Природа

[sanya1024]

В идеале должна быть серия точек (типа relaxed-scan расчетов, т.е. ограниченных оптимизаций), с энергиями идущими вниз от точки ПС. Что-то у Вас не так в инпуте... А мнимая частота соответствует чему нужно или это просто вращение метила (так бывает)? Кстати, в Природе тоже перед расчетом IRC нужно найти ПС и скормить программе гессиан. Вы это сделали?

[amge]

Сделал IRC. Вместо кривой получил 2 точки и 2 значения энергии (back=0). При back=1 вообще кривой не получил. Это говорит о том, что я наткнулся не на переходное состояние а на артефакт?

Больше похоже на артефакт, по крайней мере, такое поведение IRC типично для недооптимизированной геометрии. И, судя по тому, что переходное состояние Вы, похоже, не искали, это точно артефакт.

Если не трудно расскажите пожалуйста о процедуре IRC поподробнее (я ее впервые делаю). Что там должно быть в идеале на выходе и какие значения энергии должны быть на графике? И еще: в Gamess перед IRC надо сделать sadpoint. А в природе есть какие-то аналоги sadpoint или в ней сразу после расчета гессиана IRC можно сделать?

IRC обеспечивает плавный спуск с переходного состояния (ПС). В отличие от релаксированного скана, при котором фиксируется какой-либо геометрический параметр (длина связи, угол), в IRC фиксируется шаг, представляющий собой "различие" предыдущей геометрии от следующей (в единицах rmsd). Поэтому спуск по IRC всегда плавный, без рывков геометрии и всегда приводит к соседней стационарной точке (как правило, к минимуму, изредка к другому ПС). Чтобы сделать IRC, нужно найти ПС (в Природе task=optimize и saddle=1 в группе $optimize) и посчитать его гессиан. IRC - достаточно длительный расчет, я его делаю в двух случаях: когда не очевидно, к каким минимумам приведет спуск из ПС (часто это и так ясно, но IRC обеспечивает однозначную связь ПС с соответствующими минимумами) и если нужна красивая визуализация реакции (спуск по IRC, в отличие от скана, всегда плавный).

[Partizan]

H39C36N5O5. Но, когда пытался посчитать с помощью Гауссиана, то после 10 суток расчетов отчаялся.

Какой-то огромный базис наверное брали?

Ну, я чуть ли не самый большой выбрал. 311G++. Не для той машины...

[Partizan]

Разобрался в ошибке. Правда, не совсем... Программа у меня не поддерживает выделение более 1000 Мб оперативной памяти. Как убедился, это лишка. Возможно, это из-за того, что я работаю в Windows. Как думаете, может быть такое?
Другая ошибка была в том, что сохранил текст в кодировке Юникод. Программа читает ANSI.
Спасибо за разъяснение понятия бреда.

[sanya1024]

Виндовская Природа действительно не поддерживает больше какого-то порога оперативки. Я обычно ставлю 512 и мне всегда хватало, хотя зверюги у меня были немаленькие. Но с переходом на кластер виндовской Природой вообще перестала пользоваться.
311++ -- это чему он в Природе соответствует? там самые часто используемые -- 3z и L2, оба triple-zeta quality. Они не содержат диффузных функций сами по себе. Вы скармливали программе неродные базисы? она этого не очень любит (помимо вероятности ошибок при конвертации базисов в формат Природы). В Природе вспомогательные базисы для density-fitting-а не рассчитаны на использование сторонних основных базисов, надо отдавать себе в этом отчет. Может проканать, а может вызвать проблемы.

[amge]

311++ -- это чему он в Природе соответствует?

Насколько я понял, 311++ для гауссиана использовали, не для Природы. Не понял только, зачем для расчета хим. сдвигов диффузные функции. Поляризационные нужны. Т.е. 311**. Это будет нормальный базис, для углеродов можно и поменьше, для протонов меньше не стоит. В природовских базисах прямого аналога 311** нет, по числу базисных функций/контрактаций это примерно 3z/L2.

[sanya1024]

Sorry, запуталась где что

[Nicolass]

Здравствуйте. А как в природе установить точность схождения оптимизации геометрии до до знака поле запятой? в Gamess optoll и в этом духе. как дело обстоит в природе?

[sanya1024]

$optimize tolerance=%f,%f $end
Из мануала:
tolerance=%f,%f tolerance on gradient (first value)
and displacement (second value) in au.
default is 0.0001,0.01 ,
if only the first is given, the second is
computed as 100 times as much (recommended default)

[OrganikNV]

Программа не выполняет task=scan. Ранее считала, а в определённый момент перестала считать, когда я задаю task=scan в исходном файле программа оптимизирует геометрию. Подскажите в чём может быть проблема?

[EvgeniX]

Пора бы уже ввести правила к разделу "квантовая химия".

Проект:
1. По всем конкретным вопросам приводите входной и выходной файл. (иначе всё будет сведено к пустому разговору и разгадыванию ребусов)

[OrganikNV]

Привожу входной файл и добавлю, что на другом компьютере считает, а на моём нет. Даже то, что самое простое ранее посчитано теперь не считает.

[amge]

Если Вы редактируете in-файлы Природы вордом, то запустить их потом нет шансов. Дело в том, что Природе, даже под виндой, нужны инпут-файлы с юниксовыми концами строк (не "\r\n", а "\n"). Как этого добиться, читайте здесь.

[Yurii]

Советую пользоваться TextPad-ом.

[OrganikNV]

Я сбросила в ворде, потому что файл TextPad не сбрасывался на сайт. Я понимаю, что вордовские документы Природа не воспринимает.

[EvgeniX]

Я сбросила в ворде, потому что файл TextPad не сбрасывался на сайт. Я понимаю, что вордовские документы Природа не воспринимает.

Добавьте к расширению ".in" ещё ".txt", чтобы было "file.in.txt", форум примет.
И ещё добавьте нерабочий "file.out.txt", чтобы посмотреть, что не так сканирует.

[amge]

Я понимаю, что вордовские документы Природа не воспринимает.

Понятно, что Вы не пытались подсунуть Природе бинарный вордовский файл Но из ворда же можно сохранить в виде текстового файла. И все равно, если в нем потом не поменять концы строк, то Природа и такой файл не примет (такая вот фича). Есть редакторы (тот же TextPad), которые умеют сохранять в юниксовыми концами строк, но им об этом нужно специально сказать, по умолчанию будет с досовскими концами строк.

[OrganikNV]

Здравствуйте! Подскажите,пожалуйста по какой причине программа не находит оптимальной геометрии.Викладываю входной и выходной файлы.

[amge]

Может, дело в том, что у Вас совсем старая Природа? И базис какой-то странный. 6-я версия Природы c близкими по размеру к Вашему базисами L2, L22m и L22 оптимизирует исходную геометрию за 6-7 шагов.

[OrganikNV]

Подскажите, пожалуйста, а где её можно достать?