То
RTR
Судя по величине остаточного давления в Вашей системе она(система) совсем не вакуумная. Где-то происходит перманентный подсос атмосферного воздуха

Тут уже нельзя грешить на сорбцию воды материалами теплоизоляции "бункера" в ночное время. Либо не герметичен "бункер" либо коммуникации бункер-насос либо сам насос. Если такое разрежение устраивает
Наиболее радикальный, но и самый затратный путь это смена типа используемого насоса. Коллега
Iskander дал несколько рекомендаций, хотя водоструй рассматривать всерьез по многим причинам не стоит

(низкая производительность, постоянно текущая вода и т.д.).
Иначе для осушки проходящего воздуха вполне можно использовать толстостенный стеклянный сосуд с двумя трубками(годится какая-нибудь 2-3х литровая банка для консервирования

) Трубка от "бункера" должна доходить до дна сосуда, вторая отходит непосредственно от крышки. Засыпать в банку доступный осушитель, щелочь-одноразовый, гранулированный силикагель-многоразовый(но требует прогрева до 300-400град для регенерации), сверху слоя положить слой пылеуловителя типа ваты и вперед. Ничего нового здесь изобрести уже не получится
Простенький отечественный мембранник стоит 8-9 тыс. рублей
Бог на стороне не больших батальонов, а тех, кто лучше стреляет (приписывается Вольтеру)