Взаимодействие молекул

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Пн июл 30, 2018 2:27 pm

Гесс писал(а):
Пн июл 30, 2018 2:13 pm
Yeugen2018 писал(а):
Пн июл 30, 2018 1:08 pm
Правда не пойму что будет с связью С1 N2, или может сблизить эти два атома и поискать еще раз это ПС?
Хорошее переходное состояние. Не надо его больше переоптимизировать. С тем что у вас было можно сравнивать напрямую.
Визуально или каким-то методом? Или по энергии?

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Пн июл 30, 2018 2:54 pm

И еще возникает вопрос. Полная энергия системы реагентов -1535,1987389, следующее ПС -1535,1599615 (разница 24,33 ккал/моль) затем следующее ПС -1535,138371 (разница между первым ПС 13,54 ккал/моль). Затем система продуктов с HF=-1535,2051554 (и здесь уже спуск в 41,91 ккал/моль). Переход между первым ПС проходит 24,33<30 ккал/моль между первым и вторым тоже проходит 13,54 <30 ккал/моль, а спуск к продуктам в разницу 41,91>30 ккал/моль не проходит?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11994
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Гесс » Пн июл 30, 2018 3:06 pm

Ну вот что мы из этого перечня можем понять? одно ПС, другое ПС... Что с чем они соединяют? Это ПС для разных групп или последовательные ПС для одной реакции?
Сделайте рисунок указав исходники, все свои ПС, продукты, предпочтительно уже с относительными а не полными энергиями.
Насколько я понимаю фразу "спуск к продуктам" - это обратная реакция. То что у нее очень высокий барьер не запрещает протекание прямой реакции.

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Пн июл 30, 2018 3:13 pm

Гесс писал(а):
Пн июл 30, 2018 3:06 pm
предпочтительно уже с относительными а не полными энергиями.
Это, я понимаю какой-то минимум принять за 0 (то-ли продуктов то-ли реагентов)?

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Пн июл 30, 2018 3:43 pm

Гесс писал(а):
Пн июл 30, 2018 3:06 pm
Сделайте рисунок указав исходники, все свои ПС, продукты
Изображение

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Пн июл 30, 2018 3:55 pm

Yeugen2018 писал(а):
Пн июл 30, 2018 3:13 pm
Гесс писал(а):
Пн июл 30, 2018 3:06 pm
предпочтительно уже с относительными а не полными энергиями.
Это, я понимаю какой-то минимум принять за 0 (то-ли продуктов то-ли реагентов)?
Изображение

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11994
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Гесс » Пн июл 30, 2018 4:16 pm

Из ПС1 в ПС2 напрямую? Это называется VRI (valley-ridge inflection) и встречается настолько редко что я позволю себе не поверить что в превой считаемой реакции вы на него попали.
Я очень сильно уверен что между вашими переходными состояниями должен находиться какой то минимум, который вы можете найти или с помощью IRC, или оптимизацией (в минимум) из смещенного вдоль колебательной моды переходного состояния.
После добавления этого минимума у вас получится полный профиль реакции, правда он имеет весьма ограниченную ценность - как уже несколько раз указывал amge через такие высокие барьеры реакция не пойдет. Зотя формально да, все выглядит достаточно корректно.

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Пн июл 30, 2018 5:45 pm

А как мне лучше добавить воду для переноса протона в ПС? "Заморозить" всю систему кроме добавленной воды затем оптимизировать, "разморозить" а потом уже искать ПС?

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Ср авг 01, 2018 8:02 am

Доброе утро!
Попытался добавить воду в систему продуктов и что-то не получилось (Error termination via Lnk1e in C:\G09W\l103.exe) спустя 23 шага. Взял геометрию из этого шага и сразу получил Error termination via Lnk1e in C:\G09W\l101.exe.
Не подскажите что не так было сделано?
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11994
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Гесс » Ср авг 01, 2018 8:37 am

По второму расчету - покажите инпут, я подозреваю там какую то ошибку.

По первому расчету несколько длиннее:
1) непосредственной причиной падения стало то что в расчете участвовала внутренняя координата "dihedral 1 - 6 - 46 - 48", а так как на этом шаге атомы "angle 6 - 46 - 48" оказались на одной прямой значение координаты потеряло смысл. Я бы тоже отказался работать.
2) решений у такой ошибки несколько, простейшее это действительно рестарт с последней геометрии, так как геометрия в ходе оптимизации изменилась очень сильно то будет построен качественно новый набор внутренних координат (как минимум по части межмолекулярных взаимодействий) и координаты "angle 6 - 46 - 48" в нем не будет. Альтернативно можно вручную добавлять и удалять внутренние координаты или вести расчет в декартовых Opt=Cartesian.
3) геометрия поменялась так сильно потому что вы всадили молекулы воды в самое сердце в центр системы практически с пролетарской ненавистью. Мягче надо быть, аккуратнее. Я думал из обьяснений amge вы поняли как должна располагаться молекула возле переходного состояния чтобы участвовать в переносе протона, вот туда ее и надо дорисовывать (на всякий случай повторю: в том случае когда у вас протон переносится от азота к кислороду в четырехчленном цикле это слишком жестко, надо поставить молекулу воды так чтоб она принимала протон от азота и отдавала свой собственный протон кислороду альдегида, получится шестичленник -N....H....OH...H...O-C- все связи ... в котором промежуточные между одинарными и водородными, а связь C-O промежуточная между одинарной и двойной). Да, вероятно как первое приближение стоит начать с заморозки большей части молекулы в геометрии переходного состояния кроме наверное самих CO..HN, рядом с которыми расположить воду правильной стороной - кислородом к протону азота, протоном к кислороду кетона, вторым протоном в прекрасное далёко.

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Ср авг 01, 2018 9:04 am

Гесс писал(а):
Ср авг 01, 2018 8:37 am
По второму расчету - покажите инпут, я подозреваю там какую то ошибку.

По первому расчету несколько длиннее:
1) непосредственной причиной падения стало то что в расчете участвовала внутренняя координата "dihedral 1 - 6 - 46 - 48", а так как на этом шаге атомы "angle 6 - 46 - 48" оказались на одной прямой значение координаты потеряло смысл. Я бы тоже отказался работать.
2) решений у такой ошибки несколько, простейшее это действительно рестарт с последней геометрии, так как геометрия в ходе оптимизации изменилась очень сильно то будет построен качественно новый набор внутренних координат (как минимум по части межмолекулярных взаимодействий) и координаты "angle 6 - 46 - 48" в нем не будет. Альтернативно можно вручную добавлять и удалять внутренние координаты или вести расчет в декартовых Opt=Cartesian.
3) геометрия поменялась так сильно потому что вы всадили молекулы воды в самое сердце в центр системы практически с пролетарской ненавистью. Мягче надо быть, аккуратнее. Я думал из обьяснений amge вы поняли как должна располагаться молекула возле переходного состояния чтобы участвовать в переносе протона, вот туда ее и надо дорисовывать (на всякий случай повторю: в том случае когда у вас протон переносится от азота к кислороду в четырехчленном цикле это слишком жестко, надо поставить молекулу воды так чтоб она принимала протон от азота и отдавала свой собственный протон кислороду альдегида, получится шестичленник -N....H....OH...H...O-C- все связи ... в котором промежуточные между одинарными и водородными, а связь C-O промежуточная между одинарной и двойной). Да, вероятно как первое приближение стоит начать с заморозки большей части молекулы в геометрии переходного состояния кроме наверное самих CO..HN, рядом с которыми расположить воду правильной стороной - кислородом к протону азота, протоном к кислороду кетона, вторым протоном в прекрасное далёко.
Спасибо!
И вот инпут.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11994
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Гесс » Ср авг 01, 2018 9:43 am

А, ну да, я не заметил это ж было в аутпуте

geom=connectivity

вы таки либо давайте любимое вами коннективити в конце файла либо не давайте гауссиану таких странных команд "прочти коннективити которого я не дал".

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Ср авг 01, 2018 9:49 am

Гесс писал(а):
Ср авг 01, 2018 9:43 am
А, ну да, я не заметил это ж было в аутпуте

geom=connectivity

вы таки либо давайте любимое вами коннективити в конце файла либо не давайте гауссиану таких странных команд "прочти коннективити которого я не дал".
Спасибо! Все заработало...

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Чт авг 02, 2018 2:00 pm

Добрый день!
Гесс писал(а):
Пн июл 30, 2018 4:16 pm
Я очень сильно уверен что между вашими переходными состояниями должен находиться какой то минимум, который вы можете найти или с помощью IRC, или оптимизацией (в минимум) из смещенного вдоль колебательной моды переходного состояния.
Пробовал провести IRC переходного состояния, но оно до конца не дошло, но есть минимум на 8-м шаге. Эту энергию нужно брать?

Код: Выделить всё

Pt  8 Step number   1 out of a maximum of  20
-1535.168585
Или может взять эту геометрию (из 8 шага) и опять запустить оптимизацию ПС и потом опять на IRC?
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11994
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Гесс » Чт авг 02, 2018 4:24 pm

Yeugen2018 писал(а):
Чт авг 02, 2018 2:00 pm
Пробовал провести IRC переходного состояния, но оно до конца не дошло, но есть минимум на 8-м шаге. Эту энергию нужно брать?

Код: Выделить всё

Pt  8 Step number   1 out of a maximum of  20
-1535.168585
Или может взять эту геометрию (из 8 шага) и опять запустить оптимизацию ПС и потом опять на IRC?
это не минимум
У вас система сделала 10 шагов из геометрии переходного состояния в одну сторону а потом пошла из переходного состояния в противоположную. Это все правильно. Она там вконце упала по неочень внятной приничине но лечить это необязательно.
Определите в какую сторону оно сканировало к известному вам минимуму и потом возьмите последнюю геометрию противоположной ветки, и оптимизируйте ее в минимум (которого нет пока на вашем профиле реакции).

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Сб авг 04, 2018 9:23 am

Гесс писал(а):
Ср авг 01, 2018 8:37 am
надо поставить молекулу воды так чтоб она принимала протон от азота и отдавала свой собственный протон кислороду альдегида, получится шестичленник -N....H....OH...H...O-C- все связи ... в котором промежуточные между одинарными и водородными, а связь C-O промежуточная между одинарной и двойной). Да, вероятно как первое приближение стоит начать с заморозки большей части молекулы в геометрии переходного состояния кроме наверное самих CO..HN, рядом с которыми расположить воду правильной стороной - кислородом к протону азота, протоном к кислороду кетона, вторым протоном в прекрасное далёко.
Доброе утро!
Подозреваю что такое расположение воды не подходит для поиска ПС (надо расположить кислород воды ближе к NH группе) но на всякий случай спрошу. Не посмотрите?
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Сб авг 04, 2018 9:29 am

И еще вопрос, а при оптимизации геометрии молекулы с водой атом кислорода воды замораживать?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11994
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Гесс » Сб авг 04, 2018 9:36 am

У вас самый противный барьер (41.9) это ПС2 с четырехчленным циклом C-O-H-N. Вот его и надо лечить (добавлением воды) в первую очередь, а не ПС1.
Нет не замораживать. Просто разорвите имеющийся у вас "квадрат" так чтобы вставить в него еще одну OH сторону и сделать его шестиугольным. Для экономии ресурсов - возвразаемся к началу темы - можно упростить лишние боковые цепи.

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Сб авг 04, 2018 9:46 am

Гесс писал(а):
Сб авг 04, 2018 9:36 am
У вас самый противный барьер (41.9) это ПС2 с четырехчленным циклом C-O-H-N. Вот его и надо лечить (добавлением воды) в первую очередь, а не ПС1.
Вот что получилось с ПС 2, я так понимаю надо брать геометрию из 3-го шага оптимизации для поиска ПС2? И все же мне придется везде добавлять воду для построения энергетического профиля.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11994
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Гесс » Сб авг 04, 2018 9:56 am

В последней геометрии этой оптимизации удлините связь C1-N3 как минимум до 1.52, сократите N3-H47 до 1.3, одновременно перетягивая следом и кислород-46. Длина O7-H9, H9-O46, O46-H47 примерно одинаковая, где то около 1.25-1.3

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 3 гостя