Любителям полуэмпирики :)

[sanya1024]

"Новая полуэмпирика" от Д.Н. Лайкова
В Supporting Information к статье в J. Chem. Phys. лежит (однопроцессорная) Природа и образцы инпутов для имплементированного в ней нового метода. Было бы заманчиво увидеть какое-то масштабное тестирование. У меня самой руки точно не дойдут (и, честно говоря, формат ввода в этой части уж больно запутанный и xml-образный). Кстати, возможно (еще не проверяла), счастливые обладатели 9-й параллельной версии тоже смогут оценить прелесть нового метода. Если кто-нибудь это проверит раньше, чем дойдут руки у меня, буду благодарна.
Новый метод мог бы быть полезен при моделировании больших систем, для к-рых неприменимы периодические методы, но к-рые нельзя разделить на QM + MM подсистемы. Например, большой кусок графена с чем-то на нем адсорбированным.

[EvgeniX]

Почему-то SI недоступно (подписки нет). Можно как-то и SI выложить?

[sanya1024]

Там 20 Мб, форум не любит таких аттачей. Попробуйте по прямой ссылке:

Код: Выделить всё

http://ftp.aip.org/epaps/j_chem_phys/E-JCPSA6-135-022138/npmmes_data.tgz

(у меня из дома сработало).

[Cherep]

ну не любит аттачей,
порезать этим вашим винраром
или внешние файлообменники

[sanya1024]

Дык зачем, если есть прямая ссылка и она работает. Честно говоря, мне вообще сложно из дому большие объемы пересылать, хоть одним куском, хоть по частям (ADSL у меня).

[amge]

Протестировал немного новый метод и программу. Оптимизация геометрии C₃₇H₃₉S₁₂⁺ со стартовой структуры, полученной в DFT/PBE/L1, заняла 23 мин на 1 ядре (75 шагов, 100 М памяти, 25 М диска). Для сравнения, оптимизация обратно (Priroda 6, DFT/PBE/L1) - 40 мин на 4 ядрах (22 шага, 82 М памяти, 420 М диска). Геометрические параметры старой и новой структур немного отличаются (заметно глазом). Но такая существенная для меня особенность, как конверт пятичленного цикла с двумя серами, остается. Традиционная же полуэмпирика (мопак) делает этот цикл плоским. Для меня это важно, так как мопак у меня служит как сравнительно быстрый, но не всегда адекватный выбраковщик структур после поиска конформеров молекулярной механикой, и появилась мысль приспособить для этого новый метод Лайкова. Пока мопак существенно быстрее (то же самое оптимизирует за 2 мин), но Д. Лайков пишет в README, что его новый код не оптимизирован для больших молекул (надеюсь, что это только пока).

sanya, что Вы имели в виду, говоря о запутанном и xml-ом формате ввода? В in-файле от старой Природы, чтобы приспособить его к новой, оказалось достаточно поменять theory и basis...

Попробовал запустить новый метод на 9-й версии Природы. На theory=QM она не поругалась (знает такое слово), но посчитать не удалось. Может, версия 9-ки у меня не та, может, задал что-то неправильно.

[sanya1024]

Виновата, вот что значит поверхностный взгляд. Для самих расчетов (в директории test) действительно все просто. Сбил меня с толку файл qm.in: в нем есть кусок qmdata, нужный только для пере-параметризации модели (я не уверена, что в нынешнем виде эта штука может работать с любыми молекулами -- там все кончается на Cu для атомных параметров, а межатомных параметров и того меньше).
Видимо, чтобы задействовать новый метод для параллельных расчетов, нужно просить у Димы параллельную версию.
Но мне теперь интересно: можно ли задействовать новый метод в "многослойных" расчетах (типа, внутренняя часть -- полноценная КХ, DFT или RI-MP2, а окружение -- полуэмпирика).