Расчёт энергии колебаний в GAMESS

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
mashelir
Сообщения: 8
Зарегистрирован: Вс апр 09, 2017 12:39 am

Расчёт энергии колебаний в GAMESS

Сообщение mashelir » Вс апр 09, 2017 12:44 am

Добрый вечер. При попытке запустить следующий входной файл:

! C2H2N4 | Equilibrium Geometry | B3LYP/6-31G(d)
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 $END
$CONTRL SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE DFTTYP=B3LYP MAXIT=100 $END
$STATPT OPTTOL=0.0001 NSTEP=200 HSSEND=.TRUE. $END

$DATA
Title
C1
C 6.0 -0.22080 2.20560 0.00000
N 7.0 -1.43290 1.61930 0.00000
N 7.0 0.94500 1.53200 0.00000
N 7.0 0.89400 0.14190 0.00000
H 1.0 -0.35790 -1.52890 0.00000
N 7.0 -1.48390 0.22920 0.00000
C 6.0 -0.31810 -0.44440 0.00000
H 1.0 -0.18100 3.29000 0.10000
$END

В лог-файле выдается ошибка:

*********************************************************
THE HESSIAN WILL NOW BE COMPUTED AT THE STATIONARY POINT.
*********************************************************

Подскажите,пожалуйста, как это исправить.

Аватара пользователя
madschumacher
Сообщения: 892
Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm

Re: Расчёт энергии колебаний в GAMESS

Сообщение madschumacher » Вс апр 09, 2017 1:09 am

:dontknow: А где здесь сообщение об ошибке?!
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!

mashelir
Сообщения: 8
Зарегистрирован: Вс апр 09, 2017 12:39 am

Re: Расчёт энергии колебаний в GAMESS

Сообщение mashelir » Вс апр 09, 2017 11:46 am

Это то, что ниже. При этом внесение предложенных им исправлений ничего не дает.

---------------------------------
HESSIAN MATRIX CONTROL PARAMETERS
---------------------------------
METHOD=ANALYTIC NVIB = 2 VIBSIZ= 0.01000
RDHESS= F PURIFY= F PRTIFC= F
VIBANL= F DECOMP= F PROJCT= F
SCLFAC= 1.00000 PRTSCN= F NPRT = 0
PULCOR= F NPUN = 0 REDOVB= T
HSSTYP=GENERAL
Old integral subroutine is used

------------------------------
CPHF RESPONSE SOLUTION OPTIONS
------------------------------
POLAR = F NWORD = 0
CPHF =AO

DFT ANALYTIC HESSIAN PRESENTLY HAS 5 RESTRICTIONS:
$CONTRL: SCFTYP MUST BE EITHER RHF OR UHF
$CONTRL: POINT GROUP SYMMETRY NOT ALLOWED, SET NOSYM=1
$SCF: AO INTEGRAL DIRECT: SET DIRSCF=.TRUE.
$CPHF: AO INTEGRAL DRIVEN: SET CPHF=AO
AND THE FUNCTIONAL MUST NOT BE OF META-GGA TYPE.

ALTERNATIVELY, CHOOSE SEMI-NUMERICAL DIFFERENTIATION,
$FORCE: METHOD=SEMINUM
PLEASE FIX ERROR(S) AND TRY AGAIN.

EXECUTION OF GAMESS TERMINATED -ABNORMALLY- AT Sun Apr 09 00:34:54 2017
430000 WORDS OF DYNAMIC MEMORY USED
STEP CPU TIME = 0.00 TOTAL CPU TIME = 396.9 ( 6.6 MIN)
TOTAL WALL CLOCK TIME= 396.9 SECONDS, CPU UTILIZATION IS 100.00%

job aborted:
[ranks] message

[0] process exited without calling finalize

[1] terminated

---- error analysis -----

[0] on comp
D:\Users\Public\gamess-64\gamess.2016-pgi-linux-mkl.exe ended prematurely and may have crashed. exit code 0xc0000417

---- error analysis -----
Disk usage (in bytes)
========================================
----------------------------------------
Local date and time
========================================
09.04.2017 - 0:35:06,84

M.Sh.
Сообщения: 23
Зарегистрирован: Чт янв 30, 2014 10:48 pm

Re: Расчёт энергии колебаний в GAMESS

Сообщение M.Sh. » Вс апр 09, 2017 6:51 pm

Лучше бы сначала отдельно оптимизировать геометрию (и при этом на пару порядков уменьшить OPTTOL), а потом рассчитать гессиан в отдельном задании (RUNTYP=hessian).

mashelir
Сообщения: 8
Зарегистрирован: Вс апр 09, 2017 12:39 am

Re: Расчёт энергии колебаний в GAMESS

Сообщение mashelir » Вс апр 09, 2017 7:27 pm

В лабораторной сказано делать все за один шаг, но можно попробовать. Входной файл после оптимизации должен выглядеть так?
! C2H2N4 | Single Point | B3LYP/6-31G(d)
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NDFUNC=0 $END
$CONTRL SCFTYP=RHF RUNTYP=HESSIAN ICHARG=0 MULT=1 DFTTYP=B3LYP $END

новые координаты
Последний раз редактировалось mashelir Вс апр 09, 2017 7:53 pm, всего редактировалось 1 раз.

mashelir
Сообщения: 8
Зарегистрирован: Вс апр 09, 2017 12:39 am

Re: Расчёт энергии колебаний в GAMESS

Сообщение mashelir » Вс апр 09, 2017 7:36 pm

M.Sh. писал(а):
Вс апр 09, 2017 6:51 pm
Лучше бы сначала отдельно оптимизировать геометрию (и при этом на пару порядков уменьшить OPTTOL), а потом рассчитать гессиан в отдельном задании (RUNTYP=hessian).
Если я правильно составила входной файл, то в новом логе выдается та же ошибка.
Кроме того, оптимизация геометрии проходит вполне успешно, выдается сообщение о ее завершении, считаются всякие там заселенности по Малликену и так далее. А вот гессиан и частоты - нет.

Аватара пользователя
madschumacher
Сообщения: 892
Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm

Re: Расчёт энергии колебаний в GAMESS

Сообщение madschumacher » Пн апр 10, 2017 1:57 am

А тупо поставить расчёт не аналитических гессианов, а получисленных не помогает?
mashelir писал(а):
Вс апр 09, 2017 11:46 am
$FORCE: METHOD=SEMINUM
(вроде, емнип, это численные 2е производные + аналитические градиенты, но надо бы в мануале глянуть).
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!

mashelir
Сообщения: 8
Зарегистрирован: Вс апр 09, 2017 12:39 am

Re: Расчёт энергии колебаний в GAMESS

Сообщение mashelir » Пн апр 10, 2017 2:08 am

Так? Пробую...
! C2H2N4 | Equilibrium Geometry | B3LYP/6-31G(d)
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NDFUNC=0 $END
$CONTRL SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE ICHARG=0 MULT=1 DFTTYP=B3LYP $END
$STATPT HSSEND=.TRUE. OPTTOL=0.0001 NSTEP=200 $END
$FORCE METHOD=SEMINUM $END
Последний раз редактировалось mashelir Пн апр 10, 2017 2:25 am, всего редактировалось 1 раз.

mashelir
Сообщения: 8
Зарегистрирован: Вс апр 09, 2017 12:39 am

Re: Расчёт энергии колебаний в GAMESS

Сообщение mashelir » Пн апр 10, 2017 2:21 am

Упс, ошибка в инпуте, сейчас переделаю...

mashelir
Сообщения: 8
Зарегистрирован: Вс апр 09, 2017 12:39 am

Re: Расчёт энергии колебаний в GAMESS

Сообщение mashelir » Пн апр 10, 2017 2:45 am

Получилось, большое спасибо!!
А в чем природа ошибки, не подскажете?

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2050
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Расчёт энергии колебаний в GAMESS

Сообщение amge » Пн апр 10, 2017 6:03 am

Есть предположение, что природа ошибки - в стиле разработчиков Гамесс. Они любят вставлять в релиз не (полностью) работающий код. Аналитический гессиан для DFT - совсем свежая фича. Когда в Гамеессе сам DFT был свежей фичей (давно это было), он поначалу не работал, потом наладилось. Позже был анаонсирован расчет ЯМР, и тоже не работал (и сейчас, насколько я знаю, не работает). Возможно, в следующих релизах проблемы исчезнут сами собой.

mashelir
Сообщения: 8
Зарегистрирован: Вс апр 09, 2017 12:39 am

Re: Расчёт энергии колебаний в GAMESS

Сообщение mashelir » Пн апр 10, 2017 2:02 pm

Странно, в такой же работе 15го года человеку удалось все посчитать.
Ну в общем, спасибо, очень выручили!

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2050
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Расчёт энергии колебаний в GAMESS

Сообщение amge » Вт апр 11, 2017 8:54 am

К счастью, мое предположение не оправдалось. Вот работающий инпут:

Код: Выделить всё

 $BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 $END
 $CONTRL coord=unique SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE DFTTYP=B3LYP 
  MAXIT=100 nosym=1 $END
 $system mwords=3000 memddi=32 $end
 $scf dirscf=.true. $end
 $STATPT OPTTOL=0.0001 NSTEP=200 HSSEND=.TRUE. $END

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 14 гостей