Параллельные вычисления в Орке

[RAS]

Разъясните, кто знает, начинающему!

Я считаю в Орке, на проце - 4 ядра. Работает одно, а мне хотелось бы 3 (один оставить свободным, чтобы и текстишко какой набрать или в интернете порыскать). Как я понимаю, параллельные вычисления работают в кластере. Могу ли я организовать их на моем одном компе? Есть, конечно, вариант - создать три папочки с Оркой и запустить три задачи... Но тоже сомнения есть: заработает ли? Или они тоже будут толпиться в одном ядре? Или сделать еще две локальных машины на одном компе и соорудить из них миникластер? Но как это сделать?

Извините, если вопрос сильно простой! Может кто подскажет, где об этом почитать можно?

[amge]

Раз "создать папочки", то, наверное, у Вас винда? Насколько мне известно, параллельной Орки для винды нет. Поэтому запускайте несколько задач одновременно, можно спокойно и на всех ядрах (операционка сама обеспечит равномерную загрузку ядер). При этом если используете не требовательный к дисковой памяти расчет (например, pure DFT), то тормозов от 100% загрузки всех ядер не будет (лишь бы оперативки хватило). А если расчету нужно очень много диска, то он и один будет тормозить компьютер.

[RAS]

Раз "создать папочки", то, наверное, у Вас винда?

Да нет, Ubuntu 9.10! А "папочки" это по вредной привычке, я уж лет 15 как в MS DOS не работал , а сейчас привыкаю к Линуксу !

Кстати, еще вопрос: какой версией MPI можно пользоваться (Orca 2.8.0)?

[amge]

Кстати, еще вопрос: какой версией MPI можно пользоваться (Orca 2.8.0)?

Если мне не изменяет память, OpenMPI. У Орки очень хороший мануал, наверняка там все расписано. Можете глянуть на qchem.ru, там есть отдельная большая тема про эту программу.

[avelon]

как заметил amge у orca действительно очень подробный мануал, так что в первую очередь стоит обращаться к нему. и ваш вопрос описан в нем. но чтобы вам не лазить туда ответим: да вы можете использовать 3 ядра и для этого вам нужно во входном файле прописать следующее: %pal nprocs 3 end. orca скомпилирована с OpenMPI так что ставить нужно его. и не забудь прописать переменные окружения. надеюсь как запускать через mpi знакомы? если есть две машины то можете объеденить в миникластер, но это уже отдельная история

[RAS]

orca скомпилирована с OpenMPI так что ставить нужно его. и не забудь прописать переменные окружения. надеюсь как запускать через mpi знакомы? если есть две машины то можете объеденить в миникластер, но это уже отдельная история

Спасибо, Aveon! С мануалом то я разобрался, а вот с MPI труднее - нет опыта работы в Линуксе - в ДОС даже программы писал, но с тех пор лет 15 виндой пользуюсь. Посему, если есть возможность, объясните как и куда прописать переменные окружения! Я установил MPI ( версию 1.3, которая была доступна через репозитории), нахожу теперь ее в директориях, в том числе какие-то ее библиотеки, но что делать с ней дальше не ведаю! Есть в форуме уфимского квантово-химического общества кое-что, но там, как мне показалось, упоминается другой MPI.

[Yurii]

есть такая книжка: Антонов А.С. - Параллельное программирование с использованием технологии MPI.

[Polychemist]

Может пригодится...

antonov2.pdf

antonov.pdf

[RAS]

Yurii & Polychemist Спасибо!

[avelon]

во первых поставьте себе intel MKL и компиляторы интеловские. для линух они бесплатные. качать с офф сайта
ставте openmpi 1.4.1. качать с офф сайта
устанавливать openmpi просто очень:
./configure --prefix=папка куда собираете ставить CC=icc CXX=icpc FC=ifort
make install
а вообще есть сайт http://cluster.linux-ekb.info/ где некоторые особенности описаны
добавить или изменить надо эти переменные окружения:
LD_LIBRARY_PATH и Path в .bashrc и для openmpi и для mkl и компиляторов (в инструкция по установке все написано)
везде главный принцип RTFM))))

[Marxist]

во первых поставьте себе intel MKL и компиляторы интеловские. для линух они бесплатные. качать с офф сайта

Уже нет

[Yurii]

во первых поставьте себе intel MKL и компиляторы интеловские. для линух они бесплатные. качать с офф сайта

Уже нет

Это дело поправимо.

[avelon]

разве нет? http://software.intel.com/en-us/article ... -download/ вы зарегестрировались на сайте интел?

[Marxist]

Некоторое время назад у них было написано, что они прикрыли лавочку с некоммерческими лицензиями

[RAS]

Всем спасибо!
Все заработало. Для будущих таких, как я, даю кусок, который включил в .bashrc :

Код: Выделить всё

ORCA=/home/ras/q/orca/:$ORCA
PATH=$PATH:$ORCA
export PATH ORCA
MPI_PATH=/usr/bin
MPI_LIBDIR=/usr/lib/openmpi/lib
MPI_INCLUDE=/usr/lib/openmpi/include
LD_LIBRARY_PATH=/lib:$LD_LIBRARY_PATH:$MPI_LIBDIR:$MPI_INCLUDE
PATH=$PATH:$MPI_PATH:$MPI_INCLUDE:$ORCA:$MPI_PATH:/usr
MPI_LIB="ompi"
P4_RSHCOMMAND=ssh
export PATH LD_LIBRARY_PATH MPI_PATH MPI_LIBDIR MPI_INCLUDE MPI_LIB ORCA P4_RSHCOMMAND

В этом виде все работает классно!
OpenMPI у меня 1.3.какой-то, поставил из репозиториев, поскольку через Synaptic, то он стал автоматом. Адреса определил с помощью ompi_info. Не знаю чем лучше 1.4, но решил, что пока надо по принципу: "Работает - и не трогай!"