Вопрос по природе

[PRIRODA]

Считаю ряд кластеров Pd с Cu в природе. Первоначально считал в DFT PBE basis sbk.bas все считалось нормально но в BFGS . Попробывал в basis4.bas set=L2 ни одну молекулу не хочет считать пишет h=число поряка 10 !!! и прекращает расчет геометрии были взяты после оптимизации sbk.bas . Вот один из входных файлов:
$system memory=700 disk=14 path=. $end
$control
theory=dft
task=optimize
four=1
basis="basis4.in"
$end
$dft func=PBE $end
$optimize
steps=1000
$end
$scf iter=150 (тут пробывал и с BFGS но не помогло) $end
$molecule
charge=0
mult=4
cartesian
set=L2
46 2.55570483 -0.81526875 2.15065336
46 0.38340071 -2.41855311 2.37435937
46 -2.11733580 -1.29259288 2.34940028
46 -2.43242359 1.37491918 1.95291424
46 2.27866030 1.89654970 1.72928786
46 -0.21432120 2.96819997 1.69248641
46 -0.97121865 1.27896285 -0.23261040
46 -0.62493962 -1.47634327 0.13710123
46 1.64092791 0.17754412 -0.14661904
46 -3.06977749 -0.37836361 -0.08670832
46 1.85223746 -2.49270439 0.03287740
46 1.21875370 2.76242781 -0.68073928
46 0.08111353 0.31251258 2.21966100
46 1.24086607 -1.15279639 -2.39247370
46 -1.49989069 -1.11203003 -2.33563638
46 -0.07600727 1.23081648 -2.71363902
29 -2.62624454 1.15755975 -2.12699747
29 -0.05721960 -3.19042826 -1.60433078
29 2.43771386 1.16958737 -2.31898475
$end

[PRIRODA]

вот фрагмент выходного фала

Geometry Optimization Step 0:
57 cartesian, 4588 internal coordinates
51 independent variables
time: Geomtery Optimization : 0.1 100.0% 0.0

Initial Guess
time: atomic calculations : 5.7 95.1% 6.0
time: Orthogonalization : 17.6 97.9% 18.0
time: Initial Guess : 26.8 86.5% 31.0

Scalar Relativistic Density Functional Calculation:
time: One-Electron Integrals : 60.6 100.0% 60.0
time: Inversion of V-Matrix : 110.8 87.2% 127.0
time: Orthogonalization : 35.2 97.8% 36.0
it. energy energy change gradient time
Grid: 74704 points
0 -85702.0158358211 0.0000000000 0.34473211 694.1
1 0.06926401 133.8
2 hmin = -0.044 0.06694943 267.6
1 -85704.6207737814 -2.6049379603 0.21403390 1427.1
1 0.04844862 133.7
2 0.02813665 267.4
3 hmin = -9.518 0.03141582 401.3
2 -85705.9957882369 -1.3750144556 0.08898436 2293.8
1 0.04185648 133.7
2 hmin = -3.891 0.03864081 267.4
3 -85706.4481608270 -0.4523725901 0.02944585 3026.8
1 0.05950211 133.7
h = -35.51!

Помогите не знаю как исправить

Неактивен

[buraten]

Какую версию программы используете?

[amge]

Помогите не знаю как исправить

Попробуйте начать с set=L1. У меня (linux, p6_64) на Вашей задаче с L2 ошибка воспроизвелась, а с L1 оптимизация началась гладко. Потом можно будет попробовать дооптимизировать в L2. Возможно, тогда получится, так как равновесные геометрии в L1 и L2 очень близки (во всяком случае, на моих системах, правда, они отнюдь не CuPd, а чаще всего СН). Кроме того, такой подход (черновая работа в L1, дооптимизация полученных стационарных точек в L2) экономит кучу времени, т.к. дооптимизация в гораздо более тяжелом базисе (L2) проходит в этом случае, как правило, лишь за несколько шагов (в случае ПС гессиан можно давать от L1).

[Shiver]

Если предположить, что L1 хоть что-то физичное на такой системе даст... Насколько я помню - чрезвычайно тухлый базис.

[amge]

Если предположить, что L1 хоть что-то физичное на такой системе даст... Насколько я помню - чрезвычайно тухлый базис.

С чего вы взяли, что L1 -- "тухлый"? Практически это классический проверенный временем cc-pvDZ, только с несколько иной схемой контрактаций (L2 -- cc-pvTZ). На многих задачах результаты L1 и L2 почти не отличаются как по геометрии, так и по разности энергий между изомерами. Хотя, конечно, нельзя исключить, что на этой задаче будут существенные различия...

Update Эта задача в L1 у меня сошлась. На первый взгляд, геометрия изменилась минимально.

Код: Выделить всё

$molecule
 mult=4
 cartesian
 set=L1
  46     2.53168991  -0.81572902   2.12720244
  46     0.36997114  -2.40618490   2.36447985
  46    -2.10346592  -1.27332164   2.34296150
  46    -2.41696524   1.37552174   1.93569987
  46     2.26637814   1.87182106   1.71963535
  46    -0.20513916   2.94666494   1.68520388
  46    -0.97577893   1.28006499  -0.22704665
  46    -0.62600044  -1.47822661   0.14556555
  46     1.63546971   0.18413735  -0.15232413
  46    -3.05001555  -0.38763592  -0.08758073
  46     1.83948109  -2.47277434   0.02983618
  46     1.20086268   2.74993990  -0.68031458
  46     0.07919564   0.30833191   2.20094586
  46     1.24610689  -1.14515285  -2.37940526
  46    -1.47998140  -1.10480461  -2.31043444
  46    -0.07655333   1.22064726  -2.68762502
  29    -2.60516670   1.14748275  -2.11492667
  29    -0.04979555  -3.16395591  -1.59979819
  29     2.41970693   1.16317301  -2.31207280
$end
 Energy = -85707.12038549

Расчет в L2 с этой геометрией в качестве стартовой, к сожалению, по прежнему вылетает. Как помочь -- не знаю.

[Shiver]

Ну и тем не менее, пользоваться им надо с большой осторожностью - это ж не простая органика.
Хотя да, при внимательном рассмотрении L1 оказался не так плох, как мне вспоминалось.

[PRIRODA]

спасибо за потраченное время amge. А что если посчитать старым 3z базисом. Он сильно похуже будет? Вообще я же считал уже оптимизмированные структуры в sbk базисе впринципе близка к равновесной геометтрии но меня не устраивает в sbk то что он псевдопотенциал а не полноэлектронный базис. Может быть предложите что нибудь из базисов кроме basis4 L2...

[PRIRODA]

версия priroda 6 под винду. Сложилось впечатление что у природы большие проблемы с оптимизацией геометрии. Где гауссиану надо шагов 40 природе 270. А многие геометрии он вообще отказывается оптимизировать ссылаясь на большие отличия от равновесной геометрии. Вообще нафига нужна такая оптимизация геометрии которой подовай почти равновесные состояния. Чувствуется придется возвращатся к ?gaussiany только вот не хочется псевдопотенциалом считать... может для гауссиана базис какой есть,

[Rusia]

лучше перейти на бесплатный гамесс...

[PRIRODA]

еще бы я в гаммесе что то шарил) ни разу с ним не работал

[Yurii]

версия priroda 6 под винду. Сложилось впечатление что у природы большие проблемы с оптимизацией геометрии. Где гауссиану надо шагов 40 природе 270. А многие геометрии он вообще отказывается оптимизировать ссылаясь на большие отличия от равновесной геометрии. Вообще нафига нужна такая оптимизация геометрии которой подовай почти равновесные состояния. Чувствуется придется возвращатся к ?gaussiany только вот не хочется псевдопотенциалом считать... может для гауссиана базис какой есть,

Я на своем компе под EM64T (процессор q9450, рейд-массив из 4-х винчестеров) обсчитываю гауссианом систему с 3780 базисными функциями (RHF/D95V, более 400 атомов, симметрия D3D). Один цикл в SCF итер. при этом занимает в среднем около 10 мин. Если считать, что одна SCF итер. состоит в среднем из 12 циклов, то получаем вполне приемлемый результат. Вместо библиотеки Intel MKL я использую свою, что позволяет увеличить скорость счета до 30% (а для полуэмпирики и до всех 50%). Некоторые подробности можно узнать на моей странице.