Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных иссл

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1395
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных

Сообщение Vit Nhoc » Чт мар 10, 2016 12:40 pm

madschumacher писал(а):Kcт, наверное неплохой kомм. продуkт (с хорошим спросом) была бы эkспертная система, kоторая бы советовала что и kаk нужно считать. Типа -- вводишь молеkулу в виде *xyz файла, и говоришь ей: "Фас!", а она таkая приkидывает точность различных приближений, выч. стоимость расчетов, и, исходя из дополнительных условий (типа стоимость вычислений, доступность прог), выводит рейтинг приближений и методов расчета для подобной системы. Наверняkа kakие-нть унылые попытkи таkого делались, но будь у разрабов реально рабочий продуkт, сkажем, с 90% успешной вероятностью, то спрос наверняkа был бы. Правда, наверное таkой проеkт был бы тольkо Google под силу.
Таk что вперед туда, или в Yandex 8)
Да я, собственно, нечто подобное и начал рисовать... Взгляните что пока есть:

http://www.chemcraftprog.com/files/CChemBeg002.zip

Это не просто неприлично, это за гранью этики вообще. Такие вещи не просто не приняты, такая деятельность непристойна и даже не обсуждается в приличном обществе.
Что вы такое говорите. По-вашему, книги нельзя продавать, а можно только распространять бесплатно?
"Ты должен сделать добро из зла, потому что больше его сделать не из чего". АБ Стругацкие.

Аватара пользователя
madschumacher
Сообщения: 892
Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных

Сообщение madschumacher » Чт мар 10, 2016 1:21 pm

Судя по интерфейсу очень на то похоже. Но, я думал бы, что хорошего результата тольkо реkомендациями добиться сложно. Я бы предположил, что успех был бы достигнут при использовании BigData (нужно, правда, kаk-то парсить литературу) и kаkих-нибудь нейронных сетей. Насkольkо мне известно, алгоритмы типа: "если А => делай B" поkазали свою непригодность на примере тех же медицинсkих эkспертных программ еще в 80-90х. То же самое можно сkазать еще и про статистичесkие прогнозы на основе многомерных линейных моделей.

P.S. в свете последних успехов от нейронных сетей в го, скорее всего в скором времени подобные штуки еще больше будут занимать места в химии

P.P.S. конечно, задача выбора метода по имеющейся лит-ре наверное не настолько ужасна, и сама по себе может и не требовать ИИ, но вот распознание молекулярной системы - уже все-таки из этой области.
Последний раз редактировалось madschumacher Чт мар 10, 2016 6:44 pm, всего редактировалось 1 раз.
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 1075
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных

Сообщение Shorku » Чт мар 10, 2016 2:26 pm

Кмк, идея с вики за деньги не слишком удачна. За деньги люди обычно хотят кнопку "Сделать хорошо". Ботать доки можно и на халяву, благо у той же орки мануал на 500+ страниц наполовину из примеров почти на каждый случай жизни. Опять же есть места, где можно просто нахаляву задать вопрос и получить ответ, например ccl и researchgate (последний вообще какое-то адовое пристанице индусов, которым лень гуглить туториалы или читать маны).
За деньги - это разве что можно продавать техподдержку а-ля установить-настроит софт, показать, какие кнопки тыкать.
Вот тут я скорее не соглашусь, от слова совсем. ДФТ это "черный ящик", "творчества" в его использовании обычно очень мало. Зачастую оно состоит в замене беспричинновыбранного B3LYP на беспричинновыбранный любой другой функционал.
Не, ну есть еще не от хорошей жизни придуманные CDFT, CDFT-CI, SF-TDDFT, REKS, DFT-MRCI, BS, CASDFT и имя им легион, но это все как-то нифига не для рутинных задач и не для новичков, и не собрано в DefaultQuantumChemicalProgram.
Многие из них пытаются делать какую-то квантовую химию, но на абсолютно дилетантском уровне, и никто им толком не помогает и не консультирует, так что эффект почти нулевой.
Вот кажется мне, что это проистекает далеко не всегда от недостатка информации. Людям часто лень читать про свой класс соединений, метод исследования, и вообще что там в смежных областях делается. Такие не будут пользоваться вики, таким надо человека, который им все сделает.
Make quantum chemistry, not war

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1395
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных

Сообщение Vit Nhoc » Чт мар 10, 2016 11:01 pm

Вот ещё один вопрос. Как вы думаете, насколько мне выгодно публиковать на сайте Chemcraft хороший блог? Может быть, люди тогда будут чаще покупать программу для поддержки этого блога, т.е. я начну зарабатывать неким краудфандингом?
Я слышал, некоторые блоггеры зарабатывают на краудфандинге, но это наверно больше в сфере политики. А все эти богоугодные квантовые проекты - квантовохимический Вики, интерактивный справочник по квантовой химии - могут привлечь доноров как средство развития квантовой химии?
Мне показалось, квантовая химия для некоторых это что-то вроде философского камня, и они могли бы её безвозмездно поддерживать.
"Ты должен сделать добро из зла, потому что больше его сделать не из чего". АБ Стругацкие.

Аватара пользователя
madschumacher
Сообщения: 892
Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных

Сообщение madschumacher » Чт мар 10, 2016 11:31 pm

Сомнительно. Там же очень читаемые блоги продаются. А квант хим-малая аудитория + большинство блоги не читают.
Что бы точно помогло б - сборка программы под Linux. А еще полный аналог aim точно прокатил бы. А еще всякие фичи типа vmd шных и travis овских штук для обработки md траекторий.

[ Post made via Android ] Изображение
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных

Сообщение VTur » Пт мар 11, 2016 6:04 pm

Vit Nhoc, при выводе ур. квантовой химии было сделано столько допущений, что каждый метод, а их там тьма, имеет очень малые области применимости (хотя это никак не отражается на огромном количестве мусорных публикаций в хороших журналах). Это значит, что Вам потребуется знание для каждого метода не только, какие величины из него можно относительно надежно получить, но и с какими соединениями его можно использовать, а также какие приближения для него можно использовать для сходимости по SCF, по матрице плотности, по градиентам, по полной энергии. Какую аппрокисмацию нужно использовать для электронной плотности. Какую сетку следует использовать, усеченную или нет. Есть правильная аппроксимация потенциала и тд.

[ Post made via Android ] Изображение
После отстоя требуйте долива

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1395
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных

Сообщение Vit Nhoc » Пт мар 11, 2016 6:30 pm

Гесс писал(а): Если же ограничиваться DFT то ваша идея довольно реалистична, надо загнать в код выбор функционала базируясь на критериях из "Which functional should I choose?" и задач из выборы функционала (спасибо за ссылку avelon), выбор базиса исходя из элементов BSE и OrcaInput, рекомендовать даблзета базис начиная с Х размера молекул, рекомендовать density fitting / RI начиная с размера Y (или всегда), рекомендовать SCF=xqc для гауссиана, рекомендовать надиффуженный базис для анионов, нерекомендовать aug-cc-pVDZ, рекомендовать дисперсионную коррекцию везде без разбора. С помощью такого генератора любая кухарка сможет управлять расчетами
madschumacher писал(а):которые делаются по принципу "нажали на кнопочку -> получили цихферку ".

В общем будет именно то в чем VTur обвиняет современные кванты.
Спасибо за помощь, буду выкладывать это в своём блоге (если никто не против), вот ещё вопрос: из ссылки avelon получается, что самый универсальный функционал - PBE, а есть ли PBE-D или PBE-D3?

И ещё: когда я считал билирубин, у меня получилось что PBE плоховато воспроизводит внутримолекулярные водородные связи (для спектров ПМР согласие с экспериментом было хуже, чем для функционалов B3LYP и wB97XD)
"Ты должен сделать добро из зла, потому что больше его сделать не из чего". АБ Стругацкие.

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 1075
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных

Сообщение Shorku » Пт мар 11, 2016 6:40 pm

Vit Nhoc писал(а): Спасибо за помощь, буду выкладывать это в своём блоге (если никто не против), вот ещё вопрос: из ссылки avelon получается, что самый универсальный функционал - PBE, а есть ли PBE-D или PBE-D3?

И ещё: когда я считал билирубин, у меня получилось что PBE плоховато воспроизводит внутримолекулярные водородные связи (для спектров ПМР согласие с экспериментом было хуже, чем для функционалов B3LYP и wB97XD)
В DefaultQuantumChemicalProgram и для PBE, и для PBE0 судя по мануалу есть в разных вариантах. В орке тоже есть вроде бы.
PBE или РВЕ0? Таки большая разница. B3LYP и PBE0 гибридные, wB97XD вообще лонг рэйндж, a PBE - просто GGA, какбы и не стоило ничего ожидать.

Я бы сказал, что читаемый, обновляемый и популярный блог помог бы Вам в нескольких аспектах: продвижение основного продукта, необходимость самому разбираться в тонкостях и отсюда большее внимание к деталям, что потенциально может помочь сделть основной продукт лучше. Скажем, адекватно генерить дефолтные инпуты (типа есть переходные металлы- дергаем один функционал, нет - другой, есть водородные связи - нет ну и все такое)
Последний раз редактировалось Shorku Пт мар 11, 2016 6:45 pm, всего редактировалось 1 раз.
Make quantum chemistry, not war

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных

Сообщение VTur » Пт мар 11, 2016 6:43 pm

Универсальных фунуционалов нет. Все они очеь ограничены. Особенно плохо потенциалы воспроизводятьраспределение в валентной области. Они сроятся по определеннымправилам, но согласовать вме правила нельзя. Отсюда введение эмпирических параметров,. А орбитали а DFT вообще не имеют смысла.

[ Post made via Android ] Изображение
После отстоя требуйте долива

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 1075
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных

Сообщение Shorku » Пт мар 11, 2016 6:46 pm

VTur писал(а):Универсальных фунуционалов нет. Все они очеь ограничены. Особенно плохо потенциалы воспроизводятьраспределение в валентной области. Они сроятся по определеннымправилам, но согласовать вме правила нельзя. Отсюда введение эмпирических параметров,. А орбитали а DFT вообще не имеют смысла.
И все же дфт орбитали нормально идут в качестве начального приближения для CASSCF с тем же результатом, что и натуральные из MP2, скажем.
Make quantum chemistry, not war

Аватара пользователя
madschumacher
Сообщения: 892
Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных

Сообщение madschumacher » Пт мар 11, 2016 8:20 pm

VTur писал(а):А орбитали а DFT вообще не имеют смысла.
Ну вообще, они ровно столько же имеют смысла, сколько и Х-Ф орбитали. Если вторые - приближение для реальных МО, первые - приближение к натуральным орбиталям (легко это увидеть из представления электронной плотности при построении уравнений Кона-Шема). А то, что эмпирики в Кон-Шэмовских орбиталях существенно больше (ну просто из-за того, что все функционалы таковы), чем в ХФ, это уже мелочи)) А кст, для нормальных систем - Х-Ф, К-Ш, натуральные орбитали обычно почти полностью совпадают. :wink:
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!

Аватара пользователя
uchebnik fiziki
Сообщения: 4265
Зарегистрирован: Пн авг 20, 2012 9:04 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных

Сообщение uchebnik fiziki » Пт мар 11, 2016 10:14 pm

Гесс писал(а):
uchebnik fiziki писал(а):Послушал тут надысь презентацию Шерилла про Psi4. Впечатлился простотой интерфейса. Будущее наступило. Смиритесь.
А шо там? а мона ссыль? Я пользую изредка PSI4, я не вижу там ничего принципиально отличного от орки, гауссиана или природы в формате инпута и аутпута. Или что имеется в виду под словом интерфейс? Самый ... нет слов... интерфейс из того что я пробовал - это Амбер и Громакс, а из квантовых Турбомоль. Так как я не специалист в МД то я ничего не буду говорить по первым двум, но формат турбомоля это что угодно но не "простой" и не "юзерфрендли".
Там входной файл состоит из двух строчек:

Код: Выделить всё

возьми такой-то базис
посчитай молекулу из пабкема
То есть он ищет молекулу в пабкеме по названию и дальше делает всю подготовку её сам.
Ссылку нельзя, я вживую слушал. Описание модуля pubchem есть у них на сайте.

У Амбера интерфейс крайне человеческий в МД-модулях, у НАМДа с Громаксом в этом плане похуже.
Свобода, равенство, братство.

Или смерть.

Аватара пользователя
uchebnik fiziki
Сообщения: 4265
Зарегистрирован: Пн авг 20, 2012 9:04 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных

Сообщение uchebnik fiziki » Пт мар 11, 2016 10:24 pm

madschumacher писал(а):Kcт, наверное неплохой kомм. продуkт (с хорошим спросом) была бы эkспертная система, kоторая бы советовала что и kаk нужно считать. Типа -- вводишь молеkулу в виде *xyz файла, и говоришь ей: "Фас!", а она таkая приkидывает точность различных приближений, выч. стоимость расчетов, и, исходя из дополнительных условий (типа стоимость вычислений, доступность прог), выводит рейтинг приближений и методов расчета для подобной системы. Наверняkа kakие-нть унылые попытkи таkого делались, но будь у разрабов реально рабочий продуkт, сkажем, с 90% успешной вероятностью, то спрос наверняkа был бы. Правда, наверное таkой проеkт был бы тольkо Google под силу.
Такой проект называется "контрактные исследования" и выполняется соответствующей командой экспертов.
Vit Nhoc писал(а):По-вашему, книги нельзя продавать, а можно только распространять бесплатно?
Когда продают книгу, продают физический носитель информации. Саму информацию, полученную из открытых источников, продать нельзя в принципе. Точнее, её продажа де-факто является мошенничеством.
madschumacher писал(а):P.P.S. конечно, задача выбора метода по имеющейся лит-ре наверное не настолько ужасна, и сама по себе может и не требовать ИИ, но вот распознание молекулярной системы - уже все-таки из этой области.
Наоборот.
Shorku писал(а):За деньги - это разве что можно продавать техподдержку а-ля установить-настроит софт, показать, какие кнопки тыкать.
Вот именно! Тем все софтверные компании и живут. А также контрактными работами и разработкой софта под нужды конкретного заказчика. Но Вит Нхок этого понять не хочет.
Vit Nhoc писал(а):Как вы думаете, насколько мне выгодно публиковать на сайте Chemcraft хороший блог?
А вы уверены, что можете вести хороший блог?
Vit Nhoc писал(а):Мне показалось, квантовая химия для некоторых это что-то вроде философского камня, и они могли бы её безвозмездно поддерживать.
Вам показалось.
madschumacher писал(а): А еще всякие фичи типа vmd шных и travis овских штук для обработки md траекторий.
А зачем? Они же и так есть. Причём бесплатно и с открытым кодом.
Свобода, равенство, братство.

Или смерть.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных

Сообщение Гесс » Пт мар 11, 2016 11:23 pm

uchebnik fiziki писал(а):
Гесс писал(а):
uchebnik fiziki писал(а):Послушал тут надысь презентацию Шерилла про Psi4. Впечатлился простотой интерфейса. Будущее наступило. Смиритесь.
А шо там? а мона ссыль? [...]
Там входной файл состоит из двух строчек:

Код: Выделить всё

возьми такой-то базис
посчитай молекулу из пабкема
То есть он ищет молекулу в пабкеме по названию и дальше делает всю подготовку её сам.
Ссылку нельзя, я вживую слушал. Описание модуля pubchem есть у них на сайте.
А! http://www.psicode.org/psi4manual/maste ... m-database это я знаю хотя и не использую. Не ожидал что такая фишка вызовет у вас такой позитивный отзыв. В каком то МД-визуализаторе я похожую фишку видел "дай ко мне милок структуру белка из твоей онлайнбазы." ЕМНИП "Swiss PDB Viewer". Ну да, если молекула есть в базе то вместо скучного блока координат - одна строка. Вот только "возьми такой то базис" это несколько строк ключей: базис (хорошо если один для всех) что делать и в каком методе и самое вкусное - "опциональные кейворды", навскидку из пары моих инпутов: "guess core", "ALGORITHM TWOSTEP", "AO_BASIS NONE" - просто прокрутите лифт до низу http://www.psicode.org/psi4manual/maste ... ons_c.html чтоб поиметь представление о числе настроек с которыми может понадобиться играть если молекула таки сложнее воды.

А геометрия это обычно мелочи. Молекулу из сотни атомов можно построить в Кем3Д или АДФвьювере с нуля и предоптимизировать за час в сумме максимум. И быть полностью независимым от базданных. Еще один негативный нюанс - такое облегчение работы провоцирцет не смотреть что именно вытянулось из базы. А вытянуться может совем не то что хочется. Вот скажем в PSI4 есть база ACENES http://www.psicode.org/psi4manual/maste ... ule-ACENES в которой типа присутствует димер антрацена. Исходя из состава базы это скорее всего вандерваальсовский димер (причем у антрацена штуки 3 минимум возможных ориентации). А вот если спросить у гугла - вылезет ковалентный продукт фотодимеризации. При том что цифры в координатный блок я всеравно не руками набиваю - нафига головная боль с вытягиванием неизвестно откуда кота в мешке?

Аватара пользователя
uchebnik fiziki
Сообщения: 4265
Зарегистрирован: Пн авг 20, 2012 9:04 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных

Сообщение uchebnik fiziki » Пт мар 11, 2016 11:31 pm

Это не то чтобы особо позитивный отзыв, скорее констатация перехода к упрощению. В презентации причём говорилось, что этого достаточно: можно указать метод, указать молекулу или базу и вперёд и с песнями, то есть весь опциональный фарш можно не писать (собственно, на то он и опциональный). И, конечно, дополнительный плюс в нативности питоновского интерфейса (IPython, Jupyter, облака, далее везде).

В визуализаторах трёхмерных структур получение структуры из PDB или CSD реализовано давно, но там не надо никакой предварительной подготовки проводить, в базе сразу координаты атомов лежат.
Свобода, равенство, братство.

Или смерть.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных

Сообщение Гесс » Пт мар 11, 2016 11:35 pm

uchebnik fiziki писал(а):Когда продают книгу, продают физический носитель информации. Саму информацию, полученную из открытых источников, продать нельзя в принципе. Точнее, её продажа де-факто является мошенничеством.
Это не так. Продажа электронных книг, программ, аналитических сводок и любой информации прошедшей какую то сортировку и компиляцию вполне нормальна. Это уже продажа услуги - хочешь - плати деньги, нехочешь - гугл большой.
Например даже если допустить что все журналы стали бесплатными и общедоступными - услуга сайфайндера по прежнему может остаться платной. Как и услуга "порыться в томах бельштейна".

YuraM
Сообщения: 462
Зарегистрирован: Пн ноя 26, 2007 11:07 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных

Сообщение YuraM » Пт мар 11, 2016 11:37 pm

A very interesting discussion. Indeed, to make the money in academia is both impossible and not ethical. Nowadays, practically every book can be found on a web in pdf format. Practically all the software is free, perhaps only Gaussian is an exception, but there are many free alternatives. I think the distribution of the knowledge should be free of charge. I am almost sure that if you contact every reasonable scientist asking for his paper, book, code, advise, hint - you'll get it free of charge and my be within 1-2 hours. At least this is my experience.
The only way to go is to develop and customise the software needed for industry (for those who have money). Just an example - Cosmologic. They are developing a software to calculate the solvation and estmate the liquid parameters needed in industry, viscosity, activity coefficients, etc. Just google it. I still believe that his model COSMO-RS perhaps could be free for academic users and all the details of the algorithms could be open, but = this is their business.
Of course, it is possible to organise commercial tutorial on computational chemistry, but to do that and attract PhD/postdocs from rich universities one should have a name, to be really known in computational chemistry.
Кто смел тот и съел

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных

Сообщение Гесс » Пт мар 11, 2016 11:38 pm

uchebnik fiziki писал(а): и вперёд и с песнями, то есть весь опциональный фарш можно не писать (собственно, на то он и опциональный).
:lol: :lol: :lol: Эмммм.... Вы хотите сказать что расчет можно делать без подкрутки ручечек? А зачем вообще все эти опции придуманы если и без них все работает?
P.S. Возможно я некорректно выразился. "Опциональный" - это опции, настройки и пр, а не "добровольный".

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных

Сообщение Гесс » Пт мар 11, 2016 11:55 pm

YuraM писал(а):A very interesting discussion. Indeed, to make the money in academia is both impossible and not ethical. Nowadays, practically every book can be found on a web in pdf format. Practically all the software is free, perhaps only Gaussian is an exception, but there are many free alternatives. I think the distribution of the knowledge should be free of charge.
I am probably 99% agree with you, but underlined part is absolutely wrong. Commercial software that i am (or was) using: Gaussian, Molpro, Turbomole, ADF, Q-Chem, Molcas, Terachem, MaterialStudio (bigger list is on https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_q ... s_software). And i have to admit that money allows them to make good software. While any of first 5 codes covers all most important quantum features - of free software only ORCA can really been characterized like this (PSI4 - partially). I have nothing against Priroda, but Laikov alone simply cannot implement new features as fast as groups of coders.

Аватара пользователя
uchebnik fiziki
Сообщения: 4265
Зарегистрирован: Пн авг 20, 2012 9:04 pm

Re: Коллекция входных и выходных файлов с примерами удачных

Сообщение uchebnik fiziki » Пт мар 11, 2016 11:58 pm

Гесс писал(а):Продажа <...> любой информации прошедшей какую то сортировку и компиляцию вполне нормальна.
Несомненно -- если сортировка и компиляция создают новый объект собственности. Тем не менее, есть вещи, которые продавать прилично, а есть те, которые нет. Например, брать чужие файлы на халяву и продавать их -- неприлично.
Гесс писал(а):услуга сайфайндера по прежнему может остаться платной. Как и услуга "порыться в томах бельштейна".
Там, вообще говоря, продаётся доступ к поисковому движку.
YuraM писал(а):The only way to go is to develop and customise the software needed for industry (for those who have money). Just an example - Cosmologic. They are developing a software to calculate the solvation and estmate the liquid parameters needed in industry, viscosity, activity coefficients, etc. Just google it. I still believe that his model COSMO-RS perhaps could be free for academic users and all the details of the algorithms could be open, but = this is their business.
Насколько я понимаю, их модель описана и может быть имплементирована кем угодно (возможно, по окончании патента). Продают они прежде всего тем, кто хочет не только пользоваться, но плотно с ними взаимодействовать, а также, скорее всего, они несут какую-то ответственность за ошибки в софте. На академических версиях бизнес не делается: за деньги там обычно идёт полная поддержка (видимо, с целью дополнительного багтрекинга). При этом открытие кода -- совершенно другая история.

Впрочем, мало кто из разработчиков решается на бесплатные академические лицензии.
YuraM писал(а):Of course, it is possible to organise commercial tutorial on computational chemistry, but to do that and attract PhD/postdocs from rich universities one should have a name, to be really known in computational chemistry.
Истинно так.
Гесс писал(а):Вы хотите сказать что расчет можно делать без подкрутки ручечек?
Ну так они говорили, что можно. Более того, в реальных задачах зачастую не нужно ничего, кроме дефолтных параметров.
Гесс писал(а):А зачем вообще все эти опции придуманы если и без них все работает?
Вообще-то ключевая идея всей вычислительной химии в том, чтобы делать расчёты в максимально унифицированных условиях. Вы можете полгода выбирать базис, но потом вы всё равно обрабатываете свою серию в одном и том же базисе. Между прочим, это задачи для разного уровня компетенции и зарплаты.
Свобода, равенство, братство.

Или смерть.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 8 гостей