"склещивание" структур в гауссиане.

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13068
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

"склещивание" структур в гауссиане.

Сообщение Гесс » Сб мар 21, 2015 9:59 pm

Господа, за последние сутки уже почти десяток раз (для разных хотя и похожих систем) столкнулся с одной и той же проблемой которую ранее только видел издалека.
Гауссиан. Оптимизация в в B97D/6-31*. Система из полутора-двух сотен атомов, C,H,Si.
До этого ту же самую проблему видел на B3LYP с C,H,O,щелочные металлы. Размер примерно тот же.
В обоих случаях имеются ароматические системы.
Проблема состоит в том что одна часть молекулы начинает внезапно (обычно с первых шагов) и стремительно рушиться на другую. Видел как щелочной металл метеоритом рушился на фуллерен, счас наблюдаю как два ароматических кольца из разных кусков молекулы тупо проходят друг сквозь друга (соответственно расстояния между атомов сваливаются в десятые если не сотые доли ангстрема). Разрушения исходных фрагментов не происходит или оно происходит намного медленнее чем они "склещиваются".
Исходные структуры выглядят прилично (в них нет CH длиной 2.0, CC длиной 0.1 или углов C-C-C в 20 градусов).
Расчет обычно не умирает, а продолжает висеть типа считаться. Энергия в ходе "склещивания" разумеется возрастает относительно исходной, но гауссиан это несмущает. Критерии сходимости разумеется даже близко не удовлетворяются. Итерации для систем в склещенном состоянии идут в десятки, возможно сотни раз медленнее чем обычно.
Это какой то известный баг гауссиана? Для него есть универсальное решение?
Или мне стоит попробовать посчитать то же самое на каком то другом гауссиане чтоб исключить лажу со стороны конкретно одного сервера.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13068
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: "склещивание" структур в гауссиане.

Сообщение Гесс » Вс мар 22, 2015 3:10 am

Пятая точка подсказала решение. Проблема не воспроизводится при использовании Opt=Cartesian.
Предположительно проблема возникает изза того что незначительное изменение внутренних координат идущих по линкеру соединяющему два "тяжелых" фрагмента приводит к кактастрофическому изменению взаимного расположения этих самых фрагментов, система приходит в ужас от того какие новые ужасающие силы в ней возникли, но попытки поправить ситуацию используя все те же внутренние координаты только усугубляют ситуацию (вот тут мне несовсем понятно почему, ибо склещивание длится обычно несколько оптимизационных циклов и оно "однонаправленное" - фрагменты не пытаются дергаться в противоположную сторону от предыдущего шага).
Возможно ситуацию можно спасти переигрыванием внутренних координат (ключ NewDefinition) но по ощущениям - картезианы не настолько замедлили расчет.

Проблема обнаружена в релизе С, в релизе D как минимум частично воспроизводится (наезд фрагментов имеет место быть хотя и не столь ужасающий как в С). Внутренние координаты нагенереированные релизами пока не сравнивались.
Проблема воспроизведена в Орке. :lol:

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2046
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: "склещивание" структур в гауссиане.

Сообщение amge » Пн мар 23, 2015 1:37 pm

Гесс писал(а):Проблема воспроизведена в Орке. :lol:
Даже страшно стало :). Это что за структура такая, что ошибка воспроизводится в двух совершенно различных программах? Оптимизация в координатах z-матрицы или в автоматически сгенерированных делокализованных координатах?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13068
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: "склещивание" структур в гауссиане.

Сообщение Гесс » Пн мар 23, 2015 1:41 pm

В автоматически сгенерированных внутренних.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2046
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: "склещивание" структур в гауссиане.

Сообщение amge » Пн мар 23, 2015 1:44 pm

Кошмар! От координат z-матрицы такого еще можно было бы ожидать (хоть и с трудом), но от автоматически сгенерированных внутренних... А Природой не пробовали?

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: "склещивание" структур в гауссиане.

Сообщение VTur » Ср мар 25, 2015 8:33 pm

А что происходит без буквы D в функционале?

[ Post made via Android ] Изображение
После отстоя требуйте долива

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13068
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: "склещивание" структур в гауссиане.

Сообщение Гесс » Ср мар 25, 2015 11:46 pm

VTur писал(а):А что происходит без буквы D в функционале?
Подмена чистого GGA на гибридник?
В гауссиане нет оригинального B97 (им вроде является B970 в Firefly), поэтому использовался Handy, Tozer and coworkers modification - B971
На одной тестовой структуре. За 4 шага структура в полную дурь неушла, но расстояние между двумя протонами из разных фрагментов доставляют:
2.44 (стартовая структура, все в ангстремах)
6.05 (фрагменты резко рванули в стороны)
0.79 (поняв что расходиться невыгодно фрагменты рванули обратно, чуть не склещились, если б чуть больший сдвиг - дальше бы пошла типичная дурь)
2.71 (вернулись практически к исходным баранам).

Собственно для меня это является подтверждением что проблема не в функционале, не в базисе и возможно даже не в коде.
Гонять все пакеты на более менее содержательном сете давшем ошибки в гауссиане чтоб убедиться что решение универсально, а не "случайно сошлось" - у меня нет особого желания.
В картезиановских координатах склещивания для моих систем не происходит.

Наблюдается странная беда - энергия начинает внезапно осцилировать после 102-105 шагов оптимизации (до этого изменение дай бог на 1ккал/моль за 50-90 шагов), но это думается не связано с координатами. Идей по такому поведению пока нет, хотя примеров уже набралось около десятка (структуры однотипные но неидентичные).

UPD. О, на 5ом шаге у нас уже возникли С-С связи длиной в 1.5 ангстрема, между двумя метильными группами из разных фрагментов. НН конттакты по 0.6-0.8 и прочие сказки квантовой химии.

endlesslake
Сообщения: 209
Зарегистрирован: Чт авг 09, 2012 9:13 pm

Re: "склещивание" структур в гауссиане.

Сообщение endlesslake » Чт мар 26, 2015 1:01 pm

Не может ли такого быть, что на этих структурах плохо работает модуль который вычисляет\улучшает приблизительный гессиан для оптимизации?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13068
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: "склещивание" структур в гауссиане.

Сообщение Гесс » Чт мар 26, 2015 1:09 pm

endlesslake писал(а):Не может ли такого быть, что на этих структурах плохо работает модуль который вычисляет\улучшает приблизительный гессиан для оптимизации?
Наверное может. А как это проверить?

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 11 гостей