Потенциал ионизации. Рассчет и эксперимент.

вопросы строения молекул и квантовой химии
Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Потенциал ионизации. Рассчет и эксперимент.

Сообщение Гесс » Пт май 17, 2013 12:44 am

Господа, а насколько точно современные DFT рассчеты воспроизводят экспериментальные значения?
Проблема следующая. Беру "тренировочную" молекулу - кислород. Для нее потенциал ионизации определен и воспроизведен неоднократно и составляет 12.07 эВ с очень хорошей точностью. Я посчитал молекулу в B3LYP/ cc-pvdz, aug-cc-pvdz, cc-pvtz, 6-311+G**, PBE0/ cc-pvdz, aug-cc-pvdz, MP2/ aug-cc-pvdz. Значения колеблются от 12.33 до 12.73, причем MP2 намного хуже чем B3LYP, который чуть-чуть хуже PBE0, aug-cc-pvdz заметно хуже cc-pvdz, который лучше чем cc-pvtz.
Короче - чем хуже тем лучше. Уходить в навороченные базисы нет смысла ибо нормальные задачи будут не на 2 атома.
Да, я считаю от триплетного состояния и контролирую что оно лучше синглетного. Катион радикал оптимизируется, то есть потенциал адиабатический.
Вопрос собственно - отклонение в полэлектронвольта - это ваще нормально?
Я уже пытался выгуглить и выскайфайндерить рассчеты потенциала ионизации молекулярного кислорода, но цифр либо нет либо они какие-то дикие. Возможно конечно ручки из попки.

Upd. Цифирь похожая на экспериментальную была получена в редкостно распространенном функционале KMLYP, но использование таких функционалов предполагает проверку на ряде молекул и ряде параметров, начиная от геометрии и сродства к электрону. B3LYP, PBE0 и MP2 были как-то привычнее.
Upd2. Поиграл интереса ради с молекулой озона. B3LYP/cc-pvdz пролетает на 0.3 эВ выше эксперимента, KMLYP/cc-pvdz - на 0.3 эВ ниже эксперимента.
KMLYP синглпоинты на геометриях B3LYP дают для обоих молекул примерно те же цифры IPa что и KMLYP оптимизации.

kbob
Сообщения: 1995
Зарегистрирован: Сб окт 17, 2009 9:48 am

Re: Потенциал ионизации. Рассчет и эксперимент.

Сообщение kbob » Пт май 17, 2013 4:40 am

Кислород вы зря взяли для примера - триплетное основное состояние.
Возьмите N2 или F2 - MP2 даст хороший результат.
If you are not part of the solution, you are part of the precipitate.

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Потенциал ионизации. Рассчет и эксперимент.

Сообщение VTur » Пт май 17, 2013 9:36 am

У Вас радикалы - добавьте диффузные функции.
Молекулу кислорода и маленькие кислородсодержащие соединения хорошо воспроизводит только MP4SDTQ, но считать таким методом не интересно. Из остальных DFT чуть хуже, а CC, QCI, CI и MP2 значительно хуже.
Посмотрите еще Data comparisons на http://cccbdb.nist.gov/
После отстоя требуйте долива

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Потенциал ионизации. Рассчет и эксперимент.

Сообщение Гесс » Пт май 17, 2013 5:26 pm

VTur писал(а):У Вас радикалы - добавьте диффузные функции.
Молекулу кислорода и маленькие кислородсодержащие соединения хорошо воспроизводит только MP4SDTQ, но считать таким методом не интересно. Из остальных DFT чуть хуже, а CC, QCI, CI и MP2 значительно хуже.
Посмотрите еще Data comparisons на http://cccbdb.nist.gov/
Большое спасибо за ресурс. с выбирать становится чуть легче. а MP4SDTQ я смеха ради посчитал. Переоценка на пол-эВ. Б3ЛИП и ПБЕ0 на том же базисе (сс-пвДз) лучше.
kbob писал(а):Кислород вы зря взяли для примера - триплетное основное состояние.
Возьмите N2 или F2 - MP2 даст хороший результат.
Мы не ищем легких путей :school:

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Потенциал ионизации. Рассчет и эксперимент.

Сообщение VTur » Пт май 17, 2013 6:42 pm

Все квановохимичнские методы имеют систематическую ошибку.
И здесь есть два момента - знание теории и опыт расчетов.
Когда нужно рассчитать неизвестную молекулу, алгоритм действий простой - берется молекула, близкая по строению, с известными экспериментальными свойствами и считается в различных методах и базисах. После десятка таких расчетов у Вас будет собственная таблица надежности набора метод/базис к возпроизведению нужных свойств.
У нас расчетов более тысячи, итог - некоторое разочарование в рекомендованныз и разрекламированных методах.
Если Вам нужна термодинамика для первых трех строк т. М.- B3LYP/aug-ccpvqz 6d10f, и здесь тоже есть систематическая ошибка

[ Post made via Android ] Изображение
После отстоя требуйте долива

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Потенциал ионизации. Рассчет и эксперимент.

Сообщение Гесс » Пт май 17, 2013 7:38 pm

VTur писал(а):У нас расчетов более тысячи, итог - некоторое разочарование в рекомендованныз и разрекламированных методах.
Да я уже вижу. :(
VTur писал(а):Если Вам нужна термодинамика для первых трех строк т. М.- B3LYP/aug-ccpvqz 6d10f, и здесь тоже есть систематическая ошибка
Ой не лопнуть бы мне с qz.

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Потенциал ионизации. Рассчет и эксперимент.

Сообщение VTur » Сб май 18, 2013 11:31 am

Попробуйте снять симметрию, добавить диффузные функции к Вашему базису. Все считайте в декартовых функциях, хоть немного, а точнее.

Когда у Вас будет статистика таких расчетов, тоже будите смеятся над людьми, которые учитывают BSSE и пытаются добиться "химической точности".
После отстоя требуйте долива

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Потенциал ионизации. Рассчет и эксперимент.

Сообщение Гесс » Сб май 18, 2013 12:35 pm

Я не делал никакую симметрию, прогнал B3LYP/aug-ccpvqz для трех молекул, это безумно дорого и из трех задач только в одной B3LYP/aug-ccpvqz оказался лучше чем B3LYP/cc-pvdz. Судя по цифирям с сайта разные методы с разными базисами тупо дают "облако" вокруг экспериментальной цифры с разбросом в пару эВ, причем методы случайно оказавшиеся хорошими для одной молекулы пролетают на дофига в других молекулах. Вообщем вцелом я уже смирился с тем что погрешность в потенциале ионизации у меня может плясать до 1эВ или процентов до 10 от абсолютного значения, а если так то "нет смысла платить больше". К тому же не один потенциал ионизации меня интересует. Посмотрю по другим параметр метод дающий стабильную и не слишком большую системную ошибку. В потенциале ионизации меня "устроил" скажем B3LYP/cc-pvdz с которого я начинал - из трех задач он ни разу не соврал больше чем на полэлектронвольта. Это конечно не статистика, но заставляет задуматься.

Аватара пользователя
Yu/2
Сообщения: 541
Зарегистрирован: Сб ноя 15, 2003 12:33 pm

Re: Потенциал ионизации. Рассчет и эксперимент.

Сообщение Yu/2 » Сб май 18, 2013 1:48 pm

Если не один потенциал ионизации и не только DFT интересует, то вот есть пара-тройка серьезных работ.

Код: Выделить всё

J. Russell Thomas, Bradley J. DeLeeuw, George Vacek, T. Daniel Crawford, Yukio Yamaguchi and Henry F. Schaefer III, The balance between theoretical method and basis set quality: A systematic study of equilibrium geometries, dipole moments, harmonic vibrational frequencies, and infrared intensities (1993), in: The Journal of Chemical Physics, 99:1(403-416)

Код: Выделить всё

Trygve Helgaker, Jürgen Gauss, Poul Jørgensen and Jeppe Olsen, The prediction of molecular equilibrium structures by the standard electronic wave functions (1997), in: The Journal of Chemical Physics, 106:15(6430-6440)

Код: Выделить всё

Cristina Puzzarini, Miriam Heckert and Jürgen Gauss, The accuracy of rotational constants predicted by high-level quantum-chemical calculations. I. molecules containing first-row atoms (2008), in: The Journal of Chemical Physics, 128:19(194108)

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Потенциал ионизации. Рассчет и эксперимент.

Сообщение Гесс » Сб май 18, 2013 2:28 pm

Спасибо!

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Потенциал ионизации. Рассчет и эксперимент.

Сообщение VTur » Сб май 18, 2013 4:16 pm

Лучше базис уменьшить, но диффузные + декартовы функции добавить. Хотя Ваши молекулы не знаю.

Хелгакер много занимался строением и маг. свойствами. Но он делал в очень больших базисах
После отстоя требуйте долива

o-oxhem
Сообщения: 425
Зарегистрирован: Вт июл 08, 2008 10:33 pm

Re: Потенциал ионизации. Рассчет и эксперимент.

Сообщение o-oxhem » Сб май 18, 2013 6:14 pm

Гесс писал(а):Я не делал никакую симметрию, прогнал B3LYP/aug-ccpvqz для трех молекул, это безумно дорого и из трех задач только в одной B3LYP/aug-ccpvqz оказался лучше чем B3LYP/cc-pvdz. Судя по цифирям с сайта разные методы с разными базисами тупо дают "облако" вокруг экспериментальной цифры с разбросом в пару эВ, причем методы случайно оказавшиеся хорошими для одной молекулы пролетают на дофига в других молекулах. Вообщем вцелом я уже смирился с тем что погрешность в потенциале ионизации у меня может плясать до 1эВ или процентов до 10 от абсолютного значения, а если так то "нет смысла платить больше". К тому же не один потенциал ионизации меня интересует. Посмотрю по другим параметр метод дающий стабильную и не слишком большую системную ошибку. В потенциале ионизации меня "устроил" скажем B3LYP/cc-pvdz с которого я начинал - из трех задач он ни разу не соврал больше чем на полэлектронвольта. Это конечно не статистика, но заставляет задуматься.
Таков он - DFT. Если этого не нужно, то CCSD(T)/cc-pVTZ, может, G3, CBS-QB3.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Потенциал ионизации. Рассчет и эксперимент.

Сообщение Гесс » Сб май 18, 2013 6:23 pm

А можно о G3 подробнее? Это не G3B3? G2 делает какой то бред начиная с оптимизации в ХФ. Я конечно понимаю, взаимокомпенсация ошибок и тд. но если хоть геометрию можно взять от оптимизации на более высоком уровне...

CCSD(T)/cc-pVTZ - ну имейте ж совесть :lol:

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Потенциал ионизации. Рассчет и эксперимент.

Сообщение VTur » Вс май 19, 2013 5:18 pm

CCSD(T)/cc-pVTZ имеет ошибку большую, чем DFT, см. там же
G-n имеет несколько подгоночных параметров для энтальпии при 298 К. Неплохо сокращаются на O2, но выше погрешность на N2. Для полной энергии использовать крайне проблематично, неоднократно проверено.
После отстоя требуйте долива

Аватара пользователя
Droog_Andrey
Сообщения: 2700
Зарегистрирован: Сб сен 29, 2007 8:29 pm
Контактная информация:

Re: Потенциал ионизации. Рассчет и эксперимент.

Сообщение Droog_Andrey » Ср май 22, 2013 11:00 am

Для кислорода и озона BD(T) будет лучше CCSD(T).
2^74207281-1 is prime!

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Потенциал ионизации. Рассчет и эксперимент.

Сообщение VTur » Ср май 22, 2013 12:16 pm

Droog_Andrey, у меня сейчас никаких расчетных машин нет.
Если есть возможность, посчитаейте О2 и атом О с помощью BD(T)/6-311++g(3df,3pd) 6d 10f и еще Вашего базиса. А я посчитаю ошибку этих наборов для реакции атомизации. Просто, интересно, что получится.
После отстоя требуйте долива

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Потенциал ионизации. Рассчет и эксперимент.

Сообщение sanya1024 » Ср май 22, 2013 1:55 pm

Действительно, на системах с открытыми оболочками DFT врет не по детски. Но и прочие методы тоже врут. 0.5 эВ -- смотря насколько критична Вам такая ошибка. Более того, и теория возмущений, и CC сильно зависят от базиса, и сходимость по базису там обычно медленная.
Кстати, может оказаться, что на больших системах ошибка будет не больше, а возможно что и меньше.
Да, еще такой момент: Вы сравниваете рассчитанный адиабатический потенциал -- с каким экспериментальным? обычно в эксп. все-таки вертикальные. Может, еще и в этом дело?
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Потенциал ионизации. Рассчет и эксперимент.

Сообщение Гесс » Ср май 22, 2013 2:14 pm

Ну мне как в сказке - хочется недорогой метод который относительно адекватно будет описывать небольшие системы, скажем атомов до 10-15. Причем в "адекватно" (ну я же в сказке) я вкладываю правильную геометрию, правильные потенциалы ионизации и сродства к электрону, энергию образования. В том что я буду считать не ожидается жутких делокализаций, но хотелось бы чтоб оно не врало об например межмолекулярном взаимодействии типа водородных связей.

Для таких молекул на которых я "отрабатываю технологию" известны и вертикальные и адиабатические потенциалы ионизации. Они отличаются заметно но я сравниваю верт. с верт. и адиа. с адиа.

Аватара пользователя
alien308
Сообщения: 553
Зарегистрирован: Пт окт 23, 2009 8:53 pm

Re: Потенциал ионизации. Рассчет и эксперимент.

Сообщение alien308 » Ср май 22, 2013 3:30 pm

Увaжаемый Гесс. Вы MP4SDTQ в orca считали? Если нетрудно пожалуйста выложите inp-файл и данные по вертикальной и адиабатической энергии ионизации молекулы кислорода (или ссылки), ещё таблеток от жадности если есть :)

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Потенциал ионизации. Рассчет и эксперимент.

Сообщение Гесс » Ср май 22, 2013 3:38 pm

В орке не считал, считал в гауусиане. Если очень хотите - могу прогнать и в орке. Гауссиан счас наскребу и дам.

Up. Аутпуты гауссиана ушли в ЛС. (если кому интересно - отправлю тоже). Там только адиабат. Экспериментальные цифры взяты с http://cccbdb.nist.gov/ но как минимум для адиабатики они совпадают с NISTом и большинством статей.

Adiabatic:12.070 eV
Vertical:12.300 eV

Рассчетная адиабатика на MP4(SDTQ)/aug-cc-pvdz - 12.573еV

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 10 гостей