Про построение TDDFT спектра

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
AlexKsen
Сообщения: 602
Зарегистрирован: Пн мар 07, 2011 8:43 am

Про построение TDDFT спектра

Сообщение AlexKsen » Чт дек 15, 2016 6:17 pm

Уважаемые форумчане, извините, что не совсем по теме вопрос. Как в Origin построить TDDFT спектр, как делает ChemCraft. Вроде Гауссовй функцией пытался описать, а такая все равно не получается.
Снимок.JPG
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Про построение TDDFT спектра

Сообщение Гесс » Чт дек 15, 2016 6:40 pm

Ну это, смотря чем то что вы получаете отличается от того что вы хотите.
В частности возможно вы хотите лоренциан вместо гаусса или надо поиграть с полушириной (шириной на полувысоте). Или вы о том что у вас высота пика и высота гауссиана совпадают...
Без внятного ТЗ - результат ХЗ.

Аватара пользователя
AlexKsen
Сообщения: 602
Зарегистрирован: Пн мар 07, 2011 8:43 am

Re: Про построение TDDFT спектра

Сообщение AlexKsen » Чт дек 15, 2016 7:12 pm

Просто хочу получить аналогичный спектр, а не получается.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Про построение TDDFT спектра

Сообщение Гесс » Чт дек 15, 2016 8:50 pm

ну хоть приложите кемкрафтовую картинку, а то непоятно с чем сравнивать
а еще лучше - и цифры по которым строите в ориджине. будет время и неохота работать - поиграю

Аватара пользователя
AlexKsen
Сообщения: 602
Зарегистрирован: Пн мар 07, 2011 8:43 am

Re: Про построение TDDFT спектра

Сообщение AlexKsen » Пт дек 16, 2016 8:04 am

Картинка от Сhemcraft в самом начале темы.

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 1075
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Про построение TDDFT спектра

Сообщение Shorku » Пт дек 16, 2016 9:37 am

Внятнои подробно напишите, пожалуйста, как Вы строите спектр в ориджине, тогда можно будет понять, что не так
Make quantum chemistry, not war

Аватара пользователя
AlexKsen
Сообщения: 602
Зарегистрирован: Пн мар 07, 2011 8:43 am

Re: Про построение TDDFT спектра

Сообщение AlexKsen » Пт дек 16, 2016 11:28 am

Файл Origin: https://cloud.mail.ru/public/AjQB/TPBtQ3cqW
Nonlinear fit - Gauss или Lorentz. У меня не выходит получить спектра аналогичного тому, который я привел в самом начале.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Про построение TDDFT спектра

Сообщение Гесс » Пт дек 16, 2016 11:34 am

Типа так?
origin.jpg
Это делалось не через нонлинеао фит, а через Analysis - Peaks and Baseline

Если это не поможет - посмотрю ваш файл вечером.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Про построение TDDFT спектра

Сообщение Гесс » Пт дек 16, 2016 11:50 am

Yahudozhnikyatakvizhu.jpg
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
AlexKsen
Сообщения: 602
Зарегистрирован: Пн мар 07, 2011 8:43 am

Re: Про построение TDDFT спектра

Сообщение AlexKsen » Пт дек 16, 2016 11:57 am

У меня так тоже получается, но не выходит спектр дорисовать в 450 нм.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Про построение TDDFT спектра

Сообщение Гесс » Пт дек 16, 2016 12:01 pm

Shorku писал(а):Внятнои подробно напишите, пожалуйста, как Вы строите спектр в ориджине, тогда можно будет понять, что не так
+1
Обьясните русским по белому что вы получаете и что именно вас не устраивает.

Аватара пользователя
AlexKsen
Сообщения: 602
Зарегистрирован: Пн мар 07, 2011 8:43 am

Re: Про построение TDDFT спектра

Сообщение AlexKsen » Пт дек 16, 2016 12:10 pm

У меня получается такой же спектр, как и Вы прислали. Но так же, как и у Вас он не дорисован в области 450 нм.

Аватара пользователя
madschumacher
Сообщения: 892
Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm

Re: Про построение TDDFT спектра

Сообщение madschumacher » Пт дек 16, 2016 12:31 pm

А ручками не катит? :roll: В Origin или Excel задать сетку частот с каким-то шагом, а потом взять Ваши частоты и интенсивности и написать функцию -- сумму Гауссиан или Лоренциан заданной ширины, с центрами на Ваших пиках, и с интенсивностью, пропорциональной Вашим интенсивности. Ну и строить этот график в чём душе угодно? :wink:
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Про построение TDDFT спектра

Сообщение Гесс » Пт дек 16, 2016 1:36 pm

добавьте пик нулевой интенсивности на 500-600
500.jpg
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 682
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Re: Про построение TDDFT спектра

Сообщение Yurii » Вс дек 18, 2016 2:35 am

В сети гуляет рабочая версия 11.0.2 Mestrelab Mnova build 18153 (27.10.2016) с плагинами.
прозвище "Фабержé" легендарный разведчик Дроздов получил за свое уникальное умение работать с информацией, добывать ее и превращать в драгоценность высшей пробы.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Про построение TDDFT спектра

Сообщение Гесс » Вс дек 18, 2016 11:20 am

В сети десяток лет лежит бесплатный Gabedit который делает такие построения в 2 клика. Топикстартер хочет Origin.

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 682
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Re: Про построение TDDFT спектра

Сообщение Yurii » Вс дек 18, 2016 12:40 pm

Гесс писал(а):Топикстартер хочет Origin.
Если последний Mestrelab Mnova с необходимыми плагинами - это эксклюзив, то Origin'ом залит весь интернет.
прозвище "Фабержé" легендарный разведчик Дроздов получил за свое уникальное умение работать с информацией, добывать ее и превращать в драгоценность высшей пробы.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1389
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Про построение TDDFT спектра

Сообщение Vit Nhoc » Вт дек 20, 2016 9:57 am

AlexKsen писал(а):Уважаемые форумчане, извините, что не совсем по теме вопрос. Как в Origin построить TDDFT спектр, как делает ChemCraft. Вроде Гауссовй функцией пытался описать, а такая все равно не получается.
Снимок.JPG
Может я что-то не понимаю, но мне удивительно, почему вы не пользуетесь стандартной опцией в Chemcraft - экспортировать нарисованный график через Clipboard в Origin или Excel. Кнопка "Export values", далее "Copy". Если границы и шаг нарисованного графика вам не подходят, нажимайте также Interpolation coordinates.
"Ты должен сделать добро из зла, потому что больше его сделать не из чего". АБ Стругацкие.

Аватара пользователя
AlexKsen
Сообщения: 602
Зарегистрирован: Пн мар 07, 2011 8:43 am

Re: Про построение TDDFT спектра

Сообщение AlexKsen » Вт янв 24, 2017 10:23 am

Кнопка "Export values", далее "Copy". Если границы и шаг нарисованного графика вам не подходят, нажимайте также Interpolation coordinates
Только увидел Ваш ответ. Спасибо. Однако, кнопочка "Export values" очень маленькая, что сразу ее не увидел:)

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 8 гостей