gaussian. Integral accuracy reduced to 1.0D-05 until final iterations.

вопросы строения молекул и квантовой химии
BIG_DATE
Сообщения: 41
Зарегистрирован: Чт сен 13, 2018 7:31 pm

gaussian. Integral accuracy reduced to 1.0D-05 until final iterations.

Сообщение BIG_DATE » Чт сен 13, 2018 7:41 pm

Привет всем. Я в химии недавно и мало что в ней понимаю. Мне надо рассчитать молекулу с 100 атомами.
Но вот беда мне гаусиан подозрительно вываливает в процессе расчёта Integral accuracy reduced to 1.0D-05 until final iterations.
Я сидел 2 или 3 дня, ждал пока он сосчитает, но бесполезно. Не дождался я. Подскажите мне надо ещё подождать или это ошибка?

******************************************
Gaussian 09: IA32W-G09RevD.01 24-Apr-2013
12-Sep-2018
******************************************
%chk=C:\GausianMyLab\PAN_swazi_wto\Opt.chk
----------------------------------------
# opt b3lyp/6-31g(d,p) geom=connectivity
----------------------------------------
1/14=-1,18=20,19=15,26=3,38=1,57=2/1,3;
2/9=110,12=2,17=6,18=5,40=1/2;
3/5=1,6=6,7=101,11=2,16=1,25=1,30=1,71=1,74=-5/1,2,3;
4//1;
5/5=2,38=5/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1;
7//1,2,3,16;
1/14=-1,18=20,19=15,26=3/3(2);
2/9=110/2;
99//99;
2/9=110/2;
3/5=1,6=6,7=101,11=2,16=1,25=1,30=1,71=1,74=-5/1,2,3;
4/5=5,16=3,69=1/1;
5/5=2,38=5/2;
7//1,2,3,16;
1/14=-1,18=20,19=15,26=3/3(-5);
2/9=110/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,19=2,28=1/1;
99/9=1/99;
-------------------
Title Card Required
-------------------
Symbolic Z-matrix:

...
Trust Radius=3.00D-01 FncErr=1.00D-07 GrdErr=1.00D-06
Number of steps in this run= 420 maximum allowed number of steps= 420.
GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
...
Stoichiometry C46H10N14(15+,4)
Framework group CS[SG(C46H10N14)]
Deg. of freedom 137
Full point group CS NOp 2
Largest Abelian subgroup CS NOp 2
Largest concise Abelian subgroup C1 NOp 1
Standard orientation:
...
Standard basis: 6-31G(d,p) (6D, 7F)
There are 700 symmetry adapted cartesian basis functions of A' symmetry.
There are 250 symmetry adapted cartesian basis functions of A" symmetry.
There are 700 symmetry adapted basis functions of A' symmetry.
There are 250 symmetry adapted basis functions of A" symmetry.
950 basis functions, 1750 primitive gaussians, 950 cartesian basis functions
186 alpha electrons 183 beta electrons
nuclear repulsion energy 7524.4885069210 Hartrees.
NAtoms= 70 NActive= 70 NUniq= 70 SFac= 1.00D+00 NAtFMM= 60 NAOKFM=T Big=T
Integral buffers will be 262144 words long.
Raffenetti 2 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned on.
One-electron integrals computed using PRISM.
NBasis= 950 RedAO= T EigKep= 9.72D-05 NBF= 700 250
NBsUse= 950 1.00D-06 EigRej= -1.00D+00 NBFU= 700 250
ExpMin= 1.61D-01 ExpMax= 4.17D+03 ExpMxC= 6.27D+02 IAcc=1 IRadAn= 1 AccDes= 0.00D+00
Harris functional with IExCor= 402 and IRadAn= 1 diagonalized for initial guess.
HarFok: IExCor= 402 AccDes= 0.00D+00 IRadAn= 1 IDoV= 1 UseB2=F ITyADJ=14
ICtDFT= 3500011 ScaDFX= 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000
FoFCou: FMM=F IPFlag= 0 FMFlag= 100000 FMFlg1= 2001
NFxFlg= 0 DoJE=T BraDBF=F KetDBF=T FulRan=T
wScrn= 0.000000 ICntrl= 500 IOpCl= 0 I1Cent= 200000004 NGrid= 0
NMat0= 1 NMatS0= 1 NMatT0= 0 NMatD0= 1 NMtDS0= 0 NMtDT0= 0
Petite list used in FoFCou.
Initial guess orbital symmetries:
Alpha Orbitals:
...
'Сам расчёт :
The electronic state of the initial guess is 4-A".
Initial guess <Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 1.5000 <S**2>= 3.7500 S= 1.5000
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on energy=1.00D-06.
No special actions if energy rises.
Integral accuracy reduced to 1.0D-05 until final iterations.
EnCoef did 2 forward-backward iterations
EnCoef did 100 forward-backward iterations
EnCoef did 2 forward-backward iterations
EnCoef did 6 forward-backward iterations
EnCoef did 9 forward-backward iterations
EnCoef did 11 forward-backward iterations
EnCoef did 6 forward-backward iterations
EnCoef did 4 forward-backward iterations
EnCoef did 100 forward-backward iterations
EnCoef did 100 forward-backward iterations
EnCoef did 100 forward-backward iterations
EnCoef did 100 forward-backward iterations
EnCoef did 6 forward-backward iterations
Restarting incremental Fock formation.
Initial convergence to 1.0D-05 achieved. Increase integral accuracy.


Также пробовал другим методом:
******************************************
Gaussian 09: IA32W-G09RevD.01 24-Apr-2013
11-Sep-2018
******************************************
%chk=C:\GausianMyLab\PAN_swazi_wto\3.chk
------------------------------------
# b3lyp/6-31g(d,p) geom=connectivity
------------------------------------
1/38=1,57=2/1;
2/12=2,17=6,18=5,40=1/2;
3/5=1,6=6,7=101,11=2,16=1,25=1,30=1,74=-5/1,2,3;
4//1;
5/5=2,38=5/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1;
99/5=1,9=1/99;
-------------------
Title Card Required
-------------------
Symbolic Z-matrix:

...
The electronic state of the initial guess is 4-A".
Initial guess <Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 1.5000 <S**2>= 3.7500 S= 1.5000
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on energy=1.00D-06.
No special actions if energy rises.
Integral accuracy reduced to 1.0D-05 until final iterations.
EnCoef did 2 forward-backward iterations
EnCoef did 100 forward-backward iterations
EnCoef did 2 forward-backward iterations
EnCoef did 6 forward-backward iterations
EnCoef did 9 forward-backward iterations
EnCoef did 11 forward-backward iterations
EnCoef did 6 forward-backward iterations
EnCoef did 4 forward-backward iterations
EnCoef did 100 forward-backward iterations
EnCoef did 100 forward-backward iterations
EnCoef did 100 forward-backward iterations


ПОДСКАЖИТЕ НУБУ пожалуйста!

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11074
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: gaussian. Integral accuracy reduced to 1.0D-05 until final iterations.

Сообщение Гесс » Чт сен 13, 2018 9:36 pm

Недостаточно данных для анализа.

По всей видимости проблема на первом SCF шаге. Так?
На каких ресурсах (число ядер и оператива) это считается? (Исходя из адреса чекпоинта это виндовый гауссиан то есть скорее всего наперсоналке то есть скорее всего до 4 ядер).

Какие у системы заряд и мультиплетность? действительно 15+,4 для молекулы C46H10N14 ? Это катастрофически плохая постановка задачи, я затрудняюсь представить себе такой поликатион. Чем бы оно ни было с такими зарядами и мультиплетностью его считать нельзя. <S**2>= 3.75 тоже настораживает.

Integral accuracy reduced to 1.0D-05 until final iteration - это как бы не ошибка само по себе, оно понизило себе точность расчета интегралов потому что ему плохо. С таким зарядом мне тоже плохо было бы, и мы еще геометрии не видели.

Вообщем я неготов сказать что происходит с вашим расчетом и почему оно долго, но думаю вылечить его "волшебным словом" не получится, вероятно надо смотреть на систему.

BIG_DATE
Сообщения: 41
Зарегистрирован: Чт сен 13, 2018 7:31 pm

Re: gaussian. Integral accuracy reduced to 1.0D-05 until final iterations.

Сообщение BIG_DATE » Пт сен 14, 2018 6:51 am

Похоже тут я ещё не могу прикладывать файлы.
Файлы выложил в облако: https://cloud.mail.ru/public/8sUq/kcjWQJNMJ
Предпочтительнее конечно для оптимизации структура 2aroma5 т.к. я предполагаю наличие ароматических колец в структуре, а не двойных связей.
Спасибо за Ваш ответ! Я ровным счётом ничего не понял из него). Буду гуглить, познавать Ваши слова по предложениям.

BIG_DATE
Сообщения: 41
Зарегистрирован: Чт сен 13, 2018 7:31 pm

Re: gaussian. Integral accuracy reduced to 1.0D-05 until final iterations.

Сообщение BIG_DATE » Пт сен 14, 2018 6:58 am

Считаю на домашнем ноуте т.к. выбить что-то в универе нереально.
4 ядра, 8 потоков i7 2.2 МГц, оператива сгорела одна, поэтому всего 4ГБ. А что надо больше? Могу купить комп с 8 ядрами...

Какие у системы заряд и мультиплетность? - вот вообще не понимаю что вы написали, загуглю и скажу. Скажу так. Я посторил молекулу от руки, затем нажал кнопочку Clean и готово. Как бы в лабах, в интернете всё так делается. Вообще заряд должен быть нейтральным т.к. это просто молекула для оптимизации на самом начальном этапе, уже потом я вырву из неё 3 атома и молекула преобретёт заряд 3-, далее в молекулу будут интегрироваться металлические молекулы.

Integral accuracy reduced to 1.0D-05 until final iteration - это как бы не ошибка само по себе, оно понизило себе точность расчета интегралов потому что ему плохо. С таким зарядом мне тоже плохо было бы, и мы еще геометрии не видели. -
Я не могу вставить картинку к сожалению. В облаке есть файл в нём всё. См 5aroma2.gif .

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11074
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: gaussian. Integral accuracy reduced to 1.0D-05 until final iterations.

Сообщение Гесс » Пт сен 14, 2018 10:27 am

BIG_DATE писал(а):
Пт сен 14, 2018 6:51 am
Похоже тут я ещё не могу прикладывать файлы.
Можете, но не в формате gjf, меняйте им расщирение, или архивируйте или выкладывайте на внещних ресурсах.
BIG_DATE писал(а):
Пт сен 14, 2018 6:58 am
Какие у системы заряд и мультиплетность? - вот вообще не понимаю что вы написали, загуглю и скажу. Скажу так. Я посторил молекулу от руки, затем нажал кнопочку Clean и готово. Как бы в лабах, в интернете всё так делается.
Это плохо. Начинайте разбираться что вы собственно делаете.
Геометрия там на самом деле приличнее чем я думал, нормальная чешуйка графена сильнодопированная азотом по границе. Я бы брал симметричную, это сделает расчет несколько дешевле. Мне не нравится что несколько азотов на боковых границах вы протонируете, в то время как азоты на длинных границах у вас "пиридиновые". "Вы либо крестик снимите либо штаны наденьте".
BIG_DATE писал(а):
Пт сен 14, 2018 6:51 am
Предпочтительнее конечно для оптимизации структура 2aroma5 т.к. я предполагаю наличие ароматических колец в структуре, а не двойных связей.
В ДФТ нет понятия "связь", поэтому расчет не в курсе о том что такое ароматические кольца и двойные связи (ну точнее вы об этом уведомляете в connectivity блоке, но эта информация нигде не используется и вообще сам блок лишний).
BIG_DATE писал(а):
Пт сен 14, 2018 6:58 am
Считаю на домашнем ноуте т.к. выбить что-то в универе нереально.
4 ядра, 8 потоков i7 2.2 МГц, оператива сгорела одна, поэтому всего 4ГБ. А что надо больше? Могу купить комп с 8 ядрами...
Это зависит от дальнейших планов, денег которые вы готовы потратить на хобби и позиции универа. Решить конкретную задачу такого размера на 8-ядернике пожалуй можно, а с учетом того что взят довольно скромный базис 6-31g(d,p) то и за разумное время. Однако если вы этим намеряны заниматься в будущем - то кроме освоения что вы собственно посылаете на расчет желательно еще получить доступ на какой нибудь хоть захудалый кластер (и заодно освоить линукс в минимальной степени). Ибо домашней персоналкой сыт не будешь, это скорее хобби чем работа.
BIG_DATE писал(а):
Пт сен 14, 2018 6:58 am
Вообще заряд должен быть нейтральным т.к. это просто молекула для оптимизации на самом начальном этапе, уже потом я вырву из неё 3 атома и молекула преобретёт заряд 3-, далее в молекулу будут интегрироваться металлические молекулы.
При допировании наночешуек атомами металла я очень не рекомендую делать расчет упомянутого полианиона. Особенно если вы в нем еще надырявите дефектов. Впрочем для более обстоятельного ответа всеравно надо знать задачу, в частности зачем вообще столь интенсивное допирование азотом.

BIG_DATE
Сообщения: 41
Зарегистрирован: Чт сен 13, 2018 7:31 pm

Re: gaussian. Integral accuracy reduced to 1.0D-05 until final iterations.

Сообщение BIG_DATE » Сб сен 15, 2018 8:43 am

Чешуйка графена сильнодопированная азотом по границе - это пиролизованный ПАН. И он не допированный, Азот остался после реакции.

Какая настройка в gaussian отвечает за заряд и мультиплетность системы? Я что-то найти не могу(.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11074
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: gaussian. Integral accuracy reduced to 1.0D-05 until final iterations.

Сообщение Гесс » Сб сен 15, 2018 9:38 am

строка в инпуте перед началом координат. В случае одного из инпутов у вас это 15 4
Если вы свои инпуты через гаусвьювер делаете то там 2 отдельных подписанных поля.
Что такое ПАН? ПАУ - PAH - Polycyclic Aromatic Hydrocarbons знаю и люблю (если руками не трогать :lol: ), а для буквы Н я расшифровки подобрать не могу.

BIG_DATE
Сообщения: 41
Зарегистрирован: Чт сен 13, 2018 7:31 pm

Re: gaussian. Integral accuracy reduced to 1.0D-05 until final iterations.

Сообщение BIG_DATE » Сб сен 15, 2018 1:21 pm

пиролизованный полиакрилонитрил это, вот.

Вообще мне примерно такое надо: https://ti.jvolsu.com/index.php/ru/comp ... wnload/477
Но я решил с однослойного начать.

BIG_DATE
Сообщения: 41
Зарегистрирован: Чт сен 13, 2018 7:31 pm

Re: gaussian. Integral accuracy reduced to 1.0D-05 until final iterations.

Сообщение BIG_DATE » Сб сен 15, 2018 1:22 pm

Я инструкцию для стартовых параметров гаусиана ещё не дочитал). Я думал это повысит точность вычислений... Точно. Первая настройка- заряд, это где-то я читал. А вот со второй я пока не разобрался.... Заряд конечно же нуль пока что.

Аватара пользователя
Droog_Andrey
Сообщения: 2536
Зарегистрирован: Сб сен 29, 2007 8:29 pm
Контактная информация:

Re: gaussian. Integral accuracy reduced to 1.0D-05 until final iterations.

Сообщение Droog_Andrey » Сб сен 15, 2018 4:35 pm

BIG_DATE писал(а):
Сб сен 15, 2018 1:21 pm
Вообще мне примерно такое надо: https://ti.jvolsu.com/index.php/ru/comp ... wnload/477
По ссылке тихий ужас.

Положительные заряды, видимо, появились автоматически в рисовалке при замене некоторых углеродов азотами.

Чтобы точность интегралов не снижалась на первых итерациях, можно написать SCF(NoVarInt).
2^74207281-1 is prime!

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11074
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: gaussian. Integral accuracy reduced to 1.0D-05 until final iterations.

Сообщение Гесс » Сб сен 15, 2018 5:59 pm

BIG_DATE писал(а):
Сб сен 15, 2018 1:21 pm
пиролизованный полиакрилонитрил это, вот.

Вообще мне примерно такое надо: https://ti.jvolsu.com/index.php/ru/comp ... wnload/477
Но я решил с однослойного начать.
Не, ну тема конечно существует, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articl ... -02407.pdf, http://advances.sciencemag.org/content/4/6/eaat1687 но даже называя результат графенизированным народ предусмотрительно не рисует такие чешуйки, на мой взгляд там с пиролиза должна выходить жуткодефектная структура в которой "слои" будут просматриваться не без труда. Впрочем тут я могу быть неправ. К тому же вы всеравно будете делать чешуйки ибо начальство сказало ))).

Раз речь идет о таких системах я бы рекомендовал уходить от молекулярных систем в периодическое ДФТ, соответственно уходить из гауссиана в софт твердотельщиков - VASP, Wien2K, Crystal, QuantumEspresso и т.д., можете выбрать из https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_q ... s_software
Это же поможет и когда вы начнете запихивать на систему металлические кластеры. На B3LYP в гауссиане на дефектных чешуйках с металлокластерами я прогнозирую много мучительных проблем. Не то чтобы периодика от них гарантированно спасет, но вряд ли станет хуже. Как минимум B3LYP на металлокластеры+проводящая органика не рекомендую. PBE будет и дешевле и стабильнее.

Это легче сделать на старте а не в средине проекта все заново переделывать.

mizuchi
Сообщения: 65
Зарегистрирован: Ср фев 23, 2011 5:10 pm

Re: gaussian. Integral accuracy reduced to 1.0D-05 until final iterations.

Сообщение mizuchi » Сб сен 15, 2018 7:21 pm

Попробуйте эту геометрию в качестве начальной. Это минимум по мнению одной программы в базисе 6-31g.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

BIG_DATE
Сообщения: 41
Зарегистрирован: Чт сен 13, 2018 7:31 pm

Re: gaussian. Integral accuracy reduced to 1.0D-05 until final iterations.

Сообщение BIG_DATE » Вс сен 16, 2018 9:19 pm

К тому же вы всеравно будете делать чешуйки ибо начальство сказало ))). - дело в том, что не первый кто этим занимается. И тут теория больше подгоняется под практические эксперименты. И там всё именно так и получается. Насчёт "жуткодефектная структура в которой "слои" будут просматриваться не без труда" - не знаю. Видел где-то фото под электронным микроскопом- всё нормально, почти плоско всё.
По ссылке тьма программ. Чтобы всё перепробывать уйдёт много времени. Подскажите пожалуйста 2-3 нормальные)

BIG_DATE
Сообщения: 41
Зарегистрирован: Чт сен 13, 2018 7:31 pm

Re: gaussian. Integral accuracy reduced to 1.0D-05 until final iterations.

Сообщение BIG_DATE » Вс сен 16, 2018 9:24 pm

Это легче сделать на старте а не в средине проекта все заново переделывать. - это, это перейти на другой софт?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11074
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: gaussian. Integral accuracy reduced to 1.0D-05 until final iterations.

Сообщение Гесс » Вс сен 16, 2018 9:27 pm

BIG_DATE писал(а):
Вс сен 16, 2018 9:19 pm
По ссылке тьма программ. Чтобы всё перепробывать уйдёт много времени. Подскажите пожалуйста 2-3 нормальные)
Гесс писал(а):
Сб сен 15, 2018 5:59 pm
софт твердотельщиков - VASP, Wien2K, Crystal, QuantumEspresso и т.д.,
Я пользуюсь VASP, на форуме есть люди практикующие QuantumEspresso, вцелом у всего есть свои пользователи. Почти все под линукс, виндовых незнаю, часть платная, часть из них доступна там же где народ берет гауссиан.
BIG_DATE писал(а):
Вс сен 16, 2018 9:24 pm
Это легче сделать на старте а не в средине проекта все заново переделывать. - это, это перейти на другой софт?
да, и на другой функционал

BIG_DATE
Сообщения: 41
Зарегистрирован: Чт сен 13, 2018 7:31 pm

Re: gaussian. Integral accuracy reduced to 1.0D-05 until final iterations.

Сообщение BIG_DATE » Вс сен 16, 2018 10:44 pm

Эх. Ошибка 2070. Буду гуглить.... Не понимаю почем ошибки то. Вроде же атомы расположил и запустил расчёт. Но нет. Ничего не считается...
Последний раз редактировалось BIG_DATE Вт ноя 27, 2018 5:56 pm, всего редактировалось 1 раз.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11074
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: gaussian. Integral accuracy reduced to 1.0D-05 until final iterations.

Сообщение Гесс » Вс сен 16, 2018 10:58 pm

даже незнаю с чего начать
1) l906 - редкая ошибка, связанная с нехваткой оперативы, крайне редко возникает в дфт, но
2) на :003: зачем внезапно использовать MP2? (оно потребляет намного больше оперативы)
3) даже если вы сможете придумать обоснование для использования MP2 то MP2/sto-3g имеет ну ооочень мало смысла - это использование достаточно навороченного метода с настолько отстойным базисом что результат весьма ниочем.

Инициатива это конечно прекрасно, но думаю было бы лучше если бы вы спросили у кого то что КАК имеет смысл считать, а потом читали бы что обозначают кейворды которые вы суете в расчет...

mizuchi
Сообщения: 65
Зарегистрирован: Ср фев 23, 2011 5:10 pm

Re: gaussian. Integral accuracy reduced to 1.0D-05 until final iterations.

Сообщение mizuchi » Пн сен 17, 2018 9:34 am

BIG_DATE писал(а):
Вс сен 16, 2018 9:19 pm
По ссылке тьма программ. Чтобы всё перепробывать уйдёт много времени. Подскажите пожалуйста 2-3 нормальные)
Гауссиан и вправду довольно плох для этой задачи. Да что там -- почти для любых задач он не лучший выбор.
Для молекулярных случаев я пользуюсь NWChem (бесплатно, функционально) и TeraChem (невероятно быстро, но функциональность оставляет желать лучшего, к тому же платно), а если периодические системы, то CP2K, значимых конкурентов ему не обнаружил, хотя искал тщательно. Ну разве что VASP, но он очень странный.

BIG_DATE
Сообщения: 41
Зарегистрирован: Чт сен 13, 2018 7:31 pm

Re: gaussian. Integral accuracy reduced to 1.0D-05 until final iterations.

Сообщение BIG_DATE » Вт сен 18, 2018 7:01 am

Спасибо за ответы. В гаусиане построил молекулу в половину от требуемой, она хотя бы считается без ошибки теперь её. Но правда энергия у неё -1500). Буду переходить на другие системы. Я так чувствую всё под линухой....

Аватара пользователя
Ahha
Сообщения: 2607
Зарегистрирован: Чт сен 20, 2007 7:02 pm

Re: gaussian. Integral accuracy reduced to 1.0D-05 until final iterations.

Сообщение Ahha » Вт сен 18, 2018 2:58 pm

BIG_DATE писал(а):
Вт сен 18, 2018 7:01 am
Но правда энергия у неё -1500).
А сколько вы ожидали?
Когда начинает изменять память, практики заводят записную книжку, а романтики садятся писать мемуары.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 5 гостей