Gaussian под linux

[uchebnik fiziki]

откроется окно vi, скопируйте в него (как vi пользоваться знаете?)

ROFL
Гесс, да вы проказник
В любом случае рекомендую не работать под рутом.

[Shorku]

Закройте

Да Вы смерти ему хотите!

[ Post made via Android ]

[Beiri]

А про смерть по подробнее можно?

[Гесс]

Гесс, да вы проказник
В любом случае рекомендую не работать под рутом.

Если бы меня научили тому чему я научился сам то я бы за полгода сделал то на что было потрачено около 3.
Я посылаю людей в мануалы когда у меня возникает ощущение что человек хочет окончательно сесть на шею. Пока здесь у меня такого ощущения нет.
А про рут - ниче не знаю, я линукс на персоналке почти не пользую а на серверах у меня разумеется никаких прав нет, поэтому что в линуксе можно поломать с правами админа я не в курсе.

Закройте

Да Вы смерти ему хотите!

Че это?

[Shorku]

Че это?

Никто не знает, как выходить из vi. Никто.
http://bash.im/quote/428240
http://bash.im/quote/420774

[ Post made via Android ]

[uchebnik fiziki]

Если бы меня научили тому чему я научился сам то я бы за полгода сделал то на что было потрачено около 3.

А вы в детстве не читали Фигурнова, например? Или в чуть более сознательном возрасте -- что-нибудь типа Кернигана-Пайка? Трата времени -- день, зато потом никаких проблем в отношениях с ОС

Я посылаю людей в мануалы когда у меня возникает ощущение что человек хочет окончательно сесть на шею. Пока здесь у меня такого ощущения нет.

Просто человек явно не знает простейших принципов организации файловой системы, прав доступа, переменных окружения. Поэтому лучше сначала освоить эту достаточно простую информацию, а потом уже садиться за терминал.

[Гесс]

Если бы меня научили тому чему я научился сам то я бы за полгода сделал то на что было потрачено около 3.

А вы в детстве не читали Фигурнова, например? Или в чуть более сознательном возрасте -- что-нибудь типа Кернигана-Пайка? Трата времени -- день, зато потом никаких проблем в отношениях с ОС

Не читал. Порекомендуйте что-то конкретное - почитаю. Я потратил три года и до сих пор испытываю сильнейшие проблемы с установкой и распараллеливанием квантохимического софта на серверах. Кстати о птичках - есть тут специалисты по Likwid?

Просто человек явно не знает простейших принципов организации файловой системы, прав доступа, переменных окружения. Поэтому лучше сначала освоить эту достаточно простую информацию, а потом уже садиться за терминал.

Незнает. Я не нахожу эту информацию простой и понятной, впрочем возможно если б я учил ее в русском изложении она была бы проще и понятнее. А вид 900 страничных книжечек "коротко о юниксе" вообще вызывает у меня депрессию или желание убивать. Особенно после первого просмотра.

[uchebnik fiziki]

Потому что не надо читать 900-страничные книжки, надо читать классиков. Конкретные рекомендации даны выше.

Установка и распараллеливание -- это совсем другая история, там много специальных знаний и шаманства. А вот как переменные окружения прописывать -- это азы, без этого как-то грустно жить.

[Гесс]

Потому что не надо читать 900-страничные книжки, надо читать классиков. Конкретные рекомендации даны выше.

А вы в детстве не читали Фигурнова, например? Или в чуть более сознательном возрасте -- что-нибудь типа Кернигана-Пайка? Трата времени -- день, зато потом никаких проблем в отношениях с ОС.

Б.Керниган, Р.Пайк - Практика программирования. Это? Поисчем...

Установка и распараллеливание -- это совсем другая история, там много специальных знаний и шаманства.

Там все специальные знания сводятся к тому "какие переменные экспортнуть, какие пути и в каком порядке прописать, какие библиотеки через какую жопу впихнуть, какие компиляторы на это натравить и как это все соотносится с имеющейся архитектурой." То есть шаманизм состоит преимущественно в комбинации "простых" команд.

[uchebnik fiziki]

Б.Керниган, Р.Пайк - Практика программирования. Это? Поисчем...

UNIX: универсальная среда программирования. Первые три или четыре главы. Просветляет именно на тему устройства ОС.

То есть шаманизм состоит преимущественно в комбинации "простых" команд.

Шаманизм состоит в правильном выборе всего под конкретную систему. Называть флаги компиляторов простыми и даже "простыми" -- некоторое преувеличение.

[alien308]

UNIX: универсальная среда программирования. Первые три или четыре главы. Просветляет именно на тему устройства ОС.

Читать и разбиратся всем! Задавать вопросы! Там не сложно. Потом экономит огромное количество времени!
Может выделить отдельную тему по основам Unix/Linux?

[Гесс]

UNIX: универсальная среда программирования.

Скачалъ

Может выделить отдельную тему по основам Unix/Linux?

Я за.
Правда быстро закидается вопросами "а как...?"

[chem_vova]

использую openSUSE 13.2 KDE

Тогда откройте текстовый терминал. Вся работа с гауссианом идет в одном окне терминала, гауссиан работает только в текстовом режиме.

нашел. Теперь вопрос как его запустить.
Путь выглядить как ./usr/local/chem/g09-64-D01

В терминале выполните такие команды (для bash):

Код: Выделить всё

export g09root=/usr/local/chem/g09-64-D01
source $g09root/g09/bsd/g09.profile
export GAUSS_SCRDIR=<scratch directory>

где <scratch directory> - полный путь к директории для временных файлов (это файлы *.chk, *.rwf, *.int, *.d2e, *.skr, имеют огромный размер и по умолчанию удаляются g09 после завершения задачи). <scratch directory> должна быть создана заранее, g09 ее не создает и вылетает с ошибкой если не находит.
Если терминал закрыть и открыть его в новом окне, все вышеуказанные команды нужно ввести заново.
Гауссиан будет вызываться из любой директории командой g09. В командной строке ему передается имя файла с задачей. Проверить работу гауссиана можно на тестовой задаче, которую уже написал Гесс (viewtopic.php?f=71&t=109618#p828937).

[Гесс]

Он уже запустил гауссиан и мы надеемся получить инструкцию для следующих поколений.
Хотя скретч пока не делался.

[alien308]

UNIX: универсальная среда программирования.

Скачалъ

Может выделить отдельную тему по основам Unix/Linux?

Я за.
Правда быстро закидается вопросами "а как...?"

Отвечать и систематизировать!

[Beiri]

итак) с небольшой задержкой пупбликую "инструкцию по запуску gaussian`a"
инструкция сырая. но вполне рабочая.
Приступим. Создаем в какой нить папке текстовый файлик. пускай будет input.txt и запихиваем в него ваш будущий расчет.
Смотрим пути, нашего инпута и папки гауссиана.

Код: Выделить всё

cd /
find . -name g09

для ленивых

Код: Выделить всё

$RunGauss
%chk=testalex.chk
# RHF/6-31G* Name=Alex

Likwid

0 1
H 0.000000000 0.000000000 0.000000000
H 1.000000000 0.000000000 0.000000000

Не забудьте отступить 2 строчки минимум. Больше можно, хуже не станет.
Далее, бежим в консоль и пишем (копируем)

Код: Выделить всё

export PATH=путь гаусячей папки:$PATH
export GAUSS_EXEDIR=путь гаусячей папки
echo $GAUSS_EXEDIR
echo $PATH
vi input.log

Все пути изменяете относительно своих.
команда vi input.log покажет внутренности лога ПОСЛЕ завершения расчета. До этого можно пойти чай попить.
Чуть позже добавлю работу со скретчем и запуск gausview 5 через wine

[chem_vova]

Далее, бежим в консоль и пишем (копируем)

Код: Выделить всё

export PATH=путь гаусячей папки:$PATH
export GAUSS_EXEDIR=путь гаусячей папки

Все что Вы написали должен делать гауссиановский скрипт из $g09root/g09/bsd/g09.profile. Но кроме того он ставит еще несколько переменных среды, которые могут понадобиться некоторым оверлеям, то есть некоторые задачи могут пройти без выполнения g09.profile, некоторые не пройдут. Выполнение команд

Код: Выделить всё

export g09root=/usr/local/chem/g09-64-D01
source $g09root/g09/bsd/g09.profile
export GAUSS_SCRDIR=<scratch directory>

я не сам придумал, это написано в инструкции к гауссиану (если его покупать). В этой ветке я не видел чтоб кто-то упоминал выполнение g09.profile, а оно может быть важно для нормальной работы.

[VIPer]

доброго дня, уважаемые коллеги!
вчера начал осваивать сабж под линуксом, поставил opensuse 13.2 kde (да, к графике уж очень привязан пока), поставил по ссылкам с рутрекера сборку 09-д01, та что с линдой вроде как уже. переменные окружения с горем пополам осилил, добился запуска и окончания одного расчётика. но проблема в том, что не могу понять, использует ли сабж имеющуюся память или нет. в default.route прописал -P- 8 и -M- а вот тут по-разному пробовал, и сначала все свои 20GB, и 4GB, разницы никакой. в инпуте дополнительно писал и убирал %mem=4GB или %mem=1536MB (опытным путём для себя пока выяснил, что под виндами используется не больше у меня..), разницы никакой. вообще непонятна ситуация с памятью - top, htop показывают одно, системный монитор что-то другое. сходятся они только на пункте shared memory - там порядка 13МБ используется обычно. вот уже с другим видом памяти как-то менее понятно. и, наконец, в топе пишется, что виртуальной памяти занято сабжем 5 с лишним гигов. так использует он память или нет? как это проверить можно? сравнивать с таким же расчётом в винде?

2015-03-06.png

[endlesslake]

А какой рассчет то? Может ему просто не нужно(не умеет использовать) столько.
Насколько я помню, виртуальная память к используемой оперативной отношения не имеет, в частности, туда добавляется объем файлов используемых программой определенным образом.

[VIPer]

расчёт был оптимизация геометрии молекулы на 36 атомов, все лёгкие, на уровне теории mpwb95/6-31++g из координат РСА. не знаю, но на винде у меня виртуальной памяти отъедает эта задача 1700 МБ примерно (как впрочем и все при параметре %mem=1536MB, что может означать, что память зарезервирована, но не обязательно используется??), пока слишком мало ещё провёл сравнений, чтобы понять, помогает это или нет.
просто если на моих молекулах не более 100 атомов прироста во времени расчёта нет при увеличении памяти, вообще тогда не понятен профит от использования линукса..