]

А если у меня PC Gamess + Ubuntu (Linux) [64 bit]?

[Rusia]

А если у меня PC Gamess + Ubuntu (Linux) [64 bit]?

ууу... под линухом пока не запускал...

[velzev]

Все оказалось не так страшно. Нужно просто установить MPI (configure, make) по инструкции и далее по аналогии с Windows...

Но возникли две проблемы:
1. PC Gamess не желает использовать больше 4 Gb памяти (только 473 MWords).
2. Распараллеливание (2 nodes) дало лишь ~30% выигрыша (как для RHF, так и для MP2). Почему так?

[Darth Vasya]

1. А у вас ПЦГамесс точно 64-битный?
2. Насколько большая система считалась? Чем меньше система/больше ядер, тем меньше выигрыш в скорости (вплоть до проигрыша).

[velzev]

1. PC Gamess: "Direct download links, Linux MPICH, statically linked" http://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/ ... ich_p4.zip.

2. 10 атомов, 300 базисных функций.

[Darth Vasya]

1. Ни о чём мне не говорит, т.к. архив требует ввести пароль, но если суффикс p4 означает то, что я думаю, то это 32-битная версия (правда, тогда я не совсем понимаю, что такое p5).

2. Опять-таки ни о чём не говорит, т.к. я ПЦГамессом не считаю и не знаю, что для него много, а что - мало Попробуйте увеличить систему в несколько раз (например, в 2) и посмотрите, не улучшится ли скейлинг.

[Rusia]

1. PC Gamess: "Direct download links, Linux MPICH, statically linked" http://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/ ... ich_p4.zip.

2. 10 атомов, 300 базисных функций.

1. Грановский наверняка пароль поменял. Не хочу его снова тревожить...
http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/downloads.html
конкретнее версию можно, под что скомпилированную?

2. вы смотрели бенчмарки? Прирост не прямопропорциональный кол-ву ядер процесора.

http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/performance.html

[velzev]

1.

конкретнее версию можно, под что скомпилированную

v7.1; Intel Core 2

2. Ok. Здесь вроде все в порядке.

[Rusia]

4 гига...
Я думаю можно и у Грановского спросить- может и есть такое ограничение...

[amge]

2. Распараллеливание (2 nodes) дало лишь ~30% выигрыша (как для RHF, так и для MP2). Почему так?

Возможно, дело в том, что скорость счета определяют дисковые операции? Попробуйте сказать $scf dirscf=.true. $end (эта опция в определенных случаях может ускорить расчет и на одном ядре). (Это -- для обычного GAMESS, наверное, есть и в PC GAMESS.)

[Nik®]

верно говорит amge нужно смотреть загрузку процессора во время расчета {top|ps -aux} чем меньше использование процессорного времени тем больше падение производительности из за большого количества дисковых операций I/O
так что либо как уже предлагали $scf dirscf=.true. $end либо, что тоже уже предлагали, увеличить размер системы, базиса

[mclaudt]

Имеется SUSE 11.0 и Core 2 Duo. MPICH2 устройство ch3:ssm
PC GAMESS 7.1 mpich p4 rsh
Настроен беспарольный вход по rsh.

Идем по мануалам

If you run PC GAMESS in SMP environment, you can set integer variable mklnp in the $system group to be equal to the number of physical (not logical) CPU cores to be used by the PC GAMESS job via multithreading.

Тогда во входном пишем $SYSTEM TIMLIM=4000 MEMORY=500000 MKLNP=2 $END

В инструкции сказано про упрощенный режим команд параллельных вычислений, когда файлы на всех нодах лежат в одинаковых папках (в частности, в нашем случае);

mpirun -np <number> /home/gran/pcgamess -r -f -p -i /home/gran/inputs/test.inp -o /home/gran/outs/test.out -ex /home/gran/ex -t /tmp/gran/test

Пробуем так:

Код: Выделить всё

mpirun -np 1 /home/pcgamess/pcgamess -i /home/pcgamess/input -o /home/pcgamess/output  -t /home/pcgamess/temp

Считатет, но на одном ядре (это несмотря на MKLNP=2):

Код: Выделить всё

PARALLEL VERSION (MPICH) RUNNING SEQUENTIALLY ON SINGLE NODE

Пробуем так:

Код: Выделить всё

mpirun -np 2 /home/pcgamess/pcgamess -i /home/pcgamess/input -o /home/pcgamess/output  -t /home/pcgamess/temp

Пишет ошибку:

Код: Выделить всё

ON MASTER NODE, ERROR CODE IS : 0x00000004
    Unable to create output file

Причем все равно считает и пишет в выходном:

Код: Выделить всё

PARALLEL VERSION (MPICH) RUNNING SEQUENTIALLY ON SINGLE NODE

Пробуем без упрощения, c указанием обеих директорий для временных файлов для обоих процессов:

Код: Выделить всё

mpirun -np 2 /home/pcgamess/pcgamess  -i /home/pcgamess/input -o /home/pcgamess/output /home/pcgamess/temp1 /home/pcgamess/temp2

Пишет ошибку:

Код: Выделить всё

ON MASTER NODE, ERROR CODE IS : 0x00000004
    Unable to create output file

Причем все равно считает и пишет в выходном:

Код: Выделить всё

PARALLEL VERSION (MPICH) RUNNING SEQUENTIALLY ON SINGLE NODE

Пробуем не через mpirun:

Код: Выделить всё

./pcgamess -o output /home/mclaudt/distrib/pcgamess/home/mclaudt/distrib/pcgamess/temp

Считатет, но на одном ядре (опять несмотря на MKLNP=2):

Код: Выделить всё

PARALLEL VERSION (MPICH) RUNNING SEQUENTIALLY ON SINGLE NODE

Понимаю что задача простейшая, но я перепробовал все варианты.
Во все директории скопировал ***.ex, перед расчетами все подчищается и т. д.
Ядро SUSE 11.0 уже имеет поддержку SMP.

Буду счастлив, если кто-нибудь отзовется.