PCGAMESS&СКИФ как подружить?

вопросы строения молекул и квантовой химии
Аватара пользователя
iskariot
Сообщения: 2268
Зарегистрирован: Пт сен 15, 2006 2:37 pm

PCGAMESS&СКИФ как подружить?

Сообщение iskariot » Сб фев 07, 2009 11:51 am

Господа, простите убогого ламера :oops: , как заставить его работать на кластере?
Что-то упорно не могу догнать...
В single режиме запускается, а под mpirun нет... :shuffle:
Может быть, конечно, с синтаксисом ошибаюсь :very_shuffle:

Проф. Грановский прислал уже откомпилированную версию. Копирую в /home/me/gamess. Запускаю как указано в мануале. Задача встает в очередь, но не считает... :shuffle:

Может кто-нибудь что-нибудь подскажет!
Последний раз редактировалось iskariot Сб апр 18, 2009 1:25 pm, всего редактировалось 1 раз.

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: PCGAMESS&СКИФ

Сообщение VTur » Сб фев 07, 2009 6:34 pm

Дайте инпут.
После отстоя требуйте долива

Аватара пользователя
iskariot
Сообщения: 2268
Зарегистрирован: Пт сен 15, 2006 2:37 pm

Re: PCGAMESS&СКИФ

Сообщение iskariot » Сб фев 07, 2009 8:23 pm

Да какой там инпут... Импут тестовый. Тут скорее именно с установкой косяк...
Ну да ладно, попробую собрать из исходников на кластере. М.б. толк будет :issue:

Darth Vasya
Сообщения: 426
Зарегистрирован: Чт май 24, 2007 1:54 pm

Re: PCGAMESS&СКИФ

Сообщение Darth Vasya » Вс фев 08, 2009 4:38 am

Одминам скажите, чтобы помогли собрать - это, имхо, вполне вписывается в круг их обязанностей.
Плохо зная грамматику, сложные конструкции должны употребляться с осторожностью.

Аватара пользователя
Hitman
Сообщения: 59
Зарегистрирован: Чт фев 19, 2009 7:56 am

Re: PCGAMESS&СКИФ

Сообщение Hitman » Сб фев 21, 2009 8:49 am

а какая операционка на кластере?
Pcg7.1е запустился на нашем почти без проблем,
под UNIX. Все другие версии не работали
Absit invidia verbo

Аватара пользователя
iskariot
Сообщения: 2268
Зарегистрирован: Пт сен 15, 2006 2:37 pm

Re: PCGAMESS&СКИФ

Сообщение iskariot » Вт фев 24, 2009 10:23 am

Проблема решена после танцев с шаманскими бубнами :D

alxyppv
Сообщения: 560
Зарегистрирован: Сб апр 07, 2007 11:23 am

Re: PCGAMESS&СКИФ

Сообщение alxyppv » Ср фев 25, 2009 5:14 am

Прошу прощения, а зачем Вам понадобились танцы с бубном? ведь можно же так:

http://www.parallel.ru/cluster/pcgamess.html
А.П.

Аватара пользователя
iskariot
Сообщения: 2268
Зарегистрирован: Пт сен 15, 2006 2:37 pm

Re: PCGAMESS&СКИФ

Сообщение iskariot » Ср фев 25, 2009 10:00 am

так я и говорю... Так и сделали.
Ну или почти так. Проблемы были откровенно технического характера. :)

Аватара пользователя
iskariot
Сообщения: 2268
Зарегистрирован: Пт сен 15, 2006 2:37 pm

Re: PCGAMESS&СКИФ как подружить?

Сообщение iskariot » Сб апр 18, 2009 1:35 pm

И опять я приплыл с той же проблемой...
Ставлю расчет в рамках MP2 (в принципе, и с DFT тоже самое) на кластер (http://cluster.tpu.ru)
Задача ставится в очередь, начинается расчет. Через некоторое время расчет тупо виснет. Начинаются дисконнекты с узлами. Входной-выходной файлы и фрагмент системного out-файла прикладываю.
Может была у кого-то подобная проблема?

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: PCGAMESS&СКИФ как подружить?

Сообщение VTur » Сб апр 18, 2009 6:21 pm

Странно, что не никакого сообщения. Первое предположение
$SYSTEM
MWORDS=10
$END
опреративки не мало ли заказали (80 МБ) для МР2?
После отстоя требуйте долива

Аватара пользователя
iskariot
Сообщения: 2268
Зарегистрирован: Пт сен 15, 2006 2:37 pm

Re: PCGAMESS&СКИФ как подружить?

Сообщение iskariot » Сб апр 18, 2009 11:29 pm

Ситуация не меняется и при больших значениях mwords.
А то, что сообщений нет - так дело в том, что расчет формально не прекращается. Но вся ситема просто умирает... :(

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: PCGAMESS&СКИФ как подружить?

Сообщение VTur » Сб апр 18, 2009 11:44 pm

Умирает только на этой задаче или на всех?
После отстоя требуйте долива

alxyppv
Сообщения: 560
Зарегистрирован: Сб апр 07, 2007 11:23 am

Re: PCGAMESS&СКИФ как подружить?

Сообщение alxyppv » Пн апр 20, 2009 12:20 am

iskariot писал(а):Ситуация не меняется и при больших значениях mwords.
А то, что сообщений нет - так дело в том, что расчет формально не прекращается. Но вся ситема просто умирает... :(
на СКИФЕ у меня так бывает когда оперативки не хватает. Причем есть два типа ситуаций - или просто мало запросил (обычно в таких случах задачавсе-таки вылетает с сообщением, но иноглда и зависает), или запросил больше чем есть физически (в этом случае в 99.9 % задача именно "виснет" без каких-либо сообщений). Но СКИФ работает ОЧЕНЬ глючно, возможно ваш кластер получше устроен, и такими простыми ошибками лучше справляется...
А.П.

Аватара пользователя
iskariot
Сообщения: 2268
Зарегистрирован: Пт сен 15, 2006 2:37 pm

Re: PCGAMESS&СКИФ как подружить?

Сообщение iskariot » Пн апр 20, 2009 7:17 am

Вообще, чаще всего расчет умирает на больших задачах.
Частотприходится проводить оптимизацию в несколько приемов - то есть после смерти расчета беру последнюю геометрию и вновь ставлю на оптимизацию. Помогает :)
При расчете гессиана такие же проблемы.

На счет кластера - это тоже СКИФ. И работает крайне глючно. :(
Причем админ связывался с админом МГУ-шного кластера, так тот тоже ругается на крайнюю глючность кластероного варианта PC GAMESS :(. М.б. попробовать GAMESS классический... :roll:
Покручусь пока с оперативкой. Попробую выставить еще большее значение mwords

alxyppv
Сообщения: 560
Зарегистрирован: Сб апр 07, 2007 11:23 am

Re: PCGAMESS&СКИФ как подружить?

Сообщение alxyppv » Пн апр 20, 2009 1:48 pm

iskariot писал(а):Вообще, чаще всего расчет умирает на больших задачах.
Частотприходится проводить оптимизацию в несколько приемов - то есть после смерти расчета беру последнюю геометрию и вновь ставлю на оптимизацию. Помогает :)
При расчете гессиана такие же проблемы.
А, у вас видимо все-таки другая природа проблем. У меня обычно задача или уж сразу виснет, или сразу идет. Вылеты на поздних стадиях бывают реже и, кажется, связаны с жесткими дисками.

iskariot писал(а):Причем админ связывался с админом МГУ-шного кластера, так тот тоже ругается на крайнюю глючность кластероного варианта PC GAMESS :(.
Долго смеялся. Проблемы тут, очевидно, не в PC GAMESS, а в самом СКИФе. Другие программы тоже вылетают (Priroda, CPMD). Я уже устал от постоянного глюка и в итоге фактически отказался от СКИФа. А сначала так заманчиво все звучало...
А.П.

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: PCGAMESS&СКИФ как подружить?

Сообщение VTur » Пн апр 20, 2009 1:51 pm

Если с жестким диском, то перед смертью что-то успевает написать. Что-то с ресурсами. Может быть с системой? Нехватка ресурсов системе?
После отстоя требуйте долива

Marxist

Re: PCGAMESS&СКИФ как подружить?

Сообщение Marxist » Пн апр 20, 2009 1:52 pm

alxyppv писал(а):
iskariot писал(а):Причем админ связывался с админом МГУ-шного кластера, так тот тоже ругается на крайнюю глючность кластероного варианта PC GAMESS :(.
Долго смеялся. Проблемы тут, очевидно, не в PC GAMESS, а в самом СКИФе. Другие программы тоже вылетают (Priroda, CPMD). Я уже устал от постоянного глюка и в итоге фактически отказался от СКИФа. А сначала так заманчиво все звучало...
А в чём проблема подёргать Грановского?

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: PCGAMESS&СКИФ как подружить?

Сообщение EvgeniX » Пн апр 20, 2009 2:43 pm

VTur писал(а):Если с жестким диском, то перед смертью что-то успевает написать. Что-то с ресурсами. Может быть с системой? Нехватка ресурсов системе?
Такое наблюдал, когда пропускной способности коммуникационной среды не хватало (дисковые ресурсы были в виде NFS).

alxyppv
Сообщения: 560
Зарегистрирован: Сб апр 07, 2007 11:23 am

Re: PCGAMESS&СКИФ как подружить?

Сообщение alxyppv » Пн апр 20, 2009 2:50 pm

EvgeniX писал(а): Такое наблюдал, когда пропускной способности коммуникационной среды не хватало (дисковые ресурсы были в виде NFS).
в моем случае (СКИФ-МГУ) очень на это похоже, поскольку кластер так устроен, что на большинстве узлов вообще нет жестких дисков
А.П.

Darth Vasya
Сообщения: 426
Зарегистрирован: Чт май 24, 2007 1:54 pm

Re: PCGAMESS&СКИФ как подружить?

Сообщение Darth Vasya » Пн апр 20, 2009 3:54 pm

alxyppv писал(а):кластер так устроен, что на большинстве узлов вообще нет жестких дисков
:shock:
А как же тогда?..
Плохо зная грамматику, сложные конструкции должны употребляться с осторожностью.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 8 гостей