molden2qmc

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
kbob
Сообщения: 2004
Зарегистрирован: Сб окт 17, 2009 9:48 am

molden2qmc

Сообщение kbob » Ср июн 03, 2015 3:00 am

Добрый день.

Я разрабатываю конвертор файлов MOLDEN-формата во входные файлы CASINO.

Я хочу поддержать MOLPRO и QCHEM, но у меня нет соответствующих лицензий.

Если кто-то обладает такими лицензиями, я буду очень благодарен, если он сгенерирует тестовые MOLDEN-файлы для следующей геометрии в базисах def2-SVP, def2-TZVP, def2-QZVP, RHF, charge=0, mult=1

Код: Выделить всё

N       0.5200      0.5300      0.5100
N      -0.5200     -0.5200      0.5200
N      -0.5200      0.5200     -0.5200
N       0.5200     -0.5200     -0.5200
E(def2-SVP) = -217.314008041678
E(def2-TZVP) = -217.599340274266
E(def2-QZVP) = -217.608435955024

и один файл для той-же геометрии в базисе def2-SVP, UHF, charge=1, mult=2
тут, важен только формат представления Alpha и Beta орбиталей.

Также для меня так-же важно какой тип базисов используется в программах - GENERAL CONTRACTED или SEGMENTED CONTRACTED.

Заранее благодарен, Владимир.
If you are not part of the solution, you are part of the precipitate.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2050
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: molden2qmc

Сообщение amge » Ср июн 03, 2015 1:22 pm

Не по теме, но позвольте спросить.
Коллега, а нет ли в Вашей программе обратного преобразования (из различных программ в molden-формат)?

kbob
Сообщения: 2004
Зарегистрирован: Сб окт 17, 2009 9:48 am

Re: molden2qmc

Сообщение kbob » Ср июн 03, 2015 2:21 pm

amge писал(а):Не по теме, но позвольте спросить.
Коллега, а нет ли в Вашей программе обратного преобразования (из различных программ в molden-формат)?
Понимаете, дело в чем, документация по MOLDEN формату вполне доступна http://www.cmbi.ru.nl/molden/molden_format.html, но не совсем однозначна в плане нормировочных коэффициентов и разработчик каждой QM-программы трактует по своему, а мне для каждой программы приходится добавлять подгоночные нормировочные коэффициенты. Хотя я по наивности думал, что один и тот же алгоритм подойдет для всех программ.

Что вы понимаете под преобразованием в MOLDEN формат в таком контексте? И что является исходным файлом в этом случае?

P.S.

Скачал триальную версию Molpro, в очередной раз был шокирован оригинальностью алгоритма конвертации MO из декартового в сферический базис.
If you are not part of the solution, you are part of the precipitate.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: molden2qmc

Сообщение Гесс » Ср июн 03, 2015 2:33 pm

Я чтото молпрю, скоро покажу.

Или уже ненадо?

kbob
Сообщения: 2004
Зарегистрирован: Сб окт 17, 2009 9:48 am

Re: molden2qmc

Сообщение kbob » Ср июн 03, 2015 4:00 pm

Гесс писал(а):Я чтото молпрю, скоро покажу.

Или уже ненадо?
Спасибо, остался только один вопрос. Как сохранить в случае UHF alpha и beta орбитали в одном файле.
Такой рецепт создает 2 файла.
http://www.molpro.net/pipermail/molpro- ... 04818.html
If you are not part of the solution, you are part of the precipitate.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2050
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: molden2qmc

Сообщение amge » Ср июн 03, 2015 4:16 pm

kbob писал(а):Что вы понимаете под преобразованием в MOLDEN формат в таком контексте? И что является исходным файлом в этом случае?
У меня MOLDEN - основной квантовохимический вьювер. Поэтому хочется, чтобы те аутпуты, которые этот вьювер не понимает нативно, можно было просматривать через MOLDEN-формат, генерируемый сторонними программами. Только и всего :).

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: molden2qmc

Сообщение Гесс » Ср июн 03, 2015 5:00 pm

Нет, в один файл с нескольких попыток слить неудалось.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

kbob
Сообщения: 2004
Зарегистрирован: Сб окт 17, 2009 9:48 am

Re: molden2qmc

Сообщение kbob » Ср июн 03, 2015 5:15 pm

amge писал(а):
kbob писал(а):Что вы понимаете под преобразованием в MOLDEN формат в таком контексте? И что является исходным файлом в этом случае?
У меня MOLDEN - основной квантовохимический вьювер. Поэтому хочется, чтобы те аутпуты, которые этот вьювер не понимает нативно, можно было просматривать через MOLDEN-формат, генерируемый сторонними программами. Только и всего :).
Во всех программах которыми я пользуюсь (кроме NWCHEM) есть возможность сгенерировать MOLDEN файл без помощи сторонних программ.
Конечно есть определенные нюансы. http://people.smu.edu/wzou/program/
If you are not part of the solution, you are part of the precipitate.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 29 гостей